1. 처분의 경위

가. 피고 부산광역시 ㅁㅁㅁㅁ청장의 취득세 등 부과처분

1) 건설교통부장관은 2006. 12. 29. 대한주택공사(2009. 10. 1. 한국토지주택공사법에 의하여 원고로 합병되어 원고가 대한주택공사의 재산과 채권·채무, 그 밖의 권리·의무를 포괄적으로 승계하였다. 이하 ‘원고’라 한다)가 부산 aaaa 00동 116번지 일원에 1세대당 면적이 39㎡ 내지 46㎡인 국민임대아파트 808세대를 건설하는 부산00지구 국민임대주택건설사업(이하 ‘이 사건 00지구 국민임대주택 건설사업’이라 한다)을 사업기간 2006. 12.부터 2010. 12.까지로 하여 구 국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법(2009. 3. 20. 법률 제9511호 보금자리주택건설 등에 관한 특별법으로 전면 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국민임대주택건설법’이라 한다) 제23조의 규정에 따라 승인하고, 2007. 1. 5. 이를 건설교통부고시 제2006-671호로 고시하였다.

2) 원고는 2007. 9. 11.경 이 사건 00지구 국민임대주택 건설사업을 위해 부산 aaaa 00동 116 외 13필지 토지 13,790.6㎡를 24,310,146,440원에, 그 지상 건축물(지장물)을 763,831,330원에 취득(이하 토지와 건축물을 통칭하여 ‘이 사건 00지구 부동산’이라 한다)한 후 이에 관하여 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 하고 위와 같이 개정된 지방세법은 ‘개정 지방세법’이라 한다) 제289조 제1항의 규정에 따라 취득세, 등록세 등의 감면신청을 하여 피고 부산광역시 ㅁㅁㅁㅁ청장(이하 ‘피고 ㅁㅁㅁㅁ청장’이라 한다)으로부터 취득세 및 등록세 등을 감면받았다(이하 ‘이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장의 감면결정’이라 한다).

3) 원고는 2012. 6. 14. 국민임대주택 건설사업을 목적으로 이 사건 00지구 부동산을 취득한 날로부터 4년 이내 착공하지 아니하였다는 이유로 구 지방세법 제269조 구 지방세법이 2010. 3. 31. 개정되었으나, 개정 지방세법 부칙 제2조(일반적 적용례) 및 제5조(일반적 경과조치)에 따라 구 지방세법이 적용된다.

제3항 및 같은 법 시행령 제223조 규정에 따라, 토지 취득가액 24,310,146,440원 중 도시계획시설(도로) 등에 해당하는 부속 토지면적을 안분한 금액 6,435,158,200원을 제외한 나머지 17,874,988,240원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 483,053,670원, 등록세 483,053,670원, 지방교육세 89,460,730원 합계 1,055,568,070원(가산세 포함)을 피고 ㅁㅁㅁㅁ청장에게 자진신고·납부하였다.

4) 부산광역시장은 2013. 11. 21. 원고가 위 3)항 기재와 같이 취득세 등을 자진신고·납부할 당시 건축물(지장물) 취득금액 763,831,330원과 판매시설 부분의 부속토지에 해당하는 취득금액 1,772,361,198원이 과소신고 되었다는 이유로, 그 합계액 2,536,192,528원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 78,018,320원, 등록세 54,521,360원, 지방교육세 10,195,310원 합계 142,734,990원(가산세 포함)의 추징대상임을 원고에게 과세예고하였다.

5) 원고는 2014. 2. 25. 부산광역시장의 위 과세예고에 대하여 과세전적부심사를 청구하였으나 불채택되었고, 피고 ㅁㅁㅁㅁ청장은 2014. 4. 15. 원고에게 신고하지 않은 지장물에 대한 취득세 23,703,190원, 과소신고한 토지에 대한 취득세 54,999,900원, 등록세 55,318,920원, 지방교육세 10,354,830원, 합계 144,376,840원(가산세 포함)을 부과(이하 ‘이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장의 처분’이라 한다)하였다.

나. 피고 부산광역시 000청장의 취득세 등 부과처분

1) 건설교통부장관은 2005. 12. 30. 원고가 부산 000 △△동 산95 일원에 1세대당 면적이 33㎡ 내지 55㎡인 국민임대아파트 1,400세대를 건설하는 부산△△지구 주공국민임대주택 건설사업(이하 ‘이 사건 △△지구 국민임대주택 건설사업’이라 한다)을 사업기간 2005. 11.부터 2009. 12.까지로 하여 구 국민임대주택건설법 제23조의 규정에 따라 승인하고, 이를 2006. 1. 12. 건설교통부고시 제2006-17호로 고시하였다(이후 국토해양부장관은 2008. 12. 1. 위 고시내용 중 도로에 대한 부분을 일부 변경하여 국토해양부고시 제2008-685호로 고시하였다).

2) 원고는 2009. 7. 15.부터 2012. 12. 18.까지 부산시 000 △△동 산 95 등 토지 64,027.8㎡를 21,143,979,612원, 그 지상 건축물(지장물 포함)을 2,919,404,500원에 취득(이하 이를 통칭하여 ‘이 사건 △△지구 부동산’이라 한다)한 후 이 사건 △△지구 부동산에 관하여 구 지방세법 제289조 제1항(2010. 3. 31. 제정된 지방세특례제한법이 2011. 1. 1. 시행됨에 따라 2011. 1. 1.이후 취득한 부동산에 대하여는 지방세특례제한법 제32조 제1항 적용)의 규정에 따라 취득세, 등록세 등의 감면신청을 하여 피고 부산광역시 000청장(이하 ‘피고 000청장’이라 한다)으로부터 취득세 및 등록세 등을 면제받았다(이하 ‘이 사건 000청장의 면제결정’이라 한다).

3) 국토해양부장관은 2012. 12. 26. 구 국민임대주택건설법 제33조 제1항 제3호에 따른 사정변경(공급유형의 변경 : 국민임대→공공분양)으로 계속적인 주택건설사업 시행이 불가능하다는 이유로 이 사건 △△지구 국민임대주택 건설사업 승인을 취소하고 2013. 1. 2. 국토해양부고시 제2012-985호로 이를 고시하였으며, 같은 날 이 사건 △△지구 부동산에 아파트 900세대(공공분양)를 건설하는 보금자리주택 건설사업을 사업기간 2012. 12.부터 2015. 10.까지로 하여 구 보금자리주택건설 등에 관한 특별법(2013. 7. 16. 법률 제11926호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 보금자리주택건설법’이라 한다) 제35조의 규정에 따라 승인하고, 국토해양부고시 제2012-986호로 이를 승인·고시하였다.

4) 이에 피고 000청장은 2014. 4. 11. 구 지방세법 제269조 제3항(2011. 1. 1. 이후 취득한 부동산에 관하여는 지방세특례제한법 제32조 제3항 적용)에 따라 소규모 임대주택이 아닌 다른 용도에 사용하는 경우로 보아 그 취득가액 24,063,384,112원(토지와 건축물 합계)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 641,192,920원, 등록세 563,402,460원, 지방교육세 104,222,890원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 000청장의 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 6, 8호증, 을가 제1 내지 12호증, 을나 제1 내지 7, 9, 12호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장의 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

1) 동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거규정이 둘 이상 존재하는 경우에는 어느 하나의 감면규정에 정한 감면요건이 충족되고 있다면, 다른 감면규정에 부속된 추징사유가 발생하여 추징처분이 가능하게 되었다고 하더라도 추징처분은 허용되지 않는다. 그런데 이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장의 감면결정은 구 지방세법 제289조 제1항에 근거한 것이고 위 규정에는 면제요건만 있을 뿐 별도의 추징요건은 없다. 따라서 구 지방세법 제269조 제3항에 따른 추징사유가 발생하였다고 하더라도 구 지방세법 제289조 제1항의 규정에서 정한 감면요건이 충족되어 추징할 수 없음에도 구 지방세법 제269조 제3항을 근거로 취득세 등을 추징하였다.

2) 이 사건 00지구 국민임대주택 건설사업계획에 따라 관리청에 무상귀속되는 도시계획시설(도로)에 해당하는 부분은 취득세 등의 부과대상이 되지 않음에도. 이 부분에 대하여도 추징하였다.

3) 2010. 12. 30. 대통령령 제22586호로 개정된 지방세법 시행령 제18조 제2항 제3호에 따르면, 피고가 부과대상으로 삼은 이 사건 00지구 부동산 중 건축물(지장물)에 대한 보상비는 취득물건과는 별개의 권리에 대한 보상성격으로 지급되는 비용에 해당하는 것으로서 취득세 등의 과세표준이 되는 취득가액에 포함되지 않음에도 이 부분을 포함하여 추징하였다.

나. 관련 법령

별지3 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 지방세법 상 추징요건 충족 여부

가) 관련 법리

동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거규정이 둘 이상 존재하는 경우에 어느 하나의 감면규정에 정한 감면요건이 충족되고 그 규정에 따른 감면에 대해서는 추징규정이 없거나 추징사유가 발생하지 아니하였다면 나머지 다른 감면규정에 부속된 추징사유가 발생하여 그 규정에 의한 추징처분은 가능하게 되었다고 하더라도 원래의 감면사유가 여전히 존재하는 이상 추징처분을 하는 것은 허용되지 않는다. 그러나 당초 감면결정의 감면사유가 인정되지 않는다면 거기에서 나아가 추징처분의 바탕이 된 감면규정에 정한 감면사유 및 추징사유의 존부를 가려 그 처분의 위법 여부를 판단하여야 한다. 이러한 법리에 비추어 보면, 이 사건 감면결정이 구 지방세법 제289조 제1항에 정한 감면요건이 충족된다면, 설령 같은 법 제269조 제1항을 전제로 한 제3항의 추징요건이 충족된다고 하더라도 그 추징처분은 위법한 것이 되고, 반대로 이 사건 감면결정이 같은 법 제289조 제1항에 정한 면제사유에 대한 착오나 법리오해 등으로 잘못 이루어진 것이지만 같은 법 제269조 제1항의 면제요건과 제3항의 추징요건에 해당한다면 같은 법 제269조 제1항에 의한 면제결정이 없었다 하더라도 같은 조 제3항에 의한 추징처분을 할 수 있다고 봄이 상당하다(대법원 2012. 1. 27. 선고 2010두26414 판결 참조).

나) 구 지방세법 제289조 제1항에 정한 감면요건 해당 여부

구 지방세법 제289조 제1항은 「한국토지공사법」에 의하여 설립된 한국토지공사와 「대한주택공사법」에 의하여 설립된 대한주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정하고 있는데, 위 조항에서 정한 ’제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득하는 부동산’에서의 ‘공급’ 에는 소유권 처분이 수반되지 않는 ‘임대’가 포함된다고 볼 수 없다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2011두7144 판결 등 참조).

그런데 원고가 임대 목적으로 하는 국민임대주택 건설사업을 위하여 이 사건 00지구 부동산을 취득한 사실은 앞서 본 바와 같고, 이는 위 법리에 비추어 제3자에게 공급할 목적으로 일시 부동산을 취득한 경우에 해당되지 않으므로, 구 지방세법 제289조 제1항에서 정한 취득세 및 등록세의 감면사유에 해당하지 않는다. 그럼에도 피고 ㅁㅁㅁㅁ청장은 구 지방세법 제289조 제1항을 근거로 이 사건 감면결정을 하였으므로 이는 감면사유에 대한 착오나 법리오해 등으로 잘못 이루어진 것으로 볼 수 있다.

다) 구 지방세법 제269조 제1항의 감면요건 및 제3항의 추징요건 해당 여부

구 지방세법 제269조 제1항은 「대한주택공사법」에 의하여 설립된 대한주택공사가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령으로 정하는 소규모 공동주택(「주택법」 제2조 제2호에 따른 공동주택을 말하되, 기숙사는 제외한다. 이하 ‘소규모 공동주택’이라 한다)용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있고, 제3항에서 ‘제1항 및 제2항의 경우 토지를 취득한 후 대통령령이 정하는 기간 내에 소규모 공동주택의 건축을 착공하지 아니하거나 소규모 공동주택이 아닌 용도에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다’고 규정하고 있다. 또한 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22251호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법 시행령’이라 한다) 제223조 제1항에서 ‘같은 법 제269조 제1항에서 정하는 소규모 공동주택용 부동산이라 함은 1구당 건축면적(전용면적을 말한다)이 60㎡ 이하의 공동주택 및 그 부속토지를 말한다’고 규정하고 있고, 제2항에서는 ‘"대통령령이 정하는 기간"이라 함은 소규모 공동주택용 토지를 취득한 날(토지를 일시에 취득하지 아니하는 경우에는 최종취득일을 말하며, 최종취득일 이전에 사업계획승인을 얻은 경우에는 그 사업계획승인일을 말한다)부터 4년을 말한다’고 규정하고 있다.

앞서 본 바와 같이 원고는 2007. 9. 11.경 1세대당 면적이 39㎡ 내지 46㎡인 국민임대아파트 건설사업을 위하여 이 사건 00지구 부동산을 취득한 사실을 인정할 수 있으므로, 구 지방세법 제269조 제1항에서 정한 취득세 등의 면제요건에 해당하나, 원고가 이 사건 00지구 국민임대주택건설 사업승인을 받은 날인 2006. 12. 29. 또는 이 사건 00지구 부동산을 취득한 2007. 9. 11.경부터 4년 이내에 소규모 공동주택의 건축을 착공하지 않은 사실도 앞서 본 바와 같으므로, 구 지방세법 제269조 제3항에서 정한 추징요건도 충족되었다고 할 것이다.

라) 따라서 원고가 취득한 이 사건 00지구 부동산이 구 지방세법 제289조 제1항의 감면 요건을 충족하지 못 한 이상 구 지방세법 제269조 제3항에 따라 추징한 이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장의 처분은 적법하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 무상귀속 도시계획시설(도로)에 대해 추징하였는지 여부

앞서 든 증거 및 을나 제3호증의 기재에 의하면, 원고는 2012. 6. 14. 취득세 등을 자진 납부할 당시 이미 도시계획시설(도로)에 해당하는 부속토지 면적을 안분한 금액 4,662,797,002원을 제외한 과세표준을 기준으로 산정한 취득세 등을 납부한 사실, 이 사건 ㅁㅁㅁㅁ청장의 처분에는 위 부동산에 대한 부분은 과세표준에 포함되지 않은 사실을 인정할 수 있으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

3) 건축물(지장물) 보상비의 취득가액 포함 여부

구 지방세법 제104조 제8호는 취득세에서 취득이라 함은 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다고 규정하고, 같은 법 제105조 제2항은 부동산 등의 취득에 있어서 관계 법령상의 등기·등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상 취득한 때에는 취득한 것으로 본다고 규정하고 있다. 또한 구 국민임대주택건설법 제17조는 단지조성사업의 시행을 위하여 필요한 경우에는 토지·물건 및 권리를 수용 또는 사용할 수 있고 이 경우 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 적용하는데, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제75조 제1항은, 건축물?입목?공작물과 그 밖에 토지에 정착한 물건에 대하여는 이전비로 보상하되, 건축물 등을 이전하기 어렵거나 그 이전으로 인하여 건축물 등을 종래 목적대로 사용할 수 없게 되는 경우 및 건축물 등의 이전비가 그 물건의 가격을 넘는 경우에는 해당 물건의 가격으로 보상하도록 규정하고 있다.

위 법 규정에 을나 제11호증의 기재를 보태어 보면, 비록 원고가 이 사건 00지구 국민임대주택 건설사업시행을 위하여 이 사건 건축물(지장물)을 철거한다고 하더라도 건축물 소유자에게 그 가격 상당의 손실보상금을 지급함으로써 건축물이라는 자산을 유상으로 사실상 이전받아 취득하였다고 볼 수 있다. 따라서 원고가 지급한 손실보상금은 각 건축물의 취득대가를 지급한 것으로 볼 수 있을 뿐, 원고가 주장하듯이 취득물건과 별개의 권리에 관한 보상 성격의 비용을 지급한 것으로 볼 수는 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 이 사건 000청장의 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거규정이 둘 이상 존재하는 경우에는 어느 하나의 감면규정에 정한 감면요건이 충족되고 있다면, 다른 감면규정에 부속된 추징사유가 발생하여 추징처분이 가능하게 되었다고 하더라도 추징처분은 허용되지 않는다. 이 사건 000청장의 면제결정은 구 지방세법 제289조 제1항{지방세특례제한법이 시행된 2011. 1. 1. 이후에 취득한 부동산에 대하여는 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제76조 제1항}에 근거한 것이고 위 규정에는 별도의 추징요건이 규정되어 있지 않다. 따라서 구 지방세법 제269조 제3항 또는 구 지방세특례제한법 제32조 제3항에 따른 추징사유가 발생하였더라도 구 지방세법 제289조 제1항 또는 구 지방세특례제한법 제76조 제1항의 면제요건이 충족되어 추징할 수 없다.

2) 설령 추징사유가 존재한다고 하더라도, 개정 지방세법(2011. 1. 1. 시행)은 2011. 1. 1. 이후 취득한 과세물건에 대한 등록세를 부과하는 규정 자체가 존재하지 않는다. 따라서 개정 지방세법이 시행된 2011. 1. 1. 이후 취득한 물건에 대하여는 등록세를 부과할 수 없을 뿐만 아니라 추징처분을 할 수 없다. 따라서 이 사건 처분 중 등록세에 대한 부분은 위법하다.

3) 이 사건 △△지구 부동산 중 부산 000 △△동 460, 461-7, 462 구거(을가 제2호증에 기재된 연번 423, 424, 425 토지, 이하 ‘이 사건 구거부지’라 한다)는 원고가 대한민국으로부터 취득한 사실이 없다. 따라서 이 사건 000청장의 처분 중 이 사건 구거부지에 대한 부분은 위법한다.

4) 이 사건 △△지구 부동산 중 일부는 이 사건 △△지구 국민임대주택 건설사업에 따라 신설되는 도로(중로 2-457호선)에 편입되고, 위 도로는 관리청인 국가 또는 지방자치단체에 무상귀속된다. 따라서 위와 같이 도로에 편입되는 부동산은 구 지방세법 제106조 제1항(2011. 1. 1. 이후 취득한 부분에 대하여는 개정 지방세법 제9조 제1항)에 따라 취득세 부과대상이 아니다.

나. 판단

1) 구 지방세법 등의 추징요건 충족 여부

가) 앞서 제2의 다1)가)항에서 본 바와 같이 동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거규정이 둘 이상 존재하는 경우에 어느 하나의 감면규정에 정한 감면요건이 충족되고 그 규정에 따른 감면에 대해서는 추징규정이 없거나 추징사유가 발생하지 아니하였다면 나머지 다른 감면규정에 부속된 추징사유가 발생하여 그 규정에 의한 추징처분은 가능하게 되었다고 하더라도 원래의 감면사유가 여전히 존재하는 이상 추징처분을 하는 것은 허용되지 않는다고 할 것이다. 그러나 당초 감면결정의 감면사유가 인정되지 않는다면 거기에서 나아가 추징처분의 바탕이 된 감면규정에 정한 감면사유 및 추징사유의 존부를 가려 그 처분의 위법 여부를 판단하여야 한다.

나) 구 지방세법 제289조 제1항(구 지방세특례제한법 제76조 제1항, 이하 중복되는 구 지방세특례제한법의 해당 규정은 기재를 생략한다)의 감면요건 충족여부

원고가 임대 목적으로 하는 국민임대주택 건설사업을 위하여 이 사건 △△지구 부동산을 취득한 사실은 앞서 본 바와 같고 이는 제3자에게 공급할 목적으로 일시 부동산을 취득한 경우에 해당되지 않으므로, 구 지방세법 제289조 제1항에서 정한 취득세 및 등록세의 감면사유에 해당하지 않는다. 그럼에도 피고 000청장은 위 규정을 근거로 감면결정을 하였으므로 이는 감면사유에 대한 착오나 법리오해 등으로 잘못 이루어진 것으로 볼 수 있다.

다) 구 지방세법 제269조(구 지방세특례제한법 제32조)의 감면요건 및 추징요건 충족여부

(1) 구 지방세법 제269조 제1항의 감면요건 해당여부

앞서 본 바와 같이 원고는 2009. 7. 15.경부터 2012. 12. 18.까지 1세대당 면적이 33㎡ 내지 55㎡인 국민임대아파트 건설사업을 위하여 이 사건 △△지구 부동산을 취득하였으므로, 구 지방세법 제269조 제1항에서 정한 취득세 등의 면제요건에 해당한다.

(2) 구 지방세법 제269조 제3항의 추징요건 충족여부

구 지방세법 제269조 제3항은 같은 조 제1항 및 제2항의 경우 토지를 취득한 후 소규모 공동주택이 아닌 용도에 사용하는 경우에는 감면된 취득세 등을 추징하는 것으로 규정하고 있다.

갑 제8호증, 을가 제2, 3, 8호증의 각 기재에 의하면, 원고는 이 사건 △△지구 국민임대주택 건설사업을 위하여 2009. 7. 15.부터 2012. 12. 18.까지 이 사건 △△지구 부동산을 취득한 사실, 그 후 2012. 12. 26. 이 사건 △△지구 구역에 보금자리주택 건설사업을 위하여 위 국민임대주택 건설사업의 승인이 취소된 사실, 위 보금자리주택 건설사업은 1세대당 면적이 74㎡ 내지 84㎡인 보금자리주택 900세대를 건설하는 사업인 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면 원고가 건설하는 보금자리주택은 구 지방세법 제269조에서 취득세 등의 감면 대상인 소규모 공동주택(1세대당 면적 60㎡이하)에 해당하지 않으므로 이 사건 △△지구 부동산은 소규모 공동주택이 아닌 용도에 사용하는 경우에 해당되어, 구 지방세법 제269조 제3항의 추징요건에 해당하게 되었다.

라) 결국 원고가 취득한 이 사건 △△지구 부동산이 구 지방세법 제289조 제1항의 감면 요건을 충족하지 못하여 구 지방세법 제269조 제3항에 따라 추징하여야 한다고 볼 수 있으므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 2011년 이후 취득 토지에 대한 등록세(별지2 기재 표 중 ① 부분) 추징의 가부

구 지방세법이 2010. 3. 31. 전부 개정되면서 등록세를 취득세로 통합하여 등록세의 세목이 삭제되었으므로 과세관청은 2011. 1. 1. 이후 취득한 부동산에 대하여는 더 이상 등록세를 부과할 수 없다.

그런데 피고 000청장이 이 사건 처분을 하면서 이 사건 △△지구 부동산 중 2011년 이후 토지 취득분에 대하여도 등록세 53,085,700원 및 이에 따른 지방교육세 9,820,230원 합계 62,905,930원(= 53,085,700원 + 9,820,230원)을 부과한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 위 등록세가 통합된 취득세 일부를 오기한 것으로 볼 수도 없으므로, 이 사건 000청장의 처분 중 2011년 이후의 등록세 등 부과처분은 이미 삭제된 세목에 대한 것으로서 위법하다.

3) 이 사건 구거부지에 대한 추징(별지2 기재 표 중 ② 부분)의 가부

을가 제2호증(토지보상현황)의 기재에 의하면, 이 사건 구거부지에 대하여 지급금액 합계 63,028,000원(= 30,300,000원 + 20,328,000원 + 12,400,000원), 계약일 2010. 3. 31.이라고 기재되어 있는 사실은 인정된다.

그러나 다른 한편 갑 제7, 8호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 △△지구에 대하여 승인된 보금자리주택 건설사업에 이 사건 구거부지가 포함되어 있고, 그 소유자란에 ‘국 건설부(000 건설과)’로 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있다. 여기에다 원고가 매입대금을 지급하는 등으로 이 사건 구거부지를 취득한 적이 없다고 주장함에 대해 피고 000청장도 이를 명확히 부인하지 않으면서 원고가 이 사건 구거부지에 대한 매매대금을 지급하여 사실상 취득하였음을 인정할 만한 객관적인 자료(국유재산 매각 대장, 대금 이체내역 또는 영수증 등)를 제출하지 못하고 있는 점 등에 비추어, 위 을가 제2호증의 기재만으로는 원고가 대한민국에게 그 대금을 지급하고 이 사건 구거부지를 취득하였다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 이 사건 000청장의 처분 중 이 사건 구거부지에 대한 산출세액에 다툼이 없는 취득세 1,679,450원, 등록세 1,679,450원, 지방교육세 310,680원 부분은 위법하다.

4) 도로 편입 부동산에 대한 추징(별지2 기재 표 중 ③ 부분)의 가부

구 지방세법 제106조 제2항은 ‘국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다’고 규정하고 있다.

이 사건 △△지구 부동산 중 일부가 이 사건 △△지구 국민임대주택 건설사업에 따라 신설되는 도로(중로 2-457호선)에 편입되어 있고, 신설되는 도로는 관리청에 무상귀속되는 것으로 정해져 있던 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 갑 제8호증의 기재에 의하면 보금자리주택 건설사업에도 위와 같이 도로(중로 2-457호선)가 신설되고 같은 부동산이 위 도로부지에 편입되며 관리청에 무상귀속되는 것으로 계획되어 있는 사실을 인정할 수 있는바, 이 부분 부동산은 여전히 국가 또는 지방자치단체에 무상귀속되는 것을 조건으로 하고 있어 비과세 대상이라고 봄이 상당하다.

따라서 이 사건 000청장의 처분 중 위 도로 편입 부동산에 대한 산출세액에 다툼이 없는 취득세 146,730,590원[= 토지분 99,088,250원(= 2010년까지 47,990,600원 + 2011년 이후 51,097,650원) + 건물분 47,642,340원(= 2010년까지 43,908,050원 + 2011년 이후 3,734,290원)], 2010년까지의 등록세 47,990,590원(2011년 이후 등록세 부분은 앞서 본 바와 같이 위법하여 취소될 것이므로 제외), 2010년까지의 지방교육세 8,877,700원(2011년 이후 지방교육세 부분은 같은 이유로 제외) 부분은 위법하다.

다. 소결론

따라서 이 사건 000청장의 처분 중 별지2 기재 계산에 따른 세액, 즉 취득세 492,782,880원, 등록세 460,646,720원, 지방교육세 85,214,280원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면 원고의 피고 000청장에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 원고의 피고 ㅁㅁㅁㅁ청장에 대한 청구 및 원고의 피고 000청장에 대한 나머지 청구는 이유 없으므로 각 기각한다.

관련 법령

■ 구 지방세법 (2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것)

제7조(공익등 사유로 인한 과세면제 및 불균일과세)

① 지방자치단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 과세를 부적당하다고 인정할 때에는 과세하지 아니할 수 있다.

② 지방자치단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 필요한 때에는 불균일과세를 할 수 있다.

제104조(정의)

취득세에서 사용하는 용어의 의의는 다음 각호와 같다.

8. 취득 : 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다.

제105조(납세의무자등)

② 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 있어서는 「민법」·「광업법」·「수산업법」·「선박법」·「산림법」·「건설기계관리법」·「자동차관리법」 또는 「항공법」등 관계법령의 규정에 의한 등기·등록등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로 보고 당해 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비·항공기 및 주문에 의하여 건조하는 선박은 승계취득의 경우에 한한다.

제106조(국가등에 대한 비과세)

① 국가·지방자치단체·지방자치단체조합·외국정부 및 주한국제기구의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대한민국 정부기관의 취득에 대하여 과세하는 외국정부의 취득에 대하여는 그러하지 아니하다.

② 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다.

제269조(소규모 임대주택 등에 대한 감면)

① 「대한주택공사법」에 의하여 설립된 대한주택공사(이하 이 조에서 "대한주택공사"라 한다)가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령으로 정하는 소규모 공동주택(「주택법」 제2조제2호에 따른 공동주택을 말하되, 기숙사는 제외한다. 이하 이 조에서 "소규모 공동주택"이라 한다)용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감한다.

② 대한주택공사가 분양을 목적으로 취득하는 소규모 공동주택용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.

③ 제1항 및 제2항의 경우 토지를 취득한 후 대통령령이 정하는 기간내에 소규모 공동주택의 건축을 착공하지 아니하거나 소규모 공동주택이 아닌 용도에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.

제289조(공공사업용 토지 등에 대한 감면)

① 「한국토지공사법」에 의하여 설립된 한국토지공사와 「대한주택공사법」에 의하여 설립된 대한주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다.

■ 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정된 것, 2011. 1. 1. 시행)

제9조(비과세)

① 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합, 외국정부 및 주한국제기구의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대한민국 정부기관의 취득에 대하여 과세하는 외국정부의 취득에 대하여는 취득세를 부과한다.

② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다.

부칙

제2조(일반적 적용례)

이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

제5조(일반적 경과조치)

이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

■ 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22251호로 개정되기 전의 것)

제73조(취득의 시기등)

① 유상승계취득의 경우에는 다음 각호에 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제111조제5항제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

2. 제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터 30일이 경과되는 날). 다만, 취득후 30일 이내에 「민법」 제543조 내지 제546조의 규정에 의한 원인으로 계약이 해제된 사실이 화해조서·인낙조서·공정증서 등에 의하여 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.

제223조(소규모 공동주택의 범위 등)

① 법 제269조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소규모 공동주택(「주택법」 제2조제2호에 따른 공동주택을 말하되, 기숙사는 제외한다. 이하 이 조에서 "소규모 공동주택"이라 한다)용 부동산"이란은 1구당 건축면적(전용면적을 말한다)이 60제곱미터이하의 공동주택(당해 공동주택의 입주자가 공동으로 사용하는 부대시설 및 공공용에 사용하는 토지와 영구임대주택단지안의 복리시설중 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 시설을 포함한다) 및 그 부속토지(관계법령의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속될 공공시설용지를 포함한다)를 말한다.

② 법 제269조제3항에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 소규모 공동주택용 토지를 취득한 날(토지를 일시에 취득하지 아니하는 경우에는 최종취득일을 말하며, 최종취득일이전에 사업계획승인을 얻은 경우에는 그 사업계획승인일을 말한다)부터 4년을 말한다.

■ 구 지방세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22586호로 개정된 것)

제18조(취득가격의 범위 등)

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 취득가격에 포함하지 아니한다.

3. 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용

■ 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것)

제32조(한국토지주택공사의 소규모 공동주택 취득에 대한 감면 등)

① 한국토지주택공사가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령으로 정하는 소규모 공동주택(이하 이 조에서 "소규모 공동주택"이라 한다)용 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 2012년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감한다.

② 한국토지주택공사가 분양을 목적으로 취득하는 소규모 공동주택용 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

③ 제1항 또는 제2항을 적용할 때 토지를 취득한 후 대통령령으로 정하는 기간에 소규모 공동주택의 건축을 착공하지 아니하거나 소규모 공동주택이 아닌 용도에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

제76조(택지개발용 토지 등에 대한 감면)

① 한국토지주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령으로 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

② 제1항에 따라 취득하는 부동산 중 택지개발사업지구 및 단지조성사업지구에 있는 부동산으로서 관계 법령에 따라 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속될 공공시설물 및 그 부속토지와 공공시설용지에 대하여는 2012년 12월 31일까지 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다)를 면제한다. 이 경우 공공시설물 및 그 부속토지의 범위는 대통령령으로 정한다.

부칙

제1조(시행일) 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다.

제3조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 「지방세법」의 규정(종전의 「지방세법」 제9조에 따른 조례를 포함한다)에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

■ 지방세특례제한법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22396호로 제정된 것, 2011. 1. 1. 시행)

제13조(추징이 제외되는 임대의무기간 내 분양 등)

① 법 제31조제2항에서 "대통령령으로 정한 경우"란 「임대주택법」 제16조제3항과 같은 법 시행령 제13조제2항제2호 및 제3호에서 정하는 경우를 말한다.

제14조(소규모 공동주택의 범위 등)

① 법 제32조제1항에 따른 소규모 공동주택용 부동산은 1구(1세대가 독립하여 구분 사용할 수 있도록 구획된 부분을 말한다. 이하 같다)당 건축면적(전용면적을 말한다)이 60제곱미터 이하인 공동주택(해당 공동주택의 입주자가 공동으로 사용하는 부대시설 및 공공용으로 사용하는 토지와 영구임대주택단지 안의 복리시설 중 임대수익금 전액을 임대주택 관리비로 충당하는 시설을 포함한다) 및 그 부속토지(관계 법령에 따라 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속될 공공시설용지를 포함한다)를 말한다.

② 법 제32조제3항에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 제1항에 따른 소규모 공동주택용 토지를 취득한 날(토지를 일시에 취득하지 아니하는 경우에는 최종 취득일을 말하며, 최종 취득일 이전에 사업계획을 승인받은 경우에는 그 사업계획승인일을 말한다)부터 4년을 말한다. 끝.