<질의요지>

지방세특례제한법 제81조 제2항은 이전공공기관의 지방이전과 관련하여 병행되는 법인등기에 대한 감면 규정으로 보는 것이 타당하다고 하겠으므로 이전공공기관이 지방이전과 관련 없이 기존소재지에서 출자금 증가 등기를 하는 경우는 감면대상에 해당되지 않음.

<회신내용>

1. 질의사항

수도권에서 비수도권으로 이전하는 관련법령상 이전공공기관이 이전하기 전 기존 소재지에서 출자금 증가 등기를 하는 경우 지방세특례제한법상 이전공공기관 등의 지방이전에 대한 등록면허세 감면대상에 해당하는지 여부

2. 회신내용

○ 지방세특례제한법 제81조 제1항에서는 ‘공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법’ 제2조 제2호에 따른 이전공공기관이 같은 법 제4조에 따라 국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고 그 제2항에서는 이전공공기관의 법인등기에 대하여는 등록면허세를 면제한다고 규정하고 있으며,

상기 규정은 구 지방세법 제274조의2에서 ‘공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법’ 제2조 제2호의 규정에 따른 이전 공공기관이 같은 법 제4조의 규정에 따라 국토해양부장관의 지방이전계획승인을 얻어 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 이전에 따른 법인등기에 대한 등록세를 면제한다고 규정하고 있었으나, 2011.1.1. 법률 제10221호로 전부 개정되어 지방세특례 제한법으로 이관 되면서 부동산 취득에 관한 사항은 제1항으로, 법인등기에 관한 사항은 제2항으로 나뉘어졌습니다.

○ 따라서 상기 지방세특례제한법 제81조의 명칭이 ‘이전공공기관 등 지방이전에 대한 감면’인 점을 보면 그 감면대상이 이전공공기관의 지방 이전과 관련된 것으로 보이고, 그 제1항이 지방 이전과 관련되어 취득하는 부동산을 감면대상으로 하는데도 그 제2항을 제1항과 따로 떼어 지방 이전과 관련이 없는 이전공공기관의 모든 법인등기를 감면대상으로 한다고 볼 수는 없으며, 그 제1항 및 제2항의 내용이 구 지방세법 제274조의2에서 1개의 조문으로 규정하고 있던 부동산취득세와 등록세를 별도의 개별항으로 나누어 놓은 것으로 보이는 바, 당해 규정의 취지가 이전공공기관 등의 지방이전에 대하여 지방세 지원이라는 점 등을 고려하면,

상기 지방세특례제한법 제81조 제2항은 이전공공기관의 지방이전과 관련하여 병행되는 법인등기에 대한 감면 규정으로 보는 것이 타당하다고 하겠으므로 이전공공기관이 지방이전과 관련 없이 기존소재지에서 출자금 증가 등기를 하는 경우는 감면대상에 해당되지 않는다고 판단됩니다.

다만, 이의 해당 여부는 과세관청에서 사실관계를 정확히 조사하여 종합적으로 결정할 사안임을 알려드립니다.