1. 이 법원의 심판범위

원고는 제1심에서 피고가 2014. 1. 9. 원고에 대하여 한 별지1 세액명세서 기재 지방세, 지방교육세 및 각 지방소득세 종업원분에 관한 경정청구에 대한 거부처분의 취소를 구하였는데, 제1심 법원은 별지1 세액명세서 순번 1, 2 기재 지방세 및 지방교육세에 관한 경청청구에 대한 거부처분취소 청구 부분을 각하하고, 별지1 세액명세서 순번 3, 4, 5 기재 각 지방소득세 종업원분에 관한 경정청구에 대한 거부처분취소 청구를 인용하였다. 이에 대하여 피고만이 불복하여 항소하였으므로, 이 법원의 심판대상은 별지1 세액명세서 순번 3, 4, 5 기재 각 지방소득세 종업원분에 관한 경정청구에 대한 거부처분취소 청구 부분에 한정된다.

2. 이 사건의 쟁점 및 제1심 법원의 판단

가. 이 사건의 쟁점

원고는 00병원의 사업주로서 별지1 세액명세서 순번 3, 4, 5 기재와 같이 지방소득세 종업원분 2013년 9월분 9,299,780원을 2013. 10. 10.에, 2013년 10월분 10,215,380원을 2013. 11. 11.에, 2013년 11월분 9,101,860원을 2013. 12. 10.에 각각 신고·납부한 다음 2013. 12. 13.경 피고에게 00병원은 의과대학의 부속병원과 성격이 동일함에 반해 규모는 적어 지방세를 면제하여야 할 필요성이 더 크다는 점 등의 이유를 들어 위와 같이 납부한 각 지방소득세 종업원분의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2014. 1. 9. 원고의 경정청구를 거부하는 내용의 회신을 하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라고 한다).

이 사건 쟁점은 별지1 세액명세서 순번 3, 4, 5 기재 각 지방소득세 종업원분이 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제3항에 따른 면제대상인지와 관련하여, ① 지방소득세 종업원분을 면제받기 위한 요건으로 ‘학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한’이라는 요건이 필요한지 여부, ② 별지1 세액명세서 순번 3, 4, 5 기재 각 지방소득세 종업원분이 구 지방세특례제한법 제41조 제3항 단서 소정의 ‘수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 지방소득세 종업원분’에 해당하는지 여부이다.

나. 제1심 법원의 판단

1) 제1심 법원은 첫 번째 쟁점과 관련하여, 구 지방세특례제한법 제41조 제3항 본문 전단의 ‘학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세’ 부분과 후단의 ‘학교등에 대한 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분’ 부분을 분리하여 해석하는 것이 법률에 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것인 반면, ‘그 사업에 직접 사용하기 위한’ 부분이 ‘학교등에 대한 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분’ 부분까지 수식하는 것으로 해석하는 것은 어법상으로도 매우 부자연스러운 점, 구 지방세특례제한법 시행령 제18조 제2항은 구 지방세특례제한법 제41조 제3항 본문의 ‘학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허’의 의미를 규정하고 있고, 위 시행령 제18조 제3항은 구 지방세특례제한법 제41조 제3항 단서의 ‘수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분’의 의미를 규정하고 있으나, 위 시행령에는 ‘학교등에 대한 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분’의 의미를 ‘학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한’이라는 요건과 연관 지어 밝히는 조항을 따로 두고 있지 않은 점 등에 비추어 보면, 학교등에 대해서는 구 지방세특례제한법 제41조 제3항 단서에 따른 ‘수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 지방소득세 종업원분’에 해당하지 않는 한 같은 항 본문에 따라 지방소득세 종업원분이 면제되고, 이를 위하여 ‘학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한’이라는 요건은 따로 필요하지 않다고 판단하였다.

2) 제1심 법원은 두 번째 쟁점과 관련하여, 구 지방세특례제한법 제2조 제1항 제2호는 ‘수익사업이란 법인세법 제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다. 다만, 고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다’라는 취지로 규정하여 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업은 애초에 수익사업에서 제외하고 있는 점, 같은 법령 안에서 다른 문구를 사용하고 있다면 양자를 달리 해석함이 상당한바, 위 법 제38조 제2항의 ‘고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원’이라는 문구와 비교하여 볼 때 위 법 제2조 제1항 제2호 단서의 ‘고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속병원’에는 00대학교와 같이 간호과 등을 포함하는 전문대학의 부속병원도 포함되는 것으로 해석함이 논리적으로 합당한 점 등에 비추어 보면, 00병원이 경영하는 의료업은 애초에 위 법 제41조 제3항 단서 소정의 ‘수익사업’이라 할 수 없고, 따라서 별지1 세액명세서 순번 3, 4, 5 기재 각 지방소득세 종업원분은 위 법 제41조 제3항 단서 소정의 ‘수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 지방소득세 종업원분’에 해당한다고 볼 수 없다고 판단하였다.

3. 이 법원의 판단 및 제1심 판결의 인용

피고는 당심에서 지방소득세 종업원분을 면제받기 위한 요건으로 ‘학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한’이라는 요건이 필요하고, 설령 이와 같은 요건이 필요하지 않다고 하더라도 별지1 세액명세서 순번 3, 4, 5 기재 각 지방소득세 종업원분이 구 지방세특례제한법 제41조 제3항 단서 소정의 ‘수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 지방소득세 종업원분’에 해당하므로 구 지방세특례제한법 제41조 제3항에 따른 면제대상이 아니라고 주장한다.

그러나 제1심 판결이 들고 있는 이유에다가, 첫 번째 쟁점과 관련하여서는『구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것) 제41조 제3항 본문은 ‘학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대하여는 등록면허세를 면제하고, 학교등에 대하여는 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분을 면제한다.’고 하여 ‘학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한’은 등록면허세의 면제요건으로만 규정하다가, 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것) 제41조 제3항 본문에서 ‘학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교등에 대한 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분을 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다.’로 개정된 다음, 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것) 제41조 제3항 본문에서 ‘학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교등에 대한 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분을 각각 면제한다.’로 개정되었는바, 위와 같은 개정경과에다가 위와 같은 구 지방세특례제한법의 개정에도 불구하고 구 지방세특례제한법 시행령(2014. 3. 14. 대통령령 제25253호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조는 전혀 개정되지 아니한 사정을 보태어 보면, 위와 같은 구 지방세특례제한법의 개정이유는 지방소득세 종업원분의 면제기간을 개정하고자 함에 있을 뿐, 지방소득세 종업원분의 면제요건을 강화하기 위한 것으로 보기 어려운 점』을, 두 번째 쟁점과 관련하여서는『00병원이 경영하는 의료업이 구 지방세특례제한법 제2조 제1항 제2호 단서 규정에 따라 수익사업으로 볼 수 없는 이상 구 지방세특례제한법 제41조 제3항 단서 및 구 지방세특례제한법 시행령 제18조 제3항을 적용할 여지가 없어 00병원의 고유목적이나 그 종업원들의 직무에 따라 수익사업 여부가 정해진다고 볼 수 없는 점』을 각 더하여 보면, 이 사건 처분이 위법하다고 본 제1심 법원의 판단은 정당하다.

따라서 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 위에서 추가한 것 외에는 제1심 판결의 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

4. 결론

그렇다면 제1심 판결은 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 기각한다.

별지1

※ 소장에는 2013년 9월분 지방소득세 종업원분의 신고·납부일이 ‘2013. 10. 11.’로 기재되어 있으나, 이는 ‘2013. 10. 10.’의 오기로 보인다.