1. 기초사실

가. 원고의 00병원 설립·운영 경과

1) 원고는 전문대학교육을 실시함을 목적으로 하여 설립된 학교법인으로서 00 00구 00동 000-0 외 2필지 20,995㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)의 소유자이다.

2) 원고는 그 설립목적을 달성하기 위하여 1978년경 3년제인 ‘00간호전문대학’을 설립·운영하기 시작하였고, 위 학교의 교명은 1998년경 ‘00대학’으로, 2011년경 ‘00대학교’로 변경되었다(00대학교는 고등교육법 제2조 제4호에 규정된 전문대학이지만, 같은 법 제18조 제2항에 따라 위 제2조에 따른 학교의 종류와 다르게 대학 또는 대학교의 명칭을 사용할 수 있게 되었다. 이하 교명 변경 전·후를 불문하고 ‘00대학교’라 한다).

3) 원고는 00 00구 00동에서 ‘00외과병원’을 운영하면서 위 병원을 00대학교 학생들의 실험실습장으로 제공하다가, 1986년경 00 00구 00동 000-0 지상에 병원건물을 신축하고 그 곳에서 ‘00병원’을 개원한 이래 현재까지 위 병원을 운영하고 있다.

나. 이 사건 토지에 관한 재산세와 지방교육세 부과처분

1) 피고는 2013. 9. 10. 별지1 세액명세서 순번 1, 2 기재와 같이 원고에게 이 사건 토지에 관하여 재산세(토지분) 69,254,410원 및 지방교육세 10,228,110원, 합계 79,482,520원을 부과·고지하는 처분(이하 ‘이 사건 재산세 등 부과처분’이라 한다)을 하였다.

2) 원고는 2013. 9. 11 이 사건 재산세 등 부과처분 고지서를 수령한 후 2013. 9. 30.까지 위 재산세와 지방교육세를 모두 납부하였다.

3) 이후 피고는 2013. 12. 3.경 과세면적 등 과세자료 착오를 이유로 재산세(토지분)를 69,254,410원에서 68,832,570원으로, 지방교육세 10,228,110원을 10,165,610원으로 감액하는 결정을 하였다(위와 같이 감액되고 남은 세액은 합계 78,998,180원이다).

다. 원고의 지방소득세 종업원분 신고·납부

원고는 00병원의 사업주로서 별지1 세액명세서 순번 3 내지 5 기재와 같이 지방소득세 종업원분 2013년 9월분 9,299,780원을 2013. 10. 10.에, 2013년 10월분 10,215,380원을 2013. 11. 11.에, 2013년 11월분 9,101,860원을 2013. 12. 10.에 각각 신고·납부하였다.

라. 원고의 불복

1) 원고는 2013. 12. 13.경 피고에게 별지2 기재와 같은 이유를 들어 위와 같이 납부한 재산세와 지방교육세 및 지방소득세 종업원분의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2014. 1. 9. 원고의 경정청구를 거부하는 내용의 회신을 하였다(이하 ‘이 사건 거부회신’라 한다). 이 사건 거부회신(갑 제1호증의 2)의 말미에는 ‘세액의 경정청구 대상은 지방세기본법 제51조에 의거 지방소득세 종업원분만 해당하며, 재산세는 경정청구 대상이 아님’이라는 문구가 기재되어 있다.

2) 이에 불복하여 원고는 2014. 3. 21. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 그에 따른 결정이 내려지지 않자 2014. 10. 13. 이 사건 소를 제기하였다.

3) 이 사건 소가 계속되던 중인 2014. 11. 6. 조세심판원에서 아래와 같은 내용의 결정이 내려졌다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1, 2, 6 내지 12, 15호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

원고는 피고의 이 사건 재산세 등 부과처분에 따라 이 사건 토지에 관한 재산세 및 지방교육세를 납부하였고(별지1 세액명세서 순번 1, 2), 00병원의 사업주로서 지방소득세 종업원분을 신고·납부하였다(별지1 세액명세서 순번 3 내지 5). 그러나 원고가 운영하는 00병원은 지방세특례제한법 제38조 제1항, 제2항 또는 같은 법 제41조 제2항, 제3항에 의하여 재산세와 지방교육세 및 지방소득세 종업원분 면제대상에 해당한다. 이에 원고는 피고에게 위와 같이 납부한 세액의 환급을 구하는 취지로 경정청구를 하였으나, 피고가 이를 거부하는 처분을 하였는바, 위 거부처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 이 사건 소 중 별지1 세액명세서 순번 1, 2 기재 재산세 및 지방교육세에 관한 경정청구에 대한 거부처분 취소청구 부분의 적법성 여부에 대한 판단

가. 피고의 본안 전 항변

원고에게 부과된 재산세 및 지방교육세는 신고납부방식이 아니라 부과납부방식의 세목으로서 지방세기본법 제51조 소정의 경정청구 대상이 아니므로, 이 사건 재산세 등 부과처분을 다투기 위해서는 지방세기본법 제118조 또는 제119조에 따라 그 부과고지일로부터 90일 이내에 이의신청, 심사청구, 심판청구 등의 방법으로 불복할 수 있을 뿐 지방세기본법 제51조에 따른 경정청구를 할 수는 없다. 그런데 원고는 이 사건 재산세 등 부과처분 고지서를 수령한 2013. 9. 11.부터 90일이 경과한 후인 2014. 3. 21.에서야 조세심판원에 심판청구를 하고 2014. 10. 13. 이 사건 소를 제기하였으므로 불복기간을 도과하였다. 따라서 이 사건 소 중 별지1 세액명세서 순번 1, 2 기재 재산세 및 지방교육세에 관한 경정청구에 대한 거부처분 취소청구 부분은 부적법하다.

나. 판단

1) 지방세에 있어 경정청구에 관한 규정

별지3 기재와 같다.

2) 이 사건 거부회신 중 별지1 세액명세서 순번 1, 2 기재 재산세 및 지방교육세에 관한 부분이 항고소송의 대상이 되는 거부처분에 해당하는지 여부

가) 위에서 살펴본 바와 같이 피고는 원고가 경정청구를 하기 전인 2013. 12. 3.경 과세면적 등 과세자료 착오를 이유로 이 사건 재산세 등 부과처분에 따라 부과한 재산세(토지분)를 69,254,410원에서 68,832,570원으로, 지방교육세 10,228,110원을 10,165,610원으로 감액하는 결정을 하였는바, 애초에 그 차액에 해당하는 재산세(토지분) 421,840원 및 지방교육세 62,500원에 관한 원고의 경정청구에 대해서는 피고가 이를 거부한 것으로 볼 수 없다.

나) 한편, 국민의 적극적 신청행위에 대하여 행정청이 그 신청에 따른 행위를 하지 않겠다고 거부한 행위가 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하는 것이라고 하려면, 그 신청한 행위가 공권력의 행사 또는 이에 준하는 행정작용이어야 하고, 그 거부행위가 신청인의 법률관계에 어떤 변동을 일으키는 것이어야 하며, 그 국민에게 그 행위발동을 요구할 법규상 또는 조리상 신청권이 있어야만 한다(대법원 2003. 9. 23. 선고 2001두10936 판결 등 참조).

그런데 구 지방세법 제116조 제1항은 “재산세는 관할 지방자치단체의 장이 세액을 산정하여 보통징수의 방법으로 부과·징수한다.”고 규정하고, 지방세기본법 제2조 제1항 제19호는 “‘보통징수’란 세무공무원이 납세고지서를 해당 납세자에게 발급하여 지방세를 징수하는 것을 말한다.”고 규정하고 있다. 따라서 재산세는 지방자치단체의 장이 직접 세액을 산출하여 납세고지서를 발급하는 부과납부 방식에 따라 과세될 뿐 달리 과세표준신고서(지방세기본법 제2조 제1항 제7호, 지방세의 과세표준·세율·납부세액 등 지방세의 납부 또는 환급을 위하여 필요한 사항을 기재한 신고서)를 제출하는 절차를 마련해두고 있지 않고, 원고가 별지1 세액명세서 순번 1, 2 기재 재산세 및 지방교육세 부과와 관련하여 과세표준신고서를 제출하였음을 인정할 아무런 증거가 없다. 결국 이 사건 재산세 등 부과처분과 관련하여 원고에게는 지방세기본법 제51조 제1항에서 정한 통상적 경정청구를 할 수 있는 법규상 신청권이 인정되지 않는다.

또한 세법에 경정청구권을 인정하는 명문의 규정이 없는 이상 조리에 의한 경정청구권을 인정할 수 없으므로, 납부의무자의 세법에 근거하지 아니한 경정청구에 대하여 과세관청이 이를 거부하는 회신을 하였다고 하더라도 이를 가리켜 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다(대법원 2006. 5. 12. 선고 2003두7651 판결 참조).

따라서 원고에게 경정청구를 할 법규상·조리상 신청권이 인정되지 아니하므로, 이 사건 거부회신 중 별지1 세액명세서 순번 1, 2 기재 재산세 및 지방교육세에 관한 경정청구를 거부한 부분은 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다.

다) 또한, 별지2 기재와 같은 원고의 경정청구 사유는 지방세기본법 제51조 제2항에 규정된 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 볼 수 없다. 비록 원고의 명시적인 주장이 없기는 하나, 설령 별지1 세액명세서 순번 1, 2 기재 재산세 및 지방교육세에 관한 원고의 경정청구를 지방세기본법 제51조 제2항에서 정한 후발적 사유로 인한 경정청구로 보더라도, 이때의 경정청구는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 청구하여야 하는데, 별지2 기재와 같은 사유는 원고의 00병원 운영현황을 바탕으로 한 법령의 해석 및 적용의 문제일 뿐 과세처분 이후에 비로소 발생한 후발적 사유라고 볼 수 없고, 원고로서도 그와 같은 사유는 이 사건 재산세 등 부과처분 전에 충분히 알고 있었던 것으로 보이는바, 위 경정청구는 그 사유가 발생한 것을 안 날로부터 2개월을 도과하여 부적법하므로, 이 사건 거부회신 중 별지1 세액명세서 순번 1, 2 기재 재산세 및 지방교육세에 관한 경정청구를 거부한 부분은 역시 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다.

3) 원고의 주장 및 판단

원고는 피고가 위 경정청구에 대하여 각하결정을 하지 않고 적법한 것으로 인정하여 2014. 1. 9. 거부처분을 하였고, 원고가 위 거부처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였을 때에도 이의기간 도과에 대하여 아무런 주장이 없었으므로, 피고가 이제 와서 제소기간 도과를 이유로 본안 전 항변을 하는 것은 금반언 또는 신의칙에 반하여 허용될 수 없다고 주장한다.

그러나 원고는 이 사건 재산세 등 부과처분 고지서를 수령한 2013. 9. 11.로부터 90일이 경과한 후인 2013. 12. 13.경에야 피고에게 경정청구를 하였는바, 2013. 12. 13.에 이미 이 사건 재산세 등 부과처분 자체를 다투기 위한 제소기간을 도과한 점, 원고의 경정청구를 거부하는 취지의 이 사건 거부회신(갑 제1호증의 2)의 말미에는 ‘세액의 경정청구 대상은 지방세기본법 제51조에 의거 지방소득세 종업원분만 해당되며, 재산세는 경정청구 대상이 아님’이라는 문구가 명기되어 있는 점에 비추어 보면, 피고가 이 사건 소송에서 본안 전 항변을 하는 것이 금반언 또는 신의칙에 반한다고 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

다. 소결

따라서 이 사건 소 중 별지1 세액명세서 순번 1, 2 기재 재산세 및 지방교육세에 관한 경정청구에 대한 거부처분 취소청구 부분은 부적법하다(아래 제4항에서는 위와 같이 부적법한 부분을 제외한 나머지 지방소득세 종업원분에 관한 경정청구에 대한 거부처분에 대해서만 살펴보기로 한다).

4. 별지1 세액명세서 순번 3 내지 5 기재 각 지방소득세 종업원분의 경정청구에 대한 거부처분에 관한 판단

가. 구 지방세특례제한법 제38조 제2항에 의한 면제대상인지 여부

1) 구 지방세특례제한법 제38조는 “의료법인 등에 대한 과세특례”라는 표제 하에 제2항에서 “고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대하여는 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분을 2013년 12월 31일까지 면제한다.”고 규정하고 있다(별지4 관계 법령 참조).

2) 그런데 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 살피건대, 고등교육법 제2조는 대학과 전문대학을 구분하고 있는 점, 구 지방세특례제한법 제38조 제2항에 규정된 ‘고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원’ 부분은 위 법 제2조 제1항 제2호 단서의 ‘고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속병원’ 부분과 유사하지만 엄연히 그 문구를 달리하는바, 이와 같이 같은 법령 안에서 다른 문구가 사용되었다면 양자를 달리 해석함이 상당한 점, 의과대학에 있어서의 부속병원의 필요성이나 비중 등을 간호과 등을 포함하는 전문대학의 그것과 단순 비교할 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 고등교육법상 전문대학에 해당하는 00대학교의 부속병원인 00병원은 구 지방세특례제한법 제38조 제2항 소정의 ‘고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원’에 포함되는 것으로 볼 수 없다.

3) 따라서 원고가 운영하는 00병원은 구 지방세특례제한법 제38조 제2항에 의한 지방소득세 종업원분 면제대상에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.

나. 구 지방세특례제한법 제41조 제3항에 의한 면제대상인지 여부

1) 구 지방세특례제한법 제41조는 “학교 및 외국교육기관에 대한 면제”라는 표제 하에 제3항에서 “학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교등에 대한 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분을 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분은 면제하지 아니한다.”고 규정하고 있다(별지4 관계 법령 참조).

2) 먼저, 원고가 구 지방세특례제한법 제41조 제3항에 따라 지방소득세 종업원분을 면제받기 위한 요건으로 ‘학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한’이라는 요건이 필요한지 여부에 대하여 살피건대, 2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 구 지방세특례제한법 제41조 제3항 본문은 ‘학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대하여는 등록면허세를 면제하고, 학교등에 대하여는 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분을 면제한다’라고 규정하고 있었으나, 위 법률 제11138호 개정법에서부터 ‘학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교등에 대한 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분을 각각 면제한다’는 취지로 개정되었는바, 위 개정 경과에 비추어 보면, 입법자의 법률개정 의도는 학교등이 구 지방세특례제한법 제41조 제3항에 따라 지방소득세 종업원분을 면제받기 위한 요건으로 ‘학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한’이라는 요건을 부가한 것이 아닌지 추측해 볼 여지는 있다.

그러나 구 지방세특례제한법 제41조 제3항 본문 전단의 ‘학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세’ 부분과 후단의 ‘학교등에 대한 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분’ 부분을 분리하여 해석하는 것이 법률에 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것인 반면, ‘그 사업에 직접 사용하기 위한’ 부분이 ‘학교등에 대한 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분’ 부분까지 수식하는 것으로 해석하는 것은 어법상으로도 매우 부자연스러운 점, 구 지방세특례제한법 시행령 제18조 제2항은 구 지방세특례제한법 제41조 제3항 본문의 ‘학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허’의 의미를 규정하고 있고, 위 시행령 제18조 제3항은 구 지방세특례제한법 제41조 제3항 단서의 ‘수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분’의 의미를 규정하고 있으나, 위 시행령에는 ‘학교등에 대한 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분’의 의미를 ‘학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한’이라는 요건과 연관 지어 밝히는 조항을 따로 두고 있지 않은 점 등에 비추어 보면, 학교등에 대해서는 구 지방세특례제한법 제41조 제3항 단서에 따른 ‘수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 지방소득세 종업원분’에 해당하지 않는 한 같은 항 본문에 따라 지방소득세 종업원분이 면제되고, 이를 위하여 ‘학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한’이라는 요건은 따로 필요하지 않다고 봄이 상당하다.

3) 다음으로, 원고가 신고·납부한 별지1 세액명세서 순번 3 내지 5 기재 각 지방소득세 종업원분이 구 지방세특례제한법 제41조 제3항 단서 소정의 ‘수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 지방소득세 종업원분’(구 지방세특례법 시행령 제18조 제3항은 그 의미에 대해서 ‘수익사업에 제공되고 있는 종업원을 기준으로 부과하는 지방소득세 종업원분’이라 규정하고 있다)에 해당하는지 여부에 대하여 살피건대, 위 법 제2조 제1항 제2호는 ‘수익사업이란 법인세법 제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다. 다만, 고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다’라는 취지로 규정하여 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업은 애초에 수익사업에서 제외하고 있는 점, 같은 법령 안에서 다른 문구를 사용하고 있다면 양자를 달리 해석함이 상당한바, 위 법 제38조 제2항의 ‘고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원’이라는 문구와 비교하여 볼 때 위 법 제2조 제1항 제2호 단서의 ‘고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속병원’에는 00대학교와 같이 간호과 등을 포함하는 전문대학의 부속병원도 포함되는 것으로 해석함이 논리적으로 합당한 점 등에 비추어 보면, 00병원이 경영하는 의료업은 애초에 위 법 제41조 제3항 단서 소정의 ‘수익사업’이라 할 수 없고, 따라서 별지1 세액명세서 순번 3 내지 5 기재 각 지방소득세 종업원분은 위 법 제41조 제3항 단서 소정의 ‘수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 지방소득세 종업원분’에 해당한다고 볼 수 없다(피고는 대법원 2009. 12. 24. 선고 2008두15350 판결을 제시하며 00병원이 경영하는 의료업이 구 지방세특례제한법 제41조 제3항 단서 소정의 ‘수익사업’에 해당한다고 주장하는 것으로 보이나, 위 대법원 판결은 2010. 3. 31. 지방세특례제한법이 제정되기 전의 구 지방세법이 적용되는 사안에 관한 것으로서 이 사건과는 적용 법령의 체계를 달리하므로, 이 사건에 그대로 원용할 수 없다).

4) 결국 00병원과 관련하여서는 구 지방세특례제한법 제41조 제3항 본문에 따라 원고에 대한 지방소득세 종업원분이 면제되어야 한다고 판단되는바, 별지1 세액명세서 순번 3 내지 5 기재 각 지방소득세 종업원분의 환급을 구하는 원고의 경정청구에 대한 피고의 거부처분(이 사건 거부회신 중 위 각 지방소득세 종업원분에 관한 부분)은 위법하므로 취소되어야 한다.

5. 결 론

그렇다면, 이 사건 소 중 별지1 세액명세서 순번 1, 2 기재 재산세 및 지방교육세에 관한 경정청구에 대한 거부처분 취소청구 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 위 각하 부분을 제외한 원고의 나머지 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

별지1

※ 소장에는 2013년 9월분 지방소득세 종업원분의 신고·납부일이 ‘2013. 10. 11.’로 기재되어 있으나, 이는 ‘2013. 10. 10.’의 오기로 보인다.

별지3

지방세 경정청구에 관한 법령

■ 지방세기본법

제2조(정의)

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. "과세표준신고서"란 지방세의 과세표준·세율·납부세액 등 지방세의 납부 또는 환급을 위하여 필요한 사항을 기재한 신고서를 말한다.

9. "법정신고기한"이란 이 법 또는 지방세관계법에 따라 과세표준신고서를 제출할 기한을 말한다.

19. "보통징수"란 세무공무원이 납세고지서를 해당 납세자에게 발급하여 지방세를 징수하는 것을 말한다.

제7조(지방세의 세목)

② 보통세의 세목은 다음 각 호와 같다.

8. 재산세

제51조(경정 등의 청구)

① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 3년 이내[「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초 신고 및 수정신고한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 환급세액(「지방세법」에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 지방세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 따라 다른 것으로 확정되었을 때

2. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

3. 제1호 및 제2호와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 지방세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

■ 지방세기본법 시행령

제30조(후발적 사유)

법 제51조 제2항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정(更定)을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증명서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우

■ 구 지방세법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것, 본문에서는 ‘구 지방세법’이라 칭한다)

제9장 재산세

제116조(징수방법 등)

① 재산세는 관할 지방자치단체의 장이 세액을 산정하여 보통징수의 방법으로 부과ㆍ징수한다.

제12장 지방교육세

제152조(신고 및 납부와 부과ㆍ징수)

② 지방자치단체의 장이 이 법에 따라 납세의무자에게 주민세 균등분ㆍ재산세 및 자동차세를 부과ㆍ징수하는 때에는 그에 대한 지방교육세를 함께 부과ㆍ징수한다.

별지4

관계 법령

■ 구 지방세법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것)

제8장 지방소득세

제85조(정의)

지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "종업원분"이란 종업원의 급여총액을 과세표준으로 하여 부과하는 지방소득세를 말한다.

5. "사업소"란 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사업 또는 사무가 이루어지는 장소를 말한다.

6. "사업장"이란 인적 설비 또는 물적 설비를 갖추고 사업 또는 사무가 이루어지는 장소(사업소를 포함한다)를 말한다.

9. "종업원"이란 사업소에 근무하거나 사업소로부터 급여를 지급받는 임직원, 그 밖의 종사자로서 대통령령으로 정하는 사람을 말한다.

제86조(납세의무자)

② 종업원분은 종업원에게 급여를 지급하는 사업주에게 부과한다.

제102조(징수방법과 납기 등)

① 종업원분의 징수는 신고납부의 방법으로 한다.

② 종업원분의 납세의무자는 매월 납부할 세액을 다음 달 10일까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

제103조(신고의무)

① 종업원분의 납세의무자는 조례로 정하는 바에 따라 필요한 사항을 신고하여야 한다.

■ 법인세법

제3조(과세소득의 범위)

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

4. 주식·신주인수권(신주인수권) 또는 출자지분(출자지분)의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(대가)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

■ 의료법

제48조(설립 허가 등)

① 제33조 제2항에 따른 의료법인을 설립하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 정관과 그 밖의 서류를 갖추어 그 법인의 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시·도지사의 허가를 받아야 한다.

② 의료법인은 그 법인이 개설하는 의료기관에 필요한 시설이나 시설을 갖추는 데에 필요한 자금을 보유하여야 한다.

③ 의료법인이 재산을 처분하거나 정관을 변경하려면 시·도지사의 허가를 받아야 한다.

④ 이 법에 따른 의료법인이 아니면 의료법인이나 이와 비슷한 명칭을 사용할 수 없다.

■ 고등교육법

제2조(학교의 종류)

고등교육을 실시하기 위하여 다음 각 호의 학교를 둔다.

1. 대학

4. 전문대학

제4조(학교의 설립 등)

① 학교를 설립하려는 자는 시설ㆍ설비 등 대통령령으로 정하는 설립기준을 갖추어야 한다.

② 국가 외의 자가 학교를 설립하려는 경우에는 교육부장관의 인가를 받아야 한다.

③ 공립학교나 사립학교의 설립자ㆍ경영자가 학교를 폐지하거나 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 경우에는 교육부장관의 인가를 받아야 한다.

■ 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것, 본문에서는 ‘구 지방세특례제한법’이라 칭한다)

제2조(정의)

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "수익사업"이란 「법인세법」 제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다. 다만, 「고등교육법」 제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업과 「사회복지사업법」에 따라 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다.

제38조(의료법인 등에 대한 과세특례)

① 「의료법」 제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2013년 12월 31일까지 면제(특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 「지방세법」 제11조제1항의 세율에서 1천분의 20을 경감하는 것을 말한다)하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다)를 2013년 12월 31일까지 면제한다.

② 「고등교육법」 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대하여는 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분을 2013년 12월 31일까지 면제한다.

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제)

① 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

(이하 각 호 생략)

② 학교등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대하여는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」 제146조제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 면제하지 아니한다.

③ 학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교등에 대한 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분을 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분은 면제하지 아니한다.

■ 구 지방세특례제한법 시행령(2014. 3. 14. 대통령령 제25253호로 개정되기 전의 것, 본문에서는 ‘구 지방세특례제한법 시행령’이라 칭한다)

제18조(학교등 면제대상 사업의 범위 등)

② 법 제41조 제3항 본문에서 "학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허"란 법 제41조제1항에 따른 학교등이 그 비영리사업의 경영을 위하여 필요한 면허 또는 그 면허로 인한 영업 설비나 행위에서 발생한 수익금의 전액을 그 비영리사업에 사용하는 경우의 면허를 말한다.

③ 법 제41조 제3항 단서에서 "수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분"이란 수익사업에 제공되고 있는 사업소와 종업원을 기준으로 부과하는 주민세 재산분과 지방소득세 종업원분을 말한다. 이 경우 면제대상 사업과 수익사업에 건축물이 겸용되거나 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 용도 또는 직무에 따른다. 끝.