2. 질의내용

가. 사실관계

1) 2011.03.15. 갑법인이 지식산업센터용 부동산으로 취득세를 감면 받음

2) 2012.05.10. 목적 외 용도 사용으로 처분청이 기 감면된 취득세를 추징함

3) 2014.12.02. 위 부동산에 대해 기업부설연구소로 인정받음

나. 질의사항

당초 지식산업센터용 부동산으로 감면받았으나 목적외 용도 사용으로 기 감면받은 취득세가 추징된 부동산에 대하여, 기업부설연구소용 부동산으로 감면사유를 변경하여 취득세 감면이 가능한 지의 여부

3. 회신내용

지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 일부개정 되기 전의 것, 이하 같다) 제58조의2 제2항에서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자에 대하여 취득세의 100분의 75를 경감하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우와 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고,

같은 법 제46조에서는 대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 면제(2015.1.1. 이후 취득분의 경우에는 100분의 50 경감)한다고 규정하고, 그 단서에서 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 면제된 취득세를 추징한다고 하면서, 같은 법 시행령 제23조에서는 대통령령으로 정하는 기업부설연구소란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년(2015.1.1. 이후 취득분의 경우에는 1년) 이내에 교육과학기술부장관(현 미래창조과학부장관)으로부터 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있으며,

같은 법 제96조에서는 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다고 하고, 같은 법 제98조에서는 지방세의 감면을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지방세 감면신청을 하여야 하되 지방자치단체의 장이 감면대상을 알 수 있을 때에는 직권으로 감면할 수 있다고 규정하고 있으며, 같은 법 부칙(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 제6조에서는 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있습니다.

이와 관련하여, 대법원에서 어떠한 과세대상이 당초 감면받은 규정에 의한 감면대상에 해당하지 않는다 하더라도 다른 감면규정에 의한 감면대상에 해당하고 그에 관하여 추징사유가 발생하지 아니 하였다면 다른 규정에 따른 감면사유가 여전히 존재하는 것으로 보아야 할 것(2014.2.13. 대법원 2013두18582 판결 참조)이라고 판시하고 있고, 위 감면규정 중 지방세특례제한법 제98조에 의한 감면신청은 감면처리의 편의를 위한 사무처리절차를 규정한 것에 불과할 뿐이어서 그 신청이 면제의 요건이라고 볼 수는 없다 할 것(같은 취지의 2003.6.27., 대법원 2001두1639 판결 참조)인 바,

귀 질의와 같이 지식산업센터를 분양받아 취득세를 감면받은 후 다른 용도로 사용한 사실이 확인되어 기 감면받은 취득세가 추징된 부동산에 대해, 그 취득일부터 4년 이내에 미래창조과학부장관로부터 기업부설연구소로 인정받은 경우라면, 비록 당초 감면받은 지방세특례제한법 제58조의2 제2항에 따른 지식산업센터 감면대상에 해당하지 않는다 하더라도, 같은 법 제46조에 따른 기업부설연구소 감면요건을 갖추었다면 다른 규정에 의한 감면사유가 여전히 존재한다고 보아야 할 것입니다.

다만, 이에 해당하는 지의 여부는 과세권자가 사실관계 등을 종합하여 최종적으로 판단할 사항임을 알려드립니다. 끝.