○○○님께서 문의하신 종업원분 주민세에 대한 중소기업 고용지원 공제 여부 대하여 답변 드리겠습니다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제84조의5 제1항에서 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업의 사업주가 종업원을 추가로 고용한 경우 종업원분의 과세표준에서 같은 항의 계산식에 따라 산출한 금액을 공제한다고 규정하고 있고, 중소기업기본법 제2조 제1항에서는 업종별로 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞고, 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞는 영리기업과, 대통령령으로 정하는 사회적기업, 협동조합 및 협동조합연합회를 중소기업으로 규정하고 있는 바,

지방세법 상 종업원분 주민세의 중소기업 고용지원 공제를 받기 위해서는 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업에 해당하여야 하며, 이에 해당하는 지는 관련규정에서 정한 기준을 충족한 신청기업에 한하여 중소기업창장이 이에 대한 확인서를 발급토록 하고 있습니다.

따라서, 귀 질의와 같이 비영리 재단법인이 사실상 영리목적의 사업을 수행하고 있어 법인세를 납부하고 있으나, 중소기업청장이 해당 기업에 대해 중소기업 확인서 발급대상이 아니라고 판단한 경우라면, 중소기업기본법에 따른 중소기업이 아닌 것으로 보여지므로 종업원분 주민세의 중소기업 고용지원 공제대상에 해당하지 않는 것으로 판단되며,

또한, 지방세법 상 종업원분 주민세의 중소기업 고용지원 공제를 받는 중소기업은 중소기업지원법 제2조에 따른 중소기업을 말하고, 조세특례제한법상 법인세의 중소기업 고용지원을 받는 중소기업은 조세특례제한법 제5조 및 같은 법 시행령 제2조에서 중소기업의 요건을 따로 정하고 있으므로, 양자간 중소기업의 적용 범위가 서로 동일하지 않을 수 있음을 알려드립니다.

다만, 이에 해당하는 지의 여부는 과세권자가 사실관계 등을 종합하여 판단할 사항임을 알려드립니다. 감사합니다. 끝.