1. 처분의 경위

가. 원고는 2014. 1. 28. 대구 달서구 이곡동 1196-9 대 661.10㎡ 및 지상 건물 2,368.79㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 취득하고, 이 사건 부동산의 취득가액 1,918,335,000원을 과세표준으로 하여 지방세법 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 적용하여 취득세 76,733,400원, 지방교육세 7,673,340원, 농어촌특별세 3,836,670원, 합계 88,243,410원(이하 ‘취득세 등’이라 한다)을 신고·납부하였다.

나. 원고는 2014. 3. 13. 원고가 지방세특례제한법 제45조 제1항, 같은 법 시행령 제22조에 규정된 학술연구단체에 해당하여 이 사건 부동산에 대한 취득세 등이 면제되므로 이미 납부한 취득세 등을 환급해달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 2014. 4. 15. 원고가 학술연구단체에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 원고는 이에 불복하여 2014. 7. 10. 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2014. 10. 31. 이를 기각하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 3호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 민법 제32조, 문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제4조에 의하여 설립된 비영리재단법인인데, 문화재조사 및 학술연구를 주된 목적으로 하고 있어 지방세특례제한법 제45조 제1항 및 같은 법 시행령 제22조에 규정된 학술연구단체에 해당하므로 이 사건 부동산을 취득함에 따른 취득세 등을 감면받아야 하고, 원고와 동일한 법규에 의해 설립되고, 동일한 목적사업을 수행하는 재단법인 영남문화재연구원, 재단법인 성림문화재연구원, 재단법인 한빛문화재연구원이 모두 취득세 감면처분을 받은 점 등을 고려하면, 원고가 학술연구단체에 해당하지 않는다는 전제 하에 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 2008. 10. 22. ‘민족문화유산의 보호·보존, 조사·연구, 수장·전시 및 그 활용을 통해 민족문화를 전승·보급하고 새로운 문화창조에 기여함을 목적(정관 제3조)’으로 민법 제32조 및 문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제4조에 따라 설립되었고, 그 목적사업 목록은 다음과 같다(정관 제4조).

2) 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률 제6조, 제7조, 제11조, 제15조 등에 따르면, 3만 제곱미터 이상인 건설공사의 시행자는 해당 건설공사 지역에 문화재가 매장·분포되어 있는지를 확인하기 위하여 사전에 매장문화재 지표조사를 하여야 하고, 지표 조사는 건설공사 시행자의 요청에 따라 같은 법 제24조에 따라 문화재청에 등록한 매장문화재 조사기관이 수행하며, 시행자는 지표조사 보고서를 관할 지방자치단체의 장과 문화재청장에게 제출하여야 하는데, 원고는 2011. 7. 29. 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률 제24조 제2항, 같은 법 시행규칙 제14조 제6항에 따라 매장문화재 육상 지표 및 발굴조사기관으로 등록(문화재청 제2011-32호)하였다.

3) 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률 시행규칙 제14조는 조사기관의 종류를 육상발굴조사기관, 육상지표조사기관 등으로 구분하면서, 육상발굴조사기관은 조사단장 1명, 책임조사원 1명, 조사원 2명, 준조사원 2명, 보조원 2명, 보존과학연구원 1명, 육상지표조사기관은 조사단장 1명, 책임조사원 1명, 조사원 1명, 준조사원 1명의 인력기준과 항온·항습 수장시설, 보존처리시설, 연구시설, 정리시설 등의 시설기준을 등록기준으로 함께 규정하고 있는데, 원고의 조직·구성은 다음과 같다.

4) 원고의 2012, 2013년 주요 수입금 내역은 다음과 같다.

5) 원고는 이 사건 부동산의 지상 1층 일반음식적 403.76㎡를 2016. 12. 31.까지 임대하였으며, 그 외 지하 1층 260.20㎡, 지상 2 내지 5층 1,516.2㎡는 직접 사용하고, 지하 1층 주차장 188.63㎡는 임차인과 공동으로 사용하고 있다.

6) 칠곡군, 경산시, 경주시는 원고와 유사한 단체인 재단법인 영남문화재연구원, 재단법인 한빛문화재연구원, 재단법인 성림문화재연구원에 대하여 지방세특례제한법 제45조 제1항 또는 같은 법 제52조 또는 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것) 제288조 제2항에 따라 지방세를 감면하면서 해당 법인의 ‘설립근거 법령, 정관의 목적사업, 법인설립허가증, 조사기관 등록증’을 처분의 근거로 삼았을 뿐, 그 밖에 이들 법인의 실질적인 활동내역, 예산집행 상황 등에 관한 자료를 제출받지는 않았다.

【인정근거】갑 제2, 4호증, 을 제2 내지 8호증(가지번호 포함)의 각 기재, 이 법원의 칠곡군, 경산시, 경주시에 대한 각 사실조회 결과, 변론 전체의 취지

라. 판단

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2001두731 판결 등 참조).

한편, 지방세특례제한법 제45조 제1항은 “대통령령으로 정하는 학술연구단체·장학단체·과학기술진흥단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재상세를 각각 2015. 12. 31.까지 면제한다”라고 규정하고, 구 지방세특례제한법 시행령(2014. 11. 19. 대통령령 제25751호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조는 “‘대통령령으로 정하는 학술연구단체·장학단체·과학기술진흥단체’란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다”고 하면서 “정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 따라 설립되거나 그 적용을 받는 학술연구단체(1호)”, “안전행정부장관이 미래창조과학부장관 또는 교육부장관과 협의하여 고시하는 단체(2호)”를 규정하고 있으므로, 취득세 등의 비과세 대상에 해당하기 위해서는 구 지방세특례제한법 시행령 제22조 각 호의 1에 해당하는 단체이어야 하고, 같은 조 제1호 소정의 학술연구단체라 함은 규정의 취지에 비추어 학술의 연구와 발표를 주된 목적으로 하는 단체를 의미하는 것이므로, 학술의 연구와 발표가 부대사업의 하나에 불과한 경우에는 이를 같은 조항에 정한 학술연구단체로 볼 수 없다(대법원 1995. 5. 23. 선고 94누7515 판결 등 참조).

앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉

① 원고가 구 지방세특례제한법 시행령 제22조 제1호 소정의 학술연구단체에 해당하려면 학술의 연구와 발표가 원고의 주된 사업이어야 하는데, 원고가 여러 목적사업을 수행하는 경우 어느 것이 주된 사업인지는 원고의 정관, 사업실적, 수입원 및 예산의 사용용도 등을 비교하여 그 비율이 많은 사업으로 판단하여야 하는 점, ② 원고의 목적 사업에는 ‘문화유산 조사, 연구 및 자료발간(정관 제4조 제2호)’ 외에 ‘문화재 지표, 발굴조사(같은 조 제3호)’, '문화재 복원, 정비, 수리사업 등(같은 조 제6호)‘도 열거되어 있는 점, ③ 원고는 2011. 7. 29. 문화재청에 매장문화재 육상지표 및 발굴조사기관으로 등록(문화재청 제2011-32호)하여 매장문화재 지표·발굴조사를 수행하였고, 2012년 및 2013년 수입원 중 대부분은 지표·발굴조사로 인한 수익금인 점, ④ 원고는 갑 제5호증(학술연구활동자료)이 학술활동으로 인한 것이라고 주장하나, 대부분 원고가 수행한 지표·발굴조사 이후 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률에 따라 문화재청에 제출하여야 할 조사보고서를 정리한 것으로 보일 뿐 달리 별도의 학술연구·발표를 하였다고 보기 어려운 점, ⑤ 원고가 조사보고서 발간 외에 학술활동으로 경비를 지출한 내역에 대한 자료를 제출하지 못하고 있어 학술연구단체로서의 실질적인 활동내역, 예산집행상황에 대한 증빙이 없는 점, ⑥ 칠곡군, 경산시, 경주시가 원고와 유사한 단체인 재단법인 영남문화재연구원 등에 대하여 형식적으로 설립근거법령, 정관의 목적사업 등을 검토한 후 지방세특례제한법 등에 따라 지방세를 감면하기는 하였으나, 피고로서는 원고에 대한 관련 자료를 실질적으로 심사하여 처분을 하면 족하고 다른 행정청이 원고와 유사한 단체에 대하여 한 지방세감면처분에 구속되는 것은 아닌 점 등을 종합적으로 고려하면, 원고가 학술의 연구와 발표를 주된 목적으로 하는 학술연구단체에 해당한다고 인정하기 어렵고, 오히려 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률에 따른 조사기관으로서 지표조사 및 발굴조사에 대한 용역대금을 수입원으로 하여 그에 따른 발굴조사보고서 등을 문화재청 등에 제출하는 것을 주된 사업으로 한 것으로 인정될 뿐이므로, 피고가 이와 같은 전제 하에 원고의 경정청구를 거부한 것은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.