1. 처분개요

가. 청구법인은 2013.8.26. OOO을 신고납부하였다.

나.청구법인은 2013.10.5. 쟁점건축물이 「지방세특례제한법」(2014.1.14.법률 제12251호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제71조 제2항에 따라 취득세 등의 감면대상에 해당하고, 건축공사비 정산에 따라 쟁점건축물의 취득세 과세표준의 일부를 감액하여야 한다고 주장하며 처분청에 경정청구를 하였으며, 처분청은 2013.11.20. 쟁점건축물의 취득세 등의 과세표준을 OOO을 환급하였으며, 나머지 경정청구는 이를 거부하는 통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.2.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「지방세특례제한법」 제71조 제2항에서 제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 위 규정에서 “직접 사용”이라 함은 대규모점포가 대부분 임대방식으로 운영된다고 하더라도 청구법인이 각종 편의시설을 설치하여 입점한 매장들을 통합적으로 관리한 점, 판매전략 및 고객관리를 통하여 스스로의 이익을 창출하고 있는 점 등에 비추어 쟁점건축물은 청구법인이 물류사업에 직접 사용하는 것에 해당한다 할 것(대법원 2011.1.13. 선고 2010두20478 판결, 같은 뜻임)인바, 쟁점건축물이 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 해당되므로「지방세특례제한법」제71조 제2항에 따른 취득세 감면대상에 해당한다.

(2) 쟁점건축물 중 대부분의 점포가 임대형식으로 운영되고 있으므로 위 감면규정이 적용되지 않는다 하더라도 청구법인이 직접 운영하는 영화관 부분은 「유통산업발전법」상 대규모점포 중 문화 및 집회시설에 해당되어 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 해당하므로 취득세가 감면되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 인용하고 있는 대법원 판례는 구 「지방세법」(2008.12.31. 법률 제9319호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제280조 제5항 제2호의 규정 중 물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여 판결하면서 물류사업자가 취득한 부동산을 물류사업자가 직영형태가 아닌 임대한다고 하더라도 그 목적이 유통사업에 계속적·고정적으로 사용되고, 매출액 비례방식 형태의 임대라고 한다면 그 부동산이 물류사업에 직접 사용된 것으로 판단한 것이고, 쟁점건축물은 2013.6.27. 취득한 것으로써 현행법인 「지방세특례제한법」제71조 제2항이 적용되어야 하고 이를 근거로 취득세 등 감면대상인지 여부를 판단해야 하며, 이 조항 전반부에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산으로 규정하고 있으므로 구「지방세법」에서 규정한 내용과는 법문 내용상 차이가 있는바, 청구법인이 쟁점건축물을 직영하지 아니하고 유통사업에 계속적·고정적으로 사용하게 하면서 매출액 비례방식 형태로 임대하여 사용하고 있는 쟁점건축물은 현행 「지방세특례제한법」제71조 제2항 규정상의 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산으로 보기 어렵다 할 것이므로 청구법인의 주장이 타당한 것으로 보기 어렵다 할 것이다.

(2) 다음으로, 청구인이 예비적으로 주장하고 있는 직접 운영하고 있는 영화관은 문화 및 집회시설용 대규모점포에 해당하므로 취득세 등을 감면해야 한다는 주장하나, 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제2조에서 물류단지는 물류단지시설과 지원시설로 구분하여 규정하고 있고, 「지방세특례제한법 시행령」제33조에 의하면 법 제71조 제2항에서 "제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산"이란 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제2조 제7호에 따른 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물로 규정하고 있는바, 이상의 관련 규정에 따르면 물류단지 내에 있는 시설 중 물류단지시설만이 물류사업용 부동산에 해당된다고 볼 수 있고, 그러한 시설에 대해서 지방세 감면지원을 할 수 있는 것으로 판단되며, 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제2조 제8호 및「건축법 시행령」별표1 제5호에서 청구법인이 주장하는 이 영화관은 물류단지 지원시설에 해당됨이 명백하며, 이러한 시설은 지방세 관련 법령 어디에도 지방세를 감면할 만한 근거를 찾을 수 없어 이 시설은 지방세 관련 법령상 물류사업용 부동산에 해당되지 않는다고 보아야 할 것이므로 청구법인의 주장은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점건축물이 「지방세특례제한법」 제71조 제2항에 따른 물류사업용 부동산에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) OOO로 지정한 것이 확인된다.

(나) 청구법인, OOO 등 788,945.2㎡를 공동으로 취득하였고, 청구법인은 위 토지 중 청구법인의 지분 50%에 해당하는 면적을 취득하였다.

(다) 청구법인 등 3개사가 취득한 토지는 아래의 <표>와 같다

(라) 청구법인은 OOO 건축물을 신축하여 2008.11.21. 임시사용승인을 받았다.

(마) 처분청은 청구법인이 신축한 위의 건축물이 유통단지 안에서 유통사업을 영위하는 자가 취득하는 유통사업용 부동산에 해당한다고 보아 구「지방세법」 제280조 제5항 제2호에 의하여 취득세 등을 면제하였다.

(바) 처분청은 2009.2.23. 청구법인으로부터 제출받은 위 건축물의 사용현황에 대한 자료를 검토한 결과, 청구법인이 위 건축물에 설치한 137개의 매장(면적 27,871.7㎡) 중 1개 매장(612㎡)만을 직영하고 그 나머지 136개 매장(면적 27,259.7㎡)을 임대 형태로 운영하는 것을 알게 되었고, 청구법인이 위 건축물을 취득한 후 1년 내에 정당한 사유 없이 위 건축물을 그 용도인 유통사업에 직접 사용하지 아니한 경우에 해당함을 이유로 구「지방세법」 제280조 제5항 단서에 따라 감면하였던 취득세 등을 추징하기로 하고, 취득세 및 가산세 합계 OOO을 각 부과고지 하였다.

(사) 청구법인은 위의 취득세 등의 부과처분이 부당하다고 주장하며 소송을 제기하였고, 대법원은 위의 취득세 등의 부과처분이 위법하다고 판결 하였다.

(아) 청구법인은 2013.6.27. 이 건 토지상에 쟁점건축물 57,991.07㎡를 증축하였고, 위 면적 중 31,992㎡는 음식점 및 매장으로, 18,564㎡는 주차장 및 공용면적으로, 7,434㎡는 영화관으로 사용 중인 것으로 확인된다.

(자) OOO, 매장면적 45,952㎡로 기재되어 있고, “「유통산업발전법」 제8조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제5조 제4항에 따라 등록된 대규모점포임을 증명한다”고 기재되어 있다.

(차) OOO 수리점 등 21,294.95㎡, 1층은 아울렛 33,452.81㎡, 2층은 아울렛 35,342.92㎡, 3층은 아울렛, 영화관 휴게음식점 등 10,426.92㎡, 4층은 영화관, 아울렛, 휴게음식점 등 4,067.93㎡로 기재되어 있다.

(카) 청구법인은 이 건 토지상에 2008.11.21. 신축한 건축물의 137개 매장 중 1개 매장을 제외한 나머지 136개 매장을 매출액 비례방식으로 임대하였고, 위의 각 매장별 매출액 등을 실시간으로 파악할 수 있는 유통정보화 시설인 판매시점 정보관리시스템이 구축되어 있으며, 137개의 매장 외에도 소비자피해 보상시설, 고객안내시설, 고객휴게시설, 주차장시설 등의 부대시설도 설치되어 있고, 청구법인은 위 매장에 41명의 정규직원을 상주시키며 각 매장에 단일한 POP 광고를 하고 있으며, 각 매장에서 발생하는 소비자불만사항을 직접 접수하여 해결할 수 있는 고객상담실을 운영하는 한편 입주 매장의 직원들에 대한 교육도 정규적으로 실시하고 있고, 스스로의 비용으로 각종 판매촉진행사 및 광고를 진행하고 있으며, 위 매장에서 구매한 고객에 대하여 멤버스 포인트 적립 등을 실시하고 있었음이 대법원 판결서OOO 등에 의하여 확인되고, 청구법인이 증축한 쟁점건축물도 동일하게 운영되고 있는 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점건축물에 소재한 대규모점포를 임대방식으로 운영하므로 청구법인은 물류산업을 직접 하려는 자에 해당하지 아니하고, 쟁점건축물은 「지방세특례제한법」 제71조 제2항에 따른 취득세 등의 감면대상으로 볼 수 없다는 의견이나, 「지방세특례제한법」 제71조 제2항에서 제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제33조에 의하면 법 제71조 제2항에서 "제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산"이란 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제2조 제7호에 따른 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(토지 취득일 전에 그 사용승인을 받아 신축한 건축물을 포함하며, 기존 건축물을 취득한 경우는 제외한다)을 말한다고 규정하고 있는바, ① 청구법인이 이 건 토지 상에 2008.11.21. 신축한 건축물에 대하여 처분청은 유통사업용으로 직접 사용하지 않는 것으로 보아 취득세 등을 과세하였으나, 대법원은 청구법인이 위 건축물을 유통사업용으로 직접 사용하여 취득세 등의 감면대상으로 판결(대법원 2011.1.13. 선고 2010두20478 판결)하였고, 청구법인은 이 건 토지상에 쟁점건축물을 증축하여 신축한 건축물과 동일한 형태로 운영하고 있으므로 청구법인이 쟁점건축물을 직접 물류사업용으로 사용하지 않는 것으로 보아 취득세 등을 감면하지 아니한 것은 타당성이 없어 보이는 점, ② 청구법인이 이 건 토지 상의 대규모점포용 건축물인 쟁점건축물의 대부분을 매출액 비례방식 등으로 임대하고 있더라도 「유통산업발전법」상 대규모점포의 일종인 쇼핑센터는 용역의 제공장소를 제외한 매장면적의 합계가 3천제곱미터 이상인 점포의 집단으로서 다수의 대규모점포 또는 소매점포와 각종 편의시설이 일체적으로 설치된 점포로서 직영 또는 임대의 형태로 운영되는 점포의 집단으로 규정하고 있어 대규모점포는 임대방식으로 운영하는 것을 허용하고 있고, 청구법인이 증축한 건축물에 대규모점포를 설치하고 각 매장별 매출액 등을 실시간으로 파악할 수 있는 유통정보화 시설인 판매시점 정보관리시스템을 구축하고, 각 매장에 단일한 POP 광고를 하고 있으며, 각 매장에서 발생하는 소비자불만사항을 직접 접수하여 해결할 수 있는 고객상담실을 운영하는 한편 입주 매장의 직원들에 대한 교육도 정규적으로 실시하고 있고, 스스로의 비용으로 각종 판매촉진행사 및 광고도 실시하는 등 위의 점포에 입점한 매장을 통합적으로 관리하고 있고, 위의 점포에 상품의 수송·보관·포장·하역·가공·통관·판매·정보처리, 서비스 등에 필요한 시설을 갖춘 상태에서 위의 점포에 다수의 소매점포를 입점시켜 이를 통합적으로 관리하는 대규모점포로 이용하고 있으므로 청구법인은 쟁점건축물을 직접 물류사업용으로 사용하고 있다고 보는 것이 타당OOO한 점, ③ OOO에 의하여 이 건 토지 등을 유통단지로 지정하였고, 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 부칙 <법률 제8616호, 2007.8.3.> 제8조에서 이 법 시행 당시 종전의 「유통단지개발 촉진법」 제5조에 따라 지정된 유통단지는 이 법 제22조에 따라 지정된 물류단지로 본다고 규정하고 있어 이 건 토지는 물류단지 내의 토지에 해당하고, 청구법인은 이 건 토지를 물류단지의 사업시행자인 OOO로부터 최초로 취득하였으며, 이 건 토지상에 쟁점건축물을 증축한 점, ④ OOO이 2013.7.15. 발행한 대규모점포 개설(변경) 등록증에 의하면 이 건 토지상에 청구법인이 신축한 건축물 및 증축한 쟁점건축물 등 104,713㎡ 전체가 대규모점포인 것으로 기재되어 있고, 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제2조 제7호에서 "물류단지시설"이란 화물의 운송·집화·하역·분류·포장·가공·조립·통관·보관·판매·정보처리 등을 위하여 물류단지 안에 설치되는 다음 각 목의 시설을 말한다고 규정하면서 그 나호에서 「유통산업발전법」 제2조 제3호·제7호·제15호 및 제17조의2의 대규모점포 등을 규정하고 있으며, 「유통산업발전법」 [별표] 대규모점포의 종류 중 복합쇼핑몰은 용역의 제공장소를 제외한 매장면적의 합계가 3천제곱미터 이상인 점포의 집단으로서 쇼핑, 오락 및 업무 기능 등이 한 곳에 집적되고, 문화·관광 시설로서의 역할을 하며, 1개의 업체가 개발·관리 및 운영하는 점포의 집단으로 규정하고 있어 청구법인이 이 건 토지상의 신축한 건축물 및 증축한 쟁점건축물은 영화관을 포함한 전체가 대규모점포용 건축물로서 물류단지시설에 해당된다고 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 청구법인이 취득한 쟁점건축물은 「지방세특례제한법」 제71조 제2항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산으로서 취득세 등의 감면요건을 충족하다고 보이므로 청구법인이 쟁점건축물을 임대하여 물류사업을 직접 하려는 자에 해당하지 아니하고 취득세 등의 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.

또한, 처분청은 청구법인이 2008.11.21. 이 건 토지상에 신축한 건축물이 취득세 등의 감면대상이라고 대법원이 판결한 것은 구 「지방세법」 제280조 제5항에 근거한 것이고, 청구법인은 2013.6.27. 쟁점건축물을 증축하였으므로 쟁점건축물에 대한 취득세 등이 감면대상이 되는지 여부는 「지방세특례제한법」 제71조 제2항에 의해 판단되어야 하며, 「지방세특례제한법」 제71조 제2항 본문에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산을 취득세 등의 감면대상으로 규정하고 있어 구 「지방세법」 제280조 제5항의 규정과 차이가 있고, 청구법인이 쟁점건축물을 직영하지 아니하고 매출액 비례방식 형태로 임대하여 사용하고 있어 청구법인은 물류사업을 직접 하려는 자에 해당하지 아니하여 쟁점건축물은 취득세 등의 감면대상으로 볼 수 없다는 의견이나, 구 「지방세법」 제280조 제5항에서 대통령령이 정하는 유통단지 안에서 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 의하여 취득세·등록세 및 재산세를 감면하되, 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 등에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하면서 그 제2호는 유통사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 유통사업용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있는바, 위 규정 단서에서 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세 등을 추징토록 규정하고 있는 점 등에 비추어 구 「지방세법」 제280조 제5항에 따라 취득세 등의 감면대상이 되는 것은 유통단지 안에서 유통사업을 직접 하려는 자가 취득하는 유통사업용 부동산이라고 해석하는 것이 타당하다고 보이므로 구 「지방세법」 제280조 제5항과 「지방세특례제한법」 제72조 제2항의 규정에 차이가 있다는 처분청의 의견이 타당한 것으로 보기 어렵고, 구 「지방세법」 제280조 제5항이 「지방세특례제한법」 제71조 제2항으로 변경된 것은 2011.1.1. 「지방세법」이 「지방세기본법」, 「지방세법」 「지방세특례제한법」으로 분법되면서 구「지방세법」에 규정된 내용이 「지방세특례제한법」으로 이관되어 규정되었고, 규정내용도 유통단지가 물류단지로 변경되었을 뿐 그 감면요건이 변경된 것은 아닌 것으로 보여지며, 대법원은 청구법인이 2008.11.21. 이 건 토지상에 신축한 건축물을 매출액 비례방식으로 임대하여 운영한다고 하더라도 청구법인이 유통사업에 직접 사용한 것이라고 판결(대법원 2011.1.13. 선고 2010두20478 판결)하였고, 청구법인이 동일한 대지상에 증축한 쟁점건축물을 청구법인이 매출액 비례방식으로 임대하여 사용하고 있다 하더라도 청구법인이 쟁점건축물에 설치한 대규모점포의 상호를OOO으로 하여 운영하고 있고, 쟁점건축물에 설치된 전체 점포에 상품의 수송·보관·포장·하역·가공·통관·판매·정보처리, 서비스 등에 필요한 시설을 갖춘 상태에서 전체 점포의 매출, 홍보, 소비자불만, 직원 교육, 판촉행사 등을 직접 관리하는 방식으로 운영한 것으로 확인되어 청구법인은 쟁점부동산을 직접 대규모점포용으로 사용하고 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이므로 「지방세특례제한법」 제71조 제2항과 구「지방세법」 제280조 제5항의 규정이 차이가 있고, 청구법인이 물류사업을 직접 하려는 자에 해당하지 아니한다는 처분청의 의견이 타당한 것으로 보기 어렵다고 판단된다.

한편, 청구법인이 물류사업을 직접 하려는 자에 해당하고, 쟁점건축물이 취득세 등의 감면대상으로 판단되는 이상, 나머지 심판청구는 심리의 실익이 없어 그 판단을 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항,「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.