조심2015지0270(20150526)
부동산이 지식산업센터에 대한 취득세 감면대상인지 여부
관계법령
답변요지
본문
1. 처분개요
가. 청구법인은 2013.6.5. OOO 및 그 지상 건축물 19,570.34㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하며, 이 건 토지와 합하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후, 그로부터 1년 이내인 2013.7.31. 착공허가를 받아 이 건 건축물 중 9,305.27㎡를 멸실하고 27,599.67㎡를 신축ㆍ증축ㆍ개축하여 2014.1.21. 사용승인을 받았으며, 전체 연면적 37,864.74㎡ 중 근린생활시설 3,380.78㎡를 제외한 34,483.96㎡를 지식산업센터의 입주사들에게 임대하고 있다.
나. 청구법인은 이 건 부동산이
다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.11.18. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 청구법인은 OOO하여 지식산업센터로 사용승인을 받았으므로 청구법인이 「지방세특례제한법」 제58조의2 제1항 제1호에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하기 위하여 취득한 이 건 건축물에 대한 취득세의 100분의 75를 경감하여야 한다.
이에 대하여 처분청은 나대지에 대하여만 지식산업센터 등에 대한 감면을 적용하여야 한다는 의견이나, 「지방세특례제한법」 제58조의2 제1항 제1호에서 ‘① 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산’과 ‘② 신축 또는 증축한 지식산업센터’에 대하여 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있는바, 이와 같이 감면대상을 구분한 취지는 지식산업센터의 사업시설용으로 신축하거나 증축한 부동산 뿐만 아니라 신축하거나 증축하기 위하여 취득하는 부동산(기존의 건축물, 토지)이 감면대상임을 명시하기 위한 것이고, 만일 이를 처분청의 의견과 같이 해석하면 동일한 감면대상을 2번 중복규정한 것으로 해석하는 결과가 되는바, 「지방세특례제한법」 제58조의2 제1항 제1호에서 지식산업센터를 신축하거나 증축하기 위하여 취득하는 건축물을 취득세 감면대상으로 규정한 것으로 해석함이 타당하므로, 이 건 건축물에 대하여 위 법률에 따라 취득세 감면을 적용하여야 한다.
또한, 처분청은 이 건 토지가 나대지가 아니라 하여 「지방세특례제한법」 제58조의2 제1항 제1호에 따른 취득세 감면을 배제하였으나, 청구법인이 이 건 토지에 소재한 기존의 건축물 일부를 멸실한 뒤 지식산업센터를 신축 및 증축하여 설립하고 지식산업센터로 사용승인을 받아 당해 용도로 임대하고 있으므로 지식산업센터를 신축하거나 증축하기 위하여 취득한 이 건 토지에 대한 취득세의 100분의 75를 경감하여야 한다.
대법원은 「지방세특례제한법」 제58조의2와 법문 및 입법취지 등이 유사한 같은 법 제78조(사업단지 등에 대한 감면)의 해석과 관련하여 ‘건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산’이란 기존 건물을 취득하여 증축을 하거나, 기존 건물을 철거하고 신축을 하거나, 건물을 신축하여 취득하는 경우의 건물, 건물이 없는 토지를 취득하여 그 지상에 건물을 신축하거나, 기존 건물이 있는 토지를 취득하여 그 건물을 증축하거나, 기존 건물을 철거하고 신축하는 경우의 토지를 모두 포함한 것으로 해석되고, 기존 건물이 있는 토지를 취득하여 그 건물을 증축하거나 다른 건물을 신축하는 경우의 토지를 제외하는 것으로 해석해야 할 근거가 전혀 없으므로, 기존의 공장용 건축물에 관한 토지 부분을 포함한 토지 전부가 취득세 감면대상에 포함된다고 판결(대법원 2010.1.14. 선고 2007두21341 판결, 같은 뜻임)한 바 있고, 위 판례는 기존의 건축물 대비 증축한 면적이 0.28배에 불과하나 청구법인의 경우 이 건 건축물의 약 2분의 1을 멸실한 뒤 잔여 건축물 면적의 약 2.7배에 상당하는 건축물을 건축하여 지식산업센터를 설립한 것으로서 이 건 토지는 기존의 건축물을 그 용도대로 사용하기 위한 것이 아니라 지식산업센터를 신축하거나 증축하기 위하여 취득한 것임이 명백하므로, 이 건 토지 전부에 대하여 취득세 감면을 적용하여야 한다.
설령, 이 건 토지 전부에 대하여 취득세 감면을 적용하지 아니한다고 할 경우, 이 건 토지를 취득할 당시 기존의 건축물이 정착되지 아니한 면적은 건축물이 없는 토지로 볼 수 있고, 이 건 토지에 멸실되지 아니한 기존의 건축물 일부(10,265.07㎡)가 있으나 이를 신축 및 증축(27,599.67㎡)하여 「지방세특례제한법」 제58조의2 제1항 제1호에 따른 감면대상인 지식산업센터를 완공하여 그 신축 및 증축한 건축물의 부분이 취득세 감면대상에 해당한다는 데에 처분청도 이견이 없으며, 감면대상이 아닌 건축물이 일부 있다 하여 이 건 토지 전부에 대하여 감면을 배제하는 것은 합당하지 아니하므로, 이 건 토지를 그 지상 건축물의 연면적(37,864.74㎡) 중 신축ㆍ증축ㆍ개축한 면적(27,599.67㎡)의 비율로 안분계산하여 취득세 감면대상인 토지 부분의 면적을 산정하여야 한다.
(2) 청구법인은 2013.6.20. 과세관청에 이 건 부동산에 대한 취득세 신고서와 관련 증빙서류 일체를 제출하였고, 처분청은 청구법인에 대하여 감면결정하였다고 통지하였으며, 그 결정의 사유를 ‘지식산업센타의 설립승인을 받은 자가 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센타’로 기재하였다가 이를 번복하고 취득세 본세의 100분의 20 상당액을 신고불성실가산세로 가산하여 이 건 부과고지를 하였는바, 청구법인은 당초 처분청으로부터 감면결정에 대한 통지를 받고 취득세 신고시 산출한 감면세액이 적법한 것으로 인지하여 그와 달리 감면을 스스로 배제하고 추가로 취득세를 납부할 것으로 기대하는 것은 무리이므로 청구법인에게 신고불성실가산세 부과를 면제할 정당한 사유가 있다고 보아 이를 취소하여야 한다.
설령, 그러한 것으로 볼 수 없다 하더라도 처분청은 「지방세기본법」 제53조의2 제1항에 의거 무신고가산세(20%)를 부과하였으나, 무신고가산세는 「지방세법」에 따라 ‘산출한 세액’을 신고하지 아니한 경우에 부과하도록 규정되어 있고, 청구법인의 경우 「지방세법」에 따라 ‘산출한 세액’을 적법하게 신고하였으며, 다만 감면세액에 대하여만 처분청과 다툼이 있는 있는바, 청구법인이 취득세를 무신고한 것으로 볼 수는 없으므로, 「지방세기본법」 제53조의3 제1항에 따라 과소신고분 세액의 10%에 상당하는 금액을 과소신고가산세로 하여 무신고가산세를 부과한 처분을 경정하여야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 「지방세특례제한법」 제58조의2 제1항 제1호에서 규정하고 있는 취득세 감면대상은 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 지식산업센터 용도로 신축하거나 증축할 목적으로 취득한 토지의 부분과 신축 또는 증축한 건축물이라 할 것이고, 당해 감면 규정은 2011.12.31. 경기도 도세감면조례에서 이관되었는데, 그 종전의 감면조례에서 기존공장의 승계는 감면을 제외하는 대상으로 명확하게 규정하고 있었으며, 그간에도 신축ㆍ증축에 한정하여 감면대상으로 관련 법령을 해석하여 왔고, 이를 「지방세특례제한법」 제58조의2로 이관할 당시 기존의 감면조례 및 그간의 법령해석 내용을 알기 쉽게 규정한 것일 뿐 기존공장의 취득까지 감면대상으로 확대한 것은 아니라 할 것인 점 등을 종합적으로 고려할 때, 이 건 건축물의 일부를 멸실(9,305.27㎡)한 후 개축(8,985.76㎡) 및 증축(18,613.91㎡)하였다고 하더라도 승계취득한 기존공장인 이 건 건축물은 지식산업센터의 사업시설용으로 신축하거나 증축한 부동산이 아니므로 취득세를 감면하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다(안전행정부 지방세운영과-1604, 2013.7.24. 참조).
또한, 지상정착물의 부속토지란 지상정착물의 효용과 편익을 위해 사용되고 있는 토지를 말하고, 부속토지인지 여부는 필지 수나 공부상의 기재와 관계없이 토지의 이용현황에 따라 객관적으로 판단하여야 하는 것으로서 공장용인 이 건 건축물과의 거리, 이 건 토지의 용도, 이용현황, 경제적 일체성 등을 종합적으로 고려할 때 이 건 부동산 전체가 하나의 유기적인 공장구역을 이루고 있다 할 것이며, 승계취득한 기존 공장의 이 건 건축물의 일부를 멸실하고 그 취득일부터 1년 이내에 개축 및 증축공사에 착공하여 건축물의 면적이 증가하고 이를 지식산업센터의 용도로 사용하거나 임대한다고 하더라도 이 건 토지를 취득할 당시의 시점에는 향후 감면요건을 충족할 것인지 여부를 판단할 수 없으므로 이 건 토지 전부에 대하여 취득세 감면을 배제함이 타당하다.
(2) 청구법인은 이 건 부동산을 지식산업센터를 신축 및 증축하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 감면신청을 하였고, 처분청이 청구법인의 감면신청이 적법한 것으로 보아 취득세 감면결정을 하였으나 이후 관련 사실관계 등을 조사한 결과, 감면대상에 해당하지 아니하여 이를 추징하는 경우 그러한 사유만으로 가산세 부과를 면제할 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다 할 것이므로, 처분청이 이 건 부동산에 대하여 감면된 취득세 등을 추징하면서 신고불성실가산세(20%)를 가산하여 부과한 처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
① 이 건 부동산이 지식산업센터에 대한 취득세 감면대상인지 여부
② 가산세 부과처분의 당부
나. 관련 법령 등 : <별지> 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 확인된다.
(가) 청구법인은 2013.6.5. OOO과 산업단지 입주계약을 체결하고 여「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2 에 따라 지식산업센터 설립승인을 최초로 받아 2013.6.20. 이 건 부동산(이 건 토지 16,534.4㎡, 이 건 건축물 19,570.34㎡)을 OOO에 매수하여 취득한 후,
그로부터 1년 이내인 2013.7.31. 착공허가를 받아 이 건 건축물 중 9,305.27㎡를 멸실하고 27,599.67㎡를 신축ㆍ증축ㆍ개축하여 2014.1.21. 사용승인을 받았으며, 전체 연면적 37,864.74㎡ 중 근린생활시설 3,380.78㎡를 제외한 34,483.96㎡를 지식산업센터로 설립하여 입주사들에게 임대하고 있다.
(나) 청구법인은 이 건 부동산이 여「지방세특례제한법」 제58조의2 제1항에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하는 것으로 보아 100분의 75를 경감한 취득세 등 OOO을 2013.6.20. 신고납부하였고,
처분청은 같은 날 이 건 부동산에 대하여 취득세 감면통지를 하였다가 이 건 토지를 취득할 당시 그 지상에 승계취득한 이 건 건축물이 존재하였던 이상 이 건 부동산을 지식산업센터를 신축하거나 증축하기 위하여 취득한 것으로 볼 수 없다는 사유로 이 건 부동산에 대한 취득세 감면을 배제하여 취득세 등 합계 OOO을 2014.9.16. 부과고지하였다.
(다) 청구법인은 2014.1.21. 이 건 건축물의 일부를 멸실하고 18,613.91㎡를 신축ㆍ증축하여 사용승인을 받았고, 그 중 지식산업센터에 해당하는 15,233.13㎡에 대하여는 2014.1.1. 개정되어 감면율이 100분의 50으로 변경된 「지방세특례제한법」 제58조의2 제1항 제1호에 따라 경감한 취득세 등 OOO을 신고납부하였다.
(라) 청구법인이 제출한 이 건 건축물의 현황 등과 관련한 자료는 다음과 같다
(마) 2013.1.1. 법률 제11616호로 개정된 「지방세기본법」 제53조의2 제1항에서 납세의무자가 법정신고기한까지 지방세관계법에 따라 산출한 세액을 신고하지 아니한 경우에는 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과하고, 같은 법 제53조의3 제1항에서 납세의무자가 법정신고기한까지 산출세액을 신고한 경우로서 신고하여야 할 산출세액 보다 적게 신고한 경우에는 과소신고분 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다고 규정하고 있는바,
청구법인이 2013.6.20. 이 건 부동산을 취득하고 같은 날 취득세 신고서를 제출한 사실에 다툼이 없으므로 무신고가산세 과세요건을 불충족함에도 처분청이 무신고가산세(20%)를 부과한 경위를 우리 원의 조사담당자가 처분청의 담당자에게 2015.3.3. 유선조회한 결과 과소신고가산세(10%)를 적용하여야 하나 착오로 이를 잘못 부과하였다고 답변하였다.
(바) 청구법인이 2015.3.17. 제출한 처분청의 의견에 대한 항변서를 보면, 「헌법」 제38조 및 제59조에 따른 조세법률주의의 원칙상 과세요건 등은 법률로서 규정하여야 하고, 그 법률의 집행에 있어서도 이를 엄격하게 해석ㆍ적용하여야 하며 행정편의적인 확장해석이나 유추적용은 허용되지 않으므로, 법률에 규정된 내용을 함부로 유추ㆍ확장해석 하는 것은 조세법률주의의 원칙에 반하는 것(대법원 2012.11.22. 선고 2010두17564 전원합의체 판결 등 같은 뜻임)인바, 이 건 부동산에 대한 취득세 감면을 배제한 처분이 적법하다는 처분청의 의견은 다음과 같은 이유로 위법ㆍ부당하다고 항변한다.
1) 「지방세특례제한법」 제58조의2 제1항 제1호는 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있고, 「건축법 시행령」 제2조 제1항 제1호 및 제2호 등에서 신축이란 건축물이 없는 대지에 새로이 건축물을 축조하는 것으로, 증축은 기존건축물이 있는 대지 안에서 건축물의 건축면적 등을 증가시키는 것으로 정의하고 있으며, 토지와 건축물 모두 부동산에 해당하므로,
증축할 목적의 부동산 취득과 관련하여 위 법문을 문리해석하면 ‘「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용으로 직접 사용, 분양, 임대할 목적으로 기존건축물이 있는 대지를 취득하여 그 기존건축물의 건축면적 등을 증가시키는 행위를 한 경우에 그 토지와 건물 모두의 취득세를 감면’하는 것으로 해석됨에도 처분청은 법률이 아닌 유권해석에 의거하여 기존건축물이 있는 경우에는 토지와 건축물의 전체에 대하여 취득세 감면을 배제하고 오로지 기존 건축물이 없는 나대지 또는 기존 건축물이 있더라도 즉시 철거하여 취득당시 나대지 상태에 이른 경우만을 취득세 감면대상에 해당하는 것으로 유추해석함으로서 건축물을 증축하여 지식산업센터 사업시설용으로 사용하기 위하여 취득하는 부동산(건축물, 토지)에 대한 감면을 배제하는 위법한 처분을 하였고,
처분청의 이러한 해석에 대해 대법원은 ‘건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산’이란 ‘기존 건물을 취득하여 증축을 하거나 기존 건물을 철거하고 신축을 하거나 건물을 신축하여 취득하는 경우의 건물, 건물이 없는 토지를 취득하여 그 지상에 건물을 신축하거나 기존 건물이 있는 토지를 취득하여 그 건물을 증축하거나 기존 건물을 철거하고 신축하는 경우의 토지를 모두 포함한 것’으로 해석되고, 기존 건물이 있는 토지를 취득하여 그 건물을 증축하거나 다른 건물을 신축하는 경우의 토지를 제외하는 것으로 해석해야 할 근거가 전혀 없으므로 산업단지 안의 이 사건 토지를 취득한 후 그 지상에 공장용 건축물을 증축한 이상 기존의 공장용 건축물에 관한 토지부분을 포함한 이 사건 토지 전부가 이 사건 규정에 의한 취득세 등의 면제대상에 포함된다(대법원 2010.1.14. 선고 2007두21341 판결, 부산고등법원 2007.9.14. 선고 2006누5557 판결, 같은 뜻임)고 판결하였으며,
감사원은 과세관청이 구 공장건물의 일부가 남아 있으므로, 공장건축물을 증축하였다고 하여도 이는 「지방세법」 제276조 제1항에서 말하는 ‘공장용건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득한 부동산’에 해당하지 아니하는 것으로 보아 공장용지 전체에 대하여 감면을 배제한 처분에 대해 1997.8.30. 개정된 「지방세법」제276조 제1항의 공장용 건축물 건축 등에 따른 지방세감면요건을 ‘공장을 신축하기 위하여 최초로 취득하는 토지’에서 ‘공장용건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자’로 개정한 취지에 부합하지 아니할 뿐 아니라 산업단지 등에 대한 감면의 범위를 부당하게 축소하는 것으로서 받아들이기 어렵다(감심 2003-54, 2003.5.27.)고 결정한 바 있으며,
2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 「지방세법」 제276조 제1항은 산업단지와 산업기술단지 안에서 공장용 건축물ㆍ연구시설 및 시험생산용 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다는 규정으로서 이 건에 적용되는 「지방세특례제한법」 제58조의2와 법문 및 감면요건 및 취지 등이 동일 또는 유사하므로 이를 원용함이 타당하다.
2) 또한, 처분청은 종전의 「경기도 도세 감면조례」제7조에서 승계한 기존공장은 감면 제외대상으로 별도로 규정하고 있었음을 이 건 부과처분의 근거로 들고 있으나 종전의 감면조례와 청구인에게 적용되는 「지방세특례제한법」 제58조의2는 다음과 같은 확연한 차이가 있다.
두 조문은 동일하게 지식산업센터 설립자가 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면요건을 규정하였지만 종전 감면조례는 감면대상을 “지식산업센터의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 지식산업센터용으로 사용하던 부동산을 승계 취득하는 경우에는 제외한다)”으로 규정하고 있었고, 「지방세특례제한법」 제58조의2 “지식산업센터를 신축하거나 증축하여 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터”로 달리 규정하고 있으며,
특히 종전 감면조례에 규정되어 있던 “이미 지식산업센터용으로 사용하던 부동산을 승계 취득하는 경우에는 제외한다”는 괄호규정을 삭제하는 등 두 조문은 감면대상에서 제외하도록 규정한 범위가 다름에도 불구하고 종전 규정과 법문이 다른 법률의 해석을 동일하게 하여야 한다는 처분청의 의견은 타당하지 아니하다.
처분청은 위 두 조문을 동일하게 해석하여야 한다는 논거로 종전 감면조례에서 「지방세특례제한법」으로 위 조문을 이관하면서 종전 감면조례 및 그간의 법령해석 내용을 알기 쉽게 규정한 것이라고 주장하나, 2011.10.21.자로 정부가 제출한 「지방세특례제한법」 일부개정법률안(의안번호 13568)에 포함된 입법당시 보고서의 내용에 따르면 조례에 따라 지식산업센터 등에 대하여 주어져 오던 지방세 감면 규모를 지방재정 건전성 강화 차원에서 축소할 필요가 있어 지식산업센터 설립자가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면비율을 75%(기존 100%)로 인하하고 2013.12.31.까지 일몰기한을 지정한다고 기재되어 있을 뿐 처분청의 의견과 같이 종전 감면조례 및 그간의 법령해석 내용을 알기 쉽게 규정한다는 내용은 전혀 찾아 볼 수 없으므로, 이미 지식산업센터용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우에는 감면을 제외한다는 괄호 부분이 있던 종전 감면조례와 이를 삭제한 「지방세특례제한법」 제58조의2에 따른 감면대상의 범위가 동일하여야 한다는 처분청의 의견은 법적 근거가 없는 것이고, 더욱이 청구법인은 이미 지식산업센터용으로 사용된 사실이 없는 이 건 부동산을 취득한 후 새로이 신축ㆍ증축ㆍ개축하여 지식산업센터를 최초로 설립하였음에도, 처분청이 「지방세특례제한법」제58조의2와 규정한 내용이 아래의 [비교 표]와 같이 상이하고 2011년도말에 이미 폐지된 종전 감면조례를 이 건 부과처분의 법적 근거로 드는 것은 적절하지 아니하다.
[비교 표] 「지방세특례제한법」제58조의2와 종전 조례 비교
3) 처분청은 청구법인이 이 건 토지를 취득할 당시에는 향후 감면요건(취득일로부터 1년 이내에 증축 등을 통해 지식산업센터 사업시설용으로 직접 사용, 분양 또는 임대)을 충족할 것인지 여부를 판단할 수 없으므로 이 건 토지 전체에 대한 취득세 감면을 배제하여야 한다는 의견도 제시하고 있으나, 「지방세특례제한법」 제58조의2 제1항 제1호에서 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 사업시설용으로 직접 사용, 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감하도록 하고 있고, 일정 기간(1년 또는 5년) 경과 후 각목에 규정한 감면배제 요건에 해당될 경우에는 그 감면된 취득세를 추징하도록 하는 별도의 규정을 두고 있는바,
이는 부동산의 취득당시에 감면을 적용하고 이후 사후관리하여 감면요건을 미충족할 경우 추징하도록 한 규정임에도 건축물을 증축하여 사업시설용으로 사용하려는 토지는 취득당시에는 향후(1년 또는 5년) 감면요건을 충족할 수 없을지도 모르니 법률상의 근거도 없이 사전에 일률적으로 감면을 배제하여야 한다는 처분청의 의견은 행정편의만을 추구하는 그릇된 주장일 뿐만 아니라 심지어 이 건과 같이 사후관리 기간 내에 건축물의 신축ㆍ증축 등을 하고 지식산업센터를 설립하여 감면요건을 충족한 사실이 확인되더라도 감면을 일절 적용할 수 없다는 자의적인 해석에서 기인한 이 건 부과처분은 위법하다고 항변한다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 이 건 부동산에 대하여 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항 제1호에 따른 취득세 감면을 배제하여야 한다는 의견이나,
첫째,「지방세특례제한법」 제58조의2 제1항 제1호에서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 중축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있는바, 동 호의 전단에서 지식산업센터를 신축하는 경우 뿐만 아니라 증축하여 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산을 감면대상으로 하고 있고, 여기서 증축하기 위하여 취득하는 부동산이라 함은 증축한 기존의 건축물과 그 부속토지를 의미하는 것으로 보이는 점,
둘째,「건축법」상 증축의 정의를 기존 건물의 면적을 증가시키는 건축으로 정의하고 있는바, 기존에 존재하던 건물을 승계취득한 뒤 증축하여 지식산업센터를 설립하는 경우 그러하기 위하여 취득한 기존의 건축물 및 그 부속토지는 「지방세특례제한법」상 감면대상에 해당하는 것으로 문리해석되는 점,
셋째, 처분청이 이러한 해석의 근거로 삼은 구「경기도 도세 감면조례」제7조 제1항은 청구법인의 이 건 부동산에 대한 취득세의 납세의무성립일(2013.6.20.) 이전인 2011.12.31. 이미 폐지된 조례일 뿐만 아니라, 동 종전 조례 제7조 제1항에서 이미 지식산업센터용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우에는 감면대상에서 제외한다고 규정하고 있었으나, 청구법인의 경우 과거 지식산업센터용으로 사용된 사실이 없는 이 건 부동산을 취득하여 그 날로부터 1년의 유예기간 이내에 착공한 뒤 신축 및 증축하여 지식산업센터를 최초로 설립하였으므로 설령 종전 조례를 적용한다고 하더라도 이 건 부동산의 경우 감면대상에 해당한다고 볼 수 있는 점,
넷째, 대법원에서
다섯째, 「지방세특례제한법」제58조의2 제2항 제1호에서 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자에 대하여 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서 취득세를 감면하도록 규정하고 있는바, 「지방세특례제한법」제58조의2에서 지식산업센터에 대한 취득세 감면을 규정한 주된 취지가 사업시설용으로 사용되는 지식산업센터의 공급(분양 또는 임대)과 사용을 조세정책을 통하여 지원하여 이를 활성화하는데 있는 것으로 보이며, 청구법인의 경우 최초로 승인을 받아 지식산업센터를 설립하고 사업시설용으로 임대하여 입주자가 이를 해당 용도로 사용하고 있다는 사실에 다툼이 없으므로 동 감면을 적용하는 것이 그 입법취지에 부합하는 것으로 보이는 점,
여섯째, 처분청은 청구법인이 기존의 건축물을 증축하여 지식산업센터를 설립하고 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대한다고 하더라도 이 건 부동산을 취득할 당시에는 증축하여 증가할 건축면적을 특정할 수 없어 이를 기준으로 그 부속토지를 안분계산하여 감면세액을 산정하기 곤란하므로 나대지를 취득하지 아니하는 이상 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항 제1호에 따른 취득세 감면을 배제하여야 한다는 의견도 제시하고 있으나, 이는 그러한 방법으로 안분계산을 한다고 가정할 경우에 발생하는 과세기술상의 문제로서 이를 감면배제 사유로 보기 어려워 보이는 점,
일곱째, 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항 제1호에 따른 취득세 감면은 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 이를 취득할 당시에 취득세의 감면을 적용하였다가 그 가목에서 규정한 1년의 유예기간 이내에 착공하지 아니하거나 그 나목에서 규정한 5년의 기간이 경과하기 이전에 지식산업센터 이외의 용도로 전용하는 등의 경우에 사후관리하여 감면을 배제하도록 한 규정으로서 청구법인의 경우 현재까지 이러한 추징사유가 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득한 이 건 부동산에 대하여 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항 제1호의 전단에 따라 취득세를 감면함이 타당하다 할 것이다.
따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 부동산에 대한 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
(3) 쟁점①에 대한 청구주장이 받아들여짐에 따라 쟁점②에 대한 청구주장은 심리의 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제123조 제4항과「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
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