1. 처분의 경위

가. 원고는 1996. 1. 12. 대한민국 교육이념에 입각하여 산업사회에서 필요로 하는 학술 또는 전문적인 지식, 기술의 연구와 연마를 통한 산업계의 요구에 부합할 수 있는 현장 적응력이 강한 전문기술자 및 중견기술자를 양성하여 국가기술 경쟁력 향상에 이바지함을 목적으로 하여 설립된 학교법인이다.

나. 원고가 설립인가를 받아 운영하던 전문대학인 00공업대학은 1999. 2. 27., 000000대학교는 1999. 8. 5. 각각 중소기업청장으로부터 창업보육센터사업자로 지정되었으며, 원고는 2004. 2. 25. 별도의 법인인 000000대학교 산학협력단을, 2004. 3. 27. 별도의 법인인 000000대학교(전 00공업대학) 산학협력단을 각 설립하였다.

다. 원고는 아래 표 기재와 같이 토지와 건물을 취득하여 소유하고 있다.

라. 피고는 위 각 산학협력단이 창업보육센터로 사용한 부분인 00시 00동 2121-1 학교용지 중 1,786.3㎡ 및 그 지상 창업보육센터, 공학관 피동 2,406.6㎡, 같은 동 2121-3 학교용지 중 2,147.2㎡ 및 그 지상 건물 1,346㎡, 같은 동 2122-2 학교용지 9,173.7㎡(중소기업관 제2호 신축 이전인 2008. 및 2009.은 5,138.8㎡, 2010.은 4,472㎡) 및 지상 중소기업관 제1호 3,728㎡, 중소기업관 제2호 4,285㎡(이하 위 각 부동산을 통틀어 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)에 대하여 원고가 위 각 부동산을 학교용으로 직접 사용하는 것으로 보아 당초 재산세를 비과세하였다가, 원고의 각 산학협력단이 창업보육센터로 사용하는 부분임을 이유로 재산세 50% 감면대상으로 보아 2011. 10. 7. 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조 제3항[2010년 이전분에 관하여는 구 지방세법(2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제280조 제4항]을 적용하여 2007년부터 2011년까지의 재산세(건축물분) 58,261,590원, 재산세(토지분) 57,559,670원 합계 115,821,260원을 부과고지하고(이하 ‘이 사건 재산세 부과처분’이라 한다), 중소기업관 제1호에 대하여 창업보육센터 면적을 당초 2,631.33㎡로 보았으나, 실제 창업보육센터 사용면적은 3,728㎡로 차이면적 1,096.7㎡에 대하여 취득세와 등록세 감면분에 대한 농어촌특별세 7,796,330원 및 중소기업관 제2호에 대하여 당초 학교용도로 취득세 등을 비과세하였으나, 일부면적(4,285㎡)이 학교용도가 아닌 창업보육센터로 사용되는 것으로 보아 취득세와 등록세 감면분에 대한 농어촌특별세 29,182,310원 합계 36,978,640원을 부과고지하였다(이하 ‘이 사건 농특세 부과처분’이라 하고, 위 재산세 부과처분과 함께 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 자세한 부과내역은 아래와 같다.

마. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2012. 12. 13. 원고의 청구를 기각하였다.

【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7 내지 9, 11, 12호증, 을 제3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 관계법령

별지 기재와 같다.

나. 이 사건 재산세 부과처분의 적법 여부

(1) 원고의 주장

구 지방세법 제186조 제1호(이 사건 각 부동산에 관한 2011년 재산세 부과 처분에 대하여는 구 지방세특례제한법 제41조 제2항이 적용되나, 법령의 내용 및 취지가크게 다르지 않으므로 이하 구 지방세법 제186조 제1호에 따라 판단한다)는 원고와 같은 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 관하여 재산세를 부과하지 않는다고 규정하면서, 다만 수익사업에 사용하는 경우 또는 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다.

원고는 산업사회에서 필요로 하는 전문기술자 및 중견기술자를 양성함을 목적으로 설립된 법인이므로, 산학협력 및 이에 따른 창업보육센터 운영은 원고의 비영리사업인 교육사업의 일환으로 이루어졌다고 보아야 한다. 또한 원고는 위 설립목적에 따라 이 사건 각 부동산을 창업보육센터용으로 사용하면서, 창업보육센터 입주자에 대하여 지도교수를 별도로 배정하고 입주자들의 사업화 수행을 지원하였으므로, 이 사건 각 부동산은 원고의 교육사업 자체에 직접 사용되었다고 보아야 한다. 또한 원고는 창업보육센터 운영요령에 따라 창업보육센터 입주자들로부터 실비 수준의 비용만 지급받았으므로 이를 수익사업에 해당한다고 보기도 어렵다.

따라서, 원고의 창업보육센터 운영이 원고의 교육사업에 해당하지 아니한다거나 수익사업에 해당한다는 전제에서 한 피고의 이 사건 재산세 부과처분은 위법하다.

(2) 관련 법리

구 지방세법 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호, 제186조 제1호, 같은 법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조 제1항 제2호, 제94조 제1항, 제136조 제2항에 의하면, 교육을 목적으로 하는 학교법인이 그 사업에 사용하기 위하여 취득ㆍ등기하고 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 취득세ㆍ등록세ㆍ재산세를 부과하지 않도록 되어 있는바, 사립학교법 제28조와 같은 법 시행령 제12조 등 관계규정의 취지에 비추어 보면, 학교법인이 부동산을 그 사업에 직접 사용한다고 함은 당해 부동산의 사용용도가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 하고, 또한 위 각 법률조항 소정의 비영리사업자가 부동산을 그 사업에 직접 사용하는 것인지 아니면 수익사업에 사용하는 것인지의 여부는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2002. 4. 26. 선고 2000두3238 판결, 대법원 2009. 6. 11. 선고 2007두20027 판결 등 참조).

(3) 인정사실

(가) 원고의 정관 및 대학헌장의 내용은 다음과 같다

(나) 원고는 창업보육센터에 입주하려는 입주자(이하 ‘입주자’라 한다)들과 다음과 같이 입주계약서를 작성하였다.

(다) 원고는 위 입주계약서에 따라 입주자들에게 지도교수를 배정하는 한편, 배정된 지도교수를 멘토로 사업화계획서에 따른 사업을 성공적으로 추진하기 위하여 입주자들과 예비 기술창업자 육성사업 표준협약을 체결하였다. 원고는 이에 따라 창업교육, 지도교수 멘토링을 실시하고, 입주자들에게 필요한 사업지원을 하였으며, 입주자들의 성과를 평가하여 보고서를 작성하기도 하였다.

(라) 한편, 원고가 2011년 1년간 창업보육센터를 운영하면서 입주자들로부터 수수한 관리비는 총 345,495,180원이고, 창업보육센터를 관리하는데 지출한 인건비 및 관리비는 총 363,102,018원이다.

【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제16, 17, 19, 20, 26, 27, 28, 30, 31, 33호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

(4) 판단

(가) 원고의 주장에 대한 판단

위 인정사실로부터 알 수 있는 다음 ① 내지 ④와 같은 사정에 비추어보면, 이 사건 각 부동산은 원고 정관의 목적사업인 산학협력을 위한 창업보육센터 운영에 사용되었으므로 원고의 교육사업 자체에 직접 사용되었다고 봄이 타당하다. 또한 원고의 창업보육센터 운영을 수익사업으로 보기도 어렵다.

① 원고는 대한민국 교육이념에 입각하여 산업사회에서 필요로 하는 학술 또는 전문적인 지식ㆍ기술의 연구와 연마를 통한 산업계의 요구에 부합할 수 있는 현장 적응력이 강한 전문기술자 및 중견기술자를 양성하여 국가 기술 경쟁력 향상에 이바지 함을 목적으로 설립된 학교법인이다. 또한 원고의 대학헌장에 따르면 ‘산업현장 실무에 적응력이 탁월한 전문직업 양성’, ’체계적인 산학연계제도 구축‘, ’현장 중심의 교육 실시‘, ’산업현장기술자 등의 재교육과 신기술 습득’ 등 학교 교육을 산업과 연계하여 실무능력과 전문성을 지닌 기술자를 양성하고, 지역사회와 기업에 이바지할 수 있는 교육을 실시하도록 규정하고 있다. 한편 중소기업창업지원법 제1조는 “중소기업의 설립을 촉진하고 성장 기반을 조성하여 중소기업의 건전한 발전을 통한 건실한 산업구조의 구축에 기여함을 목적”으로 한다고 규정하고, 제2조 제7호는 ‘창업보육센터’를 “창업의 성공 가능성을 높이기 위하여 창업자에게 시설·장소를 제공하고 경영·기술 분야에 대하여 지원하는 것을 주된 목적으로 하는 사업장”이라고 정의하고 있다. 이러한 중소기업창업지원법의 목적은 원고의 정관이나 대학헌장의 취지에 부합한다. 따라서 원고가 창업보육센터를 설립하여 입주자들에게 지도교수를 배정하여 멘토링 및 교육을 실시하고 경영·기술 등을 지원하는 것은, 산학연계제도의 구축 및 산학협력을 통하여 전문적이고 숙련된 기술자들을 양성하는 사업의 일환으로, 원고의 정관에 명시된 목적사업에 해당한다고 보아야 한다.

② 사립학교법 제28조 제2항은 “학교 교육에 직접 사용되는 학교법인의 재산 중 대통령령이 정하는 것은 이를 매도하거나 담보에 제공할 수 없다”고 규정하면서, 동법 시행령 제12조 제1항은 사립학교의 교육에 직접 사용되는 재산으로 교지, 교사(강당을 포함한다), 체육장(실내체육장을 포함한다), 실습 또는 연구시설, 기타 교육에 직접 사용되는 시설ㆍ설비 및 교재ㆍ교구를 규정하고 있다. 앞서 살펴본 법리, 위 법령의 규정형식, 체제 및 문언에 비추어 볼 때, 사립학교법 시행령 제12조 제1항에서 열거하고 있는 재산은 학교 교육에 직접 사용되는 재산에 해당한다고 봄이 상당하다.

③ 한편, 창업보육센터 운영요령에 따르면 창업보육이란 ‘창업기업 및 예비창업자를 대상으로 시설과 장소를 제공하고, 기술의 공동연구·개발 및 지도ㆍ자문, 자금의 지원ㆍ알선, 경영ㆍ회계ㆍ세무 및 법률에 관한 상담 등 창업 및 성장에 필요한 각종 지원을 하는 행위’를 의미한다. 위 운영요령에 따라 원고가 입주자들의 창업 과정에 각종 지원을 함으로써, 입주자들은 창업 과정을 실습하게 된다고 볼 수 있다. 따라서 창업보육센터로 사용되는 이 사건 각 부동산은 일종의 실습시설로 봄이 상당하다. 위 ②항에서 살펴본 바와 같이 사립학교법은 실습시설을 학교 교육에 직접 사용되는 재산으로 보고 있으므로 원고의 창업보육센터 운영에 제공된 이 사건 각 부동산 또한 실습시설로써 원고의 교육사업에 직접 사용되었다고 보아야 한다.

④ 또한, 창업보육센터 운영요령 제26조 제1항에 따르면, 창업보육센터는 입주자들에게 입주보증금, 관리비, 시설 및 장비 사용료 등 실비를 부담시킬 수 있다고 규정하고 있고, 원고는 위 규정에 따라 입주보증금 외에 전기, 수도 등의 비용인 관리비 평당 20,000원을 수령하였으며, 2011년경에는 입주자들로부터 받은 관리비보다 초과하여 비용을 지출하였다. 그렇다면 원고는 입주자들로부터 실비 이상의 비용을 지급받았다고 인정하기 어려우므로 원고가 창업보육센터를 영리 목적으로 운영하였다고 보기는 어렵다.

(나) 피고의 주장 및 이에 대한 판단

① 이에 대하여 피고는 원고의 창업보육센터 운영이 원고의 교육사업에 해당된다고 보더라도 창업보육센터 운영요령에 따른 방식이므로 구 지방세법 제280조 제4항에 의하여만 감면할 수 있다고 주장한다. 그러나 구 지방세법 제294조에 따르면 “동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면함에 있어 2 이상의 감면규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다”고 규정하고 있으므로, 감면율이 높은 구 지방세법 제186조 제1호에 따라 재산세를 감면함이 타당하다.

② 또한 피고는 이에 대하여 창업보육센터 입주계약서 제15조에 따라 원고는 성공기금을 수령하였으므로 수익사업이라고 주장한다. 그러나 원고가 수령여부가 불투명한 성공기금 수익을 목적으로 창업보육센터를 운영하였다고 보기는 어려우므로, 이와 같은 금원의 취득으로 인해 이 사건 각 부동산의 사용이 수익사업으로 된다고 볼 수 없다.

(5) 소결

따라서 이 부분 원고의 주장은 이유 있으므로, 이 사건 재산세 부과처분은 위법하다.

다. 이 사건 농특세 부과처분의 적법 여부

(1) 원고의 절차적 위법 주장에 대한 판단

(가) 원고의 주장

피고는 이 사건 농특세 부과처분을 하면서 부과의 근거법령을 전혀 기재하고 있지 않은바, 구 지방세법 제25조 제1항, 같은 법 시행령 제8조의 규정에 의한 필요적 기재사항을 누락한 것으로 위법하다.

(나) 판단

원고가 절차적 위법의 근거로 주장하는 구 지방세법 제25조, 같은 법 시행령 제8조는 ‘납세의 고지’에 대한 규정이기는 하나, 고지의 방식에 관하여는 이 사건 각 처분을 고지한 2011. 10. 7.경 시행되고 있는 법령을 기준으로 적용하여야 한다.

2011. 10. 7. 기준으로는 2010. 3. 31. 법률 제10219호로 제정된 지방세기본법 제55조 제1항 및 같은 법 시행령 제36조에 의하여 판단하여야 하므로, 원고가 위 법령에 근거하여 이 사건 농특세 부과처분의 절차적 위법 주장을 하고 있는 것으로 선해하여 살펴보기로 한다.

지방세기본법 제55조 제1항은 지방세를 징수하려면 지방자치단체의 장은 납세자에게 그 지방세의 과세연도·세목·세액 및 그 산출근거·납부기한과 납부장소를 구체적으로 밝힌 문서로 고지하여야 한다고 규정하고, 같은 법 시행령 제36조는 법 제55조에 따른 납세의 고지는 납부할 지방세의 과세연도와 세목ㆍ세액ㆍ납부기한(제1호), 세액의 산출근거와 납부장소(제2호)를 적은 납세고지서 또는 납부통지서로 하여야 한다고 규정하고 있는바, 원고가 주장하는 부과의 근거법령은 납세고지서 또는 납부통지서의 필요적 기재사항에 해당하지는 않는다.

나아가 갑 제4, 7, 9호증의 각 기재에 의하면, 2011. 8. 9.자 지방세 과세예고서 및 첨부된 과세예고내역에 납부할 지방세의 과세연도와 세목ㆍ세액ㆍ납부기한, 세액의 산출근거가 기재되어 있는 사실, 2011. 10. 7.자 지방세 부과고지서 및 첨부된 부과고지내역서, 고지서에 납부할 지방세의 과세연도와 세목ㆍ세액ㆍ납부기한, 세액의 산출근거와 납부장소가 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있고, 위 인정사실에 의하면 피고는 관련 법령에서 규정하는 필요적 기재사항을 모두 기재한 납세고지서 또는 납부통지서로서 원고에게 납세의 고지를 한 것으로, 부과의 근거법령을 기재하지 아니하였다고 하여 이 사건 농특세 부과처분이 위법하다고 볼 수 없다.

(다) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 감면요건 위법 주장에 대한 판단

(가) 원고의 주장

원고는 중소기업관 제1호와 중소기업관 제2호(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)를 취득한 이후 원고의 교육사업에 직접 사용한 반면, 수익사업에 사용하지는 않았으므로, 구 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호에 따라 취득세와 등록세를 감면받았다. 그런데 구 농어촌특별세법(2010. 3. 31. 법률 제10220호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제12호 및 같은 법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22396호로 개정되기 전의 것) 제4조 제6항 제5호는 위 구 지방세법 조항에 따라 감면받은 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 않는다고 규정하고 있으므로, 이 사건 농특세 부과처분은 위법하다(원고는 제1심에서 사회기반시설에 해당하므로 농어촌특별세가 비과세된다고 주장하였으나, 항소심에서 구 지방세법 제186조 제1호에 따라 이 사건 재산세 부과처분이 위법하다고 주장하고 있으므로 이 사건 농특세 부과처분에 관하여도 위와 같은 주장으로 하는 것으로 보아 판단한다).

(나) 판단

국세기본법 제18조 제2항은 “국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.”고 규정하고, 같은 법 제21조 제1항 제10의4호는 농어촌특별세는 본세의 납세의무가 성립하는 때 성립한다고 규정하고 있다. 또한 이 사건 농특세 부과처분의 본세가 되는 구 지방세법 제29조 제1항 제1호는 취득세 성립시기를 취득세 과세물건을 취득하는 때로 규정하고, 같은 항 제2호는 등록세 성립시기를 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때라고 규정하고 있다. 중소기업관 제1호 건물은 2007. 12. 18. 소유권을 취득하여 2008. 1. 18. 등기하였고, 중소기업관 제2호 건물은 2010. 10. 29. 소유권을 취득하여 2010. 11. 23. 등기한 사실은 앞서 살펴본 바와 같으므로, 위 각 시점에 해당하는 농어촌특별세법에 따라 이 사건 농특세 부과처분의 적법성을 판단하여야 한다(이 사건에 적용되는 농어촌특별세법의 내용은 구 농어촌특별세법과 동일하므로 이에 따라 판단하기로 한다).

구 농어촌특별세법 제2조 및 제3조는 지방세법에 의하여 취득세 또는 등록세를 감면받은 자를 농어촌특별세의 납세의무자로 규정하고, 다만 같은 법 제4조 제12호는 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하면서, 같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호는 지방세법 제107조 제1호, 지방세법 제127조 제1항 제1호에 따라 감면받은 경우에도 부과하지 않는 경우에 해당한다고 규정하고 있다.

한편 원고가 이 사건 각 부동산을 원고의 교육 사업에 직접 사용한 경우에 해당함은 앞서 본 바와 같다. 그런데, 위 법령에 따르면 원고와 같이 이 사건 각 부동산을 원고의 교육 사업에 직접 사용한 경우에는 구 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호에 따라 취득세 및 등록세를 감면받게 되므로, 농어촌특별세를 부과할 수 없는 경우에 해당한다.

(다) 이에 대하여 피고는 원고가 이 사건 건물을 창업보육센터용으로 취득하여 취득세 및 등록세를 감면받았으므로, 농어촌특별세 부과대상이라고 주장하나, 원고가 취득세 및 등록세를 감면받은 사유가 창업보육센터용이라는 사정만으로 농어촌특별세 부과대상이라고 단정할 수 없고, 앞서 본 바와 같이 농어촌특별세 감면사유가 별도로 적용되는지 여부를 판단하여야 하는 것으로, 위와 같은 주장을 그대로 받아들일 수 없다.

(3) 소결

따라서 이 사건 농특세 부과처분 역시 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용할 것인바, 제1심 판결 중 원고 패소 부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고, 취소하는 부분에 대한 원고의 부대항소를 인용하여 이 사건 재산세 부과처분을 취소하고, 피고의 항소는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.