1. 처분의 경위

가. 원고는 고등교육 등을 목적으로 설립된 학교법인으로서 용인시 처인구 모현면에 한국외국어대학교 용인캠퍼스를 운영하고 있는데, 학생들의 기숙사로 사용할 목적으로위 모현면 왕산리 산55-4 외 474필지 위에 5개동의 기숙사건물(이하 ‘이 사건 기숙사’라고 한다)을 신축한 다음, 2012. 3. 5. 이 사건 건물에 관한 소유권보존등기를 경료하였다.

나. 피고는 이 사건 기숙사가 지방세특례제한법 제42조 제1항에서 규정하고 있는 ‘학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당한다는 이유로 취득세를 면제하는 대신, 농어촌특별세법 제3조 제1호를 적용하여 2012. 2. 21. 원고에 대하여 이 사건 기숙사의 취득세 관련 농어촌특별세 302,882,340원의 부과처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

다. 원고는 2012. 3. 29. 피고에게 ‘이 사건 기숙사는 교내에 위치하고 있고, 외국어 교육사업을 위한 것’이므로 지방세특례제한법 제41조 제1항 규정을 적용하여 농어촌특별세를 비과세하여야 한다며 경정청구하였으나, 피고는 2012. 3. 30. 원고에게 위 경정청구에 대하여 거부통지(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다)하였다.

라. 이에 원고는 2012. 4. 12. 경기도지사에게 위 처분에 대하여 이의신청을 하였으나, 경기도지사는 2012. 6. 27. 원고의 이의신청을 기각하는 결정을 하였고, 위 결정은 2012. 7. 3. 원고에게 송달되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1~4호증, 을 제1~4호증의 각 기재(가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소의 적법 여부

가. 피고의 본안 전 항변

농어촌특별세는 본세에 부가하여 부과하는 세금으로서 ‘국세’에 해당하므로 이에 대한 불복절차는 국세기본법 제56조에 따라야 할 것인바, 심사청구 또는 심판청구를 거치지 아니한 이 사건 소는 필요적 전심절차를 거치지 아니한 것이어서 부적법하다.

나. 판단

살피건대, 원고에게 부과된 농어촌특별세는 지방세인 부동산 취득세에 부가되는 세금인 사실은 앞서 본 바와 같고, 농어촌특별세법 시행령 제9조에서 농어촌특별세의 불복절차에 관하여 ‘지방세를 본세로 하는 농어촌특별세에 대한 이의신청 및 심사청구에 관하여는 지방세기본법의 예에 따른다’고 규정하고 있는 점에 비추어 보면, 이 사건 부과처분 및 거부처분에 대한 불복절차는 지방세기본법 제127조에 따라 지방세법상의 심사청구, 심판청구 등의 전심절차를 거치지 아니하고 곧바로 취소소송을 제기할 수 있다 할 것이다. 따라서 피고의 위 항변은 이유 없다.

3, 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 기숙사는 원고가 교육사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득한 경우에 해당하므로 지방세특례제한법 제41조 제1항, 농어촌특별세법 제4조 제12호, 같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호에 의하여 농어촌특별세가 비과세되어야 함에도, 농어촌특별세를 부과한 이 사건 부과처분 및 거부처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것) 제41조 제1항에서 학교가 해당사업에 사용하기 위한 부동산의 취득을 비과세대상으로 규정하는 한편, 그 단서에서 수익사업에 사용하는 경우 취득세를 추징한다고 규정하였다가, 2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정된 지방세특례제한법 제41조 제1항에서 수익사업 추징규정을 삭제하고 학교가 해당사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산의 취득세를 2012. 12. 31.까지 면제한다는 한시규정을 두었으며, 이후 2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정된 지방세특례제한법 제41조 제1항에서 위 수익사업 추징규정이 부활하였다. 한편, 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것) 제42조 제1항은 고등교육법 제2조 제1호부터 제5호까지의 학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012. 12. 31.까지 면제한다고 규정하고 있다. 그리고 농어촌특별세법 제3조 제1호에서는 지방세특례제한법에 의하여 취득세가 감면되는 자는 농어촌특별세를 납부할 의무가 있다고 규정하는 한편, 제4조 제12호, 같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호에서 농어촌특별세의 비과세대상에 대해 규정하면서, 지방세특례제한법 ‘제41조 제1항’에 의하여 취득세가 비과세되는 경우는 위 비과세 대상에 포함시키면서도, 같은 법 ‘제42조 제1항’에 의하여 취득세가 면제되는 경우는 위 비과세 대상에서 빠져 있어, 이 사건과 같은 대학교 기숙사의 경우에는 학교가 해당 사업에 사용하기 위해 취득하는 다른 부동산들과 달리 농어촌특별세 면제대상에서 제외되는 것이 아닌가라는 의문이 있을 수 있다.

(2) 살피건대, 갑 제5~14, 16호증의 각 기재(가지번호 포함)와 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 지방세특례제한법 제42조 제1항을 둔 취지는 대학교가 취득하는 기숙사 건물의 경우에는 수익사업에 사용하는 경우라도 특별히 한시적으로 취득세를 감면받을 수 있게 함으로써 대학교 기숙사의 신축을 위한 민간투자 활성화의 유인을 마련하고자 하는데 있으므로, 만약 수익사업에 사용하지 아니하는 대학교 기숙사까지도 위 제41조 제1항이 아닌 위 제42조 제1항을 근거로 취득세를 감면받는다고 해석한다면, 수익사업에 사용하지 아니하는 대학교 기숙사의 경우 위 제41조 제1항이 적용되어 취득세는 물론 농어촌특별세까지 면제받을 수 있었던 것이 위 제42조 제1항으로 인해 오히려 농어촌특별세의 부과대상에 해당하게 되는바, 이는 특별히 위 제42조 제1항을 둔 입법취지에 반하는 해석으로서 불합리하다고 할 것인 점, ② 이 사건 기숙사 신축사업은 ‘한국외국어대학교 용인캠퍼스 제2기숙사 유한회사(이하 ’기숙사 관리회사‘라고 한다)’ 및 주식회사 현대산업개발이 공동으로 참여한 BTO(Build - Transfer- Operate) 방식의 민간투자사업으로 시행되었으나, 현재는 원고의 부속기관인 기숙사 관리회사가 100% 지분을 취득하여 이를 관리운영하고 있고, 달리 이를 수익사업에 사용한다고 볼 만한 사정이 엿보이지 않는 점, ③ 지방세특례제한법 제41조 제1항에서 학교가 당해 부동산을 ‘그 해당 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, 이는 학교의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것인바, 이 사건 기숙사는 한국외국어대학교 용인캠퍼스 부지 내에 신축되어 위 캠퍼스에 재학 중인 학생들이 입실한 후 이를 주거시설, 세미나실, 어학실 등으로 사용하고 있으므로 원고가 이를 자신의 교육사업에 직접 사용하고 있다고 볼 수 있는 점, ④ 앞서 본 바와 같이 이 사건 부과처분 당시에는 지방세특례제한법 제41조 제1항의 수익사업 추징규정이 한시적으로 일시 삭제된 적이 있었으나, 위와 같은 취득세 면제대상 확대 취지를 오히려 농어촌특별세법 부과대상 확대 취지로 해석할 수는 없는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 기숙사의 취득은 지방세특례제한법 제41조 제1항에 의하여 취득세 비과세대상에 해당한다.

(3) 따라서 이 사건 기숙사 취득에 대하여는 농어촌특별세법 제4조 제12호, 농어촌특별세법 시행령 제4조 제6항 제5호에 따라 농어촌특별세를 부과할 수 없다 할 것이므로 이 사건 부과처분 및 거부처분은 모두 위법하다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.