1. 처분의 경위 및 이 사건 소의 적법 여부

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결문 제2면 8행 “2012. 3. 5. 이 사건 건물에 관한 소유권보존등기를 경료하였다.”를 “2011. 8. 22. 이 사건 기숙사에 관한 사용승인을 받아 2012. 3. 5. 이 사건 기숙사에 관한 소유권보존등기를 경료하였다”로 변경하는 외에는 제1심 판결의 이유와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 기숙사는 원고가 교육사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득한 경우에 해당하므로 지방세특례제한법 제41조 제1항, 농어촌특별세법 제4조 제12호, 같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호에 의하여 농어촌특별세가 비과세되어야 함에도, 농어촌특별세를 부과한 이 사건 부과처분 및 거부처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 기숙사의 취득 시기 및 그 과세 관련 적용 법률

지방세법 시행령 제20조의 제6항에 의하면, 이 사건 기숙사의 취득시기는 그 사용승인서를 받은 2011. 8. 22.로 보아야 하므로, 그 취득과 관련하여 구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것)의 적용을 받는다.

(2) 관계 법령의 해석상 문제점

구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것) 제41조 제1항에서 학교가 해당사업에 사용하기 위한 부동산의 취득을 비과세대상으로 규정하는 한편, 그 단서에서 수익사업에 사용하는 경우 취득세를 추징한다고 규정하였다가, 2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정된 지방세특례제한법 제41조 제1항에서 수익사업 추징규정을 삭제하고 학교가 해당사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산의 취득세를 2012. 12. 31.까지 면제한다는 한시규정을 두었으며, 이후 2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정된 지방세특례제한법 제41조 제1항에서 위 수익사업 추징규정이 부활하였다. 한편, 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것) 제42조 제1항은 고등교육법 제2조 제1호부터 제5호까지의 학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012. 12. 31.까지 면제한다고 규정하고 있다. 그리고 농어촌특별세법 제3조 제1호에서는 지방세특례제한법에 의하여 취득세가 감면되는 자는 농어촌특별세를 납부할 의무가 있다고 규정하는 한편, 제4조 제12호, 같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호에서 농어촌특별세의 비과세대상에 대해 규정하면서, 지방세특례제한법 ‘제41조 제1항’에 의하여 취득세가 비과세되는 경우는 위 비과세 대상에 포함시키면서도, 같은 법 ‘제42조 제1항’에 의하여 취득세가 면제되는 경우는 위 비과세 대상에서 빠져 있어, 이 사건과 같은 대학교 기숙사의 경우에는 학교가 해당 사업에 사용하기 위해 취득하는 다른 부동산들과 달리 농어촌특별세 면제대상에서 제외되는지 여부가 문제된다.

(3) 이 사건 기숙사에 적용될 법규에 관하여

살피건대, ① 구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것) 제41조 제1항에서 학교 등이 ‘그 해당 사업에 사용’하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하도록 규정하고 있는바, 위 규정의 문리적 해석상 기숙사가 학교의 교육사업에 사용되는 경우에 위 조문에서 규정한 ‘해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에서 제외할 아무런 이유가 없는 점, ② 같은 법 제42조 제1항을 둔 취지는 대학교가 취득하는 기숙사 건물의 경우에는 수익사업에 사용하는 경우라서 같은 법 제41조 제1항에 의해 취득세를 감면받을 수 없는 경우이더라도 특별히 한시적으로 취득세를 감면받을 수 있게 함으로써 대학교 기숙사의 신축을 위한 민간투자 활성화의 유인을 마련하고자 하는데 있으므로, 만약 수익사업에 사용하지 아니하는 대학교 기숙사까지도 같은 법 제41조 제1항이 아닌 같은 법 제42조 제1항을 근거로 취득세를 감면받는다고 해석한다면, 수익사업에 사용하지 아니하는 대학교 기숙사의 경우 같은 법 제41조 제1항이 적용되어 취득세는 물론 농어촌특별세까지 면제받을 수 있었던 것이 같은 법 제42조 제1항으로 인해 오히려 농어촌특별세의 부과대상에 해당하게 되는바, 이는 특별히 같은 법 제42조 제1항을 둔 입법취지에 반하는 해석으로서 불합리하다고 할 것인 점, ③ 수익사업에 사용하는지 여부를 묻지 않고 모든 대학교 기숙사에 대하여 취득세 등 감면에 적용될 법규를 오직 같은 법 제42조 제1항으로만 볼 경우, 중·고등학교의 기숙사에 대하여는 같은 법 제41조 제1항이 적용됨에 반하여 훨씬 더 많은 수요가 있어서 신축이 필요한 대학교 기숙사에 대하여는 오히려 감면 범위를 더 제한할 수 있는 같은 법 제42조 제1항이 적용되게 되어 형평의 이념에 반하는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 기숙사에 관한 취득세의 감면에 대해 적용되는 법규는 수익사업에 사용하는지 여부에 따라 같은 법 제42조 제1항 또는 같은 법 제41조 제1항이라고 할 것이다.

(4) 이 사건 기숙사에 대한 취득세 감면의 근거 법규

갑 제5 내지 14호증, 제16호증의 각 기재(가지번호 포함)와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 기숙사는 한국외국어대학교 용인캠퍼스 부지 내에 신축되어 위 캠퍼스에 재학 중인 학생들이 입실한 후 이를 주거시설, 세미나실, 어학실 등으로 사용하고 있으므로 원고가 이를 자신의 교육사업에 직접 사용하고 있다고 볼 수 있는 점, ② 이 사건 기숙사 신축사업은 ‘한국외국어대학교 용인캠퍼스 제2기숙사 유한회사(이하 ’기숙사 관리회사‘라고 한다)’ 및 주식회사 현대산업개발이 공동으로 참여한 BTO(Build - Transfer- Operate) 방식의 민간투자사업으로 시행되었으나, 현재는 원고의 부속기관인 기숙사 관리회사가 100% 지분을 취득하여 이를 관리운영하고 있다는 점 등을 종합하면, 이 사건 기숙사는 수익사업에 사용되었다고 볼 수 없으므로 이 사건 기숙사의 취득은 같은 법 제41조 제1항에 의하여 취득세 면제대상에 해당한다.

(5) 소결

따라서 이 사건 기숙사 취득에 대하여는 농어촌특별세법 제4조 제12호, 농어촌특별세법 시행령 제4조 제6항 제5호에 따라 농어촌특별세를 부과할 수 없다 할 것이므로 이 사건 부과처분 및 거부처분은 모두 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.