2. 주장 및 판단

가. 청구원인에 대한 판단

위 인정사실에 의하면, 원고의 사용승낙일 이후 부과되는 조세 및 공과금은 피고가 부담하기로 약정한 이 사건 특약에 따라 피고는 특별한 사정이 없는 한 원고에게 2011. 8. 5. 이후 원고가 납부한 지방세 합계 35,729,439원 및 이에 대한 지연손해금을지급할 의무가 있다.

나. 피고의 주장에 대한 판단

(1) 법규 위반 주장에 대한 판단

피고는, 지방세특례제한법 제45조 제1항에 따라 재산세 등이 면제되는 법인인 피고에게 지방세 등을 부담하도록 한 이 사건 특약은 강행법규인 위 법률조항 위반으로서 무효일 뿐만 아니라, 원고는 다른 여러 공공기관과도 이 사건 특약과 같은 내용이 포함된 매매계약을 체결하고도 실제로 제세공과금을 청구한 사례가 없는데 유독 피고에 대하여만 이를 청구하고 있으므로 이는 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제23조 제1항 1호 및 제4호에 해당되어 위법하다고 주장한다.

그러므로 보건대, 지방세특례제한법의 면제조항이 감면대상자가 제3자와의 합의에 따라 제3자에게 부과되는 세금을 대납해 주겠다고 약정하는 것까지 금지하는 규정이라고 볼 수는 없고, 이 사건 특약은 피고에게 직접 세금이 부과되도록 하는 내용의 약정이 아니라 원고가 부담주체인 세금을 토지사용승낙의 대가로서 피고가 원고에게 보전하여 준다는 약정에 불과하므로 이 사건 특약이 지방세특례제한법에 위반된다는 피고의 위 주장은 이를 받아들일 수 없다.

또한 이 사건 특약 자체가 원고에게 일방적으로 유리한 내용을 담고 있다고 보기 어려울 뿐만 아니라 피고 주장에 의하더라도 다른 공공기관과도 이 사건 특약이 포함된 내용의 매매계약을 체결하였다는 것이어서 현실적인 청구를 피고에게만 하고 있다는 사정만으로는 원고가 거래의 상대방을 차별하여 취급하는 것이라고 보기도 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 피고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(2) 토지사용승낙의 효력에 대한 주장에 관한 판단

피고는, 원고의 1차 승낙이 건축허가신청 철회로 그 효력을 상실하였을 뿐만 아니라 원고가 2차 승낙 직후 다시 2차 승낙의 효력을 보류하여 피고가 토지대금을 완납할 때까지 사실상 토지사용승낙을 받았다고 볼 수 없고 착공이 이루어질 수 있는 상태도 아니었으므로 제세공과금을 원고가 부담하여야 한다고 주장하나, 원고가 1차 사용 승낙을 한 이상 이 사건 토지는 피고가 사용, 수익할 수 있는 상태가 되어 피고의 지배하에 있게 되었다고 할 것이고 피고가 이후 건축허가신청을 철회하였다고 하더라도 이는 시설규모 보완통보에 따라 건축허가신청을 보완하기 위한 피고 측 사유로서 이후 피고가 새로이 건축허가신청을 하기까지 이 사건 토지를 실제로 사용, 수익하지 아니하였다고 하더라도 여전히 이 사건 토지는 피고의 지배하에 있었다고 할 것이므로 위 건축허가신청 철회 이후 이 사건 토지가 다시 원고의 지배하에 있게 되었다는 점에 대한 별도의 주장, 입증이 없는 이상 피고의 위 주장은 이를 받아들일 수 없다.

(3) 이중부담 내지 권리남용 주장에 대한 판단

피고는, 원고가 피고와 매매계약을 체결할 당시 사업기간 중 원고가 부담할 제세공과금을 이미 반영하여 매매대금(조성원가)을 산출하였음에도 피고에게 또 다시 세금을 부담케 하는 것은 이중 부담을 하게 하는 행위로서 부당할 뿐만 아니라, 원고는 2차 승낙서를 교부하고도 토지대금이 완납될 때까지 그 효력을 다시 보류시켰으므로 원고가 피고에게 지방세의 지급을 구하는 것은 신의성실의 원칙에 위반되거나 권리남용의 위법한 청구라고 주장하므로 보건대, 매매대금 산정에 원고가 부담할 제세공과금이 반영되었다고 하더라도 이는 일반적, 추상적으로 산정되는 근거에 기한 반영으로 보여 실제로 사용승낙 이후에 개별적, 구체적으로 부과되는 제세공과금을 매수자 측에서 대납하기로 하는 이 사건 특약이 매수자에게 이중 부담을 지우는 것이라고 보기 어려울 뿐만 아니라, 원고가 2차 사용승낙 이후 사용승낙의 효력을 보류하기는 하였으나 이는 종전의 분쟁에 비추어 사용승낙을 하더라도 피고가 제세공과금을 부담하지 않을 수 있겠다는 판단에서 비롯된 것으로 보이고 승낙의 효력이 보류된 기간도 피고가 잔금을 완납할 때까지의 2주 정도에 불과하여 원고의 청구가 신의성실의 원칙에 위반된다거나 권리남용이라고 보기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없다.