1. 원 처분의 요지

가. 청구인은 교내 부지가 협소하여 교외에 있는 건물을 취득하여 남학생 기숙사로 사용하기로 결정한 후 2012. 2. 1.과 같은 해 2. 8. 대구광역시 △△구 △△동 △△ 외 2필지 지상 다가구주택 3개동(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 취득하고, 취득세 및 지방교육세 계 105,382,600원을 신고 납부하였다.

나. 청구인은 2013. 3. 18. 남학생 기숙사로 사용 중인 이 사건 부동산은 지방세특례제한법 제41조 제1항의 규정에 따른 학교가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당하여 취득세 면제대상이므로 기 납부한 취득세 등 계 105,382,600원을 환급해 달라고 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 2013. 4. 8. 이 사건 부동산이 ｢건축법 시행령｣ 제3조의4에서 규정하고 있는 기숙사에 해당하지 않는다는 사유로 경정청구를 거부하는 통지를 하였다.(이하 “이 사건 경정청구 거부처분”이라 한다)

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건의 청구 취지는 이 사건 경정청구 거부처분을 취소하고 기 납부한 취득세 등을 환급하게 해 달라는 것이다.

나. 청구 이유

청구인이 이 사건 부동산을 취득한 사유는 남학생 기숙사로 사용하기 위한 것으로 ｢지방세특례제한법｣ 제41조 제1항에서 학교가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하고 있는데, 강의실, 교수연구실, 대학본부, 학생기숙사, 강당 등과 같이 해당 부동산의 사용용도가 대학의 구성원으로서 필요불가결한 존재인 학생 및 교직원의 교육 및 연구활동에 직접 사용되는 것은 해당 사업에 직접 사용되는 것으로 보아야 하고, 이 사건 부동산은 같은 법 제42조 제1항에 따른 기숙사에도 해당되므로 이 사건 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건의 다툼은 이 사건 부동산을 청구인이 해당 사업에 사용하기 위해 취득한 부동산으로 볼 수 있는지 여부 등이다.

나. 인정 사실

이 사건 관련 기록을 검토해 보면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

⑴ 청구인은 1955. 2. 5. 재단법인 ▥▥기독대학을 모태로 출발하여 1971. 9. 20. 현재의 명칭으로 법인등기를 하였으며 산하에 ▥▥대학교, ▥▥문화대학교1)1) 2013. 3. 1. ▥▥문화대학에서 ▥▥문화대학교로 교명 변경, ▥▥유치원을 운영하고 있다.

⑵ 청구인은 산하 구 ▥▥문화대학의 교내 기숙시설이 협소하여 기숙사 수용률(4.9%)이 대구지역 전문대학의 평균 수용률(6.4%)보다 낮고, 여학생 수용률(6.4%) 대비 남학생 수용률(2.9%)이 낮아 이를 개선하기 위해 2011. 6. 28.과 같은 해 10. 28. 남학생 기숙사 용도로 학교 인근의 원룸 계 3동을 매입하기로 이사회의 승인을 받았다.

⑶ 청구인이 2012년 2월 취득한 이 사건 부동산은 다가구주택으로 학교에서 약 200m 밖에 위치하고 있으며, 그 내역은 다음과 같다.

⑷ 청구인은 ‘⑶항’과 같이 이 사건 부동산을 취득한 후 남학생 기숙사로 사용하고 있는데 학생들의 입사 현황은 다음과 같다.

⑸ 2013. 6. 3. 처분청 소속 공무원이 작성한 출장복명서를 보면 이 사건 부동산은 다가구주택으로 출입구에 카드를 통해 출입하고, 개별취사가 가능하며, 화장실과 욕실은 내부에 설치되어 독립된 주거의 형태를 갖추고 있고, 2인 1실로 남학생들의 기숙사로 사용되고 있는 것으로 되어 있다.

⑹ 청구인의 정관 제6조를 보면 법인의 자산은 기본자산과 보통자산으로 구분하되 기본자산은 교육용 기본자산과 수익용 기본자산으로 구분하여 관리하도록 규정하고 있다.

⑺ 청구인은 2012. 5. 1. 대학시설 보유현황을 교육과학기술부(현 교육부)에 보고하면서 이 사건 부동산을 교육용재산(교사기준시설 중 지원시설)으로 보고하였다.2)2) 대학설립 운영규정 제11조에 대학을 설립·경영하는 자 및 대학의 장은 교사·교지·교원 및 수익용기본재산 등의 보유현황을 매년 4월 30일까지 교육부장관에게 보고하도록 되어 있음

다. 관계 법령

9. 청구인은 2010. 4. 12. ⓘⓘⓘ에게 iii에 있는 토지와 건물에 대한 취득세 1,468,825,140원 및 농어촌특별세 146,882,510원 등 계 1,615,707,650원을 신고·납부하였다.

10. 청구인은 2010. 4. 12. ⓙⓙⓙ에게 jjj에 있는 JJJ 골프회원권에 대한 취득세 1,597,170원 및 농어촌특별세 159,710원 등 계 1,756,880원을 신고·납부하였다. 취득세 등 신고·납부 내역

다. 관계 법령

이 사건과 관계되는 법령은 지방세특례제한법(2012. 3. 21. 법률 제11397호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제1항 등으로서 [별지] 기재와 같다.

라. 판단

청구인은 이 사건 부동산을 학생기숙사 용도로 취득하여 그 목적대로 사용하고 있으므로 해당 사업에 직접 사용되는 것으로 보아 지방세특례제한법 제41조 제1항에 따라 취득세를 면제해야 한다고 주장한다.

지방세특례제한법 제41조 제1항의 규정을 보면 학교가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하도록 되어 있다.

그리고 부동산을 해당 사업에 사용한다는 것은 현실적으로 부동산의 사용용도가 사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다.3)3) 대법원 2005. 12. 23. 선고 2004다58901 판결 참조

살피건대, 인정사실 ‘⑵항’ 내지 ‘⑷항’과 같이 청구인은 학교 부지가 협소하여 교내에 기숙시설을 갖추는 것이 어렵게 되자 학교 인근에 있는 건물을 취득하여 남학생 기숙사로 사용하기로 하고, 이 사건 부동산을 취득하여 실제 남학생 기숙사로 사용하고 있으며, 인정사실 ‘⑺항’과 같이 청구인이 대학시설 보유현황을 교육과학기술부(현 교육부)에 보고하면서 이 사건 부동산을 기숙사용도로 하여 교육용재산으로 보고한 사실 등을 종합하여 볼 때 이 사건 부동산은 청구인이 수행하는 사업 자체에 직접 사용되는 것으로 판단된다.

이에 대하여 처분청은 이 사건 부동산이 건축법 시행령 제3조의4에서 규정하고 있는 기숙사에 해당하지 않아 취득세 면제 대상이 아니라고 주장하나, 이는 지방세특례제한법 제41조 제1항에서 해당 부동산이 학교 부지 내에 위치하여야 한다거나 건축법 시행령에서 정한 요건을 충족하는 부동산이어야 할 것을 비과세 요건으로 규정하고 있지 아니할 뿐만 아니라, 해당 사업에 사용 여부는 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 하여 과세 여부를 판단하여야 한다는 법리에도 어긋나는 것이다.

따라서 이 사건 부동산은 청구인이 해당 사업에 사용하기 위해 취득한 부동산이고, 청구인이 이 사건 부동산을 수익사업에 사용한다고 볼 만한 증거도 없으므로 이 사건 부동산은 취득세 면제대상에 해당한다고 할 것이다.

따라서 공정거래법상 지주회사에 해당하는 청구인에 대하여 이 사건 법률조항을 적용하지 않고 한 이 사건 처분이 위법하다는 청구인의 주장은 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 경정청구 거부처분은 잘못이 있고, 심사청구는 이유 있다고 할 것이므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.