3. 당원의 판단

  이 사건 심사청구의 다툼은 합병장려업종을 영위하는 중소기업간의 통합에 의하여 존속법인이 취득한 이 사건 부동산이 등록세 등의 면제대상에 해당되는지의 여부 및 처분청이 청구인으로부터 등록세 등을 자진신고납부받아 이를 그대로 수납한 행위가 당연무효에 해당되는지 여부에 있다.

  먼저 청구인이 이 사건 부동산을 취득ㆍ등기한 경위와 이에 대하여 처분청이 행한 이 사건 징수결의를 보면, 청구인은 1995. 6. 8. 섬유제조 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 같은 해 12.31. 같은 업종을 영위하는 청구외 ㅇㅇㅇ의 사업장인 ㅇㅇ물산을 통합하기로 계약을 체결하고 ㅇㅇ감정평가사무소에 그의 재산을 감정평가 의뢰하여 평가한 결과 이 사건 부동산을 포함한 자산총액 1,321,746,564원, 부채총액 1,071,874,012원으로 자산총액에서 부채총액을 뺀 순자산가액 249,872,552원을 현물출자받고 청구외 ㅇㅇㅇ에게 1996. 5. 6. 주식 15,000주(1주의 금액 10,000원×15,000주=150,000,000원)를 배당하고 나머지 99,872,552원을 포기받은 사실, 청구인은 1996. 5.20. 과세관청을 방문하여 구두로 등록세 면제신청을 하였으나 과세관청이 이를 받아들이지 않자 같은 해 6.10. 당원에 등록세면제신청에 대한 결정유보에 관한 심사청구를 제기하고 같은 해 6.12. 가산세부담회피와 신속한 소유권이전등기의 필요성에 의하여 과세관청으로부터 등록세 자납용고지서를 교부받아 등록세를 자진납부하고 같은 해 7. 5. 위 등록세면제신청에 대한 결정유보에 관한 심사청구를 취하함과 동시에 동일자로 이 사건 심사청구를 제기한 사실 그리고 처분청에서는 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자인 ㅇㅇㅇ이 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장인 위 ㅇㅇ물산의 1년간 평균순자산가액보다 적다는 이유로 이 사건 부동산에 대하여 등록세 면제대상에 해당되지 아니한다고 보고, 청구인이 1996. 6.12. 등록세등 13,429,640원을 신고납부하자 같은 해 6.29. 이 사건 징수결의를 한 사실이 관계자료에 의하여 인정된다.

  다음으로 관계법령의 규정을 보면, 구 조세감면규제법(1997. 8.30. 법률 제5402호로 개정되기 전의 것) 제113조 제1항 제3호, 같은법시행령 제104조 제2항의 규정에 의하면 대통령령이 정하는 합병장려업종을 영위하는 중소기업간의 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합후 존속하는 법인이 당해사업용 재산을 양수함에 따른 등기에 대하여는 등록세를 면제하도록 되어 있고 상공부(현 통상산업부)고시 제1993-1호(1993. 1. 8. 개정고시)로 중소기업 합병장려업종을 정하고 있고 한편 조세감면규제법 제31조 제1항, 같은법시행령 제28조 제2항 제2호의 규정에 의하면 대통령령이 정하는 합병장려업종을 영위하는 중소기업간의 통합의 경우 중소기업자의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액은 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 1년간 평균 순자산가액이상일 경우 양도소득세를 감면하도록 되어 있는바, 등록세는 재산권, 기타 권리의 이전, 변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 행위에 대하여 그 등기 또는 등록을 받은 자에게 부과되는 지방세인데 반하여 양도소득세는 자산의 양도차익에 대하여 부과하는 국세로서 각각 과세요건이 상이하고 한편 조세요건과 부과징수 절차는 법률로서 이를 규정하여야 하고 그 법률의 집행에 있어서도 이를 엄격하게 해석, 적용하여야 한다는 조세법률주의의 원칙에 비추어 볼 때 양도소득세 감면에 관하여 규정하고 있는 위 조세감면규제법 제31조, 같은법 시행령 제28조 제2항 제2호가 명문의 규정없이 등록세 감면시에 곧바로 준용될 수는 없다고 할 것이므로 대통령령이 정하는 합병장려업종을 영위하는 중소기업간의 통합에 의하여 중소기업자의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 경우에 통합후 존속하는 법인이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 자산에 대하여 소유권 등의 변동에 따른 등기에 대하여는 등록세를 면제받는다고 보는 것이 상당하다고 할 것이다. 한편 등록세는 신고납부방식의 조세로서 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되고(과세관청은 납세의무자로부터 신고가 없는 경우에 한하여 비로소 부과처분에 의하여 이를 확정하게 되는 것이다), 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 조세채무의 이행으로 하는 것이며 국가나 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 그것이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없고, 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 할 것이다.

  살피건대, 위 인정의 사실에 의하면 청구인은 중소기업 합병장려 업종인 ㅇㅇ직물 제조·판매 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 같은 업종을 영위하는 청구외 ㅇㅇ물산의 개인사업자인 ㅇㅇㅇ으로부터 전 자산 총액을 모두 현물출자받았으므로 중소기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 경우에 해당한다고 할 것이므로 구 조세감면규제법 제113조 제1항 제3호, 같은법시행령 제104조 제2항 소정의 등록세 등의 면제대상에 해당된다고 할 것이어서 처분청이 명문의 규정없이 국세 감면시 적용되는 조세감면규제법 제31조 제1항 및 같은법시행령 제28조 제2항을 준용하여 이 사건 징수결의를 한 것은 잘못이라고 할 것이고, 한편 청구인이 과세관청에 등록세 면제신청을 하였으나 이를 받아들이지 않자 당원에 위 면제신청에 대한 결정유보에 관한 심사청구를 제기한 점, 가산세회피 및 신속한 소유권이전등기의 필요성 때문에 자납용고지서를 받아 등록세를 자진납부한 점, 위 면제신청에 대한 결정유보는 심사청구 대상이 되지 않는다고 보고서 이를 취하함과 동시에 이 사건 심사청구를 제기한 점등을 고려하여 볼 때 위 등록세 자진납부행위에 조세채무의 확정력을 인정할 여지가 없는 특별한 사정이 있다고 볼 것이므로 이를 수납한 과세관청의 행위는 중대하고 명백한 하자가 있어 당연무효에 해당된다고 보여지므로 결국 청구인의 주장은 이유있다 할 것이다.