3. 당원의 판단

  이 사건 심사청구의 다툼은 도심재개발사업으로 취득·등기한 이 사건 건축물이 서울특별시세감면조례에서 정한 등록세과세 면제대상인지의 여부에 있다.

  먼저 청구인들이 이 사건 건축물을 취득·등기한 경위와 이에 대하여 처분청이 행한 이 사건 행위를 보면, 청구인들은 1989. 1. 4. 서울특별시장으로부터 공동으로 도심(ㅇ동구역 제2지구)재개발사업의 시행인가를 받아 1995. 6. 22. 서울특별시 ㅇ구 ㅇ동 33 외 38필지 위에 이 사건 건축물을 신축하여 사옥 등으로 사용하고 있으며, 한편 청구인들은 1995. 12. 7. 및 1996. 8. 28. 처분청 및 서울특별시장에게 이 사건 건축물에 대한 등록세를 과세면제 신청하였으나 이 사건 건축물에 대한 등록세는 등기시점의 서울특별시세감면조례(1994. 12. 31. 서울특별시조례 제3145호로 제정)에 의한 감면대상이 아니라는 통보를 받고 1996. 9. 19. 이 사건 건축물의 소유권보존 등기에 따른 등록세 등을 자진 신고납부하였으며, 처분청은 이에 따라 이 사건 행위를 하게 되었던 사실이 일건 기록에 의하여 인정된다.

  살피건대, 지방세법 제124조에서 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다고 규정하였는바, 등록세는 등기 또는 등록이라는 단순한 사실의 존재를 과세 요건으로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 세금으로서 그 등기 또는 등록을 할 때에 등록세 납세의무가 성립한다 할 것이며, 한편 지방세법 제7조 및 제9조에 근거하여 1979. 1. 9. 서울특별시조례 제1303호로 제정되고 1988. 5. 7. 서울특별시조례 제2323호로 개정된 구 서울특별시재개발구역내토지및건축물에대한시세과세면제에관한조례(이하 ‘조례 제2323호’라 하고 아래 개정된 조례들도 같은 방법으로 부른다) 제2조에서 도시재개발법의 규정에 의한 사업시행자가 같은 법에 의하여 지정된 재개발구역 내에서 그 사업시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물(개량건축물 포함)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정함으로써 도시재개발사업 중 도심재개발사업의 시행을 위한 개량 건축물에 대하여도 그 취득세 등을 과세면제 대상으로 하였고, 위 조례는 1990. 12. 31. 서울특별시조례 제2687호(1991. 1. 1.부터 시행)로 서울특별시도시개발사업에대한시세과세면제에관한조례로 명칭만 변경되었다가 위 조례 제2687호 제2조를 1991. 12. 31. 서울특별시조례 제2843호(1992. 1. 1.부터 시행)로 개정하여 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역의 경우 도시재개발법 제2조 제2호의 규정에 의한 주택개량재개발사업에 한하여 취득세 등의 면제대상으로 규정하고 그 부칙 제2항에서 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세 면제하였거나 과세 면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다는 경과 규정을 두었다가 위 조례 제2843호를 1993. 7. 3. 서울특별시조례 제3007호(1993. 7. 3.부터 시행)로 개정하면서 제2조를 조례 제2843호 제2조와 같이 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역의 경우 주택개량재개발사업에 한하여 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정함과 아울러 조례 제2843호 부칙 제2항에 있던 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세 면제하였거나 과세 면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다는 경과규정을 삭제함으로써 도시재개발사업 중 도심재개발사업의 시행을 위한 개량건축물의 경우에는 취득세 및 등록세 과세면제대상에서 제외하였으며, 위 조례 제3007호 제2조를 1994. 4. 14. 서울특별시조례 제3091호(1994. 4. 15.부터 시행)로 다시 개정하여 도시재개발법의 규정에 의한 사업시행자가 당해 사업을 시행하기 위하여 일시적으로 토지와 건축물을 취득하는 경우에는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하였으나 그 조례부칙에는(위 조례 제3007호와 같이) 위 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세 면제하였거나 과세 면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다는 경과 규정을 두지 아니하였고, 1994. 12. 31. 위 조례 제3091호가 폐지되고 같은 날 서울특별시조례 제3145호로 제정된 서울특별시세감면조례에서 도시재개발법에 의한 사업시행자가 주택개량재개발사업으로 인하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세와 등록세를 면제하되 그 조례 부칙에는(위 조례 제3091호와 같이) 위 조례 시행당시 종전의 규정에 의해 과세 면제하였거나 과세 면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다는 경과 규정을 두지 아니하였는바, 지방세과세면제및불균일과세에 관하여 조례가 수차에 걸쳐 개정된 경우에는 개정 전후의 조례 중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 조례를 적용하여야 할 것이며, 나아가 적용대상조례에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과 규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 조례를 적용하도록 한 규정이 마련되어 있지 아니하다면 그 적용 당시의 조례의 규정에 의하여 지방세 과세면제 해당여부를 가려야 할 것이다.

  청구인들은 소론 ㅇㅇ민사지방법원의 판례에서 청구인들이 1989. 1. 4. 서울특별시장으로부터 이 사건 토지에 대한 도심재개발사업의 시행인가를 받고 그 사업을 시행한 결과 1993. 4. 6. 이 사건 건축물을 임시 사용승인받았으므로 그 임시 사용승인일에 취득한 것으로 보아 위 조례 제2843호 부칙 제2항의 경과 규정에 의하여 종전의 조례 제2687호 제2조의 규정을 적용하고 취득세 과세면제대상이라고 판시하였음에도 처분청에서 이 사건 건축물에 대한 등록세과세 면제신청을 거부하고 청구인들이 자진신고 납부한 등록세 등을 그대로 징수결정 결의한 것은 부당하다고 주장하나, 기록에 의하면 이 사건 건축물에 대한 취득세는 그 임시 사용승인일인 1993. 4. 6.에 납세의무가 성립하였다 하더라도 이 사건 건축물에 대한 등록세는 청구인들이 1995. 12. 7. 및 1996. 8. 28. 처분청 및 서울특별시장에게 등록세과세 면제신청을 한 후 같은 해 9. 19. 이 사건 행위를 하였으므로 그 행위 당시에 등록세 과세요건이 성립되었다 하겠고 이 당시의 적용조례인 서울특별시세감면조례(조례 제3311호)에는 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세 면제하였거나 과세 면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 규정에 의한다는 기득권 및 신뢰보호를 위한 경과 규정을 두고 있지 아니하였으므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.