1. 원처분의 요지

  청구인이 1995. 6. 3. 별지 부동산 목록의 ㅇㅇ광역시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 569-1 외 4필지의 대지 등 2,393.4㎡ 및 그 지상건물 10동 1,637.41㎡ (이 하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득하여 그 중 무허가 건물을 제외한 부동산을 등기하면서 중과세율을 적용한 등록세 227,580,000원, 교육세 45,516,000원 계 273,096,000원을 자진 신고납부하자 처분청에서는 같은 해 7. 1. 그대로 징수 결정하였으나 청구인은 이 건 부동산의 취득등기는 중과세 대상에서 제외된다고 주장하면서 중과세율에 의하여 신고납부한 등록세 등의 환부를 요청하자 처분청에서는 이 건 부동산 중 토지 214.4㎡와 건물 33㎡만 중과세 대상에서 제외되는 것으로 인정하고 무허가 건물 309.2㎡는 과세대상에서 제외하여 등록세 16,400,640원, 교육세 3,280,120원 계 19,680,760원을 같은 해 7. 26. 감액 결정하였고 나머지 부동산의 취득등기에 대하여 중과세율이 적용된 등록세 165,936,450원, 교육세 33,187,290원 계 199,123,740원의 징수결정 부분은 환부를 거부하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

  청구인은 처분청이 1995. 7. 1. 청구인에 대하여 한 등록세 등 273,096,000원의 징수 결정분 중 중과세율이 적용된 등록세 165,936,450원, 교육세 33,187,290원 합계 199,123,740원의 징수결정 부분을 취소할 것을 청구한다.

  그 이유로서 지방세법시행령 제101조 제1항 제9호의 규정에 의하면 대도시 내에서 법인을 설립한 후 5년 이내에 취득하는 부동산의 등기 중 자동차운수사업법에 의한 화물자동차 운송사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산의 등기는 등록세의 중과세 대상에서 제외하도록 되어 있고 청구인은 화물자동차 운송사업의 하나인 특수화물 자동차 운송사업에 이 건 부동산 전부를 사용하고 있으므로 이 건 부동산의 취득등기는 전부 등록세의 중과세 대상이 아님에도 이 건 부동산 취득등기의 일부만 등록세의 중과세 대상이 아닌 것으로 인정하여 등록세 등을 감액 결정한 것은 부당하고, 또한 같은 법 시행령 제101조 제2항에서 화물자동차 운송사업에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기일로부터 정당한 사유 없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우와 다른 업종을 겸용하는 경우의 그 겸용부분에 대하여는 등록세를 중과세하도록 규정되어 있는 데 청구인에 대하여는 1년간의 유예기간 적용 없이 등록세를 중과세한 것은 부당하다고 주장한다.

3. 당원의 판단

  이 건 심사청구의 다툼은 이 건 부동산 취득등기의 전부가 등록세 등의 중과세 대상인지의 여부에 있다.

  먼저 청구인이 이 건 부동산을 취득등기하고 등록세 등을 자진 신고 납부한 경위와 처분청의 징수결정 및 감액결정 경위를 보면, 청구인은 1993. 8. 31. 차량견인업, 주차장운영업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 1995. 6. 3. 별지 부동산 목록의 ㅇㅇ광역시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 569-1 외 4필지의 대지 등 2,393.4㎡ 및 그 지상건물 10동 1,637.41㎡를 취득하여 그 중 무허가 건물 309.2㎡를 제외한 부동산을 등기하면서 취득가액에 지방세법 제138조 제1항의 규정에 의한 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 227,580,000원, 교육세 45,516,000원을 자진 신고 납부한 후 같은 해 6. 23. 이 건 부동산 중 토지 214.4㎡와 건물 33㎡를 자동차운수사업법에 의한 특수화물자동차 운송사업용 차고 등으로 등록받았고 처분청에서는 같은 해 7. 1. 청구인이 자진 신고 납부한 대로 징수 결정하였으며 청구인은 이 건 부동산의 취득등기는 지방세법시행령 제101조 제1항 제9호의 규정에 의하여 중과세 대상이 아님에도 관계 규정을 잘못 적용하여 중과세율에 의하여 자진 신고 납부하였다고 주장하면서 위 자진 신고 납부액 중 중과세율을 적용한 등록세 등 부분의 환부를 요청하였고 이에 대하여 처분청은 이 건 부동산 중 토지 214.4㎡와 건물 33㎡만 화물자동차 운송사업용 부동산으로 인정하고 무허가 건물 309.2㎡를 과세대상에서 제외시켜 위 징수 결정분 중 등록세 16,400,640원, 교육세 3,280,120원을 같은 해 7. 26. 감액 결정한 사실이 관계자료에 의하여 인정된다.

  살피건대, 지방세법 제138조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제101조 제1항 제9호, 제101조 제2항 및 제102조 제2항, 자동차운송사업법 제4조, 같은 법 시행령 제2조 제2호 마목, 제2조의2 제5호, 같은 법 시행규칙 제3조의3 및 사업용자동차구조등의기준에관한규칙 제22조 제6호의 규정을 종합하여 보면, 대도시 내에서 법인을 설립한 후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 일반세율의 5배로 중과세하여야 하나, 그 중 자동차운수사업법에 의한 화물자동차 운송사업용 부동산의 등기는 등록세 중과대상에서 제외하도록 되어 있고, 동 중과대상 제외 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득하는 재산을 그 등기일로부터 정당한 사유 없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우와 다른 업종을 겸용하는 경우의 그 겸용부분에 대하여는 등록세를 중과세하여야 하며, 한편 고장ㆍ사고 등으로 운행이 불가능한 자동차를 견인ㆍ운송하는 사업인 특수화물자동차 운송사업을 경영하고자 하는 자는 자동차 보유대수, 차고 등이 포함된 사업계획을 제출하고 건설교통부장관의 등록을 받아야 하므로 동 등록을 받은 차고 등은 특수화물 자동차 운송사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라 할 것이고 이를 등기한 후 1년 이내에 당해 업종에 직접 사용하지 아니하면 등록세를 중과세하여야 할 것이다.

  청구인은 이 건 부동산을 취득하여 전부 특수화물자동차 운송사업에 사용하고 있으므로 이 건 부동산의 취득등기는 전부 등록세의 중과세 대상이 아니고 이 건 부동산을 취득등기한 후 1년이 경과되지 아니하였음에도 등록세를 중과세함은 부당하다고 주장하나, 기록에 의하면 청구인은 이 건 부동산을 취득하여 그 중 무허가 건물을 제외한 부동산을 등기한 후 1995. 6. 23. 기존에 자동차 운송사업용으로 등록을 받은 ㅇㅇ광역시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 289-2 차고 1,182.2㎡, 휴게실 및 대기실 33㎡, 숙소 30㎡를 폐쇄하고 이 건 부동산의 일부인 같은 구 ㅇㅇ동 569-1 외 3필지 차고 181.4㎡, 휴게실 및 대기실 18㎡, 숙소 15㎡(토지 214.4㎡, 건물 33㎡)를 자동차 운송사업용으로 변경 등록받았으므로 변경 등록받은 부동산은 특수화물자동차 운송사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산이고 그 등기는 등록세의 중과세 대상이 아니라 할 것이나 청구인이 이 건 부동산 중 주차위반차량의 보관장소 등으로 사용하고 있는 토지 2,179㎡와 건물 1,295.21㎡는 도로교통법에 의한 주차위반차량 보관용 등의 부동산이고 자동차운수사업법에 의한 특수화물자동차 운수사업용 부동산이라 할 수 없으므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

4. 결론

  그렇다면 처분청에서 이 건 부동산 중 자동차운수사업법의 규정에 의하여 특수화물자동차 운수사업용으로 등록받지 아니한 부동산 등기에 대하여 중과세율을 적용하여 등록세 등을 징수 결정한 것은 정당하고 이 건 심사청구는 이유 없으므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.