1. 원처분의 요지

  처분청은 청구인이 1991. 5. 14. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 1280-10 공장용지 16,636.8㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 후 1992. 6. 9. 이 사건 토지 위에 공장용 건축물 6,945.38㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 착공하여 1993. 9. 21. 준공취득한 데 대하여 같은 해 10. 18. 등록세감면확인서를 발급하였으나 사후 세무조사결과 이 사건 건축물에 대한 감면확인서가 잘못 발급되어 당초 과세표준의 산정이 잘못되었다고 보아 청구인에 대하여 1995. 8. 31.자로 재산세 1,503,620원, 도시계획세 424,010원, 공동시설세 686,330원, 교육세 300,730원 계 2,914,690원을, 같은 해 9. 7.자로 등록세 18,172,100원, 교육세 3,634,420원 계 21,806,520원을 각각 부과고지하는 처분(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)을 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

  청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분의 취소를 청구하면서 그 이유로서 구 지방세법 제128조의2 제2항 제1호 및 제184조의3 제2항 제9호의 규정에 의하면 공업단지 안에서 공장을 신축하고자 하는 자가 최초로 취득하는 공장용 토지와 그 토지 취득일로부터 2년 이내에 취득하는 당해 공장의 사업용 토지 및 건축물에 대한 등기에 대하여는 등록세를 면제하도록 되어 있고 동 건축물에 대하여는 재산세를 5년 간 50% 감면하도록 되어 있는바, 이때의 “건축물”이라 함은 공장용 토지를 취득한 후 2년 이내에 착공한 건축물을 의미하고 청구인은 이 사건 토지를 취득한 후 2년 이내에 이 사건 건축물을 착공하였으므로 등록세 등의 감면대상임에도 처분청이 이 사건 토지의 취득일로부터 2년이 경과한 후에 이 사건 건축물의 사용검사를 받았다는 이유로 이 사건 등록세 등을 추가 징수하는 것은 부당할 뿐 아니라 당초 이 사건 등록세의 감면확인서를 발급하였다가 다시 추가 징수하는 것은 신의성실의 원칙 및 소급과세의 금지원칙 등에도 위배된다고 주장한다.

3. 당원의 판단

  이 사건 심사청구의 다툼은 처분청에서 이 사건 등록세 등을 추가 부과고지하는 처분을 한 것이 정당한지의 여부에 있다.

  먼저 청구인이 이 사건 건축물을 취득한 경위와 처분청이 등록세 등을 부과고지하는 처분을 한 경위를 보면, 청구인은 1986. 9. 22. 전기, 전자기기 및 부품제조판매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 1991. 5. 14. 한국ㅇㅇㅇ공사로부터 ㅇㅇ국가공업단지 내에 위치한 이 사건 토지를 분양(분양대금 : 1,123,490,504원)받은 후 1992. 6. 9. 동 지상에 이 사건 건축물을 착공하여 1993. 9. 21. 사용검사(공사금액 : 2,534,697,617원)를 받았고 처분청은 1993. 10. 18. 이 사건 건축물 중 복지시설을 제외한 부분에 대한 등록세감면확인서를 발급하였다가 사후에 세무조사를 실시한 결과 이 사건 건축물은 등록세 감면대상이 아니고 당초 과세표준의 산정도 잘못되었다는 이유로 1995. 8. 31. 및 같은 해 9. 7. 이 사건 등록세 등을 추가 부과고지하는 처분을 한 사실이 관계자료에 의하여 인정된다.

  살피건대, 구 지방세법(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되기 이전의 것) 제128조의2 제2항 제1호, 제184조의3 제2항 제9호, 구 지방세법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14041호로 개정되기 이전의 것) 제73조 제4항의 규정을 종합하여 보면, 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 국가공업단지 안에서 공장을 신축하고자 하는 자가 최초로 취득하는 공장용토지와 그 토지취득일로부터 2년 이내에 취득하는 당해 공장의 사업용 토지 및 건축물에 대한 등기에 대하여는 등록세를 면제하고 최초의 공장용 토지의 취득일로부터 2년 이내에 취득하여 소유하는 사업용 건축물에 대하여는 재산세액의 100분의 50을 경감하며, 건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 준공검사일(1991. 5. 31. 법률 제4381호로 건축법이 개정되면서 “준공검사”가 “사용검사”로 용어만 변경됨)을 취득일로 본다고 되어 있으므로 국가공업단지 안에서 등록세 및 재산세의 감면대상 건축물은 최초의 공장용 토지의 취득일로부터 2년 이내에 사용검사를 받은 건축물이라 할 것이다.

  그러나 처분청이 위 규정을 잘못 적용하여 등록세 등을 감면하였다가 잘못된 사실을 사후에 발견하고 등록세 등을 다시 정당하게 부과고지하는 처분을 하였다면 이는 하자있는 행정행위를 취소한 경우에 해당한다 할 것이다.

  청구인은 국가공업단지 안에서 최초의 공장용지의 취득일로부터 2년 이내에 착공한 건축물은 등록세, 재산세, 도시계획세, 공동시설세, 교육세 등의 감면대상이고 처분청이 등록세감면확인서를 발급하였다가 다시 이 사건 등록세 등을 추가 징수하는 것은 국세기본법 제15조의 신의성실의 원칙, 같은 법 제18조의 세법해석의 기준, 소급과세의 금지의 원칙에 위배되어 부당하다고 주장하나, 기록에 의하면 청구인은 이 사건 토지를 1991. 5. 14. 최초로 취득한 후 취득일로부터 2년이 지난 후인 1993. 9. 21. 이 사건 건축물의 사용검사를 받았으므로 이 사건 건축물과 그 등기는 재산세 및 등록세의 감면대상이 아니고 따라서 재산세액 및 등록세액을 과세표준으로 하는 교육세도 감면대상이 아니며 도시계획세, 공동시설세는 과세표준을 잘못 산정하여 부과고지하였다가 사후에 잘못 부과고지한 사실을 발견하고 과세표준을 정당하게 다시 산정하여 추가 부과고지한 것이며, 세무공무원의 직무수행과 관련한 신의성실의 원칙은 납세자의 신뢰대상이 되는 과세관청의 공적인 견해표명이나 관행 등에 반하는 처분을 납세자에게 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과를 가져왔을 때 비로소 신의성실의 원칙에 위반되는지의 여부를 가리는 것으로서 이 사건 등록세 등의 추가 부과고지는 과세관청의 공적인 견해표명이나 관행 등에 반하는 처분이 아니고 관계규정을 잘못 적용하여 위법 부당하게 된 행정행위를 취소한 경우에 해당하며, 국세기본법 제18조 제3항의 규정에 의한 세법해석의 기준, 소급과세의 금지는 세법의 해석 또는 세무행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급과세하지 아니하는 것으로서 이 사건 등록세 등의 감면처분은 세법의 해석 또는 세무행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 경우라고 할 수 없으므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

4. 결론

  그렇다면 처분청이 이 사건 건축물의 등기 등에 대하여 등록세 등을 추가 부과고지한 처분은 정당하다 할 것이고, 이 사건 심사청구는 이유 없으므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.