1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 1994. 12. 14. 서울특별시 ㅇ구 dehd 148-1 외 17필지 상의 건축물(지하 6층, 지상 12층 연면적 15,113.09㎡, 이하"이 건 건축물"이라 한다)을 취득한 데 대하여 도심재개발사업시행자가 이 건 건축물을 원시 취득한 것으로 보아 건축공사금액 24,039,738,455원을 과세표준으로 하여 취득세 2,130,343,920원(가산세 포함), 농어촌특별세 195,281,520원(가산세 포함) 합계 2,325,625,440원을 1995. 6. 15. 납부고지하는 한편 청구인이 이 건 건축물에 대한 등록세 192,317,900원, 교육세 38,463,580원 합계 230,781,480원을 1995. 11. 20. 자진 신고납부하자 1996. 1. 20. 이를 징수 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 1995. 6. 15. 처분청이 납부고지한 취득세 등 2,325,625,440원의 부과처분 및 1996. 1. 20. 처분청이 징수 결정한 등록세 등 230,781,480원을 취소할 것을 청구한다. 그 이유로서 청구인은 1990. 8. 24. 서울특별시로부터 도시재개발법 제12조의 규정에 의하여 재개발사업시행인가를 받아 건축물을 취득하였는바,

첫째, 이 건 건축물은 도시재개발법 등 관계 법령에 의하여 새로운 취득행위가 존재하지 아니할 뿐 아니라 「지방세법」제109조 제3항의 규정에 의하여 토지는 비과세하면서 이 건 건축물을 과세하는 것은 잘못이고, 「지방세법」제109조 제3항의 규정에 의하여 취득세가 비과세되므로 「지방세법」제127조의2 제2항의 규정에 따라 등록세 및 교육세는 당연 비과세되어야 하고, 둘째, 재개발사업시행자의 토지 및 건축물에 대한 취득세 및 등록세를 면제하도록 규정한 서울특별시세감면조례는 비과세 사실을 명문화한 것이므로 새로운 조례로서 비과세 기대권을 박탈할 수 없음에도 취득세 및 등록세 등을 부과한 것은 부당하다고 주장한다.

3. 당원의 판단

이 건 심사청구의 다툼은 첫째, 재개발사업으로 취득한 신축 건축물이 취득세 및 등록세 감면대상인지의 여부, 둘째, 이 건 건축물에 대하여 재개발사업인가 당시의 서울특별시세감면조례를 적용할 수 있는지의 여부에 있다.

먼저 청구인이 이 건 건축물을 취득·사용한 경위와 처분청의 취득세 부과 경위를 보면, 청구인은 1972. 12. 16. 시설, 설비 등의 시설대여와 특정물건의 연불판매 등을 목적사업으로 설립된 법인으로서 1973. 9. 6. 건설부고시 제367호에 의하여 ㅇ구 ㅇ동지역이 재개발구역으로 결정된 후 1990. 7. 19.부터 1991. 5. 25.까지 사이에 재개발구역 내 토지소유자인 청구 외 ㅇㅇㅇ 등 12명으로부터 토지 18필지 2,291.9㎡를 매수함으로써 재개발구역 내 토지는 청구인 단독소유가 되었고, 1990. 8. 24. 도시재개발법 제12조의 규정에 의하여 ㅇ동구역 제9지구 재개발사업시행인가시 사업자로 지정받아 1991. 10. 21. 착공신고한 후 1994. 12. 14. 건축물 사용검사를 받아 사용하고 있었는바, 처분청에서는 청구인이 이 건 건축물을 원시 취득한 것으로 보아 취득세 등 2,325,625,440원을 1995. 6. 15. 납부고지하는 한편, 청구인이 1995. 10. 24. 처분청에 등록세 감면신청을 하자 처분청에서는 같은 해 10. 26. 등록세 면제대상이 아니라고 회신하였고 이에 따라 청구인의 1995. 11. 20. 등록세 등 230,781,480원을 자진 신고납부하자 1996. 1. 20. 이를 징수 결정한 사실이 관계 자료에 의하여 인정된다.

살피건대, 첫째 다툼에 대하여 보면, 도시재개발법 제49조 제2항 및 토지구획정리사업법 제62조의 규정을 종합하여 보면, 도시재개발법 제41조 제5항의 규정에 의하여 고시된 관리처분계획에 따라 대지 또는 건축시설을 분양받을 자는 분양처분고시가 있은 다음 날에 그 분양받을 대지 또는 건축시설에 대한 소유권을 취득하고, 분양처분고시에 따라 취득한 대지 또는 건축시설은 종전의 토지로 보도록 되어 있으며 「지방세법」제109조 제3항에서는 도시재개발법에 의한 재개발사업의 시행으로 인하여 사업시행인가 당시 소유자가 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으므로 도시재개발법 소정의 관리처분계획에 의하여 분양받지 아니하고, 건축허가를 받아 건축한 건축물은 구 지방세법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제1404호로 개정된 것) 제73조 제4항의 규정에 의하여 건축물사용검사일에 취득한 것으로 보아 취득세 부과대상이 된다 할 것이며 취득세가 비과세되지 않는 한 취득세 비과세를 전제로 등록세를 비과세하도록 규정한 「지방세법」제127조의2 제2항은 적용할 수 없다 할 것이다.

청구인은 재개발사업으로 신축한 이 건 건축물에 대하여는 도시재개발법 등 관계 법령에 의하여 새로운 취득행위가 존재하지 아니하고 토지소유자가 1인이므로 관리처분계획인가가 면제될 뿐 아니라, 토지는 「지방세법」제109조 제3항의 규정에 의하여 취득세 및 등록세를 비과세하면서 이 건 건축물 부분만 과세하는 것은 부당하다고 주장하나, 기록에 의하면 청구인만이 도시재개발지구의 토지소유자로서 관리처분계획의 인가를 받은 것으로 의제되더라도 청구인은 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역 내에서 재개발사업 시행자로서 취득한 토지 및 건축물에 대하여 취득세 및 등록세를 면제받았으므로 「지방세법」제109조 제3항 소정의 사업시행인가 당시 소유자가 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물에 대한 취득세 및 등록세 비과세 규정을 적용할 수 없고, 또한 청구인에 대해 사업시행자로서 취득세 및 등록세를 면제한 것은 서울특별시도시개발사업에대한시세과세면제에관한조례(1989. 12. 30. 조례 제2552호로 개정된 것, 이하 "조례 제2552호"라 하고 아래 개정된 조례들도 같은 방법으로 부른다) 제2조 제1항 제1호 및 조례 제2687호 제2조 제1항 제1호의 규정에 의한 것이고 1994. 12. 14. 취득한 이 건 건축물은 조례 제3091호(1994. 4. 14. 개정된 것)에 의한 감면요건에 해당되지 아니하여 취득세 및 등록세를 부과한 것이므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

둘째 다툼에 대하여 살펴보면,

「지방세법」제7조, 제9조에 근거하여 제정된 서울특별시조례 제2552호 제2조에서 도시재개발법의 규정에 의한 시행자가 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역 내에서 그 사업시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물(개량건축물 포함)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정함으로써 도시재개발사업 중 도심지재개발사업의 시행을 위한 개량 건축물에 대하여도 그 취득세 및 등록세를 과세면제대상으로 하였으나, 위 조례 제2552호 제2조를 1991. 12. 31. 서울특별시조례 제2843호(1992. 1. 1.부터 시행)로 개정하여 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역의 경우 도시재개발법 제2조 제2호의 규정에 의한 주택개량재개발사업에 한하여 취득세 및 등록세의 면제대상으로 규정하고 그 부칙 제2항에서 이 조례 시행당시 종전의 규정에 의하여 과세 면제하였거나 과세 면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다는 경과 규정을 두었다가 위 조례 제2843호를 1993. 7. 3. 서울특별시조례 제3007호(1993. 7. 3.부터 시행)로 개정하면서 제2조를 조례 제2843호 제2조와 같이 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역의 경우 주택개량재개발사업에 한하여 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정함과 아울러 조례 제2843호 부칙 제2항에 있던 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세 면제하였거나 과세 면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다는 경과 규정을 삭제하였으며, 위 조례 제3007호 제2조를 1994. 4. 14. 서울특별시조례 제3091호로 다시 개정하여 도시재개발법의 규정에 의한 사업시행자(도시재개발법의 규정에 의하여 사업시행자로 지정받은 자를 포함한다)가 당해 사업을 시행하기 위하여 일시적으로 토지와 건축물을 취득하는 경우에는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하면서도 그 조례 부칙에는(위 조례 제3007호와 같이) 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 면제하였거나 과세 면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다는 경과 규정을 두지 아니하였는바,

지방세과세면제및불균일과세에관한조례가 수차에 걸쳐 개정된 경우에는 개정 전후의 조례 중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 조례를 적용하여야 할 것이며, 나아가 적용대상 조례에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과 규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 조례를 적용하도록 한 규정이 마련되어 있지 아니하다면 그 적용 당시의 조례의 규정에 의하여 지방세 과세면제 해당여부를 가려야 할 것이다.

청구인은 재개발사업인가 당시 조례 제2552호 제2조 제1항 제1호에서 재개발사업시행자의 개량 건축물에 대한 취득세 및 등록세를 비과세하도록 명문화한 것이므로 조례의 개폐와 상관 없이 과세 면제되어야 하고 새로운 조례로서 비과세 기대권을 박탈할 수 없다고 주장하나, 기록에 의하면 청구인은 1990. 8. 24. 서울특별시장으로부터 도심지재개발사업시행자로 인가를 받고 1994. 12. 14. 이 건 건축물 사용검사를 받았으므로 조례 제3091호의 규정에 의한 취득세 및 등록세 감면요건에 해당하지 아니하므로 청구인의 주장을 받아들일 수 없다.

4. 결론

그렇다면 처분청이 이 건 건축물에 대하여 도심재개발사업시행자가 원시 취득한 것으로 보아 취득세 및 농어촌특별세를 부과처분하고 등록세 및 교육세를 징수 결정한 것은 정당하다 할 것이다. 따라서 이 건 심사청구는 이유 없으므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

【참조조문】

도시재개발법 제49조 제2항 및 토지구획정리사업법 제62조, 도시재개발법 제41조 제5항, 지방세법 제109조 제3항