1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 1989. 4. 28. ㅇㅇ광역시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 1079-2 외 18필지 19,784㎡(이하 "이 건 토지"라 한다)와 그 지상건물 14동(연면적 5,918㎡, 이하 "이 건 건물"이라 한다)을 취득하고, 1989. 5. 28. 취득세 48,498,550원을, 1989. 4. 26. 및 같은 해 4. 29. 등록세 127,500,000원 및 방위세 25,500,000원을 자진 신고납부하자 이를 징수 결정하였고, 1992. 10. 29. 청구인에 대한 외국인 투자비율이 감소된 데 따른 취득세 감면세액 14,784,580원을 1993. 10. 9. 추가 납부고지하였으며, 청구인이 이 건 건물 중 6동(연면적 3,363.4㎡)의 건물이 멸실(1990. 5. 9.)된 후인 1993. 5. 14. 이 건 토지 중 ㅇㅇ동 1085-3(면적 4,234㎡, 1992. 9. 2. ㅇㅇ동 1085-1에서 분할) 지상에 자동차정비공장용 건물 2동(연면적 2,209.6㎡)을 신축하고 같은 해 6. 15. "ㅇㅇ자동차㈜ ㅇㅇㅇ정비사업소"란 상호로 청구 외 ㅇㅇㅇ세무서에 사업자 등록을 필한 데 대하여, 이 건 토지 중 지방세법시행령 제84조의4 제3항 제5호 소정의 지상정착물 부속토지를 초과하는 토지 11,785.84㎡를 법인의 비업무용 토지로 보아 구 지방세법(1994. 12. 12. 법률 제4794호로 개정되기 이전의 것 이하 같다) 제112조 제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 444,287,880원을 1994. 4. 19. 및 같은 해 12. 20. 추가 납부고지하는 한편, 이 건 토지 내에 위 ㅇㅇㅇ정비사업소를 설치한 데 대하여 이 건 토지 및 건물을 대도시 내에서의 지점 설치에 따른 부동산의 취득등기로 보아 「지방세법」제138조 제1항의 중과세율을 적용하고 이미 자진 신고납부한 세액을 차감한 등록세 497,946,240원(가산세 포함) 및 방위세 99,589,240원(가산세 포함)을 1994. 12. 20. 추가 납부고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 처분청이 별지목록 기재 취득세 507,571,010원, 등록세625,446,240원, 방위세 125,089,240원의 각 부과·징수처분 중 취득세 63,371,990원, 등록세 128,370,000원, 방위세 25,674,000원을 초과하는 부과처분 부분을 각 취소할 것을 청구한다.

그 이유로서 청구인은 1989. 4. 28. 이 건 토지 및 건물을 매입하여 자동차 하치장으로 사용하다가 1990. 5. 9. 건물일부가 멸실되자, 1993. 5. 14. 이 건 토지 내에 자동차 정비공장용 건물을 신축하여 같은 해 6. 15. ㅇㅇㅇ정비사업소를 설치한 사실이 있는바,

첫째, 자동차 하치장으로 사용하는 이 건 토지를 지방세법시행령 제84조의4 제3항 제5호 소정의 지상정착물의 부속토지로 보고 지상정착물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱한 면적을 초과하는 토지면적을 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 것은 부당하며, 설사 이 건 토지를 지상정착물의 부속토지로 본다 하더라도 1993. 5. 14. 신축한 자동차 정비공장용 건물의 바닥면적을 지상정착물의 바닥면적에 포함하여야 하고,

둘째, 이 건 토지 전체에 취득세를 일반과세(세율 1000분의 20)하고, 비업무용 토지부분에 대하여 또다시 중과세(일반세율의 7.5배)함으로써 비업무용 토지부분에 대한 취득세 일반과세분이 중복 과세되었으며,

셋째, 외국인투자기업은 외자도입법 제14조 제4항의 규정에 의하여 취득세를 감면하도록 되어 있음에도 비업무용 토지에 대한 취득세 중과세시 이를 감면하지 아니하였고,

넷째, 자동차 하치장으로 사용하는 부동산은 ㅇㅇㅇ정비사업소의 설치와 관련 없이 취득 등기한 것이므로 이 부분에 대하여 중과세된 등록세 등은 취소하여야 한다고 주장한다.

3. 당원의 판단

이 건 심사청구의 쟁점은

첫째, 자동차 하치장으로 사용하는 이 건 토지를 지방세법시행령 제84조의4 제3항 제5호 소정의 지상정착물의 부속토지로 볼 것인지 여부와 설사 부속토지로 본다 하더라도 이에 신축한 자동차 정비공장용 건물의 바닥면적도 지상정착물의 바닥면적에 포함하여야 할지 여부,

둘째, 비업무용 토지에 대한 취득세 중과세시 외자도입법 제14조 제4항 소정의 감면규정을 적용할 수 있는지와 취득세 일반과세분이 중복 과세되었는지 여부,

셋째, 자동차 하치장 설치 목적으로 취득·등기한 토지의 일부를 분할하여 자동차정비목적의 지점을 설치한 경우 하치장으로 사용하고 있는 나머지 토지부분도 등록세 중과세 대상인지 여부에 있다.

먼저 청구인이 이 건 토지 및 건물을 취득·등기하여 지점을 설치한 경위와 처분청의 취득세 등 부과 경위를 보면, 청구인은 자동차 및 그 부품의 제조·판매·금융 및 서어비스업을 사업목적으로 1987. 3. 28. 외자도입법 제7조 제1항의 규정에 의하여 재정경제원(구 재무부)장관으로부터 자동차 및 동 부품제조사업을 위한 외국인 투자인가 및 조세감면 통보를 받은 법인으로서, 1989. 4. 28. 이 건 토지 및 건물을 취득(취득금액 4,279,000,000원)·등기하고 1989. 5. 28. 취득세 48,498,550원을, 1989. 4. 26. 및 같은 해 4. 29. 등록세 127,500,000원 및 방위세 25,500,000원을 각각 자진 신고납부하였고, 1990. 5. 9. 이 건 건물 14동 중 6동이 멸실되자 1992. 9. 2. 이 건 토지 중 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 1085-1 대지 5,666㎡를 같은 동 1085-1 대지 1,432㎡와 1085-3 대지4,234㎡로 분할하고 1993. 5. 14. 같은 동 1085-3 지상(면적 4,234㎡)에 자동차 정비공장용 건물 2동(연면적 2,209.6㎡)을 신축하고 같은 해 6. 15. ㅇㅇㅇ정비사업소라는 지점을 설치하였는바, 처분청에서는 이에 대하여 청구인에 대한 외국인 투자비율이 감소(1992. 10. 29. 외국인 투자비율이 43.25%에서 25.95%로 감소)된 데 따른 위 취득세 자진 신고납부시의 감면세액 14,784,580원을 추징하고, 이 건 토지 19,784㎡ 중 지상정착물 14동의 바닥면적(위 멸실 건물 6동의 바닥면적 3,327.04㎡ 제외) 1,999.54㎡에 지방세법시행령 제84조의4 제3항 제5호 소정의 당해 용도지역별 적용배율(4배)을 곱하여 산정한 면적(7,998.16㎡)을 초과하는 토지 11,785.84㎡를 비업무용 토지로 보고 외국인 투자기업에 대한 감면 규정을 적용하지 아니한 채 1994. 4. 19. 및 같은 해 12. 20. 취득세444,287,880원을 추가 납부고지하는 한편, 이 건 토지 내에 ㅇㅇㅇ정비사업소를 설치한 데 대하여 이 건 토지 및 건물을 「지방세법」제138조 제1항 제3호의 규정에 의한 대도시 내에서의 지점 설치에 따른 부동산 취득·등기로 보아 1994. 12. 20. 등록세 497,946,240원, 방위세 99,589,240원을 추가 납부고지한 사실이 관계자료에 의하여 인정된다.

살피건대, 첫째 쟁점에 대하여 보면,

지방세법시행령 제84조의4 제3항 제5호에서 지상정착물의 부속토지(공장용 건축물의 부속토지를 제외한다)로서 그 지상정착물의 바닥면적(건물 이외의 시설물은 그 수평투영면적으로 한다)에 주거지역, 준공업지역 등 용도지역별적용 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지는 법인의 비업무용 토지로 보되 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있는바, 법인의 비업무용 토지를 산정하는 경우 법인 소유토지 상에 있는 공장용 건축물을 제외한 건물과 구축물 및 하치장 등 각종 시설물의 수평투영면적을 그 토지상의 정착물의 바닥면적에 포함하고 이에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지 부분은 법인의 비업무용 토지에 해당하는 것으로 보아야 할 것이다. 청구인은 1989. 4. 28. 취득한 이 건 토지의 주된 용도가 자동차판매와 관련된 하치장이므로 그 지상일부에 하치장관리사무소 등 건물이 있다 하더라도 지상정착물의 부속토지로 볼 수 없으며, 설사 지상정착물의 부속토지로 본다 하더라도 1993. 5. 14. 준공한 자동차 정비공장용 건물의 바닥면적 2,069.6㎡도 지상정착물의 바닥면적에 포함하여 비업무용 토지면적을 산정하여야 한다고 주장하나, 기록에 의하면 이 건 토지 취득(1989. 4. 28.) 당시 그 지상에 하치장용 건물 14동(연면적 5,918㎡)이 있었으나 1990. 5. 9. 그 중 6동(연면적 3,363.4㎡)의 건물이 멸실되어 8동(연면적 2,554.6㎡)의 건물이 남게 되자 위 건물 및 주변토지를 자동차 하치장용으로 계속 사용하였으므로 이 건 토지는 지상정착물의 부속토지에 해당한다 할 것이며, 이 건 토지 상에는 하치장용 건물 6동이 멸실(1990. 5. 9.)된 이후인 1993. 2. 2. 동 건물 6동이 멸실된 대지 상에 하치장용 건물(본사건물)과 관련이 없는 자동차 정비공장용 건물(ㅇㅇㅇ정비사업소 건물)을 신축하였으나 동 공장용 건물의 바닥면적은 위 시행령 제84조의4 제3항 제5호의 규정에 의하여 이 건 토지의 지상정착물의 바닥면적에 포함할 수 없는 것이어서 처분청에서 이 건 토지면적 19,784㎡ 중 멸실되지 아니한 건물 8동의 바닥면적 1,999.54㎡에 당해 용도지역별 적용배율(4배)을 곱하여 산출한 면적 7,998.16㎡을 초과하는 토지 11,785.84㎡를 지방세법시행령 제84조의4 제3항 제5호의 규정에 의한 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 것이므로 청구인의 주장을 받아들일 수 없다.

둘째 쟁점에 대하여 보면,

외자도입법 제14조 제4항 제1호 및 제17조 제3항 제3호에서 외국인 투자기업이 인가받은 사업을 영위하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대하여는 취득세를 감면하며, 외국인 투자기업이 일정한 기간 내에 출자의 목적물을 납입하지 아니한 경우 등 6가지의 경우에는 감면된 취득세를 추징하도록 열거하고 있을 뿐 그 재산이 비업무용 부동산에 해당하게 된 경우를 그 추징사유로 들고 있지 아니한바, 법인 소유 토지가 지상정착물의 부속토지로서 지상정착물의 바닥면적에 지방세법시행령 제84조의4 제3항 제5호의 규정에 의한 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 부분이 있어, 그 토지 부분이 비업무용 토지에 해당한다고 하더라도, 그 비업무용 토지부분이 외자도입법 제14조 제4항의 규정에 의한 취득세 면제대상인 외국인 투자기업이 인가받은 사업을 영위하기 위하여 취득·보유하는 재산에 해당한다면 그 비업무용 토지 부분에 대한 취득세 중과세액을 외국인 투자비율에 따라 면제하여야 할 것이다. 한편, 「지방세법」제112조 제1항 및 구 「지방세법」제112조 제2항에서 취득세의 세율은 취득물건가액의 1,000분의 20(이하 "일반세율"이라 한다)으로 하고 대통령령으로 정하는 별장·골프장·고급주택·고급오락장·법인의 비업무용 토지·고급자동차·고급선박을 취득한 경우에는 위 취득세율의 100분의750(이하 "중과세율" 이라 한다)으로 한다고 규정하고 있는바, 납세의무자가 토지를 취득하고 「지방세법」제112조 제1항의 규정에 의한 일반세율을 적용한 취득세를 자진 신고납부한 이후 과세관청에서 그 토지가 법인의 비업무용 토지에 해당되는 것으로 보아 구 「지방세법」제112조 제2항의 규정에 의한 중과세율에 의한 취득세를 추징하는 경우, 납세의무자가 당초 자진 신고납부한 위 일반세율에 의한 취득세를 공제한 나머지 세액을 납부고지하여야 할 것이다. 기록에 의하면, 처분청이 1994. 12. 20. 이 건 토지 및 건물에 대한 취득세를 납부고지함에 있어 취득세 일반과세 대상인 업무용 토지 및 건물(과세표준 4,279,000,000원)에 대하여는 「지방세법」제112조 제1항의 규정에 의한 세율 1,000분의 20을 적용하여 산출한 세액에서 외자도입법 제14조 제4항의 규정에 의한 외국인 투자비율(1989. 4. 28. 취득시점 감면율 25.95%)에 해당하는 세액을 감면한 반면, 이 건 토지 19,784㎡ 중 위 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지 11,785.84㎡를 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하면서 외국인 투자비율(1990. 5. 9. 일부 건물멸실 후 비업무용 시점 감면율 24.896%)에 따라 해당 세액을 감면하지 아니하였고 또한 구 「지방세법」제112조 제2항의 규정에 의한 중과세율을 적용하여 세액을 산출하면서, 같은 법 제112조 제1항의 규정에 의한 일반세율을 적용하여 공제하지 아니함으로써 이를 감안한 취득세 279,551,760원보다 164,736,120원이 많은 444,287,880원을 추가 납부고지한 사실이 인정되므로 이 부분 청구인의 주장은 이유가 있다 할 것이다.

셋째 쟁점에 대하여 보면,

지방세법시행령 제138조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제102조 제2항, 같은 법 시행규칙 제55조의2의 규정을 종합하여 보면, 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 등의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·지점 등의 전입에 따른 일체의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 중과세(일반세율의 5배)하며, 이때의 "지점 등"에 해당하는 사무소 또는 사업장이라 함은 법인세법 등의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있는바, 이러한 규정 취지에 비추어 보면 지방세법상 법인의 지점으로 보기 위하여서는 법인세법 등의 규정에 의하여 사업장으로 등록된 사실 및 실질적으로 그 지점과 관련성을 가지고 인적·물적설비를 갖추고 계속적으로 사무 또는 사업을 행한 장소인 사실이 인정되어야 할 것이고, 그 지점과 관련이 없는 단순한 하치장은 등록세 중과세 대상이 아니라 할 것이다. 기록에 의하면, 청구인은 1987. 12월경부터 이 건 토지 및 건물을 청구 외 주식회사 ㅇㅇ로부터 임차하여 자동차 하치장으로 사용하다가 1989. 4. 28. 이를 취득하여 같은 해 4. 29. 소유권 이전등기를 한 후, 자동차 정비업무를 확충하기 위하여 이 건 토지 19필지 중 1필지인 ㅇㅇ광역시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 1085-1 대지 5,666㎡를 같은 동 1085-3 대지 4,234㎡로 분할하여 자동차 정비공장용 건물을 준공하고 1993. 6. 15. ㅇㅇㅇ정비사업소라는 지점을 설치한 후 관할세무서에 사업자등록을 필하였으므로 위 정비사업소가 사용하는 토지 및 건물부분을 제외한 나머지의 부동산 등기 부분은 그 지점설치와 관련 없이 취득 등기한 것으로서 이는 「지방세법」제138조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제102조 제2항의 규정에 의한 대도시 내에서의 지점설치에 따른 부동산 등기에 해당되지 아니한다고 할 것임에도 처분청이 1994. 12. 20. 이 건 토지 및 건물에 대한 등록세 497,946,240원 및 방위세 99,589,240원을 추가 납부고지한 사실이 인정되므로 이 부분 청구인의 주장은 이유 있다고 할 것이다

4. 결론

그렇다면 처분청에서 이 건 토지 중 지방세법시행령 제84조의4 제3항 제5호 소정의 지상정착물 부속토지를 초과하는 토지부분을 법인의 비무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 정당하나 위 취득세를 중과세하면서 외국인 투자비율에 따라 해당 세액을 감면하지 아니하고 일반세율에 의한 취득세를 공제하지 아니하여 취득세 164,736,120원을 과다 부과한 처분과 이 건 토지 중 ㅇㅇㅇ정비사업소로 직접 사용하는 토지 4,640.365㎡ 및 건물 451.62㎡에 대한 등록세 116,255,150원 및 방위세 23,251,030원을 제외한 나머지(자동차 하치장으로 사용하는) 토지 및 건물에 대하여 등록세 381,691,090원 및 방위세 76,338,210원을 납부고지한 것은 잘못된 처분이라할 것이다. 따라서 이 건 심사청구는 일부 이유 있으므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

【참조조문】

지방세법시행령 제84조의4 제3항 제5호, 외자도입법 제14조 제4항 제1호 및 제17조 제3항 제3호, 지방세법시행령 제138조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제102조 제2항, 같은 법 시행규칙 제55조의2