1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 1992. 12. 7. ㅇㅇ남도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 74-48 외 8필지상의 성 ㅇㅇㅇ 병원(이하 "이 건 병원"이라 한다) 건축물을 증축(증축면적 5,243.32㎡)하여 취득하고 1993. 11. 19. 이에 대한 소유권 보존등기를 마친 데 대하여 이 건 병원이 취득세 및 등록세 비과세 대상인 의과대학 등의 부속병원 또는 의료법에 의하여 설립된 의료법인이 아니라고 보아 「지방세법」제112조 제1항 및 제131조 제1항 제4호의 세율을 적용하여 취득세 39,470,000원, 등록세 15,788,270원 및 교육세 2,894,500원과 1995. 1월부터 같은 해 3월까지의 이 건 병원의 종업원 급여1,469,889,270원에 대한 종업원할 사업소세 8,819,320원 등 계 66,972,790원을 1995. 4. 19. 납부고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 1995. 4. 19. 처분청이 납부고지한 취득세 등 66,972,790원의 부과처분을 취소할 것을 청구한다.

그 이유로서 청구인은 1966. 4. 13. 성 ㅇㅇㅇ수녀회에 의하여 설립허가된 이래 1966. 11. 25. ㅇㅇㅇ 간호학교를 설립하여 1979. 1. 1. 이를 ㅇㅇ간호전문대학으로 개편하였고, 위 수녀회가 1955. 7. 5. 개원한 이 건 병원에 대한 개설허가를 1965. 11. 12. 받은 후 1983. 4. 19. 종합병원으로 승격하여 위 간호전문대학의 실습 교육장으로 사용함과 동시에 관내 의료보호 대상자에 대한 무료진료를 실시하고 있는바,

이 건 병원을 경영하는 청구인의 경우 의료법시행령(대통령령 제6863호, 1973. 9. 20.)부칙 제2항의 규정에 의하여 의료법 제30조 제2항에서 규정하는 의료법인에 해당되므로 구 「지방세법」제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호 및 현행 지방세법 제245조의2 제1항 제1호의 규정에 의한 취득세, 등록세, 사업소세 비과세 대상이고,

또한 구 지방세법시행령 제78조의2 제2항에서 교육법 제85조 제1항의 규정에 의하여 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다고 규정하고 있고 대법원판례(1987. 10. 13. 선고, 87누641)도 이와 같은 경우 취득세 과세대상이 아니라고 판시하고 있음에도 처분청에서 이를 과세대상으로 보아 이 건 취득세 등을 납부고지한 것은 부당하다고 주장한다.

3. 당원의 판단

이 건 심사청구의 쟁점은 첫째, 청구인이 이 건 병원을 증축하여 취득, 등기한 것이 구 지방세법 제 107조 제1호, 제127조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제79조 제1항 제21호, 제94조 제1항의 규정에 의한 취득세 및 등록세 비과세 대상이 되는지 둘째, 이 건 병원이 지방세법 제245조의2 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제 207조의 규정에 의한 사업소세 비과세 대상이 되는지의 여부에 있다.

먼저 청구인이 이 건 병원을 설립·운영한 경위 및 처분청의 취득세 등 부과 경위를 보면, 청구인은 1966. 4. 13. 성 ㅇㅇㅇ수녀회에 의하여 사립학교법 제2조의 규정에 의한 학교법인 설립허가(당시 학교법인명 : ㅇㅇㅇ 수녀학원)가 된 이래 1966. 11. 25. ㅇㅇㅇ간호학교에 대한 설립인가를 받아 1967. 3. 2. 개교한 후 1971. 12. 23. ㅇㅇㅇ전문학교로,

1979. 1. 1. ㅇㅇ간호전문대학으로 각각 개편 인가받아 운영하던 법인으로서 위 수녀회가 1955. 7. 5. 개원한 이 건 병원을 1965. 11. 12. 의료법 제30조의 규정에 의하여 보건사회부장관으로부터 비영리 의료기관(병원) 개설허가를 받은 후

1983. 4. 19.부터 종합병원으로 운영하고 있으며, 한편 청구인은 1990. 10. 29. 이 건 병원에 대한 증축허가(증축면적 5,243.32㎡ - 병원장관사 및 의사숙소 805.32㎡ 포함)를 받아 1992. 12. 7. 이를 준공(공사비 1,644,613,063원)하고 1993. 11. 19. 소유권 보존등기를 마쳤으며,

처분청에서는 이에 대하여 이 건 병원이 구 지방세법 제 107조 제1호, 제127조 제1항 제1호 및 제245조의2 제1항 제1호에서 규정하는 취득세, 등록세 및 사업소세 비과세 대상이 아니라고 보아 취득세 39,470,000원, 등록세 15,788,270원 및 교육세 2,894,500원과 1995. 1월부터 같은 해 3월까지의 이 건 병원의 종업원할 사업소세 8,819,320원 계 66,972,790원을 과세한 사실이 관계자료에 의하여 인정된다.

살피건대, 첫번째 쟁점에 대하여 보면, 구 의료법시행령(1973. 9. 20. 대통령령 제6863호로 시행된 것, 이하 같다)부칙 제2항(경과조치)에서 같은 령 시행 당시 종합병원 또는 병원을 개설한 사립학교법에 의한 학교법인, 민법 제32조의 규정에 의한 재단법인에 대하여는 같은 령의 규정에 따른 의료법인 설립절차를 거친 것으로 한다고 규정하였는바,

사립학교법에 의한 학교법인 등에 대하여는 같은 령의 규정에 따른 별도의 절차가 없어도 위 시행령 부칙 조항의 적용에 의하여 의료법인 설립절차를 거친 것으로 간주하여 그 후로는 종전에 이미 개설한 병원 등의 운영에 관한 한 의료법인과 동일한 법적지위를 부여한다고 할 것이고, 한편 구 지방세법(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호와 구 지방세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14481호로 개정되기 이전의 것) 제78조의2 제1항 및 제2항 제6호, 제79조 제1항 제21호, 제94조 제1항의 규정을 종합하여 보면,

의료법에 의하여 설립된 의료법인이 경영하는 의료업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득 및 그 부동산에 대한 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하되 취득일 또는 등기일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과한다고 규정하였는바,

이는 의료법에 의하여 설립된 의료법인 등 비영리 사업자에 의하여 수행되는 공익사업의 경우 공익성을 고려하여 그 사업자에게 비과세 혜택을 부여하려는 데 그 취지가 있는바,

이러한 규정 취지에 비추어 보면 구 의료법시행령부칙 제2항의 규정에 의하여 의료법인과 같은 법적지위를 가지는 법인도 위 지방세법시행령 제79조 제1항 제21호 소정의 의료법인에 포함된다고 할 것이고 그가 경영하는 의료업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득 및 그 등기에 대하여는 취득일 또는 등기일로부터 1년 이내에 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우를 제외하고는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니한다 할 것이다.

기록에 의하면 청구인은 1965. 11. 12. 이 건 병원에 대한 개설허가를 받고 1966. 4. 13. 사립학교법 제2조의 규정에 의한 학교법인 설립허가를 받은 후 1995. 5. 24. 이 건 심사청구일 현재까지 이 건 병원을 경영하고 있으므로 구 의료법시행령부칙 제2항의 규정에 의하여 의료법에 의한 의료법인 설립절차를 거쳤다고 할 것이며,

나아가 의료법에 의하여 설립된 의료법인인 청구인이 1992. 12. 27. 이 건 병원의 증축건축물(5,243.32㎡)을 취득하고 1993. 11. 19.이에 대한 소유권 보존등기를 마친 후 심사청구일 현재까지 이 건 병원의 외래병동, 병원장 관사 및 의사숙소 시설로 직접 사용하고 있는 사실이 인정되므로 청구인이 이 건 병원의 증축건축물을 취득, 등기한 데 대하여는 취득세 및 등록세를 비과세하여야 할 것이다.

따라서 처분청이 이 건 병원의 증축부분에 대한 취득, 등기에 대하여 취득세와 등록세 및 등록세액에 일정세율을 곱하여 징수하는 교육세를 과세한 당초 처분은 잘못된 처분이라 할 것이다.

두번째 쟁점에 대하여 보면, 청구인은 이 건 병원을 경영하는 청구인의 경우 의료법시행령부칙 제2조의 규정에 의하여 의료법에 의하여 설립된 의료법인에 해당되므로 지방세법 제245조의2 제1항 제1호의 규정에 의하여 1995. 1월부터 같은 해 3월까지의 이 건 병원의 종업원할 사업소세는 비과세 대상이라고 주장하나,

지방세법 제245조의2 제1항 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예기타 공익사업을 목적으로 하는 "대통령령으로 정하는 비영리 사업자"에 해당하는 경우에는 사업소세를 부과하지 아니한다고 규정하면서,

같은 법 시행령 제207조에서는 같은 법 제245조의2 제1항 제1호의 "대통령령으로 정하는 비영리 사업자"의 범위를 같은 법 시행령 제79조 제1항 제1호 내지 제7호에서 열거하는 사업자로 한정함으로써 청구인과 같이 같은 법 시행령 제79조 제1항 제21호에서 규정하는 의료법에 의하여 설립된 의료법인의 경우 사업소세 비과세 대상에 포함되지 아니하는 것이므로 이 부분 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

4. 결론

그렇다면 이 건 심사청구는 일부 이유 있으므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

【참조조문】

구 지방세법 제 107조 제1호, 제127조 제1항 제1호 및 제245조의2 제1항 제1호,