1. 원처분의 요지

  처분청은 청구인이 ㅇㅇ광역시 ㅇㅇㅇ구 ㅇㅇ동 241-14 외 2필지 토지 502.8㎡(이하 "이 건 토지"라 한다)를 증여받아 1993. 9. 4. 지상에 지하 3층, 지상 10층 연면적 4,346.13㎡ 근린생활시설 및 판매시설용 건축물(이하 "이 건 건물"이라 한다)을 준공하여 같은 해 11. 3. 등기를 하였으며, 같은 해 9. 19. ㅇㅇ화학주식회사(구 주식회사 ㅇㅇ) 유통사업부 상호로 지점을 설치하여, 같은 해 10. 11. ㅇㅇㅇ세무서에 사업자 등록을 하였으므로 이 건 토지 및 건물은 지방세법 제138조 제1항 제3호 소정의 대도시내에서의 지점설치에 따른 부동산 등기로 보아 같은 법 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 이미 자진신고 납부한 세액을 차감한 등록세 255,338,660원, 교육세 47,857,130원 합계 303,195,790원(가산세 포함)을 1995. 3. 10. 각각 납부고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

  청구인은 1995. 3. 10. 처분청이 납부고지한 등록세 등 303,195,790원을 취소할 것을 청구한다.

  그 이유로서 청구인은 신발제조업 목적으로 설립된 법인으로서 백화점식의 대규모 소매점을 운영하기 위하여 1993. 9. 19. 이 건 토지를 증여받아 이 건 건물을 신축하여 1993. 10. 11. 관할세무서에 사업자등록을 하였는바, 도·소매업진흥법에 의한 개설허가를 받지 아니하고 매장을 설치한 것도 구 지방세법시행령 제101조 제1항 제8호의 도소매업에 해당됨에도 이 건 토지와 건물을 대도시 내 지점설치에 따른 부동산 등기로 보아 등록세를 중과세함은 부당할 뿐 아니라 등록세 과세표준도 적정하지 아니하여 등록세 등이 잘못 산정되었다고 주장한다.

3. 당원의 판단

  이 건 심사청구의 쟁점은

  첫째, 도·소매업진흥법에 의한 개설허가를 받지 아니하고 백화점을 개설한 것이 등록세 중과세 제외대상에 해당되는지 여부,

  둘째, 등록세 등 세액산출이 적정한지 여부에 있다.

  먼저 청구인이 이 건 토지 및 건물을 취득등기한 경위와 처분청의 등록세 등 부과 경위를 보면, 청구인은 ㅇㅇ광역시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 138-6에 본점을 두고 신발제조업 목적으로 1979. 3. 30. 설립된 법인으로 최근 신발업종의 경기쇠퇴로 신발제조업을 중단하고 창고보관업 및 유통업으로 전환하고자 청구인의 대표이사 ㅇㅇㅇ 본인 외 1인 소유의 이 건 토지를 1992. 10. 19. 및 1993. 2. 5. 각각 증여받아 지상에 이 건 건축을 1993. 9. 4. 준공하여 같은 해 11. 3. 등기를 하였으며, 같은 해 9. 19. ㅇㅇ화학주식회사(구 주식회사 ㅇㅇ) 유통사업부 상호로 지점을 설치하여 같은 해 10. 11. ㅇㅇㅇ세무서에 사업자등록을 하자 처분청에서는 이 건 토지 및 건물이 지방세법 제138조 제1항 제3호 소정의 대도시 내 지점설치에 따른 부동산 등기로 보아 같은 법 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 이미 자진신고 납부한 세액을 차감한 등록세 등 303,195,790원을 1995. 3. 10. 추가 납부고지한 사실이 관계자료에 의하여 인정된다.

  첫번째 쟁점에 대하여 살펴본다.

  지방세법 제138조 제1항 및 구 지방세법시행령 제101조 제1항 제8호(1994. 12. 31. 대통령령 제14483호로 개정되기 이전의 것) 규정을 종합하여 보면, 대도시 내의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기를 할 때에는 등록세를 중과하며, 다만, 도·소매업진흥법의 규정에 의한 도·소매업은 법인등기 등의 중과세에서 제외하도록 규정되어 있는 한편, 도·소매업진흥법(1995. 1. 5. 법률 제4889호 전문개정되기 이전의 것) 제15조 제1항에서 대규모 소매점을 개설하고자 하는 자는 건축허가 또는 건축물의 용도변경허가를 받기 전에 상공자원부령이 정하는 바에 의하여 대규모소매점 개설허가신청서·사업계획서 기타 필요한 서류를 시·도지사에게 제출하여 종류별로 허가를 받도록 규정하고 있으므로, 위 규정에 의한 개설허가를 받지 아니하고 대규모소매점을 개설한 자는 위 시행령 제101조 제1항 제8호에 해당되는 것으로 볼 수 없다 할 것이다.

  청구인은 이 건 건물이 근린생활시설 및 판매시설로서 1-3층은 ㅇㅇㅇ 및 선물전문판매점, 4-9층은 잡화 및 의류판매점 매장을 설치한 것도 도·소매진흥법에서 규정하는 대규모소매점에 해당되므로 등록세 등 중과처분은 부당하다고 주장하나, 기록에 의하면 청구인은 위 도·소매업진흥법 제15조의 규정에 의한 개설허가를 받지 아니하였을 뿐 아니라 이 건 건물 연면적 4,346.13㎡ 중 개설된 매장면적은 552.38㎡로써 도·소매진흥법시행령 제10조의2 및 제12조 관련 별표 1의 대형점의 매장면적(1,000㎡ 이상) 및 별표2의 대규모 소매점의 매장면적(백화점, 쇼핑센타 공히 3,000㎡이상)에 미달되므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

  두번째 쟁점에 대하여 살펴본다.

  등록세는 지방세법 제130조 규정에 의한 부동산 취득가액을 과세표준으로 하고 같은 법 제138조 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 금액을 그 세액으로 하며, 교육세는 지방세법 규정에 의하여 납부하여야 할 등록세액의 과세표준에 교육세법 제5조 제1항에 정한 세율 100분의 20을 계상한 금액을 그 세액으로 하고 있는바, 공사 및 시설물 설치시 거래상대방에게 지급한 부가가치세는 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 소정의 청구인 자기사업인 유통사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액으로 청구인이 납부할 부가가치세액 결정시 공제되거나 환급받게 될 금액이므로 청구인이 이 건 건축물 공사 및 시설물 설치시 거래상대방에게 부가가치세를 지급하였다 하더라도 지방세법시행령 제82조의3 제2항 소정의 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용에 해당된다고 볼 수 없으며, 따라서 이 건 건물 총공사비 4,648,616,233원에 포함되어 있는 부가가치세 118,535,133원을 등록세과세표준에서 제외하여야 하고, 이 건 건물을 취득하기 위하여 사용검사일 이전에 지급하였거나 지급키로 계약된 부분은 건물신축비용에 포함될 것이나 이 건 건물의 사용검사일인 1993. 9. 4. 이후 제3자에게 임대할 목적으로 임차인의 특정한 용도에 설치한 실내장식비 등 412,243,418원도 등록세 과세표준에서 제외하여 차인잔액 4,117,837,682원을 과세표준으로 하였어야 함에도, 위 건물 총공사비에서 위 실내장식비 중의 일부인 195,385,121원만 공제한 4,453,231,112원으로 잘못 산정함으로써 청구인에게 정당하게 부과하여야 할 이 건 토지 및 건물에 대한 등록세 239,239,780원, 교육세 44,905,680원, 계 284,145,460원보다 등록세 16,098,880원, 교육세 2,951,450원 계 19,050,330원이 더 많이 납부고지된 사실이 인정되므로 이 부분 청구인의 주장은 이유 있다 할 것이다.

4. 결론

  그렇다면 이 건 토지 및 건물에 대하여 대도시 내에서의 지점설치에 따른 부동산등기로 보아 중과세율을 적용하여 등록세 등을 부과한 처분은 정당하나 그 중 위 처분에 따른 등록세 및 교육세의 과세표준은 잘못 계상되어 이 건 심사청구는 일부 이유 있으므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.