1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 1993. 3. 24. 서울특별시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 837-11 지상건축물(지상 20층 지하 8층, 건물연면적 40,837㎡, 이하 "이 건 건축물"이라 한다)을 준공하고 같은 해 4. 14. 취득세 등 579,505,760원을 자진신고 납부한 데 대하여 과세표준을 과소신고한 것으로 보아 1995. 1. 17. 취득세 등 365,235,500원을 추가 납부고지하였다가 1995. 2. 4. 이 건 건축물 준공일(1993. 3. 24.) 전에 환급받은 부가가치세 매입세액(1,204,199,998원)을 과세표준에서 공제하고 취득세 203,486,590원, 등록세 81,394,630원 및 교육세 14,922,340원 계299,803,560원으로 경정결정한 후 이를 납부고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 1995. 2. 4. 처분청이 납부고지한 취득세 등 299,803,560원의 부과처분중 이 건 건축물 준공일 이후 환급받은 부가가치세 매입세액 1,455,864,200원 부분에 대한 취득세 등을 취소할 것을 청구한다.

그 이유로서 부가가치세는 소득세법상 손비로 인정되지 아니하고 청구인이 이 건 건축물 신축과 관련된 부가가치세 매입세액을 전액 환급받아 이 건 건축물 취득가액을 증가시키지 아니 하였음에도 처분청에서 이 건 건축물 준공일(1993. 3. 24.) 이후에 환급된 부가가치세 매입세액 1,455,864,200원을 과세표준에 산입하여 취득세 등을 납부고지한 것은 부당하다고 주장한다.

3. 당원의 판단

이 건 심사청구의 쟁점은 이 건 건축물 준공일 이후 환급된 부가가치세 매입세액을 취득세 및 등록세 과세표준에 산입한 것이 정당한 지의 여부에 있다.

먼저 청구인이 이 건 건축물을 취득한 경위와 처분청의 취득세 등 부과 경위를 보면,

청구인은 1991. 12. 16. ㅇㅇ세무서에 부가가치세 과세사업자등록(상호 : ㅇㅇㅇ센타, 업종 : 부동산 임대, 건물신축판매)을 한 사람으로서 1991. 7. 8. 서울특별시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 837-11 대지 2,926.2㎡상에 이 건 건축물(주용도 : 일반업무시설 - 오피스텔, 근린생활시설 등)을 청구 외 ㅇㅇ건설주식회사로 하여금 도급시공(공사도급금액 29,260,706,200원 : 부가가치세 2,660,064,200원 포함)케 하여 1993. 3. 24. 이를 준공한 후 1993. 4. 14. 이 건 건축물의 과세표준을 19,577,897,720원으로 하여 처분청에 취득세 391,557,950원, 등록세 156,623,180원 및 교육세 31,234,630원 계 579,505,760원을 자진신고 납부하고

같은 해 4. 28. 이 건 건축물에 대한 소유권 보존등기를 마쳤으며, 처분청에 서는 이에 대하여 1995. 1. 17. 청구인이 자진신고 납부한 과세표준이 과소신고(과소신고된 과세표준 9,682,808,480원 = 공사도급금액 26,600,642,000원 + 부가가치세 매입세액 2,660,064,200원 - 자진신고 과세표준 19,577,897,720원)된 것으로 보아 취득세 232,387,390원, 농어촌특별세 21,302,170원,

등록세 92,954,950원 및 교육세 18,590,990원 계 365,235,500원을 추가 납부고지 하였다가 1995. 2. 4. 청구인이 이 건 건축물 준공일(1993. 3. 24.) 이전에 환급 받은 부가가치세 매입세액 1,204,199,998원을 과세표준에서 제외하여 취득세 203,486,590원, 등록세 81,394,630원 및 교육세 14,922,340원 계 299,803,560원(농어촌 특별세 21,302,170원 전액 취소)으로 경정결정한 사실이 관계자료에 의하여 인정된다.

살피건대, 구 지방세법(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되기 이전의 것) 제111조 제1항 제2항 및 제6항, 제130조 제1항 제2항 및 제3항, 구 지방세법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14041호로 개정되기 이전의 것) 제82조의2 제2항 제3호, 제82조의3 제2항의 규정을 종합하여 보면, 취득세 및 등록세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 하고 그 과세표준액은 조례로 정하는 바에 따라 취득자 또는 등기·등록자의 신고에 의하며,

국가 또는 지방자치단체에 제출된 매매계약서, 신고서 또는 법인이 서명 날인한 계약서로서 사실상의 취득가격이 입증되는 경우에는 위 법 제111조 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 그 취득가격을 과세표준으로 하고 그 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용을 말한다고 규정하고 있는바,

취득자가 취득세 및 등록세 과세대상물건을 취득한 후 위 법 제111조 제2항에 의한 신고를 하였다 하더라도 법인이 서명날인한 계약서 등에 의하여 과세대상물건을 실질적으로 취득하기 위하여 지급한 금액이 입증되는 경우에는 그 지급금액을 취득세 및 등록세의 과세표준으로 하며,

부가가치세 과세사업자가 건물신축과 관련하여 거래상대방에게 지급한 부가가치세는 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 소정의 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액으로서 자기가 납부할 부가가치세액 결정시 공제되거나 환급될 세액으로 건물신축과 관련하여 지급된 부가가치세 매입세액을 건물 신축 후 환급받았다면 이는 건물신축전에 환급받은 경우와 같이

위 시행령 제82조의3 제2항 소정의 "당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용"에 해당된다고 볼 수 없고 나아가 환급받은 동 부가가치세 매입세액은 취득세 및 등록세 과세표준에 산입되지 아니한다.

기록에 의하면 청구인은 부가가치세 과세사업자로서 당해 과세사업에 사용할 이 건 건축물 신축과 관련하여 1989. 2. 4.부터 1993. 3. 19.까지 사이에 13회에 걸쳐 거래상대방에 지급한 부가가치세 계 2,660,064,198원을 청구인의 사업장관할 ㅇㅇ세무서로부터 1989. 4. 25.부터 1993. 4. 25.까지 사이에 전액 환급받았으며, 처분청은 이 건 건축물 시공법인인 청구 외 ㅇㅇ건설주식회사가 서명 날인한 공사도급계약서상의 공사도급금액 29,260,706,200원(부가가치세 2,660,064,200원 포함)에서 환급세액 2,660,064,198원 전액을 공제하지 아니하고 그 중 이 건 건축물 취득일(1993. 3. 24.) 이전에 환급된 부가가치세 매입세액 1,204,199,998원만을 공제한 후 이를 이 건 취득세 및 등록세 과세표준으로 하여 산정한 취득세 등 계 299,803,560원을 1995. 2. 4. 납부고지한 사실이 인정된다.

그러므로 청구인이 이 건 건축물 취득일 이후에 환급받은 부가가치세 매입세액 1,455,864,200원은 이 건 건축물 취득을 위하여 청구인이 부담할 비용에 해당하지 아니 함에도 취득세 및 등록세 과세표준에 산입하게 되어 정당세액보다 취득세 34,941,930원, 등록세 13,976,290원 및 교육세 2,562,310원 계 51,480,530원이 과다하게 부과된 당초 처분은 잘못된 처분이라 할 것이다.

4. 결론

따라서 이 건 과세처분에 경정을 요하는 심사청구는 이유 있으므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

【참조조문】

구 지방세법(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되기 이전의 것) 제111조 제1항 제2항 및 제6항, 제130조 제1항 제2항 및 제3항,