1. 원처분의 요지

  처분청은 청구인이 1983. 11. 3. 서울특별시장으로부터 도심지재개발 사업시행의 인가(사업시행면적 7,636.4㎡)를 받은 서울특별시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 33 외 40필지의 토지에 건축물(지상 25층 지하 5층, 건축연면적 73,667.09㎡, 주용도 : 업무 및 판매시설, 이하 "이 건 건축물"이라 한다)을 신축하여 1992. 5. 4. 준공검사를 받은 후 1994. 7. 20. 등록세(403,420,200원) 과세면제신청을 한 데 대하여 같은 해 7. 21. 이를 거부하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

  청구인은 1994. 7. 21. 청구인에 대하여 한 처분청의 등록세 과세면제신청의 거부처분을 취소할 것을 청구한다.

  그 이유로서 서울특별시도시개발사업에대한시세과세면제에관한조례(1991. 12. 31. 서울특별시 조례 제2843호로 개정된 것) 부칙 제2항에서 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세면제하였거나 과세면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다고 규정하고 있고, 이 건 건축물에 대한 취득세(1,008,550,510원) 면제신청의 거부처분에 관한 행정소송이 제기되어 1994. 6. 24. 동 거부처분을 취소한다는 원심판결을 확정하는 대법원의 판결(94누3254)이 있었으므로 이 건 건축물에 대한 등록세 또한 과세면제대상임에도 처분청에서 청구인의 등록세 과세 면제신청을 거부한 것은 부당하다고 주장한다.

3. 당원의 판단

  이 건 심사청구의 쟁점은 청구인이 과세면제신청 당시에 이 건 건축물을 취득등기하는 경우 등록세과세면제대상에 해당하는지의 여부에 있다.

  먼저 청구인이 이 건 건축물을 취득한 경위와 처분청의 등록세 과세면제신청에 대한 거부처분 경위를 보면, 청구인은 1983. 11. 3. 서울특별시장으로부터 도심지(ㅇㅇ구역 제12지구)재개발사업시행인가(변경인가일 1988. 3. 16., 사업시행면적 164.3㎡ 감소)를 받은 토지에 업무용 건축물인 이 건 건축물을 신축하여 1992. 5. 4. 준공검사를 받아 이 건 건축물 중 일부를 임대하였으며, 한편 청구인은 1994. 7. 20. 처분청에 이 건 건축물에 대한 등록세(403,420,200원) 과세면제신청을 하였으나 처분청에서는 같은 해 7. 21. 이 건 건축물이 서울특별시 조례 제3091호(1994. 4. 14. 개정된 것) 제2조 제1항 제1호의 규정에 의한 당해 사업시행을 위하여 일시적으로 취득한 건축물이 아니므로 등록세 과세면제대상이 아니라고 보아 청구인의 과세면제신청을 거부한 사실이 관계자료에 의하여 인정된다.

  살피건대, 지방세법 제124조에서 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다고 규정하였는바, 등록세는 등기 또는 등록이라는 단순한 사실의 존재를 과세물건으로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 세금으로서 그 등기 또는 등록을 할 때에 등록세 납세의무가 성립한다 할 것이며, 한편 지방세법 제7조, 제9조에 근거하여 제정된 서울특별시도시개발사업에대한시세과세면제에관한조례(1990. 12. 31. 서울특별시 조례 제2687호로 개정된 것, 이하 조례 제2687호라 하고 아래 개정된 조례들도 같은 방법으로 부른다) 제2조에서 도시재개발법의 규정에 의한 사업시행자가 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역 내에서 그 사업시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물(개량건축물 포함)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정함으로써 도시재개발사업 중 도심지재개발사업의 시행을 위한 개량건축물에 대하여도 그 취득세 등의 과세면제대상으로 하였고, 위 조례 제2687호 제2조를 1991. 12. 31. 서울특별시 조례 제2843호(1992. 1. 1.부터 시행)로 개정하여 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역의 경우 도시재개발법 제2조 제2호의 규정에 의한 주택개량재개발사업에 한하여 취득세 등의 면제대상으로 규정하고 그 부칙 제2항에서 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세면제하였거나 과세면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다는 경과 규정을 두었다가 위 조례 제2843호를 1993. 7. 3. 서울특별시 조례 제3007호(1993. 7. 3.부터 시행)로 개정하면서 제2조를 조례 제2843호 제2조와 같이 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역의 경우 주택개량재개발사업에 한하여 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정함과 아울러 조례 제2843호 부칙 제2항에 있던 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세면제하였거나 과세면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다는 경과 규정을 삭제함으로써 도시재개발사업 중 도심지재개발사업의 시행을 위한 개량건축물의 경우에는 취득세 및 등록세 과세면제대상에서 제외하였으며, 위 조례 제3007호 제2조를 1994. 4. 14. 서울특별시조례 제3091호(1994. 4. 15.부터 시행)로 다시 개정하여 도시재개발법의 규정에 의한 사업시행자가 당해 사업을 시행하기 위하여 일시적으로 토지와 건축물을 취득하는 경우에는 취득세와 등록세를 면제하며 그 사업시행자의 범위에 도시재개발법의 규정에 의하여 사업시행자로 지정받은 자를 포함한다고 규정함으로써 종전부터 취득세 및 등록세 과세면제대상이었던 불량주택지 재개발사업시행자외에 도심지 재개발사업시행자도 당해 사업을 시행하기 위하여 구 도로 등을 일시 취득하여 구획조정하는 경우와 같이 일시적으로 토지와 건축물을 취득하는 경우 취득세 및 등록세 과세면제대상으로 포함한다고 규정하였으나 그 조례 부칙에는(위 조례 제3007호와 같이) 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세면제하였거나 과세면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다는 경과 규정을 두지 아니하였는바, 지방세과세면제 및 불균일과세에관한조례가 수차에 걸쳐 개정된 경우에는 개정전후의 조례 중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 조례를 적용하여야 할 것이며, 나아가 적용대상 조례에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과 규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 조례를 적용하도록 한 규정이 마련되어 있지 아니하다면 그 적용 당시의 조례의 규정에 의하여 지방세 과세면제 해당여부를 가려야 할 것이다.

  청구인은 소론 대법원판례에서 청구인이 1983. 11. 3. 서울특별시장으로부터 이 건 토지에 대한 도심지재개발사업의 시행인가를 받고 그 사업을 시행한 결과 1992. 5. 4 이 건 건축물을 준공하였으므로 그 준공일에 취득한 것으로 보아 위 조례 제2843호 부칙 제2항의 경과 규정에 의하여 종전의 조례 제2687호 제2조의 규정을 적용하고 취득세 과세면제 대상이라고 판시하였음에도 처분청에서 이 건 건축물에 대한 등록세 과세면제신청을 거부한 것은 부당하다고 주장하나, 기록에 의하면 이 건 건축물에 대한 취득세는 그 준공일인 1992. 5. 4.에 납세의무가 성립하였다 하더라도 이 건 건축물에 대한 등록세는 청구인이 1994. 7. 20. 처분청에 등록세 과세면제 신청을 하였으므로 신청 당시에 등록세과세요건이 성립되었다 하겠고, 이 당시의 적용조례(조례 제3091호)에는 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세면제하였거나 과세면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 규정에 의한다는 경과 규정을 두고 있지 아니하므로 등록세 과세면제 대상이라는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

4. 결론

  그렇다면 처분청이 이 건 건축물에 대한 등록세 과세면제 신청을 거부한 처분은 정당하고 이 건 심사청구는 이유 없으므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.