1. 원 처분의 요지

  가. 청구인은 2003. 12. 29. △△지방중소기업청장으로부터 벤처기업으로 확인서를 받은 후 2006. 4. 24. □□□□시 □□구 □□동 37-10 외 1필지의 토지 및 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 취득·등기하고, 같은 날 일반세율(20/1,000)로 산출한 등록세 108,000,000원을 자진 신고·납부하였다.

  나. 처분청은 2010. 2. 10. 청구인이 벤처기업으로 확인받은 날부터 2년이 경과한 후에 이 사건 부동산을 취득하거나 등기일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 이 사건 부동산을 당해 사업에 직접 사용하지 아니하였다는 사유로 「지방세법」 제138조 제1항 및 「지방세법 시행령」 제102조 제2항에 따라 당해 세율의 100분의 300을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부세액을 차감한 등록세 등 345,542,400원을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)

2. 심사청구의 취지와 이유

  가. 청구 취지

    이 건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하게 해 달라는 것이다.

  나. 청구 이유

    청구인은 1층에서 5층은 취득일부터 직접 사용하다가 2008년 9월부터 임대하였고, 6층 7층은 2008년 8월부터 창고로 직접 사용하였으며, 지하는 2009년 6월부터 자회사 △△△엔터테인먼트에서 사용하고 있으므로 취득일부터 2008년 9월까지 직접 사용한 것인데도 101호, 106호, 602호를 제외한 부분에 대하여 등록세 296,265,340원을 부과한 것은 부당하다고 주장한다.

3. 우리 원의 판단

  가. 다툼

    이 건의 다툼은 청구인이 2003. 12. 29. 벤처기업으로 확인서를 받은 후 2년 4월이 지난 2006. 4. 24. 이 사건 부동산을 취득·등기하였는데, 등록세 감면대상이 되는지 여부이다.

  나. 인정 사실

    이 건 관련 기록을 검토해 보면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

    (1) 청구인(전 상호: △△△△미디어)은 2003. 1. 10. 설립된 법인으로 같은 해 12. 29. △△지방중소기업청장으로부터 유효기간을 2003. 12. 29.부터 2004. 12. 28.까지로 하는 창업벤처중소기업 확인서를 받았다.

    (2) 청구인은 2006. 4. 24. □□□□시 □□구 □□동 37-10, 11호 토지 및 건물을 취득하고, 창업벤처기업용 부동산에 해당한다는 취지로 등록세를 일반세율(20/100)로 신고·납부한 한편, 같은 날 그 등기를 경료하였다.

    (3) 처분청은 2010. 2. 10. 청구인이 벤처기업으로 확인받은 2003. 12. 29.부터 2년 4월이 경과한 2006. 4. 24.에 이 사건 부동산을 취득하거나 등기일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 이 사건 부동산을 당해 사업에 직접 사용하지 아니하였다는 사유로 「지방세법」 제138조 제1항 및 「지방세법 시행령」 제102조 제2항에 따라 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부세액을 차감한 등록세 등 345,542,400원(등록세 290,952,000원, 지방교육세 54,590,400원)을 부과·고지하였다

  다. 관계 법령

    이 건과 관계되는 법령은 「지방세법」 등으로서 [별지] 기재와 같다.

  라. 판단

    구 「조세특례제한법」(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제119조 제3항 제1호에 따르면 창업중소기업, 창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제하되, 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징하도록 되어 있다.

    살피건대, 청구인은 2003. 12. 29. △△지방중소기업청장으로부터 창업벤처중소기업 확인서를 받았고, 창업일부터 2년 4월이 경과된 2006. 4. 24. 이 사건 부동산을 취득·등기하였는데 이는 구 「조세특례제한법」 제119조 제3항 제1호에 따른 등록세 감면대상이 아니다.

    따라서 청구인이 이 사건 부동산에 대하여 구 「조세특례제한법」 제119조 제3항 제1호에 따라 등록세를 감면받기 위해서는 벤처기업으로 확인 받은 날부터 2년 이내에 취득·등기한 사업용재산에 해당하여야 할 것이나, 위 사실관계 및 처분청의 제출증빙자료 등에서 청구인이 창업벤처중소기업으로 확인받은 날부터 2년 4개월이 지난 후에 이 사건 부동산을 취득·등기하였음이 확인되는 바, 위 규정 감면요건을 충족하지 못하여 감면대상에 해당하지 아니한다고 할 것이고, 이 사건 부동산이 취득·등기가 창업벤처중소기업 감면대상에 해당하지 않는 이상 청구인이 주장하는 2년 이내 직접 사용 여부를 살펴볼 실익이 없다 할 것이며, 또한 등록세 중과세율 적용을 배제할 다른 근거도 없으므로 처분청이 한 처분은 적정하다고 할 것이다.

4. 결론

  그렇다면 이 사건 부과처분은 잘못이 없고 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.