1. 원 처분의 요지

  가. 청구인은 2010. 7. 1. △△△△주식회사(이하 “△△△△”이라 한다)와 주식회사 ◎◎◎◎(이하 “◎◎◎◎”이라 한다)으로부터 “□□시 □□구 □□동 □□□-□번지 잡종지 45,020㎡(이하 “♤♤부두”라 한다)”를 57,689,955,000원(안벽가액 44,116,425,000원1) 포함)에 취득하였다.

  나. 청구인은 2010. 7. 29. ♤♤부두의 위 취득가액 중에서 안벽가액을 제외한 나머지 토지가액만을 취득세 및 등록세(이하 “취득세 등” 이라 한다)의 과세표준으로 신고한 후, 그 취득세 등 전액에 대하여 감면 신청하는 한편, 위 취득세 등 감면에 대한 농어촌특별세2)도 같이 감면신청하였는데, 처분청에서는 위 같은 날 청구인의 감면신청에 대하여 모두 감면을 결정하였다.

  다. 처분청에서는 감면신청 당시에는 청구인이 취득세 등 감면에 대한 농어촌특별세도 감면대상이 되는 것으로 보아 감면결정을 하였으나, 그 후 농어촌특별세는 감면대상이 아니라고 판단한 후, 청구인이 당초 감면신청한 토지 관련 취득세 등 감면에 대한 농어촌특별세 108,588,240원(가산세 제외)과 청구인이 신고 누락한 안벽 관련 취득세 등 감면에 대한 농어촌특별세 482,386,630원(신고불성실 가산세 및 납부불성실 가산세 포함)을 합한 농어촌특별세 590,974,870원을 2012. 2. 17. 부과·고지(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

  가. 청구 취지

    이 건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 감액경정하게 하여 달라는 것이다.

  나. 청구 이유

    이 사건 안벽은 「지방세법」에 취득세 과세대상으로 규정되어 있지 않고, 영구적인 자본재인 토지와 달리 재해 또는 시간의 경과로 사용가치가 하락하며 지속적인 수선유지가 필요한 항만시설에 해당되는바, 설령 이 사건 안벽이 「측량수로조사 및 지적에 관한 법률」 등의 규정에 따라 관련 공부에 토지로 등재되었다고 하더라도 실제현황이 토지와 다른데도 이를 토지로 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 실질과세원칙과 조세법률주의의 원칙에 위배되는데도, 이 사건 안벽을 취득세 등 과세대상인 토지로 판단한 후, 안벽 관련 취득세 등 감면에 대한 농어촌특별세를 부과한 것은 부당하다.

3. 우리 원의 판단

  가. 다툼

    이 건 안벽을 취득세 등 부과대상인 토지로 보아야 하는지 여부이다.

  나. 인정 사실

    이 건 관련 기록을 검토해 보면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

    (1) △△△△과 ◎◎◎◎은 2005. 7. 8. △△지방해양수산청장과 「△△·○○부두 양여 및 대체시설 축조에 관한 협약」을 체결하였는데, 주요 내용은 △△△△과 ◎◎◎◎은 ♤♤부두를 축조하여 △△지방해양수산청에 기부채납하고, △△지방해양수산청은 △△부두 및 ○○부두를 △△△△과 ◎◎◎◎에 양여하는 것으로 되어 있다.

    (2) △△지방해양수산청에서는 2007. 6. 20. 「△△항 ♤♤부두(2선석) 축조공사」 비관리청 항만공사에 대한 실시계획을 승인하였다.

    (3) △△△△과 ◎◎◎◎, △△지방해양항만청, △△△△공사는 2009. 10. 30. 「△△·○○부두와 대체시설의 소유권 이전에 관한 협약」을 체결하였는데, 그 주요 내용은 △△△△공사는 △△·○○부두를 △△△△과 ◎◎◎◎에 이전하고, △△△△과 ◎◎◎◎은 대체시설인 ♤♤부두를 축조하여 청구인에게 이전하는 것으로 되어 있다.

    (4) △△지방해양수산청에서는 2009. 11. 16. ♤♤부두 축조공사에 대하여 △△△△을 시행자로 하여 준공확인증명서를 발급하였고, 그 후 △△△△과 ◎◎◎◎은 2009. 12. 16. 및 2010. 3. 4. ♤♤부두를 취득한데 따른 취득세 등 과세표준을 각각 신고하면서 이 사건 안벽공사와 관련된 공사비와 그 부대비용을 과세표준에서 제외하였다.

    (5) △△△△과 ◎◎◎◎은 2010. 1. 19. 「공유수면매립법」 및 「지적관계법」에 따라 안벽을 포함한 ♤♤부두 전체 매립지 45,020㎡에 대하여 매립준공 토지(잡종지)로 직접 신규등록신청을 하였고, 같은 해 3. 4. 「부동산등기법」에 따라 소유권보존등기를 하였는데, 이때 △△△△ 등은 「측량·조사 및 지적에 관한 법률 시행령」 제55조의 규정에 따라 이 사건 공유수면매립지의 토지 중 안벽을 토지에 편입하여 등록하면서 바깥쪽 어깨부분을 지상경계로 결정하였다.

    (6) 청구인은 2010. 7. 1. 청구인 소유의 △△ 및 ○○부두와 △△△△ 및 ◎◎◎◎ 공동 소유의 ♤♤부두를 아래 [표 1]과 같이 교환하는 것을 내용으로 하는 교환계약을 △△△△ 및 ◎◎◎◎과 체결하였다.

[표 1] 교환가액 명세

(금액단위 : 원)

    (7) 청구인은 2010. 7. 1. 위 교환계약을 체결한 후, 같은 해 7. 29. ♤♤부두의 총 취득가액 중에서 토지가액만을 취득세 등의 과세표준으로 신고한 후, 그 취득세 등 전액에 대하여 감면 신청하는 한편, 위 취득세 등 감면에 대한 농어촌특별세도 같이 감면신청하였는데, 처분청에서는 위 같은 날 청구인의 감면신청에 대하여 모두 감면을 결정하였다.

    (8) 처분청에서는 2011. 11. 30. △△지방해양항만청에 “♤♤부두 축조공사가 공유수면매립공사에 해당하는지 여부” 등에 대하여 질의하였고, △△지방해양항만청에서는 같은 해 12. 13. “① ♤♤부두 축조공사는 공유수면매립공사에 해당되고, ② ♤♤부두 전체 조성부지는 공유수면매립지에 해당되며, ③ △△부두의 의장안벽 연장공사는 공유수면매립공사에 해당되고, ④ △△부두의 의장안벽은 공유수면매립지에 해당된다”고 회신하였다.

    (9) 처분청 소속 직원 2명이 2011. 12. 6.부터 같은 해 12. 9.까지 ▽▽광역시 ▽▽구청 등을 현장방문한 후 출장복명서를 작성하였는데, 그 내용은 아래 [표 2]와 같다.

    [표 2] 출장복명서 내용