감심2013-109(20130613)
등록세 등 부과에 관한 심사청구
답변요지
본문
1. 원 처분의 요지
가. 청구인은 2006. 1. 24. △△시장과 □□시 □□구 □□동 □□□번지 외 1필지 토지 23,788㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)에 대한 매매계약을 체결하고 2006. 1. 24.부터 2008. 9. 24.까지 4차례에 걸쳐 연부대금을 납부한 후, 2007. 3. 12.부터 2008. 9. 24.까지 취득가액 67,010,990,840원을 과세표준으로 하고 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 1,379,891,450원, 농어촌특별세 135,282,980원, 등록세 1,340,219,810원, 지방교육세 268,043,960원, 합계 3,123,438,200원을 신고 및 처분청의 부과고지에 의거 각각 납부하였다.
나. 처분청은 2009년 12월 청구인에 대한 서면조사에서, 청구인이 이 사건 토지의 취득과 관련한 건설자금이자(2,424,682,109원)를 누락신고한 사실을 확인하고, 그 누락금액에 대하여 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 64,113,430원, 농어촌특별세 6,411,330원, 등록세 64,055,240원, 지방교육세 11,841,160원, 합계 146,421,160원을 2009. 12. 1. 부과 고지하였다.
다. 처분청은 2011. 10. 31.부터 같은 해 11. 4.까지 △△도와 합동으로 실시한 세무조사에서, 청구인은 법인 본점을 2006. 1. 16. □□도 □□시 □□구 □□동 □□□-□□번지(78.88㎡, 이하 “△△본점”이라 한다)에 설치하고 법인등기부등본에도 이를 등기하였으나, 2006년 4월 이후 청구인의 주요인력이 근무하면서 회계업무를 수행한 장소가 □□시 □□구 □□동 □□□-□□번지(363.64㎡, 이하 “◎◎동사무소”라 한다)와 같은 시 □□시 □□구 □□동 □□□-□□(184.03㎡, 이하 “♤♤동사무소”라 한다)이라고 보고 이를 청구인의 사실상 본점에 해당되는 것으로 판단하여 이 사건 토지의 등기를 대도시내 법인 전입 이후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기로 보아 그 취득가액에 구 「지방세법」(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항 제3호의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 등록세 4,364,448,640원, 지방교육세 817,341,180원, 합계 5,181,789,820원(가산세 포함)을 2012. 2. 14. 부과고지 하였다.(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)
2. 심사청구의 취지와 이유
가. 청구 취지
이 건의 청구 취지는 이 사건 처분을 취소하게 해 달라는 것이다.
나. 청구 이유
청구인은 2006. 1. 16. 대도시외 지역인 □□도 □□시 □□구 □□동 □□□-□□를 임차하여 법인 본점을 설치하고 법인설립등기 및 사업자등록을 한 후 심사청구일 현재까지 같은 장소에서 부동산업 중 건물신축판매업을 영위하고 있는데도 처분청에서는 청구인이 “△△△△ 신축사업”과 관련하여 서울시내에 분양홍보관을 설치한 것을 본점 이전으로 간주하였으나, 각종 지출 등 회계처리 부분은 총무 및 회계담당자가 ◎◎동·♤♤동 사무소로 파견근무하는 과정에서 업무편의 상 일부 서류가 ◎◎동·♤♤동사무소로 직송되거나 지출된 것으로 본점 이전의 근거가 될 수 없으며, 각종 임대료, 관리비, 국세관련 신고서, 산재·고용보험 안내문 등이 △△본점으로 송달되고 있으므로 등록세 중과세 대상이 될 수 없으며, 아울러 대법원 판결(2001. 4. 10., 99두1618 및 2006. 4. 27., 2003두7620)(이하 “대법원 판결 2개”라 한다)과 2009. 5. 21. 개정된 지방세법시행령 규정의 취지에 따르면 업무용ㆍ사업용을 포함한 일체의 부동산 등기가 중과대상이 되는 것이 아니라 법인의 본점 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산 등기의 경우에만 등록세 중과 대상이므로, 법인의 목적사업을 위해 취득한 이 사건 토지는 중과 대상에 해당하지 않으므로 이 사건 부과처분은 부당하다.
3. 우리 원의 판단
가. 다툼
이 건의 다툼은 대도시인 서울시내에 ◎◎동사무소 또는 ♤♤동사무소를 임차하여 업무를 수행한 것이 사실상 본점으로 역할을 한 것인지 여부와 이 사건 토지에 대한 부동산 취득등기가 법인본점의 대도시 전입 이후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기로 보아 등록세를 중과세를 하는 것이 합당한지 여부이다.
나. 인정 사실
(1) 청구인은 2006. 1. 16. □□도 □□시 □□구 □□동 □□□-□□를 법인 본점소재지로 하여 법인설립등기를 마쳤는데, □□도 □□시 □□동경에 위치한 △△단지내 지원단지 중 상업시설 △△용지 △△블록상의 복합시설 개발사업을 목적사업으로 하여 설립된 법인이다.
(2) 청구인은 2006. 1. 17. △△세무서장으로부터 사업장소재지를 △△ 본점으로 하고, 사업의 종류는 부동산업, 건물신축판매로 하여 사업자등록증을 교부받았다.
[표 1] △△본점 운영 내역
(금액단위 : 천 원)
(3) 청구인은 2006년 이후에 법인 본점소재지 관할 △△세무서에 법인세, 부가가치세, 근로소득세를 납부하여 왔고, 국민연금공단 △△지사에도 국민연금보험료를 납부하여 왔다.
(4) 청구인은 △△ 본점은 유지한 채 과밀억제권역인 서울 △△구 소재 빌딩 일부면적을 임차하여 ◎◎동사무소를 설치하였다가 이를 폐쇄하고, 서울 △△구 소재 빌딩 일부면적을 임차해 ♤♤동사무소를 설치하여 사무소를 이전하였다가 폐쇄한 후, 역시 과밀억제권역인 △△시 △△동 소재 일부면적을 임차해 분양사업장을 설치하였다가 이를 폐쇄하였다.
[표 2] 사무소 및 분양사업장 설치 내역
(금액단위 : 천 원)
(5) 청구인은 2006. 1. 24. △△시장과 이 사건 토지에 대한 매매계약을 체결하고 2006. 1. 24.부터 2008. 9. 24.까지 4차례에 걸쳐 연부대금을 납부한 후 2007. 3. 12.부터 2008. 9. 24.까지 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 등 3,123,438,200원을 납부하고 2008. 9. 24. 이 사건 토지의 소유권 이전등기를 경료하였다.
(6) 청구인은 이 사건 토지 상에 “△△△△ 신축사업” 건축·설계와 관련하여 2007. 10. 25.부터 2008. 10. 31.까지 △△시 등 관련부서와 각종 송·수신문서를 주고 받았는데 이 때 수신처를 ◎◎동사무소 또는 ♤♤동사무소로 표기하였다.
(7) 청구인은 2011. 6. 24. 대표이사 김○○을 청산인으로 하여 법인해산 등기를 하였다.
(8) 처분청은 청구인이 법인해산 등기를 마친 후인 2011. 10. 31.부터 같은 해 11. 4.까지 사이에 △△본점 및 ◎◎동사무소·♤♤동사무소에 대해 세무조사를 하여 ① 임차료 거래처원장 ② 주차료 영수증 ③ 카드이용대금 명세서 ④ 일상경비 지출내역 ⑤ 전기·통신 사용내역 ⑥ 연금보험료 등 명세표 ⑦ 여비교통비 내역서 ⑧ 명함인쇄내역 ⑨ 건축·설계관련 수신문서 ⑩ 서울 임차사무소 관련 문서를 증빙서류로 갖추었다. 이를 사무소별로 구분 정리하면 아래 표와 같다.
[표 3] ◎◎동사무소·♤♤동 사무소 조사 내용
다. 관계 법령
이 건과 관계되는 법령은 구 「지방세법」 제138조 제1항 제3호 등으로서 [별지] 기재와 같다.
라. 판단
처분청은 청구인의 법인등기부등본 상 법인 본점의 소재지는 △△ 본점이나 사실상의 본점은 서울시내 ◎◎동사무소 또는 ♤♤동사무소이므로, 2008. 9. 24. 이 사건 토지의 등기는 등록세 중과세 대상인 대도시내 법인 전입 이후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 해당한다고 보아 등록세 등을 과세 예고하였는 바, 이 사건 토지가 등록세 중과세 대상에 해당하는지 여부는 서울 ◎◎동사무소 또는 ♤♤동사무소가 청구인의 사실상 본점에 해당하는지 여부에 있다 할 것이다.
그러므로, 서울 ◎◎동사무소 또는 ♤♤동사무소가 청구인의 사실상 본점에 해당하는지 여부에 대하여 살펴보면,
첫째, 처분청은 청구인이 서울 ◎◎동사무소를 분양홍보관 용도로 사용하였다고 주장하면서 그에 대한 증빙으로 ◎◎동사무소 공사관련 견적서, 공사비 지급서류, ◎◎동사무소의 좌석배치도 등을 제출하였으나 홍보관으로 사용하였다는 구체적 증빙자료를 제출하지 아니하여 이에 대한 청구인의 주장은 인정하기 어려운 점,
둘째, 처분청은 청구인이 2006. 9월 및 2007. 9월, 2008. 9월 사무용품 구입관련 거래명세서 및 상품배송지가 서울 ◎◎동사무소 또는 ♤♤동사무소이고, 수령인은 청구인의 경리담당자인 청구외 김○○로 기재되어 있고, 2006. 9월, 2007. 9월분 신문구독 영수증, 2008. 9월, 2009. 9월 전기요금 청구서, 2006. 8·9월, 2007. 8월, 2008. 8월 국민연금공단 보험료 고지서, 2006. 9월, 2008. 9월, 2009. 9월 카드사용 내역서 등의 송달장소도 ◎◎동사무소이거나 ♤♤동사무소이었으며, 이 사건 토지의 매매대금은 금융기관을 통해 무통장입금의 방식으로 지급되었는데 그 금융기관이 △△은행 △△점 또는 △△점이었고, 청구인의 2006. 6월 여비교통비 계정별 원장에 의하면, 2006. 6. 23. 청구인의 회계업무를 담당하는 총무관리팀장에게 지급된 교통비의 적요란에 ‘△△사무실 방문교통비’로 기재(이후에도 동일 기재내역 수회 확인) 되어 있어, 회계업무 담당직원인 총무관리팀 직원의 상시 근무처는 서울 ◎◎동사무소 또는 ♤♤동사무소로 보여지는 점 등으로 볼 때, 청구인의 경우 법인 본점의 중추적 기능인 회계업무가 서울 ◎◎동사무소 또는 ♤♤동사무소에서 이루어졌다고 보여지는 점,
셋째, 처분청이 제출한 카드 사용내역서(2006. 9월, 2008. 9월, 2009. 9월)에 의하면, △△시 지역 결재비율 65.1%인 반면, △△본점이 소재한 지역에서의 결재비율은 전체 결재건수의 7.1%에 불과한 점,
넷째, 청구인의 2006. 5월부터 2006. 12월까지 여비교통비 및 차량유지비 계정별 원장과 △△사무소가 소재한 ∇∇측에서 발급한 영수증 자료에 의하면, 2006. 6월부터 2006. 12월까지 매월 130,000원씩 청구인 임원의 주차료가 서울 ◎◎동사무소의 임대인 측에 지급된 사실을 알 수 있고, 반면 △△본점에서 청구인의 주된 인력이 상시적으로 근무하였다면 그에 따른 일상경비의 소요가 필수적이나, 청구인이 제출한 지출내역에서는 해당 경비로 볼만한 내역이 불분명하다.
살피건대, 등록세 중과대상이 되는 대도시 내로의 법인의 본점 전입 이후 부동산 취득등기에는 본점의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로의 본점을 전입한 법인이 사실상 본점 전입일로부터 5년 이내의 부동산 취득등기도 포함한다고 보아야 하는 점 등을 종합적으로 감안하여 볼 때, 2006년 4월 이후 청구인의 주된 본점 업무는 서울 소재 ◎◎동사무소 및 ♤♤동사무소에서 수행되었다고 보는 것이 타당하다고 보여 진다.
다음으로 청구인은 대법원판결 2개 및 2009. 5. 21. 개정된 지방세법시행령 규정의 취지에 따라 업무용ㆍ사업용을 포함한 일체의 부동산 등기가 중과대상이 되는 것은 아니고 법인 본점 등의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산 등기만 중과대상이라고 주장한다.
구 「지방세법」 제138조 제1항 제3호, 구 「지방세법 시행령」(2008. 9. 30. 대통령령 제21052호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 「지방세법 시행령」”이라 한다) 제102조 제2항, 구 「지방세법 시행규칙」(2008. 11. 4. 행정안전부령 제42호로 개정되기 전의 것) 제55조의2, 구 「수도권정비계획법」(2009. 4. 22. 법률 제9629호로 개정되기 전의 것) 제6조, 구 「수도권정비 계획법 시행령」(2006. 3. 8. 대통령령 제193735호로 개정되기 전의 것, 2008. 12. 31. 대통령령 제21214호로 개정되기 전의 것) 제9조에 따르면 인구와 산업이 지나치게 집중된 과밀억제권역인 대도시에 법인 본점을 설립ㆍ설치ㆍ전입한 후에 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 대해서는 업무용, 비업무용 등을 불문하고 등록세를 중과하도록 되어 있다.
살피건대, 인정사실 “(5)항”에서 설시한 바와 같이 이 사건 부동산등기일은 2008. 9. 24.이므로 구 「지방세법 시행령」(이하 “위 시행령”이라 한다) 제102조 제2항 후단 “그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 등기”라 함은 지점 등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 의미하는 것으로 되어 있어 이 사건 법인의 목적사업을 위한 부동산 등기는 사업용에 해당되어 당연 중과대상으로 보인다.
다만, 청구인이 대법원 판결 2개를 근거로 위 시행령에서 일체의 부동산등기가 중과대상이라고 규정하고 있다고 하더라도 법인의 본점용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산 등기의 경우에만 중과대상이 된다고 하는 주장은 위 시행령 후단 규정이 등록세 중과를 위한 주된 규정이고 전단은 등록세 중과를 회피하기 위한 것을 방지하기 위한 보완규정이라는 측면에서 볼 때 원칙적으로 등록세 중과에 대해서는 위 시행령 후단 규정을 적용1)해야 하므로 청구인 주장은 타당하지 않다.
아울러, 청구인은 2009. 5. 21. 개정된 「지방세법 시행령」 규정을 적용하여야 한다고 주장하고 있으나, 청구인이 이 사건 토지를 2006. 1. 24.부터 2008. 9. 24.까지 연부 취득한 이상, 취득세 납세의무 성립당시의 지방세법령의 규정을 적용하여야 하는 것으로, 2009. 5. 21. 개정된 「지방세법 시행령」은 적용대상이 아닌 바, 청구인의 주장은 이유 없다 할 것이다.
그러므로 처분청에서 청구인의 사실상 본점을 서울 ◎◎동사무소·♤♤동사무소로 보고 이 사건 토지의 등기를 등록세 중과세 대상인 법인본점의 대도시 전입이후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 해당하는 것으로 보아 이 사건 등록세 등의 부과 처분은 잘못이 없다고 할 것이다.
4. 결론
그렇다면 이 사건 부과처분은 잘못된 것이라고 하겠고, 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
프린트