(9) 처분청에서는 2009. 12. 8. 경기도지사에게 이 사건 도시형공장의 감면추징과 관련하여 질의를 하였는데, 이때 처분청에서 2009. 9. 15. 위 도시지원시설용지의 당시 현황을 조사한 내용은 다음과 같다.

(가) 가건물 및 주차장

청구인은 2005. 6. 24. 공사용 가설건물 9,796㎡를 축조하고 그에 따른 취득세를 2005. 9. 28. 완납한 것으로 되어 있고, 2009. 3. 27. 가설건물 79㎡를 축조하였으며, 위 도시지원시설용지는 일부 가건물과 주차장으로 이용되고 있다.

(나) 용역동

청구인은 2008. 5. 29. ◎◎시장으로부터 용역동 40,651.52㎡ 건축허가를 받아 착공 중에 있다.

(다) 폐기물적환장 및 345KV 변전소

청구인은 2008. 6. 25. 폐기물적환장에 대하여 임시사용허가를 받았고, 2008. 9. 30. 345KV 변전소에 대하여 임시사용허가를 받았다.

(10) 처분청에서는 2010. 6. 1. 위 도시지원시설용지에 현지확인을 하고 그에 따른 출장복명서를 작성하는 한편, 그와 관련된 사진을 첨부하였는데, 그 주요내용은 다음과 같다.

(가) 위 도시지원시설용지에는 2010. 6. 1. 현재 가설건축물이 여러 동 존재하고 있고, 폐기물적환장 및 변전소가 준공되어 있음

(나) 오폐수처리장은 2010. 4월경부터 공사가 시작되어 공사 중에 있음

(다) 전년도에 공사를 진행하기도 했던 용역동은 건축자재만 쌓여져 있고, 공사진행 중인 사항은 없음

(라) 산업단지와 연접되어 있는 부분 중 일부 유채꽃이 심어져 있고, 농구장이 있음

(마) 경비실을 중심으로 아래쪽 부분은 2분의 1 이상이 임시주차장이라고 주장하는 주차장에 보도블록이 깔려 있고, 일부에는 양궁장이 설치되어 있음

(바) 첨부된 사진을 보면 주차장과 녹지가 설치되어 있음

(11) 청구인이 위 도시지원시설용지에 공장 등을 설치하기 위하여 건축허가 등을 받은 현황은 다음과 같다.

(가) 경비동

청구인은 2006. 2. 7. 및 2007. 4. 16. ◎◎시장에게 위 도시지원시설용지에 임시경비동 466.8㎡ 축조신고를 한 후 임시경비동을 축조하였고, 2006. 12. 18. 및 2007. 5. 28. ◎◎시장에게 경비초소 8㎡ 축조신고를 한 후 경비초소를 축조하여 이를 사용해 오고 있다.

(나) 345KV 변전소

청구인은 2007. 11. 9. ◎◎시장으로부터 345KV 변전소 건축허가를 받은 후, 2008. 9. 30. 345KV 변전소 7,467.83㎡에 대하여 사용승인을 받았다.

(다) 폐기물적환장

청구인은 2008. 1. 16. ◎◎시장으로부터 폐기물적환장 건축허가를 받은 후, 2008. 6. 25. 폐기물적환장 4,207.68㎡에 대하여 사용승인을 받았다.

(라) 주차장

청구인은 위 도시지원시설용지 중 일부를 2006년 초부터 비포장 상태로 주차공간으로 활용하다가 청구인이 공장을 건축하기 위한 건축허가를 받은 시점인 2007. 11. 9. 이후인 2008년 7월경부터 주차장 포장공사를 실시한 후 주차장5)으로 이용하였다. 그 후 청구인은 2012. 1. 11.부터 2013. 4. 22. 사이에 3회에 걸쳐 ◎◎시장으로부터 주차동6) 건축허가를 받아 주차동을 건축한 후, 2013. 5. 15. ◎◎시장으로부터 임시사용승인을 받았다.

(마) 용역동

청구인은 2008. 5. 29. ◎◎시장으로부터 용역동 건축허가(연면적 36,333.52㎡)를 받은 후, 2012. 1월 및 5월 2차례에 걸쳐 건축연면적을 증가하는 것으로 하여 건축허가변경을 받았다가, 2013. 1. 3. 위 용역동 건축허가를 취소하였다. 한편 청구인은 2012. 11. 2. 및 2013. 4. 22. ◎◎시장으로부터 위치를 변경하는 것으로 되어 있는 용역동 건축허가를 다시 받아 건축 중에 있다.

(바) 도로

청구인은 2006년 10월경부터 위 도시지원시설용지내에 도로를 설치7)하여 사용해 오고 있다고 주장하고 있다.

(사) 경계녹지 및 조경녹지

청구인은 2006년 3월경부터 2007년 11월경까지 경계녹지 조성 공사를 시행하여 위 도시지원시설용지의 경계 구역에 길이 2,675m, 폭 10～30m, 높이 10～20m, 면적 39,798㎡ 규모의 녹지를 조성 완료하였고, 매월 쟁점부지 중 약 105,000㎡의 면적에 해당하는 경계녹지 및 조경녹지에 대하여 조경관리 용역비를 지급해 왔다고 주장하고 있는데, 위 인정사실 “(10)항”에 설시한 바와 같이 2010. 6월경에는 녹지가 조성된 것으로 보여진다.

(아) 옥외체육시설

청구인은 2009년경 농구장 및 양궁장 등의 옥외체육시설을 설치하였고, 그 면적은 18,300㎡이라고 주장한다.

(자) 야적장

청구인은 2005. 6. 24. 공사용 가설건물 9,796㎡를 축조하는 등 이 사건 토지 중 45,393㎡를 기존 ◎◎반도체공장의 건설공사 진행을 위한 공사인력 상주 및 공사인력 관리를 위한 사무실 등의 용도로 사용하였다고 주장한다.

(12) 위 인정사실 “(10항)”에서 본 바와 같이 처분청은 위 도시지원시설용지에 대하여 현지확인한 결과, 위 도시지원시설용지의 일부가 주차장, 녹지, 도로 등 나대지 상태로 있는 사실을 확인한 후, 청구인이 이 사건 토지의 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 해당사업에 직접 사용하지 아니하는 것으로 보아 이 사건 토지의 가액 273,185,875,286원에 대하여 구 「지방세법」 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 7,682,533,170원, 농어촌특별세 768,253,310원, 등록세 7,682,533,170원, 지방교육세 1,427,232,280원 계 17,560,551,930원(가산세 포함)을 2011. 10. 13. 부과 고지하였다.

다. 관계 법령

이 건과 관계되는 법령은 산집법 제2조 등으로서 [별지] 기재와 같다.

라. 판단

(1) 도시형공장으로 직접 사용한 것인지에 대한 판단

청구인은 ① 이 사건 토지를 포함한 위 도시지원시설용지 전체를 기존 ◎◎반도체공장의 증설부지로 편입시키는 공장설립변경승인을 완료한 후, 장기적인 공장증설계획에 따라 345KV 변전소, 폐기물적환장, 오폐수처리장, 주차장, 옥외체육시설, 경비동 및 면회실, 녹지, 도로를 단계적으로 설치하고 당해 사업에 직접 사용하고 있으므로, 위 도시지원시설용지는 기존 ◎◎반도체 공장의 증설부지로서 전체부지를 직접 사용한 것으로 보아야 하고, ② 만일 전체부지를 직접 사용한 것으로 볼 수 없다면, 이 사건 토지 중 오폐수처리장, 주차장, 옥외체육시설, 녹지, 도로, 야적장으로 사용한 면적은 도시형공장으로 직접 사용한 것으로 보아야 한다고 주장한다.

(가) 위 도시지원시설용지가 기존 ◎◎반도체공장의 증설용 부지인지 여부

산집법 제20조 제1항은 “「수도권정비계획법」상 과밀억제권역·성장관리권역 및 자연보전권역에서는 공장건축면적 500제곱미터 이상의 공장을 신설·증설 또는 이전하거나 업종을 변경하는 행위를 하여서는 아니 된다. 다만, 국민경제의 발전과 지역주민의 생활환경 조성 등을 위하여 부득이하다고 인정하여 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다”고 규정되어 있다.

구 산집법 시행령(2009. 1. 16. 대통령령 제21267호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 산집법 시행령”이라 한다) 제27조는 “법 제20조 제1항 단서에 따라 성장관리권역 안에서 허용될 수 있는 행위는 다음과 같다”고 규정하면서 제1호에 “별표 2에 해당하는 공장의 신설·증설 또는 이전”으로 규정되어 있다. 그리고 구 산집법 시행령 제27조 별표 2에는 성장관리지역안에서의 공장의 신설·증설 또는 이전이 허용되는 경우의 하나로서 “별표 1의 부표의 업종을 영위하는 대기업의 기존공장으로서 기존공장건축면적의 100퍼센트 범위 이내의 증설(「수도권정비계획법」 제21조의 규정에 의한 수도권정비위원회의 심의를 거쳐야 한다. 다만, 부지조성과정에서 수도권정비위원회의 심의를 거친 경우에는 이를 생략한다)”이 규정되어 있고, 별표 1의 부표에는 증설허용업종의 하나로서 “전자집적회로 제조업”이 규정되어 있다.

위 각 규정의 문언 내용에 따르면, 성장관리권역에서 전자집적회로 제조업을 영위하는 대기업은 「수도권정비계획법」 제21조의 규정에 의한 수도권정비위원회의 심의를 거쳐 기존공장건축면적의 100퍼센트 범위 이내의 증설이 가능하다.

살피건대, 청구인이 위 도시지원시설용지를 취득하였을 당시에는 위 도시지원시설용지를 기존 ◎◎반도체공장의 증설부지로 볼만한 근거가 없지만, ① 위 인정사실 “(7)항”에서 본 바와 같이 경기도지사는 2008년 3월에 성장관리권역안에서 전자집적회로 제조업을 영위하는 청구인이 ◎◎반도체공장을 위 도시지원시설용지에 증설하는 안건을 수도권정비위원회에 심의 요청하였고, 수도권정비위원회는 2008년 4월에 위 안건을 심의하여 의결함으로써, 청구인이 기존 ◎◎반도체공장에 위 도시지원시설용지를 추가 편입하여 공장 면적을 확대함으로써 기존 ◎◎반도체공장을 증설할 수 있도록 허용하였고, ② 위 인정사실 “(8)항”에서 본 바와 같이 청구인이 2008. 5. 8. ◎◎시장에게 산집법 시행령 제19조의 규정에 따라 공장설립변경승인을 신청한데 대하여 ◎◎시장은 2008. 5. 23. 청구인의 위 도시지원시설용지를 기존 ◎◎반도체공장에 편입시키는 공장설립변경신청을 승인하였다.

따라서 위 도시지원시설용지는 ◎◎시장이 위 도시지원시설용지를 기존 ◎◎반도체공장에 편입시키는 공장설립변경신청을 승인한 날인 2008. 5. 23. 이후부터 기존 ◎◎반도체공장의 증설부지로 판단된다.

(나) 이 사건 토지를 도시형공장으로 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부

「경기도 도세 감면조례」(2005. 6. 13. 경기도조례 제3413호로 개정된 것, 이하 “경기도 도세 감면조례”라 한다) 제34조 제2항에는 “「택지개발촉진법」 제8조의 규정에 의하여 승인을 받아 조성된 택지개발지구(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령」 제30조의 규정에 의한 공업지역으로 지정된 지역에 한한다)내에서 「산업집적 활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조 규정에 의한 도시형 공장을 신축하거나 증축하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다” 규정되어 있고, 제3항에는 “제1항 및 제2항의 경우로서 부동산 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 경우 그 해당 부분에 대하여는 경감 및 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”고 규정되어 있다.

산집법 제2조 제1호와 같은 조 제20호 내지 제22호에 따르면 ① "공장"이란 건축물 또는 공작물, 물품제조공정을 형성하는 기계·장치 등 제조시설과 그 부대시설(이하 "제조시설 등"이라 한다)을 갖추고 대통령령으로 정하는 제조업을 하기 위한 사업장으로서 대통령령으로 정하는 것으로 되어 있고, ② "공장의 설립"이란 공장을 신설 또는 증설하는 것으로 되어 있으며, ③ "공장의 신설"이란 건축물을 신축하거나 기존 건축물의 용도를 공장용도로 변경하여 제조시설 등을 설치하는 것으로 되어 있고, ④ "공장의 증설"이란 제16조 제1항에 따라 등록된 공장의 공장건축면적 또는 공장부지면적을 넓히는 것으로 되어 있다.

그리고 산집법 시행령 제2조 제2항 제1호 내지 제4호에 따르면 법 제2조 제1호에 따른 공장의 범위에 포함되는 것은 ① 제조업을 하기 위하여 필요한 제조시설(물품의 가공·조립·수리시설을 포함한다. 이하 같다) 및 시험생산시설, ② 제조업을 하는 경우 그 제조시설의 관리·지원, 종업원의 복지후생을 위하여 해당 공장부지 안에 설치하는 부대시설로서 산업통상자원부령으로 정하는 것, ③ 제조업을 하는 경우 관계 법령에 따라 설치가 의무화된 시설, ④ 제1호부터 제3호까지의 시설이 설치된 공장부지로 되어 있다.

또한 산집법 시행규칙 제2조 본문은 “산집법 시행령 제2조 제2항 제2호에 따른 부대시설은 다음 각 호와 같다”고 규정하면서 그 제1호에 “사무실·창고·경비실·전망대·주차장·화장실 및 자전거보관시설”을, 그 제4호에 “폐기물처리시설 및 환경오염방지시설”을, 그 제7호에 “식당·휴게실·목욕실·세탁장·의료실·옥외체육시설·보육시설 및 기숙사 등 종업원의 복지후생증진에 필요한 시설”을 규정하고 있다.

살피건대, 「경기도 도세 감면조례」 제34조 제2항은 “택지개발지구내에서 산집법 제28조 규정에 의한 도시형공장을 신축하거나 증축하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다”고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 “부동산 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 경우 그 해당 부분에 대하여는 경감 및 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”고 규정하고 있는 바, 여기서 당해 사업에 직접 사용한다 함은 현실적으로 당해 부동산의 용도가 도시형공장으로 직접 사용되는 것을 뜻하고, 도시형공장으로 직접 사용하였는지 여부는 도시형공장의 범위 등을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하되, 그 사용이 공장용 부동산의 용도에 관한 법적 규제에 위반하거나 무단 건축 등으로 언제든지 철거 또는 시정명령의 대상이 되는 등 임시적·불법적인 경우는 이에 해당한다고 할 수 없다8).

1) 위 도시지원시설용지 전체를 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지

앞에서 본 바와 같이 「경기도 도세 감면조례」 제34조에서 말하는 3년 이내에 직접 사용한다 함은 현실적으로 당해 부동산의 용도가 도시형공장으로 3년 이내에 직접 사용되는 것을 의미하지만, 당해 부동산을 취득하여 도시형공장으로 직접 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하고 있더라도 그것만으로는 그 부동산을 도시형공장으로 직접 사용한 것으로 볼 수 없는바, 만일 청구인이 위 인정사실 “(7)항”에 설시한 수도권정비위원회의 심의내용대로 위 도시지원시설용지를 3년 이내에 산업시설용지, 지원시설용지, 오·폐수처리장, 경계녹지, 조경녹지, 도로, 주차장 및 변전소 용도로 사용하였다면, 위 도시지원시설용지를 3년 이내에 도시형공장으로 직접 사용한 것으로 판단된다.

위 인정사실 “(9)항” 내지 “(11)항”에서 본 바와 같이 청구인이 이 사건 토지를 주차장, 용역동, 도로, 녹지, 옥외체육시설 및 야적장으로 사용하였다고 주장하는 면적에 대하여 처분청에서 그 사용면적을 조사한 내용은 아래와 같다.

① 주차장

청구인은 이 사건 토지 중에서 일부를 2006년 초부터 비포장 상태로 주차공간으로 활용하다가 청구인이 공장을 건축하기 위한 건축허가를 받은 시점인 2007. 11. 9. 이후인 2008년 7월경부터 주차장 포장공사를 실시한 후, 주차장으로 이용해 왔는바, 청구인은 위 주차장으로 이용한 면적을 124,900㎡이라고 주장하고 있는데, 처분청은 이 사건 토지 중에서 주차장으로 이용한 면적에 대하여 조사한 바가 없다.

② 용역동

청구인은 2008. 5. 29. ◎◎시장으로부터 용역동 건축허가(연면적 36,333.52㎡)를 받은 후, 건축연면적을 증가하는 것으로 하여 2차례에 걸쳐 건축허가변경을 받았다가 2013. 1. 3. 위 용역동 건축허가를 취소하였다. 한편 청구인은 2012. 11. 2. 및 2013. 4. 22. 다시 ◎◎시장으로부터 위치를 변경하는 것으로 되어 있는 용역동 건축허가를 다시 받아 건축 중에 있다.

③ 도로

청구인은 2006년 10월경부터 이 사건 토지에 도로를 설치하여 사용해 오고 있다고 주장하고 있는데, 처분청은 청구인이 3년 이내에 설치한 도로의 면적에 대하여 조사한 바가 없다.

④ 녹지

청구인은 2006년 3월경부터 2007년 11월경까지 경계녹지 조성 공사를 시행하여 위 도시지원시설용지의 경계 구역에 길이 2,675m, 폭 10～30m, 높이 10～20m, 면적 39,798㎡ 규모의 녹지를 조성 완료하였고, 매월 쟁점부지 중 약 105,000㎡의 면적에 해당하는 경계녹지 및 조경녹지에 대하여 조경관리 용역비를 지급해 왔다고 주장하고 있고, 위 인정사실 “(10)항”에 설시한 바와 같이 2010년 6월경에는 녹지가 조성된 것으로 보여지기는 하나, 처분청에서는 그 녹지의 조성시기와 조성면적에 대하여 조사한 바가 없다.

⑤ 옥외체육시설

청구인은 2009년경 농구장 및 양궁장 등의 옥외체육시설을 설치하였고, 그 면적은 18,300㎡이라고 주장하는데, 처분청은 옥외체육시설의 설치시기 또는 그 설치면적에 대하여 조사한 바가 없다.

⑥ 야적장

청구인은 2005. 6. 24. 공사용 가설건물 9,796㎡를 축조하는 등 이 사건 토지 중 45,393㎡를 기존 ◎◎반도체공장의 건설공사 진행을 위한 공사인력 상주 및 공사인력 관리를 위한 사무실 등의 용도로 사용하였다고 주장하는데, 처분청은 청구인이 야적장으로 사용한 면적에 대하여 조사한 바가 없다.

앞에서 본 바와 같이 위 도시지원시설용지를 취득한 후 3년 이내에 공장이나 부대시설 등의 일부만 설치한 상태에서 위 도시지원시설용지가 기존 ◎◎반도체공장의 증설부지라는 이유를 들어 위 도시지원시설용지 전체를 3년 이내에 도시형공장으로 직접 사용한 것으로 보아야 한다는 청구 주장은 받아들일 수 없다.

2) 이 사건 토지 중 일부를 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지

이 사건의 경우 위 인정사실 “(5)항” 및 “(7)항”에서 본 바와 같이 ◎◎시장은 위 도시지원시설용지에 대하여 환경영향평가 협의를 하면서 위 도시지원시설용지의 토지이용계획을 산업시설, 지원시설, 오폐수처리장, 경계녹지, 조경녹지, 도로, 주차장 및 변전소로 결정하였고, 수도권정비위원회에서는 청구인이 기존 ◎◎반도체공장에 위 도시지원시설용지를 추가 편입하여 공장을 증설하는 안건을 심의하면서 위 도시지원시설용지의 토지이용계획을 산업시설용지(289,004㎡), 지원시설용지(43,732㎡), 오·폐수처리장(17,125㎡), 경계녹지(26,327㎡), 조경녹지(73,387㎡), 도로(37,052㎡), 주차장(47,904㎡) 및 변전소(16,590㎡)로 결정하는 한편, 공장증설계획상의 건축면적의 경우 제조시설은 130천㎡, 사무실 및 창고는 5천㎡, 부대시설은 623천㎡로 결정하였는바, 만일 청구인이 수도권정비위원회의 심의내용대로 위 도시지원시설용지를 3년 이내에 산업시설용지, 지원시설용지, 오·폐수처리장, 경계녹지, 조경녹지, 도로, 주차장 및 변전소 용도로 사용하였다면, 위 도시지원시설용지를 3년 이내에 도시형공장으로 직접 사용한 것으로 볼 수 있다.

그러므로 위 “1)”에서 본 바와 같이 청구인은 3년 이내에 이 사건 토지 중 일부를 도시형공장에 해당하는 주차장, 도로, 녹지 및 옥외체육시설로 사용한 것으로 보여진다.

3) 소결

따라서 위 도시지원시설용지가 기존 ◎◎반도체공장의 증설부지로 편입되었다 하더라도, 청구인이 3년 이내에 위 도시지원시설용지에 공장이나 부대시설 또는 기타시설 등의 일부를 신축하거나 설치한 상태에서는 위 도시지원시설용지 전체를 3년 이내에 도시형공장으로 직접 사용한 것으로 볼 수 없지만, 처분청이 위 도시지원시설용지에 3년 이내에 설치된 변전소 및 폐기물적환장에 대하여 도시형공장으로 직접사용한 것으로 본 것과 같은 취지에서 청구인이 이 사건 토지를 3년 이내에 주차장, 도로, 녹지 및 옥외체육시설로 사용한 면적은 3년 이내에 도시형공장으로 직접 사용한 것으로 보는 것이 타당하므로, 처분청은 청구인이 이 사건 토지 중에서 3년 이내에 주차장, 도로, 녹지 및 옥외체육시설 등의 도시형공장으로 실제 사용한 면적을 조사하는 것이 필요하고, 이 때 직접사용으로 인정할 수 있는 면적의 범위는 수도권정비위원회에서 심의·의결된 면적(주차장 47,904㎡, 도로 37,052㎡, 녹지 99,714㎡, 지원시설용지 43,732㎡)을 한도로 각각 직접사용 면적을 산정하여야 할 것으로 보인다.

그런데도 처분청에서는 이를 제대로 조사하지 아니한 채 청구인이 이 사건 토지를 주차장, 도로, 녹지 및 옥외체육시설 용도로 사용한 것을 도시형공장으로 직접 사용한 것이 아니라고 본 것은 잘못이라고 판단된다.

한편, 청구인은 이 사건 토지를 야적장, 용역동 및 오폐수처리장으로 사용한 면적도 도시형공장으로 직접 사용한 것으로 보아야 한다고 주장하지만, 이 사건 야적장은 기존 ◎◎반도체공장의 공장건축을 위해 일시적으로 사용된 것이므로 도시형공장으로 직접 사용한 것으로 보기 어렵고, 용역동 및 오폐수처리장은 3년 이내에 착공하지 않은 것으로 인정되므로 도시형공장으로 직접 사용한 것으로 볼 수 없다.

(2) 이 사건 토지를 3년 이내에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지 여부

청구인은 이 사건 토지를 취득한 후 3년 이내에 공장 증설을 위해 건축물의 증축허가 및 도시형공장으로의 공장설립변경승인을 받은 후 수도권정비위원회의 의결내용과 ◎◎시장으로부터 승인받은 공장설립변경계획에 따라 단계적으로 공장을 증설하고 있는 등 청구인은 이 사건 토지를 도시형공장으로 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 기울여 왔으므로, 직접 사용하지 못한 부분에 대하여 추징이 면제되는 정당한 사유가 존재하는 것으로 보아야 한다고 주장한다.

살피건대, 「경기도 도세 감면조례」 제34조 제2항은 “택지개발지구내에서 「산집법」 제28조 규정에 의한 도시형공장을 신축하거나 증축하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다”고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 “부동산 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 경우 그 해당 부분에 대하여는 경감 및 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”고 규정하고 있는 바, 여기에서 토지를 취득하여 고유업무에 직접 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 그 토지를 고유업무에 직접 사용한 것이라고 볼 수 없고, 다만 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 것인지 검토할 필요가 있다9).

그런데 청구인은 2006. 10. 15. 위 도시지원시설용지에 대한 사용승낙을 받은 후 1년 7월 상당이 지난 2008. 5. 23. 위 도시지원시설용지를 기존 ◎◎반도체공장에 편입시키는 공장설립변경승인을 받는 등 공장증설을 지연함으로써 이 사건 토지 중 직접사용으로 인정되는 주차장, 도로, 녹지 및 옥외체육시설 등의 면적 일부를 제외한 나머지 부분에 대하여 3년 이내에 착공도 하지 못하였는데, 이는 청구인의 사정에 의한 것이므로, 그 귀책사유는 청구인에게 있는 것으로 보인다.

따라서 비록 청구인이 ◎◎시장으로부터 승인을 얻은 이 사건 사업계획서상의 공장건설계획이 3년을 초과하고 그 공장건설계획에 따라 순차적으로 공장을 건설 중에 있다는 것은 인정되지만, 그 사유만으로는 이 사건 토지 중 도시형공장으로 직접 사용하지 못한 부분에 대하여 추징이 면제되는 정당한 사유로 볼 수 없으므로, 이 부분 청구 주장은 받아들일 수 없다.

4. 결론

그렇다면 처분청이 이 사건 부과처분을 하면서 이 사건 토지의 취득일로부터 3년 이내에 주차장, 도로, 녹지 및 옥외체육시설로 사용한 면적을 조사하지 아니한 채 이를 3년 이내에 도시형공장으로 직접 사용하지 않은 것으로 판단한 후, 면제받은 취득세 등을 추징한 것은 잘못된 것이라 할 것이고, 심사청구는 일부 이유 있다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.