1. 원 처분의 요지

가. 청구인은 2007. 6. 29. 교회 본당으로 사용할 목적으로 이 사건 부동산(□□□□시 □□구 □□동 □□□-□ 소재, 지하 1층 지상 5층, 건물 연면적 827.07㎡, 토지면적 354㎡)을 매입하고, 같은 날 처분청으로부터 취득목적이 비영리사업인 종교사업에 직접 사용하기 위한 것이라는 사유로 이 사건 부동산의 취득·등기에 대하여 취득세 및 등록세의 비과세 결정을 받았다.

나. 처분청은 청구인이 제3자에게 이 사건 부동산 중 1층 건물(155.31㎡)은 어린이집으로, 2층 건물(175.35㎡)은 장애인주간보호시설로 각각 무상임대하고 있는 것은 종교사업에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다는 사유로 2009. 7. 10. 위 임대면적에 대하여 취득세 등 22,375,260원(농어촌특별세 2,034,100원 포함), 등록세 등 24,282,160원(지방교육세 3,807,140원 포함), 합계 46,657,420원(가산세 포함)을 부과·고지(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구 이유

교회건물의 일부를 어린이집 및 장애인 주간보호시설의 운영자에게 무상으로 임대하여 그 용도로 사용하게 하는 것은 종교사업용으로 사용하는 것으로 보아야 하는데도, 이를 인정하지 아니하는 것은 부당하다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

교회가 종교용으로 사용하기 위하여 취득한 부동산의 일부를 제3자에게 무상임대하여 어린이집 및 장애인복지시설로 사용토록 한 경우, 이를 종교용으로 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 인정 사실

이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 △△△△△△△△△△△△△△ 소속 교회로서 정관에 기독교 복음전도를 목적으로 학생육성 및 봉사활동, 기독교 선교활동, 기타사업(구제 등)을 수행한다고 되어 있다.

(2) 청구인은 2007. 6. 29. 이 사건 부동산을 교회본당으로 사용할 목적으로 1,800,000,000원에 취득하면서 처분청으로부터 그 취득목적이 종교사업에 직접 사용하기 위한 것이라는 사유로 이 사건 부동산의 취득·등기에 대하여 취득세 및 등록세의 비과세 결정을 받았다.

(3) 처분청은 2009. 6. 23. 이 사건 부동산의 현장조사를 실시하여 다음과 같은 사실이 확인하였다.

(가) 청구인은 이 사건 부동산의 지하 1층 및 지상 3·4·5층의 건물을 예배실 등 종교용으로 사용하고 있었다.

(나) 청구인은 2007. 6. 29.(취득일) 청구외 ○○○에게 이 사건 부동산의 지상 2층을 무상으로 임대하여, 임차인이 같은 날부터 장애인주간보호시설로 사용하고 있다.(임차인은 2004. 6. 1.부터 같은 장소에서 △△△△△△이라는 시설명으로 장애인복지시설을 운영하고 있었음)

(다) 청구인은 2007. 9. 5. 이 사건 부동산의 지상 1층을 청구외 ○○○에게 무상임대(임대기간 2007. 9. 5.부터 2012. 9. 4.까지 5년간)하여, 임차인이 같은 해 10. 15.부터 어린이집(명칭 △△어린이집)으로 사용하고 있다.

(4) 처분청은 2009. 7. 10. 이 사건 부동산의 일부를 장애인복지시설 및 어린이집의 시설운영자에게 무상임대하고 있는 것은 종교사업에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다는 사유로 이 사건 부과처분을 하였다.

다. 관계 법령의 규정

별지와 같다.

라. 판단

청구인은 이 사건 부동산의 일부를 제3자에게 무상으로 제공하여 임차인이 어린이집 및 장애인복지시설로 사용한 것은 정관상 목적사업인 전도, 교육, 불우이웃 돕기, 장학사업 등을 실천하기 위한 것으로 종교목적으로 사용하고 있다고 보아야 한다고 주장한다.

살피건대, 「지방세법」 제107조 제1호, 제127조 제1항에 따르면 교회 등 종교단체가 종교용으로 직접 사용하기 위하여 취득·등기한 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세가 비과세 되나, 취득·등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 비과세된 취득세 및 등록세를 부과하도록 되어 있다. 여기에서 ‘직접 사용’이라 함은 당해 부동산을 취득·등기한 자가 그 시설의 사용주체로서 그 취득·등기한 부동산을 직접 사용하는 경우만을 의미하고, 취득·등기한 자가 아닌 다른 사람이 시설의 사용주체로서 사용하는 경우까지 포함한다고 보기는 어렵다 할 것이다.

그리고 종교단체가 취득 또는 등기한 부동산에 대하여 그 취득 또는 등기목적에 따른 유예기간(이 사건의 경우 3년)이 경과하기 전에 당해 부동산에 대한 당초의 취득 또는 등기목적을 포기하고 이를 다른 용도로 사용함으로써 그 취득 및 등기목적을 전환한 경우에는 더 이상 당초의 취득 또는 등기목적에 따른 유예기간을 적용할 수 없다고 보아야 할 것이다.

인정사실 “(3)항”에서 본 바와 같이 이 사건 부동산 취득일(2007. 6. 29.)로부터 취득 또는 등기목적에 따른 유예기간(3년)이 경과되지 않은 시점에서 청구인은 지상 1층 및 2층을 제3자에게 무상으로 임대하였고, 임차인들은 임차인 명의의 사업자등록증을 발급받아 어린이집(2007. 10. 15.부터 사용) 및 장애인복지시설(2007. 6. 29.부터 사용)로 각각 사용하고 있었는 바, 위 시설들을 자기책임 하에 독립적으로 운영하는 사용주체는 청구인이 아니라 임차인으로 보아야 한다.

따라서 청구인이 이 사건 부동산의 일부를 사회복지사업 용도 등으로 무상 임대하고 있었다고 하더라도 이를 청구인이 종교용으로 ‘직접 사용’한 것으로 볼 수 없다 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 잘못이 없고, 청구인의 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.