1. 원 처분의 요지

청구법인은 □□유원지개발사업 시행자로서 사업완료 후인 2005. 8. 3. 처분청으로부터 개발사업 지구 내의 이 사건 토지(□□□□시 □구 □□동 □□-□ 외 30필지 74,567㎡)를 □□지방법원 조정결정에 따라 취득하였다. 청구법인은 같은 해 8. 29. 이 사건 토지가 토지구획정리사업법에 의하여 사업시행자가 취득하는 체비지라는 이유로 취득세 등 감면신청을 하였고 그에 따라 처분청은 취득세 등을 비과세감면 처리하였다.

이에 대하여 처분청은 2008. 5. 12. 이 사건 토지가 체비지에 해당하지 않음을 이유로 기감면한 취득세 638,246,790원, 농어촌특별세 47,325,340원, 등록세 642,377,010원 및 지방교육세 119,870,780원 합계 1,447,819,920원(가산세 458,290,000원 포함)을 부과·고지(이하 “이 사건 처분”이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건 처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구 이유

청구법인은 토지구획정리사업법에 따른 유원지용토지조성 사업을 완료하고 □□시로부터 토지구획정리사업법에 따른 환지계획을 인가받은 바 있으므로 이 사건 토지는 체비지로 보아야 한다. 처분청이 이 사건 토지를 체비지로 보아 취득세 등에 대하여 비과세결정한 바 있음에도, 당초의 처분일로부터 3년이 경과한 시점에서 다시 이 사건 처분을 한 것은 일사부재리의 원칙에 반하고, 청구법인은 환지처분인가일의 익일인 1999. 11. 14. 이 사건 부동산을 취득하였다고 보아야 할 것이므로 이 사건 처분은 취득세의 부과제척기간을 경과한 것으로 부당하다. 설사 이 사건 처분에 하자가 없다고 하더라도, 본세에 더하여 가산세까지 부과하는 것은 행정편의적인 처분으로 부당하다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건 토지가 체비지에 해당하여 취득세 등의 비과세 대상이 되는지 여부 및 비과세 대상에 해당하지 아니하는 경우 이 사건 처분이 일사부재리의 원칙에 반하거나 취득세 등의 부과제척기간을 경과한 것인지 여부

나. 인정 사실

이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) □□시는 1986. 11. 3. 청구외 주식회사 △△△△(이하 “△△△△”이라 한다)에 □□유원지 개발사업(이하 “이 사건 사업”이라 한다)의 시행을 허가하였다.

(2) (1)항에서 설시한 허가 당시, △△△△이 사업비 전액 및 주민의 이주대책 등 개발 수행에 관한 제경비를 부담하여 개발하되 사업지구 내 용지매수 및 보상업무는 □□시가 대행하며, □□시는 보상업무 완료 후 △△△△에 토지에 대한 소유권이전등기를 경료하여 주기로 하였다.

(3) 청구법인(1987. 2. 14. 당시 △△△△ 주식회사였으나, 그 후 상호가 △△△△ 주식회사로 변경되었다가, 1999. 8. 1. 청구법인에 합병)은 1987. 2. 14. △△△△과 이 사건 사업 1단계 1차분에 시공사로 참여하기로 약정하면서 청구법인이 보상비 및 토목공사비를 선투자하되 △△△△은 1단계 1차 대지 분할 계획 중 119,253.43㎡를 소유권 이전 또는 가등기의 방식으로 청구법인의 선투자에 대한 채권 확보를 위하여 담보로 제공하여야 한다는 내용의 협약을 체결하였다.

(4) 청구법인은 1988. 10. 28. △△△△으로부터 이 사건 사업시행권을 양수하였고, □□시는 1989. 11. 25. 위 계약을 승인하였다.

(5) 지주대표, △△△△ 및 청구법인이 1989. 11. 14. 체결한 합의각서에 따르면 사업시행자인 청구법인이 위 합의 시까지 매수하지 못한 토지에 대하여는 토지소유자의 요구에 의하여 현물(토지) 보상하며 현물보상 대상토지의 규모, 보상 방법 등 구체적인 사항은 시행자와 토지소유자가 별도 협의 시행한다고 정하면서 시행자가 토지보상 방법에 대하여 객관성 있는 근거자료에 의하여 결정할 것을 정하고 있다.

(6) 청구법인은 1990. 11. 2. 이 사건 사업에 대한 보상(현물)계획을 공고하고, 같은 해 12. 18. □□시와의 사업시행계획을 변경하여 전사업시행자가 매수하지 못한 1단계분 토지에 대하여는 토지소유자의 요구에 의하여 현물(토지)로 보상하며, 그 보상방법 등은 지주와의 별도 협의에 따르기로 합의하고, □□시는 보상토지의 소유권 이전은 단계별 부지조성 완료 후 청구법인에게 이전등기 하되, 1단계에 한하여는 부지 조성 완료 후 청구법인과 협의하여 권리자에게 이전등기 하기로 하였다. 위 계약에 따라 □□시가 사업부지 내의 토지 소유자와 체결한 토지 현물보상 계약에 따르면 처분청은 토지소유자로부터 이 사업을 위하여 관련 법률 및 협약에 의거하여 종전의 토지를 취득하되 이에 대한 보상으로 토지소유자에게 교환 예정토지를 현물로 지급키로 하고, 토지소유자는 본계약 체결과 동시에 종전의 토지를 □□시에 명도하고 소유권이전등기절차를 이행하여야 한다고 정하고 있다.

(7) 청구법인은 1991. 7. 25. 토지소유자가 제기한 이의신청에 대한 회신에서 □□유원지 개발사업은 도시계획 사업으로서 「공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법」 및 토지수용법을 적용받게 되며 현금보상을 원칙으로 하나, 청구법인과 토지소유자 등은 보상해결의 방안으로 현물 보상을 결정하였고, 이 사건 유원지 사업은 토지구획정리사업이나 택지개발사업이 아니므로 지주 개개인 모두가 만족할 수 없는 공공 유원지 개발사업임을 명시하였다.

(8) 청구법인은 1998. 3. 2. □□유원지개발사업 1단계 공사를 완료하였고, □□시는 이를 공고하였다.

(9) 청구법인은 1999. 11. 13. 토지구획정리사업법에 따른 환지계획(처분)인가를 받았으나, 환지계획에 체비지에 대한 명세가 없었다.

(10) 청구법인이 협약사항을 이행하지 않았음을 이유로 □□시가 이 사건 토지를 이전해주지 않자, 청구법인은 2004. 10. 22. □□시를 상대로 소유권이전등기의 이행을 청구하는 소를 제기하여 2005. 7. 15. □□지방법원으로부터 “1987. 2. 19.자 약정을 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행하라”는 내용의 조정결정을 받았다.

(11) 청구법인은 2005. 8. 3. 위 조정결정에 따라 이 사건 토지를 취득하면서 이 사건 토지가 체비지라는 이유로 처분청으로부터 취득세 등을 비과세 감면받았다.

(12) 처분청은 2008. 3. 5. 세무조사 결과 청구법인이 구 토지구획정리사업법에 정한 사업을 한 것이 아니라, 구 도시계획법에 정한 도시계획사업을 한 것이므로 이 사건 토지를 취득세 등 비과세대상인 체비지로 볼 수 없다는 이유로 기감면세액의 추징을 내용으로 하는 과세예고통지를 하였고, 같은 해 5. 12. 이 사건 부과처분을 하였다.

다. 관계법령의 규정

별지 기재와 같다.

라. 판단

청구법인은 토지구획정리사업법에 따른 개발사업을 시행한 결과 체비지로서 이 사건 토지를 취득한 것이므로, 이 사건 처분은 일사부재리의 원칙에 반하고, 취득세의 부과제척기간을 경과한 것이며 가산세까지 부과하는 것은 부당하다고 주장한다.

첫째, 이 사건 토지를 지방세법에 따른 취득세 비과세대상인 체비지로 볼 수 있는지 여부에 대하여 본다.

살피건대, 구 지방세법(1986. 12. 31. 법률 제3878호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제109조 제3항에 따르면 토지구획정리사업법의 규정에 의한 토지구획정리사업과 도시계획법의 규정에 의한 재개발사업 및 개발예정구획조성사업의 시행으로 인하여 사업시행자가 취득하는 체비지 등에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고, 국세기본법 제14조 제2항에 따르면 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다고 규정하고 있다.

구 토지구획정리사업법(1987. 12. 4. 법률 제3997호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항 제1호에 따르면 토지구획정리사업이라 함은 대지로서의 효용증진과 공공시설의 정비를 위하여 이 법의 규정에 의하여 실시할 토지의 교환·분합 기타의 구획변경, 지목 또는 형질의 변경이나 공공시설의 설치·변경에 관한 사업을 말한다고 규정하고 있다. 인정사실 및 □□시에서 1991. 11. 6. □□지방법원 □□지원에 제출한 사실조회 및 청구법인이 같은 해 7. 25. 청구외 ○○○의 이의신청에 대하여 회신한 내용을 종합하면, 이 사건 사업지역은 도시계획상 자연녹지지역으로서 구획정리사업이 불가하고, 이 사건 사업은 토지구획정리사업이나 택지개발사업이 아닌 도시계획사업이며, 구획정리방식에 의한 환지확정은 없었음이 인정된다. 또한 이 사건 사업은 □□유원지 내 유희시설 등의 건축 및 이를 위한 부지조성토목공사인 바, 이를 토지구획정리사업법 규정에 의한 토지구획정리사업으로 보기는 어렵다고 할 것이다.

구 도시계획법(1989. 12. 30. 법률 제4175호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 및 제86조를 종합하면 도시계획이라 함은 도시계획구역 안에서 도시의 건전한 발전을 도모하고 공공의 안녕질서와 공공복리의 증진을 위한 토지이용·교통·위생·환경·산업·보안·국방·후생 및 문화 등에 관한 계획으로 유원지의 설치·정비·개량에 관한 계획도 포함하고, 개발예정구역의 조성사업 및 주택지 또는 공업용지조성사업을 실시함에 있어 환지의 필요가 있는 경우 토지구획정리사업법 관련 규정을 준용한다고 규정하고 있다. 위 규정에 비추어 이 사건 사업은 유원지 조성사업으로서 도시계획법에 의한 도시계획사업의 1단계라고 볼 것이다. 그러므로 청구법인이 취득한 이 사건 토지를 지방세법 제109조 제3항에 따라 취득세 등이 비과세되는 체비지로 볼 수는 없다고 할 것이다.

둘째, 처분청의 이 사건 처분이 일사부재리의 원칙에 반하는 것인지, 취득세 등 부과제척기간을 경과한 것인지 여부 및 가산세 부과처분이 부당한지에 대하여 본다.

살피건대, 납세의무자의 과세표준이나 자진 납부할 세액이 없다는 신고에 대하여 과세관청이 그 신고내용대로 납부하여야 할 세액이 없음을 확인하고 수리하는 것은 과세관청의 내부적 의사결정에 불과하여 과세처분에 해당한다고 할 수 없는 바, 취득세 등 부과제척기간에 걸리지 않는 한 처분청은 언제든지 부과 또는 경정결정을 할 수 있다고 할 것이고, 이 사건 처분이 일사부재리 원칙 등에 위반한 것이라고 볼 수 없다고 할 것이다.

또한 조정담당판사의 조정에 의하여 부동산의 취득여부가 확정되어 소유권이전등기절차를 이행하라는 조정조서를 작성하는 경우 청구법인이 이 사건 토지에 대하여 소유권이전등기를 경료한 2005. 8. 3.을 취득일로 보아야 할 것이므로 그로부터 5년이 경과하기 전인 2008. 5. 12. 한 이 사건 처분은 취득세 등 부과제척기간을 경과한 것이라고 볼 수 없다.

다만, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재이므로, 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 보는 것이 타당하다.

청구법인은 사업 진행 중 지주대표 등과 현물보상하기로 협의하고 그에 따라 □□시와의 사업시행계획을 변경하였고, 이 사건 사업 완료 후 □□시에 □□도시계획(□□유원지)사업 환지계획(처분)인가를 신청하였다. □□시는 토지구획정리사업법 제47조 및 동법 제61조의 규정에 의거 환지계획(처분)을 인가하고, 이를 공고하였다. 또한 처분청은 청구법인이 취득한 이 사건 토지가 체비지라는 이유로 취득세 등을 비과세 감면결정하였다. 위 사정 등에 비추어 청구법인에게 이 사건 토지 취득 당시 취득세 등을 신고·납부할 것을 기대한다는 것은 무리가 있고, 취득세 등을 신고·납부하지 않은 데 정당한 사유가 있었다고 보아야 할 것이다. 따라서 이 사건 처분 중 가산세 부과처분 부분은 잘못된 것으로 보아야 한다.

4. 결론

그렇다면 처분청에서 청구법인에게 한 이 사건 처분 중 가산세 부과는 위에서 본 바와 같이 잘못이 있고, 이 사건 심사청구 일부만 이유 있다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.