1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 1999. 9. 7. ㅇㅇ광역시 ㅇ구 ㅇㅇ동 1166번지의 대지 800㎡(이하 「이 사건 토지」라 한다)를 취득하고 2000. 4. 21. 등기한 데 대하여 구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6305호로 개정되기 전의 것) 제107조 및 제127조 제1항의 규정에 의하여 종교사업 목적에 사용하기 위한 것으로 보아 취득세와 등록세를 면제하였으나, 2002. 6. 21. 청구인이 이 사건 토지를 매각함에 따라 2004. 6. 10. 감면해 준 취득세 11,213,720원, 농어촌특별세 1,027,910원, 등록세 16,820,590원, 지방교육세 3,083,770원, 합계 32,145,990원(가산세 포함)을 부과·고지(이하「이 사건 부과」라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지 및 이유

가. 청구 취지

이 사건 부과를 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구 이유

청구인은 종교용으로 사용하기 위하여 취득한 토지를 보유하다가 자금사정이 악화되어 부득이 매도한 것이므로 정당한 사유에 의한 목적사업에 사용하지 아니한 경우에 해당되는데도 그 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 매도하였다는 이유로 이미 면제한 취득세와 등록세를 추징결정한 이 사건 부과는 취소되어야 한다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

종교를 목적으로 취득한 토지를 자금사정으로 취득일로부터 3년 이내에 매도한 경우 정당한 사유에 의한 목적사업에 사용하지 아니한 경우에 해당되는지 여부

나. 인정 사실

이 건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 1999. 9. 7. 이 사건 토지에 대한 매매잔금을 한국토지공사에 납부하였고, 2000. 4. 21. 소유권이전등기를 하였다.

(2) 청구인은 이 사건 토지를 2002. 6. 21. ㅇㅇ광역시 ㅇ구 ㅇㅇ동 816-3 ㅇㅇ아파트 103-2003호에 사는 청구외 ㅇㅇㅇ에게 매도하고 같은 해 6. 25. 소유권이전등기를 하였다.

(3) 청구인은 ㅇㅇ광역시 ㅇ구 ㅇㅇ동 969-13 대지 525.1㎡를 2003. 6. 27. 매수하고 같은 해 7. 28. 소유권이전등기를 하였다.

(4) 처분청은 2004. 3. 4. 이 사건 토지를 매도한데 대하여 청구인에게 면제한 취득세 및 등록세 등 계 32,145,990원(가산세 포함)을 과세예고하였다.

(5) 청구인은 2004. 4. 14. ㅇㅇ광역시장에게 과세전적부심사청구를 하였고, 이에 대하여 ㅇㅇ광역시장은 같은 해 5. 12. 이유없다는 불채택결정을 통지하였다.

(6) 처분청은 2004. 6. 10. 면제한 취득세 및 등록세 등 계 32,145,990원을 부과·고지하였다.

다. 관계 법령의 규정

(1) 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6305호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조에서「다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다」하고, 그 제1호에「제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득」이라 규정하고 있다.

(2) 구 지방세법 제127조 제1항에서「다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다」하고, 그 제1호에「제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기」라 규정하고 있다.

라. 판단

청구인은 1999. 9. 7. 이 사건 토지를 교회신축을 목적으로 취득하였으나 자금사정이 악화되어 2002. 6. 21. 부득이 토지를 매도한 것으로 이는 구 지방세법 제107조 단서 및 제127조 제1항 단서규정에 따른 정당한 사유에 의한 목적사업에 사용하지 아니한 경우에 해당되므로 면제한 취득세와 등록세의 추징사유가 되지 아니한다고 주장하는 반면 처분청은 이 사건 토지의 취득일 또는 등기일로부터 3년 이내에 종교의 용도로 사용하지 아니하고 매도하였기 때문에 면제된 취득세와 등록세를 추징하여야 한다고 주장하고 있다.

살피건대, 구 지방세법 제107조의 단서 및 제127조 제1항의 단서규정에 의하여 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득하여 등기하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되 취득한 부동산을 그 취득일 또는 등기일로부터 3년 내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대한 취득세 및 등록세를 부과하도록 규정하고 있는바, 여기에서 말하는 “정당한 사유”란 그 취득한 토지를 매도하게 된 사유가 행정관청의 사용금지·제한 등으로 그 토지를 부득이 계속 직접 사용할 수 없는 경우를 말한다 할 것이고, 토지의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 매각한 경우는 이에 포함되지 아니한다 할 것이다.

그런데 청구인은 이 사건 토지를 1999. 9. 7. 취득하여 보유하고 있으면서 자금사정이 악화되자 취득일 및 등기일로부터 3년 이내인 2002. 6. 21. 청구외 ㅇㅇㅇ에게 매도하였다.

따라서, 이 사건 토지는 청구인이 정당한 사유없이 취득일 또는 등기일로부터 3년 이내에 그 사업에 사용하지 아니하고 매도한 것이므로 구 지방세법 제107조의 단서 및 제127조 제1항 단서규정에 의하여 면제된 취득세 및 등록세 등의 추징사유에 해당된다 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 처분청이 이 사건 토지에 대하여 청구인이 취득일 또는 등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 사업에 직접사용하지 아니하고 매도한 것을 이유로 추징결정한 이 사건 부과는 잘못이 없고, 이 사건 심사청구는 이유없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.