1. 원 처분의 요지

처분청은 청구인이 1999. 3. 11.부터 2002. 5. 31. 사이에 지하철 전동차량 76대(이하 「이 사건 전동차량」이라 한다)를 취득하고도 취득세 등을 납부하지 아니한데 대하여 지방세법 제105조 제1항의 규정에 따라 취득가액 53,197,329,000원을 과세표준으로 하여 2004. 3. 10. 취득세 1,276,735,890원, 농어촌특별세 117,034,110원 계 1,393,770,000원(가산세 포함)을 부과·고지(이하「이 사건 부과처분」이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구 이유

1980. 2. 26. 제정하였다가 1990. 12. 31. 폐지된 「구 ㅇㅇㅇㅇㅇ지하철공사에 대한 시세과세 면제에 관한 조례」에는 전동차량의 취득에 대한 취득세를 면제하도록 되어 있었으나 1990. 12. 31.부터 2003. 12. 30. 사이 「구 ㅇㅇㅇㅇ시 지방공사 등에 대한 시세감면 관련 조례(1994. 12. 31. ㅇㅇㅇㅇ시세 감면조례로 변경)」에 전동차량 등의 취득세를 면제할 수 있는 근거규정이 빠진 것은 입법상의 미비이며, 그 후 처분청이 13년 동안 한 번도 취득세를 과세하지 아니한 것은 비과세 관행이 이루어진 것으로 보아야 하는데도 이 사건 부과처분을 한 것은 국세기본법 제15조의 규정 등에 정한 신의성실의 원칙과 소급과세 금지의 원칙에 어긋나는 것으로 부당하다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

청구인의 이 사건 전동차량 취득에 대하여 취득세 등을 부과한 것이 적정한지 여부

나. 인정 사실

이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인인 ㅇㅇㅇㅇ시지하철공사는 지방공기업법 제49조와 ㅇㅇㅇㅇ시지하철공사 설치조례에 따라 ㅇㅇㅇㅇ시가 자본금 전액을 출자하여 1981. 9. 1. 설립되었으며, 심사청구일 현재 ㅇㅇㅇㅇ시지하철 1호선·2호선·3호선·4호선을 운영하고 있다.

(2) 청구인은 「구 ㅇㅇㅇㅇ시 지하철공사에 대한 시세과세 면제에 관한 조례(1990. 12. 31. 조례 제2681호로 폐지되기 전의 것, 이하 같다)」 제2조의 규정에 따라 1990. 12. 31.까지 전동차량 등 모든 재산의 취득에 대하여 취득세 등을 면제 받았다.

(3) ㅇㅇㅇㅇ시는 1990. 12. 31. 「구 ㅇㅇㅇㅇ시 지하철공사에 대한 시세과세 면제에 관한 조례」 등 지방공사별 시세감면 조례를 통합하여 「구 ㅇㅇㅇㅇ시 지방공사 등에 대한 시세과세 면제에 관한 조례(1994. 12. 31. 폐지)」를 제정하면서 지방공사 등이 그 고유의 업무에 사용하기 위해 취득하는 토지 및 건축물에 대하여만 취득세 등을 면제하는 것으로 규정함으로써 청구인의 전동차량 취득은 취득세 등의 면제대상에서 제외되었다.

(4) 1994. 12. 31. 「구 ㅇㅇㅇㅇ시 지방공사 등에 대한 시세과세 면제에 관한 조례」를 폐지하고 새로 제정된 「구 ㅇㅇㅇㅇ시세 감면조례(2003. 12. 30. 조례 제4160호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)」 제17조 제1항의 규정에도 지방공사가 취득하는 부동산에 대하여만 취득세 등을 면제하도록 규정하였다가 2003. 12. 30. 위 조례를 전면 개정하면서 제18조 제1항의 규정에 궤도차량 취득에 대하여도 취득세 등을 면제하도록 규정하였다.

(5) 청구인은 ㅇㅇㅇㅇ시세 감면 관련 조례에서 취득세 등의 면제대상이 아니었던 1991. 1. 1.부터 2003. 12. 31. 사이에 취득한 전동차량에 대하여 취득세 등을 신고·납부하지 아니하였고, 처분청도 이에 대하여 과세를 하지 아니하였다.

(6) 2003. 7. 25. 처분청은 행정자치부로부터 ㅇㅇ광역시의 ㅇㅇ광역시지하철공사에 대한 전동차량 취득세 과세누락 사례를 통보받고 2004. 3. 10. 과세 제척기간이 경과되지 아니한 1999. 3. 11.부터 2002. 5. 31. 사이에 청구인이 취득한 이 사건 전동차량 76대(취득가액 53,197,329,745원)에 대하여 이 사건 부과처분을 하였다.

다. 관계 법령의 규정

(1) 지방세법 제105조 제1항에 부동산ㆍ차량 등을 취득한 자에 대하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.

(2) 지방세법 제7조와 제9조에 지방자치단체는 공익상 또는 기타의 사유로 인하여 과세가 부적당하다고 인정할 때에는 과세하지 아니할 수 있고, 지방자치단체가 과세면제를 하고자 할 때에는 행정자치부장관의 허가를 얻어 당해 지방자치단체의 조례로 정하여야 한다고 규정하고 있다.

(3) 지방세법 제82조에 지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 정한 것을 제외하고는 국세기본법을 준용한다.

(4) 국세기본법 제15조에 세무공무원은 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다고 규정하고 있으며, 제18조에 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있다.

라. 판단

청구인은 「구 ㅇㅇㅇㅇ시세 감면조례」에 전동차량에 대한 취득세 등을 면제할 수 있는 근거규정이 빠진 것은 입법상의 미비이고, 처분청도 전동차량에 대한 취득세를 면제할 수 있는 근거규정이 빠진 이후 13년 동안 한 번도 취득세를 과세하지 아니한 것은 전동차량에 대한 취득세 비과세 관행이 이루어진 것으로 보거나 과세관청이 과세를 하지 않겠다는 의사표시로 볼 수 있는데도 이 사건 부과처분을 한 것은 국세기본법에 정한 신의성실의 원칙과 소급과세 금지의 원칙에 위배된다고 주장하므로 이에 대해 살펴본다.

(1) 먼저 청구인의 전동차량 취득에 대한 취득세를 면제할 수 있는 관련 조례의 변천 과정을 보면 「구 ㅇㅇㅇㅇ시지하철공사에 대한 시세과세 면제에 관한 조례」에는 전동차량 등의 취득에 대한 취득세를 면제할 수 있는 근거규정이 있었으나 1990. 12. 31. ㅇㅇㅇㅇ시 산하 각 지방공사별로 되어 있는 시세감면과 관련된 조례를 통합하여 「구 ㅇㅇㅇㅇ시 지방공사 등에 대한 시세과세 면제에 관한 조례」를 제정하면서 행정자치부(구 내무부)의 지방세감면조례 준칙에 따라 지방공사가 고유의 업무에 사용하기 위해 취득하는 토지 및 건축물에 대하여만 취득세를 면제하도록 규정하였고, 1994. 12. 31. 위 조례를 폐지하는 대신 새로 제정한 「구 ㅇㅇㅇㅇ시세 감면조례」에도 토지 및 건축물에 대하여만 취득세를 면제하도록 규정한 것이므로 전동차량 등에 대한 취득세 면제규정이 빠진 것을 입법상의 미비로 볼 수 없으며, 청구인 주장대로 입법상의 미비라고 하더라도 법령 등에 취득세를 면제할 수 있는 근거규정이 없는 한 취득세를 면제 받을 수는 없다 할 것이다.

(2) 비과세 관행이란 과세관청이 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 할 것인데도 처분청이 전동차량의 취득에 대하여 취득세를 감면하겠다는 의사를 표시한 적이 없으므로 비과세관행이 성립하였다고 할 수 없다 할 것이다. 또한 청구인은 ㅇㅇㅇㅇ시에서 시세감면조례 개정으로 청구인이 납부하여야 할 취득세에 대한 예산이나 보조금에 반영해 주지 아니한 것은 취득세를 부과하지 아니하겠다는 의사표시로 보아야 한다고 주장하나 청구인의 예산이나 보조금은 청구인이 필요한 예산내역과 보조금을 산정하여 승인신청하는 것인데도 승인신청도 하지 아니하였으므로 전동차량 등의 취득세에 대한 예산반영이나 보조금을 지급하지 아니한 것이 취득세를 면제하겠다는 과세관청의 의사표시로 보아야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.

따라서 이 사건 부과처분은 청구인의 전동차량 취득에 대하여 관련법령에 따라 처분청이 적법하게 과세한 것이므로 국세기본법에 정한 신의성실의 원칙 및 소급과세 금지에 어긋난다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 청구인의 심사청구는 이유가 없으므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.