1. 원 처분의 요지

처분청은 청구인이 1999. 6. 12. 및 2003. 7. 30. ㅇㅇㅇㅇ시로부터 전동차 등 궤도차량 766대와 트레일러 등 기계장비 10대(이하 「이 사건 전동차량 등」이라 한다)를 현물출자 받거나 직접 구매한 후 취득세 등을 납부하지 아니한데 대하여 지방세법 제105조 제1항의 규정에 따라 취득가액 429,745,180,745원을 과세표준으로 2004. 5. 10. 취득세 10,399,823,790원, 농어촌특별세 953,316,350원 계 11,353,140,140원(가산세 포함)을 부과·고지(이하「이 사건 부과처분」이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구 이유

(1) 「구 ㅇㅇㅇㅇ시세 감면조례(2003. 12. 30. 조례 제4160호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)」에 전동차량 등에 대한 취득세를 면제할 수 있는 규정이 빠진 것은 입법상의 미비이며, 취득세를 면제할 수 있는 근거규정이 없어졌는데도 계속하여 취득세를 과세하지 아니한 것은 비과세 관행이 이루어진 것으로 보아야 하는데도 이 사건 부과처분을 하는 것은 국세기본법 제15조의 규정 등에 정한 신의성실의 원칙과 소급과세 금지의 원칙에 어긋나며

(2) 조세특례제한법 제120조 제1항의 규정에 따라 정부가 출자한 정부출자기업에 현물 출자한 자산에는 취득세를 면제하면서 지방자치단체가 지방공기업에 출자한 자산에 대하여 취득세를 부과하는 것은 형평성에 어긋날 뿐 아니라 취득세 신고기한도 주지 아니하고 가산세(1,733,303,770원)까지 부과하는 것은 부당하다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

청구인의 이 사건 전동차량 등의 취득에 대하여 취득세 등을 부과한 것이 적정한지 여부

나. 인정 사실

이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인인 ㅇㅇㅇㅇ시도시철도공사는 1994. 3. 15. 지방공기업법 제49조와 「ㅇㅇㅇㅇ시도시철도공사 설치조례」에 따라 ㅇㅇㅇㅇ시가 자본금 전액을 출자하여 설립되었으며, 심사청구일 현재 ㅇㅇㅇㅇ시지하철 5호선·6호선·7호선·8호선을 운영하고 있다.

(2) 지하철도차량 등에 대한 취득세 부과관련 ㅇㅇㅇㅇ시의 조례를 보면 「구 ㅇㅇㅇㅇ시지하철공사에 대한 시세과세 면제에 관한 조례(1990. 12. 31. 조례 제2681호로 폐지되기 전의 것, 이하 같다)」 제2조의 규정에 따라 1990. 12. 31.까지 ㅇㅇㅇㅇ시지하철공사의 전동차량 등 모든 재산의 취득에 대하여 취득세를 면제 받았다.

(3) ㅇㅇㅇㅇ시는 1990. 12. 31. 「구 ㅇㅇㅇㅇ시 지하철공사에 대한 시세과세 면제에 관한 조례」 등 지방공사별 시세감면 조례를 통합하여 「구 ㅇㅇㅇㅇ시 지방공사 등에 대한 시세과세 면제에 관한 조례(1994. 12. 31. 폐지)」를 제정하면서 지방공사 등이 그 고유의 업무에 사용하기 위해 취득하는 토지 및 건축물에 대하여만 취득세를 면제하는 것으로 규정함으로써 청구인의 전동차량 등은 취득세 면제대상에서 제외되었다.

(4) 1994. 12. 31. 「구 ㅇㅇㅇㅇ시 지방공사 등에 대한 시세과세 면제에 관한 조례」를 폐지하고 새로 제정된 「구 ㅇㅇㅇㅇ시세 감면조례(2003. 12. 30. 조례 제4160호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)」 제17조 제1항의 규정에도 청구인이 취득하는 부동산에 대하여만 취득세 등을 면제하도록 규정하였다가 2003. 12. 30. 위 조례를 전면 개정하면서 제18조 제1항의 규정에 궤도차량 취득에 대하여도 취득세 등을 면제하도록 규정하였다.

(5) 청구인은 시세감면 관련 조례에 전동차량 등의 취득에 대한 취득세 감면규정이 빠져있던 1994. 3. 15.부터 2003. 12. 31. 사이에 취득한 전동차량 등에 대하여 취득세를 신고·납부하지 아니하였고, 처분청도 이에 대하여 과세를 하지 아니하였다.

(6) 2003. 7. 25. 처분청은 행정자치부로부터 ㅇㅇ광역시의 ㅇㅇ광역시지하철공사에 대한 전동차량 취득세 과세누락 사례를 통보받고 과세제척기간이 지나지 아니한 1999. 6. 12. 및 2003. 7. 30. ㅇㅇㅇㅇ시로부터 현물출자 받거나 직접 구매한 이 사건 전동차량 등에 대하여 2004. 5. 10. 이 사건 부과처분을 하였다.

다. 관계 법령의 규정

(1) 지방세법 제105조 제1항에 부동산ㆍ차량 등을 취득한 자에 대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.

(2) 지방세법 제7조와 제9조에 지방자치단체는 공익상 또는 기타의 사유로 인하여 과세가 부적당하다고 인정할 때에는 과세하지 아니할 수 있고, 지방자치단체가 과세면제를 하고자 할 때에는 행정자치부장관의 허가를 얻어 당해 지방자치단체의 조례로 정하여야 한다고 규정하고 있다.

(3) 지방세법 제82조에 지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 정한 것을 제외하고는 국세기본법을 준용한다.

(4) 국세기본법 제15조에 세무공무원은 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다고 규정하고 있으며, 제18조에 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있다.

(5) 조세특례제한법 제120조 제1항에 「국유재산의 현물출자에 관한 법률」에 의하여 현물출자를 한 재산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.

(6) 「국유재산의 현물출자에 관한 법률」 제1조와 제2조에 위 법률은 정부출자기업에 국유재산의 현물출자에 관한 사항을 규정하고, 정부출자기업이란 정부가 출자하였거나 출자할 기업체를 말한다고 규정하고 있다.

라. 판단

청구인은 「구 ㅇㅇㅇㅇ시세 감면조례」에 전동차량 등에 대한 취득세 등의 면제근거 규정이 빠진 것은 입법상의 미비이고, 처분청도 전동차량 등에 대한 취득세를 면제할 수 있는 근거규정이 없어진 이후에도 계속 취득세를 과세하지 아니한 것은 전동차량 등에 대한 취득세 비과세 관행이 이루어진 것으로 보아야 하는데도 이 사건 부과처분을 한 것은 국세기본법에 정한 신의성실의 원칙과 소급과세 금지의 원칙에 위배되고, 정부출자기업이 정부로부터 현물출자 받은 재산에 대하여는 취득세를 면제하면서 지방공기업이 지방자치단체로부터 현물출자 받은 재산에 대하여 취득세를 과세하는 것은 형평성에 어긋날 뿐 아니라 가산세까지 부과하는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대해 살펴본다.

(1) ㅇㅇㅇㅇ시산하 지방공사의 지하철도 차량 등의 취득에 대한 취득세를 면제할 수 있는 관련조례의 변천과정을 보면 「구 ㅇㅇㅇㅇ시지하철공사에 대한 시세과세 면제에 관한 조례」에는 면제할 수 있는 근거규정이 있었으나, ㅇㅇㅇㅇ시는 1990. 12. 31. ㅇㅇㅇㅇ시 산하 각 지방공사별로 되어 있는 시세감면과 관련된 조례를 통합하여 「구 ㅇㅇㅇㅇ시 지방공사 등에 대한 시세과세 면제에 관한 조례」를 제정하면서 행정자치부(구 내무부)의 지방세감면조례 준칙에 따라 지방공사가 고유의 업무에 사용하기 위해 취득하는 토지 및 건축물에 대하여만 취득세를 면제하도록 규정하였고, 1994. 12. 31. 위 조례를 폐지하는 대신 새로 제정한 「구 ㅇㅇㅇㅇ시세 감면조례」에도 토지 및 건축물에 대하여만 취득세를 면제하도록 규정한 것이므로 전동차량 등에 대하여 취득세 면제규정이 빠진 것을 입법상의 미비로 볼 수 없으며, 청구인 주장대로 입법상의 미비라고 하더라도 법령 등에 취득세를 면제할 수 있는 근거규정이 없는 한 취득세를 면제받을 수는 없다 할 것이다.

또한 비과세 관행이란 과세관청이 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 할 것인데도 처분청이 전동차량의 취득에 대하여 취득세를 감면하겠다는 의사를 표시한 적이 없으므로 비과세관행이 성립하였다고 할 수 없다 할 것이다. 또한 가산세는 청구인이 취득세를 신고·납부하지 아니한데 대하여 지방세법 제120조의 규정에 따라 부과한 것이다. 따라서 이 사건 부과처분은 청구인의 전동차량 취득에 대하여 관련법령에 따라 처분청이 적법하게 과세한 것이므로 국세기본법에 정한 신의성실의 원칙 및 소급과세 금지에 어긋난다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.

(2) 조세특례제한법 제120조 제1항의 규정에 취득세를 면제하도록 되어 있는 「국유재산의 현물출자에 관한 법률」에 의하여 현물출자한 자산이란 정부가 국유재산을 정부출자기업체에 현물출자하는 재산을 말하는 것이고, 청구인의 경우처럼 지방자치단체가 출자한 지방공기업은 위 법률의 적용을 받지 아니한다 할 것이므로 이 사건 부과처분이 형평성에 어긋난다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.

(3) 또한 청구인은 「ㅇㅇㅇㅇ시세 감면조례」에 전동차량 등의 취득세 과세에 대한 명시적 언급이 없는데도 취득세를 부과한다고 재해석한 것이므로 재해석한 시점에서 취득세 신고기한을 주지 아니하고 가산세를 부과한 것은 부당하다고 주장하나 전동차량 등이 위 시세 감면조례의 감면대상에 빠지게 되면 당연히 취득세 부과대상이 되기 때문에 조례를 재해석한 것으로 볼 수 없다. 따라서 가산세를 부과한 것이 부당하다는 청구인의 주장 역시 받아들일 수 없다 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 청구인의 심사청구는 이유가 없으므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.