1. 원 처분의 요지

처분청은 청구인이 1999년도 및 2000년도에 취득한 ㅇㅇ남도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 587-1 외 4필지의 토지 6,771㎡ 및 동지상 건축물 483.12㎡에 대하여 조세특례제한법 제119조 제3항 및 제120조 제3항의 규정에 의하여 창업중소기업이 취득한 부동산으로 보아 취득세 및 등록세를 감면하였으나 전라남도와 관련 시군의 합동 지방세 세무조사에서 취득일 또는 등기일로부터 2년이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하였고, 00 리 589-1호 등에 설치한 어류양식장 등에 대하여는 취득세를 신고납부하지 아니하였음이 확인되어 2004. 6. 10. 법인장부가액을 근거로 취득세 26,942,400원, 등록세 7,365,120원, 농어촌특별세 661,760원, 교육세 1,350,270원, 주민세 350,370원 계 36,669,920원(가산세 포함)을 부과·고지(이하「이 사건 부과」라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건 부과를 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구 이유

청구인이 2003. 10. 13. 정전으로 축양장의 넙치 170,000마리가 폐사되는 피해를 입은 것은 지방세법 제9조의2의 규정에 의한 천재 등으로 인한 지방세 감면사유에 해당되므로 지방세 추징사유가 발생하더라도 이를 상쇄하여 부과하지 아니하여야 하는데도 재해를 무시하고 지방세를 추징·고지한 이 사건 부과는 취소되어야 한다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

지방세의 추징사유가 발생한 후 납세자가 재해를 입은 경우 지방세의 부과·고지 대상에서 제외할 수 있는지 여부

나. 인정 사실

이 건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 1999. 6. 25. ㅇㅇ ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 588-1에 ㅇㅇㅇㅇ주식회사를 설립등기하고, 같은 해 7. 6. 취득한 같은 번지의 토지 2,964㎡와 2000. 5. 10. 취득한 ㅇㅇ ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 587 외 3필지 토지 3,807㎡ 및 동지상의 냉동창고 등 483.12㎡에 대하여 조세특례제한법 제119조 제3항의 규정에 의한 취득세 및 등록세의 감면을 받았다.

(2) 청구인은 2003. 9. 12.부터 9. 13.사이에 태풍“매미”로 넙치 30,000마리가, 같은 해 10. 13. 정전으로 넙치 170,000마리가 폐사되는 피해를 입었다.

(3) ㅇㅇ남도에서는 2003. 6. 9.부터 7. 4.까지 시군과 합동으로 지방세 법인세무조사를 실시하고 같은 해 7. 16. 처분청 및 청구인 등에게 2003년 법인 세무조사 결과 추징되어야 할 세목별 결정세액을 통지하였다.

(4) 청구인은 2003. 10. 28. 처분청에 재해발생을 이유로 고지유예신청을 하였고, 처분청은 같은 달 30일 이를 승인한 후 2004. 6. 10. 부과·고지하였다.

다. 관계 법령의 규정

(1) 구 조세특례제한법(2000.10.21. 법률 제6273호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제3항에서「창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 제조업, 광업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업(괄호내 생략), 대통령령이 정하는 엔지니어링사업(괄호내 생략), 대통령령이 정하는 정보처리 및 컴퓨터운용관련업(괄호내 생략)과 대통령령이 정하는 물류산업(괄호내 생략)을 영위하는 중소기업으로 한다」고 규정하고 있다.

(2) 구 조세특례제한법 제119조 제3항에서「창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(괄호내 생략)부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기 및 창업중소기업의 법인설립의 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다」라 하고, 제120조 제3항에서「창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다」고 규정하고 있다.

(3) 구 지방세법(2003.12.11. 법률 제6997호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조의2에서「지방자치단체의 장은 천재·지변 기타 대통령령이 정하는 특수한 사유가 있어 지방세의 감면이 필요하다고 인정되는 자에 대하여는 당해 지방자치단체 의회의 의결을 얻어 지방세를 감면할 수 있다」고 하고, 같은 법 시행령(2003.11.29. 대통령령 18146호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제1조의2 제1항에서「법 제9조의2에서 "대통령령이 정하는 특수한 사유"라 함은 화재·전화 기타 재해를 말한다」고 규정하고 있다.

(4) 같은 법 시행령 제1조의2 제2항에서「법 제9조의2의 규정에 의하여 지방세의 감면을 받고자 하는 자는 그 사유가 발생한 날부터 30일 이내에 그 사유를 소명할 수 있는 서류를 구비하여 관할지방자치단체의 장에게 지방세의 감면을 신청하여야 한다」고 규정하고, 제3항에서「지방자치단체의 장이 법 제9조의2의 규정에 의하여 지방세를 감면할 필요가 있다고 인정할 경우에는 직권으로 지방세 감면대상자를 조사할 수 있다」고 규정하고 있다.

라. 판단

이 사건은 지방세 감면조건을 이행하지 아니하거나 취득세 신고납부를 하지 않았음이 발견되어 추징사유가 발생하였더라도 정전사고 등으로 피해를 입었다면 지방세법 제9조의2의 규정에 의하여 재해감면 대상으로 보아 부과·고지 대상에서 제외할 수 있는지 여부에 대한 다툼이라 하겠다.

청구인은 이 사건 부동산 중 ㅇㅇ남도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 587 외 4필지의 토지 및 같은 지상 건축물은 1999. 7. 6.부터 2000. 5. 10.사이에 취득하고 구 조세특례제한법 제119조 제3항 및 제120조 제3항의 규정에 의하여 창업중소기업이 취득일로부터 2년 이내에 당해 재산을 당해 사업에 직접 사용하는 조건으로 취득세 및 등록세의 감면을 받았으나, 2003. 6. 9.(ㅇㅇ남도와 관련시군의 합동 지방세 법인세무조사 시점) 현재까지 같은 법 제6조 제3항에서 정하고 있는 창업중소기업의 업종(수산물가공·제조업)을 영위하지 아니하고 어패류 생산 및 유통사업을 하고 있음이 확인되어 같은 법 제119조 제3항 및 제120조 제3항 단서규정에 의하여 추징대상이 되었고, 나머지 00 리 589-1 등에 건축한 어류양식장(가설건축물) 및 지게차·봉고화물차는 구 지방세법 제120조 제1항의 규정에 의하여 취득세를 신고납부하지 않았음이 발견되었다. 이에 처분청은 2003. 7. 16. 청구인에게 지방세 추징대상임을 통보한 후 재해발생에 따른 고지유예를 거쳐 2004. 6. 10. 부과·고지한 것이라 할 것이다. 한편, 청구인은 태풍 및 정전으로 인하여 2003. 9. 12.부터 9. 13.사이에 넙치 30,000마리가, 2003. 10. 13. 넙치 170,000마리가 폐사되는 피해를 입었음이 확인된다.

살피건대, 구 지방세법 제9조의2 및 같은 법 시행령 제1조의2 제1항에서 지방자치단체의 장은 천재·지변, 화재·전화 기타 재해가 있어 지방세의 감면이 필요하다고 인정되는 자에 대하여는 당해 지방자치단체의회의 의결을 얻어 지방세를 감면할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제1조의2 제2항 및 제3항에서 지방세의 감면을 받고자 하는 자는 그 사유가 발생한 날부터 30일 이내에 그 사유를 소명할 수 있는 서류를 구비하여 관할지방자치단체의 장에게 지방세의 감면을 신청하도록 하고, 지방자치단체장은 지방세를 감면할 필요가 있다고 인정할 경우에는 직권으로 지방세 감면대상자를 조사할 수 있도록 규정하고 있는 바, 청구인은 이 건 피해를 사유로 처분청에 지방세 감면을 신청하거나 처분청이 청구인에 대하여 지방세의 감면이 필요하다고 인정되어 조사한 사실이 없고, 또한 청구인에 대하여 당해 지방자치단체의회에서 지방세 감면의 의결을 얻은 사실이 없으므로 지방세 감면대상이 되지 아니한다 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 처분청이 이 사건 부동산에 대하여 창업중소기업이 당해 사업에 직접사용하지 아니하거나 취득세 과세물건을 취득하고도 취득세를 신고납부하지 아니하였다는 이유로 한 이 사건 부과는 잘못이 없고, 이 사건 심사청구는 이유없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.