1. 원 처분의 요지

ㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ동 522-2에 있는 창업벤처기업인 청구인(주식회사 ㅇㅇ)은 2002. 11. 19. ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇ동 623-4, 5 대지 603.7㎡와 위 지상의 공장 및 사무실용 건물 465.16㎡(이하 토지 및 건물을 「이 사건 부동산」이라 한다)를 청구인의 대표이사 ㅇㅇㅇ으로부터 현물출자 방식으로 취득하고 2003. 1. 7. 「구 조세특례제한법(2004. 7. 27. 법률 제7216호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)」 제120조 제3항과 제119조 제3항 제1호의 규정에 따라 취득세와 등록세 등을 면제받았다. 그 후 처분청은 청구인이 이 사건 부동산을 취득한 후 2년 안에 정당한 사유 없이 직접사용하지 않고 임대하다가 2004. 8. 27. 매각하였다는 이유로 2004. 9. 10. 「같은 법」 제120조 제5항과 제119조 제4항의 규정에 따라 취득세 24,091,520원, 농어촌특별세 2,122,420원, 등록세 108,411,960원, 지방교육세 19,945,840원 계 154,571,740원(가산세 등 포함)을 부과·고지(이하 「이 사건 부과처분」이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구 이유

(1) 당초 이 사건 부동산의 취득을 창업벤처기업의 사업용 재산취득으로 보아 「구 조세특례제한법」 제120조 제3항과 제119조 제3항 제1호의 규정에 따라 등록세와 취득세 등을 면제받았으나 이는 청구인의 착오(청구법인 설립이 같은 법 제6조 제4항의 규정에 따른 ‘창업’이 아닌데도 창업으로 판단)에 따른 것이며, 실제는 중소기업 간의 통합계약에 따라 취득한 것이므로 같은 법 제120조 제1항 제2호와 119조 제1항 제3호의 규정을 적용하여 취득세 등을 감면한 것으로 보아야 하고,

(2) 위 중소기업 간의 통합계약일은 2002. 11. 29.이나 사실상 통합일은 같은 해 2. 28.이며, 청구인이 이 사건 부동산을 임대한 것은 여유 공간을 활용하고, 기업의 체질개선과 규모의 확대를 위하여 사업의 운영형태만 바꾼 것에 불과하므로 이 사건 부과처분을 한 것은 잘못이며

(3) 중소기업 간의 통합에 따른 부동산 취득이므로 처분청이 이 사건 부과처분을 하더라도 등록세 중과규정을 적용한 것은 부당하다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건 부동산 취득이 중소기업 간의 통합에 따른 사업용 재산의 취득으로 취득세와 등록세 면제대상인지 여부

나. 인정 사실

이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 2001. 2. 7. 주식회사 ㅇㅇ정보통신(대표이사 ㅇㅇㅇ)이란 상호로 ㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ동 522-2에 설립되어 프레스가공과 전자부품을 제조하는 업체로서 2001. 9. 25. 주식회사 ㅇㅇ으로 상호를 변경하였고, 2002. 11. 15. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조의 규정에 따라 경기지방중소기업청장으로부터 벤처기업 확인(제000000000-2-5517호)을 받았다.

(2) 청구인의 대표이사인 ㅇㅇㅇ은 1984. 8. 29.부터 이 사건 부동산에서 통신장비기구와 금형제작 등을 하는 개인사업체 ㅇㅇㅇㅇ(사업자번호 000--)을 운영하여 왔다.

(3) 청구인이 제시한 2001. 11. 26.자 이사회 회의록에 따르면 안건제목은 ‘ㅇㅇ정밀과 중소기업 통합 건’으로, 통합일시는 2002. 2. 28.로 되어 있고, 통합기준과 통합방법을 함께 가결한 것으로 되어 있다.

(4) 청구인이 청구외 우리회계법인에게 의뢰한 ㅇㅇ정밀의 ‘실사 및 평가 보고서’에 따르면 실사기준일은 2002. 10. 31.로 하여 조사하였고, 현물출자액은 1,107,448,528원으로 되어 있다.

(5) 청구인과 ㅇㅇㅇ은 2002. 11. 19. 위 ㅇㅇ정밀의 순자산을 청구인에게 현물출자 함과 동시에 호성정밀의 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것으로 중소기업 간의 통합계약과 현물출자 계약을 체결하였고, 청구인은 2002. 12. 4. 위 ㅇㅇㅇ에게 이 사건 부동산을 포함한 현물출자(금액 1,107,448,528원)의 대가로 주식 1,114,000주(1주당 가격 1,000원)를 발행하여 교부하였고, 같은 날 위 ㅇㅇ정밀의 폐업을 신고하였다.

(6) 청구인은 2003. 1. 3. 창업벤처기업인 청구인이 사업에 직접사용하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하였다는 사유로 「구 조세특례제한법」 제120조 제3항과 제119조 제3항 제1호의 규정에 따라 처분청에 취득세와 등록세 등 지방세 감면신청을 하여 같은 해 1. 7. 취득세 19,294,840원과 등록세 86,826,820원을 면제 받았다.

(7) 위 ㅇㅇㅇ은 청구인과 중소기업 간의 통합계약을 체결하기 이전인 2002. 3. 2. ㅇㅇ정밀의 사업장인 이 사건 부동산을 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 370-10에 사는 청구외 ㅇㅇㅇ에게 임대하였으며, 청구인은 현물출자 받은 이후에도 위 ㅇㅇㅇ에게 계속 임대하여 오다가 2004. 8. 27. 같은 구 창동 581-28에 있는 대한예수교 장로회 ㅇㅇ교회당회장 ㅇㅇㅇ에게 매각하였다.

(8) ㅇㅇ정밀의 2002년도 부가가치세 신고서 등에 따르면 매입금액이 1기 예정신고 때에는 727,200원, 1기 확정신고 때에는 2,604,000원이었으나, 2기 신고 때에는 매입금액이 없는 것으로 되어 있고, 직원들의 근로소득에 부과하는 주민세특별징수 원천세액은 2001년 12월분까지 신고(신고일 2002. 1. 10.)되어 있다.

(9) 처분청은 2004. 9. 10. 창업벤처기업인 청구인이 이 사건 부동산을 취득한 후 2년 이내에 당해사업에 직접 사용하여야 하는데도 임대를 주고 있다는 사유로 「구 조세특례제한법」 제119조 제3항과 제120조 제항의 규정에 따라 이 사건 부과처분을 하였다.

다. 관계 법령의 규정

(1) 「구 조세특례제한법」 제6조 제2항에 ‘창업벤처중소기업’이라 함은 벤처기업 중 창업 후 2년 이내에 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조의 규정에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업으로 한다고 규정하고 있다.

(2) 「구 조세특례제한법」 제119조 제1항 제3호에는 제31조의 규정에 의한 중소기업 간의 통합에 의하여 설립 또는 존속하는 법인이 당해 사업을 양수함에 따른 등기는 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 제3항 제1호에는 창업벤처기업이 당해사업을 영위하기 위하여 창업일(벤처기업으로 확인 받은 날)부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대한 등기는 등록세를 면제하되 등기일로부터 2년 이내에 당해재산을 정당한 사유 없이 당해사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적에 사용·처분(임대를 포함한다)하는 경우 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있다.

(3) 「구 조세특례제한법」 제120조 제1항 제2호에는 제31조의 규정에 의한 중소기업 간의 통합에 의하여 설립 또는 존속하는 법인이 당해 사업을 양수함에 따른 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 제3항에는 창업벤처기업이 당해사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제하되 취득일로부터 2년 이내에 당해재산을 정당한 사유 없이 당해사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적에 사용·처분(임대를 포함한다)하는 경우 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있다.

(4) 「구 조세특례제한법」 제31조 제1항에는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령이 정하는 사업용 고정자산을 통합 후 존속하는 법인에게 양도하는 경우 당해 사업용 고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다고 규정하고, 제2항에 중소기업간 통합의 범위와 요건은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다.

(5) 「구 조세특례제한법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 17829호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)」 제28조 제1항에 ‘중소기업 간의 통합’이라 함은 중소기업이 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것을 말한다고 규정하고, 제2항에 ‘사업용 고정자산’이라 함은 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산을 말한다고 규정하고 있다.

(6) 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 벤처기업으로서 이 법에 의한 지원을 받고자 하는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 중소기업청장에게 확인을 요청할 수 있고, 중소기업청장은 요청을 받은 경우에는 산업자원부령이 정하는 기간 내에 확인하여 그 결과를 요청인에게 통지하여야 한다고 규정하고 있다.

(7) 「지방세법」 제138조 제1항 제3호에 과밀억제권역(이 조에서 “대도시”라 한다) 안에 법인의 설립과 그 설립 이후의 부동산 등기를 할 때에는 그 세율을 일반세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고 있다.

라. 판단

이 사건의 쟁점은 청구인이 당초 창업벤처중소기업의 부동산 취득에 따른 감면을 중소기업 간의 통합에 따른 감면으로 볼 수 있는지 여부, 청구인의 대표이사인 ㅇㅇㅇ으로부터 현물출자방식으로 이 사건 부동산을 취득한 것이 「구 조세특례제한법」 제31조의 규정에 의한 ‘중소기업 간의 통합’에 따른 사업용 재산의 취득으로서 취득세와 등록세 면제 대상인지 여부와 면제 대상이 아니라면 이 사건 부동산에 관한 등록세가 중과세 대상인지 여부에 있다 할 것이므로 이를 다음과 같이 나누어 살펴본다.

(1) 청구인의 주장대로 당초 규정을 잘못 적용하여 감면을 받은 후 나중에 그 잘못을 발견하고 다른 감면규정을 적용하여 감면받은 것으로 변경할 수 있는지 여부를 살펴보면, 감면신청에 관한 규정은 과세표준 및 세액을 결정함에 있어 필요한 서류를 과세관청에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로 감면신청서의 제출이 없었다 하더라도 소정의 감면요건에 해당되는 경우에는 감면을 하여야 하는 것이므로, 청구인이 창업벤처기업의 부동산 취득에 따른 지방세 감면규정을 적용하여 감면신청을 하였다 하더라도 취득 당시에 중소기업 간의 통합에 따른 감면요건을 구비하고 있다면 이와 관련된 감면규정에 따라 감면을 받을 수 있다 할 것이다.

(2) 청구인이 현물출자 받은 이 사건 부동산이 중소기업 간의 통합에 의한 것인가를 살펴보면, 「구 조세특례제한법 시행령」 제28조 제1항의 규정에 ‘중소기업 간의 통합’이라 함은 중소기업이 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것을 말한다고 규정하고 있고, 「같은 법」 제119조 제1항 제3호와 제120조 제1항 제2호의 규정에는 중소기업 간의 통합에 의하여 설립 또는 존속하는 법인이 당해 사업용 재산을 양수하는 경우에만 등록세와 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.

먼저 청구인은 2001. 11. 26. 작성된 청구인의 이사회 의사록에 통합일자가 2002. 2. 28.로 되어 있으므로 이 날을 사실상 통합일로 보아야 하고, 이 사건 부동산을 임대한 것은 여유 공간을 활용하고, 기업의 체질개선과 규모의 확대를 위하여 사업의 운영형태만 바꾼 것에 불과하다고 주장하나, 청구인이 제시한 「중소기업 통합계약서」와 「현물출자 계약서」상의 계약일이 2002. 11. 19.로 되어 있고, 현물출자를 위한 ㅇㅇ정밀의 자산부채 실사도 같은 해 10. 31.을 기준으로 한 점 등에 비추어 볼 때 위 이사회에서 통합을 하기로 의결한 날을 사실상의 통합일로 볼 수 없다 할 것이므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.

또한 이 사건 부동산이 2002. 11. 19. 체결한 「중소기업 통합계약서」의 내용대로 중소기업 간의 통합에 따른 취득인지를 살펴보면, ㅇㅇ정밀은 인정사실(8)과 같이 통합계약일 이전인 2002. 7. 1.부터 사업을 위한 자재 등의 매입이 전혀 없었던 점, 직원들의 근로소득세에 대한 주민세 특별징수액 원천징수 신고가 2001년 12월까지만 되어 있는 점, 사업장이였던 이 사건 부동산 전체가 2002. 3. 2.부터 2004. 8. 27. 매각할 때까지 타인에게 임대하였던 점 등을 고려할 때, 중소기업통합계약일인 2002. 11. 19. 현재 정상적인 영업을 하였다고 보기 어렵고, 사업장도 타인에게 임대하였으므로 청구인이 ㅇㅇ정밀의 주된 자산을 승계 받아 당해 사업에 직접 사용하는 등 사업의 동일성을 유지하였다고 할 수 없다.

따라서 청구인이 위 ㅇㅇㅇ으로부터 ㅇㅇ정밀의 순자산을 현물출자 받은 것을 ‘중소기업 간의 통합’으로 보기 어렵고, 설사 중소기업 간의 통합이라 하더라도 이 사건 부동산은 사업용 재산이 아니므로 등록세 및 취득세의 면제대상이 될 수 없다 할 것이다.

(3) 또한 청구인은 이 사건 부동산에 대한 등기가 중소기업 간의 통합에 따른 등기이므로 「조세특례제한법」 제119조 제1항 제3호의 규정에 따라 등록세 중과세 대상이 아니라고 주장하나, 위 (1)의 내용과 같이 이 사건 부동산 취득이 중소기업 간의 통합에 따른 것이라고 볼 수 없을 뿐 아니라 사업용 재산도 아니므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없고, 청구인은 「수도권정비계획법 시행령」 제9조 제1항 별표에 정한 과밀억제권역에 설립된 법인이므로 「지방세법」 제138조 제1항 제3호의 규정에 따라 이 사건 부동산의 등록세는 중과대상이라 할 것이다.

따라서 이 사건 부동산 취득이 중소기업 간의 통합에 따른 것이라고 볼 수 없을 뿐 아니라 청구인이 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 임대하다가 매각하였기 때문에 처분청의 이 사건 부과처분은 정당하다 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 잘못이 없고, 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.