1. 원 처분의 요지

청구인은 2003. 9. 20. ㅇㅇ광역시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 552와 550-2에 있는 대지 375.9㎡ 및 그 지상 건축물 888.53㎡(이하 「제1부동산」이라 한다)와 ㅇㅇ 동 550, 542-1, 552-2와 1594-27에 있는 대지 362㎡ 및 그 지상 건축물 316.48㎡(이하 「제2부동산」이라 하고 「제1부동산」과 합하여 「이 사건 부동산」이라 한다)를 취득한 뒤 제1부동산은 그 취득한 날부터 청구외 ㅇㅇㅇ이 「ㅇㅇㅇ어린이집」이라는 상호로, 제2부동산은 같은 해 10. 24.부터 청구외 ㅇㅇㅇ가 「ㅇㅇ어린이집」이라는 상호로 각각 보육시설을 운영하도록 하였다.

이에 대하여 처분청은 청구인이 이 사건 부동산을 취득한 뒤 정당한 사유 없이 영유아보육시설로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 그 취득가액 630,000,000원에 「지방세법」 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 15,120,000원 및 농어촌특별세 1,386,000원과 등록세 22,680,000원 및 지방교육세 4,158,000원 합계 43,344,000원(가산세 6,803,960원 포함)을 2004. 8. 10. 부과·고지(이하 「이 사건 부과처분」이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구 이유

제1부동산의 경우 청구인이 이를 취득한 때에 보육시설로 직접 운영하지는 아니하였지만 그 취득일 및 등기일로부터 3년 이내인 2004. 6. 15.에는 보육시설로 직접 운영하였고, 제2부동산의 경우에는 청구인이 이를 취득하여 「ㅇㅇ어린이집」으로 직접 운영하다가 2003. 10. 26. 청구인의 남편인 위 ㅇㅇㅇ로 명의를 변경하였으나 실질적으로는 여전히 청구인이 위 ㅇㅇㅇ와 공동으로 운영하고 있으므로 이 사건 부동산은 청구인이 직접 보육시설로 사용하고 있는데도 처분청이 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

청구인이 취득한 이 사건 부동산을 보육시설로 직접 사용하고 있는지 여부

나. 인정 사실

이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인과 위 ㅇㅇㅇ는 부부이다.

(2) 위 ㅇㅇㅇ의 보육시설신고증과 이 사건 부동산의 일반건축물대장에 따르면 위 ㅇㅇㅇ은 2000. 10. 26. 처분청에 보육시설 운영신고를 하고 ㅇㅇ광역시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 550 및 552에 있는 건축물(지하 1층, 지상 4층, 연면적 888.53㎡, 이하 「기존 건축물」이라 한다)에서 「ㅇㅇㅇ어린이집」이라는 상호로 보육시설(이하 「제1보육시설」이라 한다)을 운영하던 중 2003. 3. 5. 위 건축물에 인접하여 지상 2층, 연면적 316.48㎡의 건축물을 신축(이하 「신축 건축물」이라 한다)하였는데, 그로 인하여 ㅇㅇ 동 550-1 및 542-1 대지 지번이 추가되었다.

(3) 부동산임대차계약서, 이 사건 부동산의 일반건축물대장 및 보육시설 설치신고 수리에 따르면 청구인은 보육시설을 운영하기 위하여 2003. 5. 1. 위 ㅇㅇㅇ으로부터 위 신축 건축물을 임차하였고(같은 해 6. 20. 위 건축물들에 대한 표시변경으로 인하여 건축물 대장이 분리작성 되고 지번이 변경되어 위 건축물들 중 기존 건축물과 그 대지는 제1부동산이 되고, 신축 건축물과 그 대지는 제2부동산이 됨), 같은 해 6. 30. 청구인은 제2부동산에서 「ㅇㅇ어린이집」이라는 상호로 보육시설(이하 「제2보육시설」이라 한다)을 신고·운영하였다.

(4) 부동산매매계약서 및 이 사건 부동산의 일반건축물대장에 따르면 청구인은 2003. 9. 20. 위 ㅇㅇㅇ으로부터 제1부동산과 제2부동산을 금 630,000,000원에 매수하고 같은 날 처분청에 취득세 등 감면신청을 하여 비과세 결정을 받았고, 같은 해 9. 24. 제1부동산과 제2부동산에 관하여 각각 소유권이전등기를 하였다.

(5) 제2보육시설의 보육시설변경 신고수리 및 위 ㅇㅇㅇ의 보육시설신고증에 따르면 2003. 10. 24. 제2보육시설의 대표자 명의가 청구인에서 위 ㅇㅇㅇ로 변경(보육시설신고사항 변동통지서 및 보육시설 신고수리에는 변경사유와 변경사항이 시설장으로 되어있으나, 변동통지서의 통지인 명의가 위 ㅇㅇㅇ로 되어있고 변경사항의 대표자 명의가 청구인에서 위 ㅇㅇㅇ로 변경되는 것으로 되어있는 점 및 보육시설신고증의 경영자 명의가 위 ㅇㅇㅇ로 되어있는 점 등을 고려하면 제2보육시설의 대표자 명의가 ㅇㅇㅇ로 변경되었다고 볼 것이다.)되었고, 위 ㅇㅇㅇ는 같은 해 12. 20. 처분청으로부터 보육시설신고증(경영자 명의와 시설장 명의 모두 위 ㅇㅇㅇ임)을 교부받았다.

(6) 제1보육시설의 보육시설변경 신고수리 및 보육시설신고증에 따르면 청구인은 2004. 6. 15. 제1보육시설의 대표자 명의를 위 ㅇㅇㅇ에서 청구인으로 변경(시설장 명의는 위 ㅇㅇㅇ으로 되어 있다)하였으며, 명의변경 이후부터 심사청구일 현재까지 청구인이 제1보육시설의 대표자인 점에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

(7) 업무인수인계서, 급여명세서 및 단체입금 입금계좌등록에 따르면 청구인은 제1부동산을 위 ㅇㅇㅇ으로부터 매수하고 제1보육시설의 운영권을 승계받으면서 위 ㅇㅇㅇ을 제1보육시설의 시설장으로 고용하고 급여를 지급하기로 약정한 사실이 있고, 그에 따라 2003년 10월부터 위 ㅇㅇㅇ은 청구인으로부터 매월 임금(1,392,063원)을 수령한 사실이 있다.

(8) 2004. 5. 15.자 제1과 제2보육시설의 보조금 신청서에 따르면 위 ㅇㅇㅇ은 제1보육시설의 대표자 겸 시설장으로서, 위 ㅇㅇㅇ는 제2보육시설의 대표자 겸 시설장으로서 각각 처분청에 시설운영비 보조금 신청을 한 사실이 있다.

(9) 청구인은 제2보육시설의 대표자로서 2004. 3. 2., 같은 해 6. 28.과 같은 해 7. 1. 청구외 ㅇㅇㅇ 등 11명과 근로계약을 체결한 사실이 있다면서 근로계약서를 제시하였고, 제2보육시설에 관한 고유번호증(관할 세무서장이 수익사업을 하지 않는 비영리법인에게 부여함)에는 청구인이 대표자로 기재되어 있다.

다. 관계 법령의 규정

(1) 「지방세법」 제107조에는 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산을 취득하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하지만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과하는 것으로 규정하고 있다.

(2) 「지방세법」 제127조 제1항에는 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산을 등기하는 것에 대하여는 등록세를 부과하지 아니지만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과하는 것으로 규정하고 있다.

(3) 「지방세법 시행령」(2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조 제1항에는 「법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각호의 자를 말한다.」라고 규정하면서 그 제6호에 「영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하는 자」를 열거하고 있다.

(4) 「지방세법 시행령」 제94조 제1항에는 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말하는 것으로 규정하고 있다.

(5) 구 「영유아보육법」(2004. 12. 31. 법률 제7302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제4호에는 “보육시설종사자”라 함은 보육시설에서 영유아의 보육, 건강관리 및 보호자와의 상담, 기타 업무를 담당하는 자를 말하는 것으로 규정하고 있다.

(6) 구 「영유아보육법」 제7조 제2항에는 민간보육시설을 설치·운영하고자 하는 자는 시장·군수에게 신고하여야 하는 것으로 규정하고 있다.

(7) 구 「영유아보육법」 제9조 제1항에는 보육시설에는 시설의 장 및 보육교사와 기타 여성부령이 정하는 종사자를 두어야 하는 것으로 규정하고 있다.

(8) 구 「영유아보육법 시행규칙」(2005. 1. 29. 여성부령 제14호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제1항에는 법 제7조 제2항의 규정에 의하여 보육시설의 설치신고를 하고자 하는 자는 별지 제3호의 서식에 의한 신고서에 각호 서류를 첨부하여 관할 시장·군수 또는 구청장에게 제출하도록 하고 있다.

라. 판단

청구인은 제1부동산을 취득한 때에 청구인이 보육시설로 직접 운영하지는 아니하였지만 그 취득일 및 등기일로부터 3년 이내에 제1보육시설을 설치하여 이를 직접 운영하였고, 제2부동산에는 청구인이 제2보육시설을 설치하여 직접 운영하다가 그 시설대표자 명의를 위 김동희로 변경하였으나 실질적으로는 여전히 청구인이 위 명의자와 공동으로 운영하고 있으므로 이 사건 부동산은 청구인이 직접 보육시설로 사용하고 있다고 보아야 한다고 주장한다.

살피건대, 「지방세법」 및 「같은 법 시행령」 규정에 따르면 영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하는 자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득·등기한 부동산에 관하여는 취득세·등록세를 비과세하나, 그 부동산을 ① 일정한 수익사업에 사용하는 경우 ② 취득일·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 ③ 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여 비과세한 취득세·등록세를 부과하는 것으로 정하고 있다.

한편 구 「영유아보육법」 및 「같은 법 시행령」 규정에 따르면 보육시설을 설치·운영하는 자(이하 「운영자」라 한다)와 보육시설 종사자인 ‘시설장’이 구분되는데, ‘운영자’는 보육시설을 설치·운영하기 위하여 그 명의로 신고한 자(보육시설신고증의 대표자)이며 ‘시설장’은 보육시설에서 보육 등 업무를 담당하는 보육시설 종사자 중 ‘장’의 지위를 가지는 자로서 운영자에 고용된 자를 일컫는바, 「지방세법」상 ‘보육시설을 운영하는 자’는 「영유아보육법」상의 ‘운영자’를 말한다 할 것이다.

(1) 제1부동산에 대한 판단

인정사실(4),(6)에서와 같이 제2보육시설을 신고·운영하던 청구인은 2003. 9. 20. 위 허대영으로부터 이 사건 부동산을 매수하고 같은 해 9. 24. 각각 소유권이전등기를 한 뒤 취득·등기일로부터 3년 이내인 2004. 6. 15. 제1보육시설의 대표자 명의를 청구인으로 변경하여 결국 그 때부터 제1부동산을 보육시설로 직접 사용하기 시작하여 심사청구일 현재까지 이르고 있다.

이에 대하여 처분청은 제1부동산을 취득한 당시 청구인이 제1보육시설의 운영자로 명의변경 하여야 함에도 불구하고 즉시 이를 변경하지 아니하였음을 이유로 제1부동산에 관하여 취득세·등록세를 부과하였으나, 위 「지방세법」의 규정 내용은 보육사업자가 취득·등기한 부동산을 그 취득·등기일부터 3년 이내에 보육사업에 직접 사용하기만 하면 취득세·등록세의 비과세가 유지된다는 것이지, 보육사업자가 취득한 부동산을 취득·등기일 즉시 보육시설로 직접 사용하여 3년간 보육사업에 사용하여야 한다는 의미는 아니므로 처분청이 제1부동산에 대한 취득세·등록세를 부과한 것은 잘못이 있다 할 것이다.

한편 인정사실(8)에서와 같이 청구인이 제1부동산을 취득한 이후인 2004. 5. 15.에도 위 ㅇㅇㅇ이 제1보육시설의 운영자로서 활동한 사실이 있는바, 이러한 사실을 청구인이 위 ㅇㅇㅇ에게 제1보육시설의 운영을 위하여 제1부동산을 임대하는 방법으로 제1부동산을 수익사업에 사용한 것에 해당한다고 볼 수도 있다.

그러나, 청구인은 보육시설의 업무인수 및 고용승계 등의 문제 때문에 제1부동산을 취득함과 동시에 제1보육시설의 명의변경을 하지 못한 것일 뿐이고 청구인이 위 ㅇㅇㅇ과 임대차계약을 맺은 사실도 없으며 이를 임대하여 수익을 얻었음을 인정할 만한 사정도 없는 등 청구인이 위 ㅇㅇㅇ에게 제1부동산을 수익을 얻기 위하여 임대하였다고 볼 수 없으므로, 청구인이 제1부동산을 취득하고 제1보육시설의 대표자 명의변경을 하지 않은 채 약 9개월간 위 ㅇㅇㅇ이 제1보육시설을 운영하게 한 것을 청구인이 제1부동산을 수익사업에 사용한 것으로 보아 취득세·등록세를 부과할 수는 없다 할 것이며, 이러한 점에 비추어 보아도 이 사건 부과처분 중 제1부동산에 대한 부분은 잘못이 있다 할 것이다.

또한 취득세 등이 비과세되는지 여부는 위에서 본바와 같이 부동산의 취득자·등록자가 보육시설의 ‘운영자’인가가 기준이 되고 인정사실(7)에서와 같이 위 ㅇㅇㅇ은 고용된 보육시설종사자인 ‘시설장’인 것뿐이므로, 인정사실(6)에서와 같이 제1보육시설신고증의 ‘시설장’명의가 ㅇㅇㅇ으로 되어있다는 사정은 청구인이 제1부동산을 보육시설에 직접 사용하고 있다고 판단하는 것에 아무런 영향이 없다 할 것이다.

(2) 제2부동산에 대한 판단

청구인이 2003. 9. 20. 위 ㅇㅇㅇ으로부터 제2부동산을 매수하고 소유권이전등기를 한 뒤 계속 제2보육시설을 운영하다가 인정사실(5)에서와 같이 2003. 10. 24. 제2보육시설의 대표자 명의를 위 ㅇㅇㅇ로 변경하여 위 ㅇㅇㅇ의 명의로 제2보육시설 신고가 이루어져 제2보육시설의 ‘운영자’가 청구인에서 위 ㅇㅇㅇ로 변경된 사실이 있고, 위 ㅇㅇㅇ가 제2보육시설의 대표자 겸 시설장으로서 시설운영비 보조금을 신청한 사실 등이 있는바, 위 제1부동산에 대한 판단에서 본바와 같이 「지방세법」상의 ‘영유아보육시설을 운영하는 자’는 보육시설의 ‘운영자’를 말하는 것으로서 취득세 등이 비과세되기 위해서는 부동산 취득자가 보육시설의 ‘운영자’로서 그 취득한 부동산을 보육시설로 사용하여야 한다는 점에 비추어 보면, 청구인이 제2부동산을 취득하여 제2보육시설의 ‘운영자’로서 사용하다가 그 사용일로부터 불과 1개월 후에 제2보육시설의 ‘운영자’명의를 위 ㅇㅇㅇ로 변경하여 그로 하여금 운영하게 한 것은 청구인이 제2부동산을 취득하여 이를 ‘운영자’로서 제2보육시설의 운영에 사용하는 경우가 아니어서 「영유아보육시설을 운영하는 자」가 취득·등기한 부동산을 「그 사용목적에 사용」하는 경우에 해당하지 아니하고, 「그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우」에 해당하여 제2부동산에 대하여 비과세된 취득세·등록세가 부과된다 할 것이므로 이 사건 부과처분 중 제2부동산에 대한 부분은 타당하다 할 것이다.

한편 인정사실(9)에서와 같이 청구인은 자신이 제2보육시설의 운영자임을 주장하면서 자신이 제2보육시설의 대표자로서 제2보육원 교사들과 체결한 근로계약서와 청구인이 대표자로 기재되어 있는 제2보육시설의 고유번호증을 제출하였으나, 이러한 자료만으로는 청구인이 제2보육시설의 ‘운영자’라고 인정하기에는 부족하고 달리 청구인이 제2보육시설의 ‘운영자’임을 인정할 만한 자료가 없으므로 처분청이 제2보육시설신고증의 대표자 명의에 따라 위 ㅇㅇㅇ를 제2보육시설의 ‘운영자’로 보아 과세한 것에는 잘못이 없다 할 것이다.

(3) 따라서 이 사건 부과처분 중 청구인이 제1부동산을 취득한 뒤 즉시 제1보육시설의 명의를 취득하지 않았음을 이유로 부과된 제1부동산에 대한 부분은 위에서 본 바와 같이 잘못이 있으나, 이 사건 부과처분 중 제2부동산에 대한 부분은 위에서 본 바와 같이 잘못이 없다 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 처분청으로 하여금 이 사건 부과처분에 관하여 제1부동산에 해당하는 부분을 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정하도록 할 사유가 있다 할 것이다. 그러므로 이 사건 심사청구는 일부만 이유 있다고 인정하여 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.