1. 원처분의 요지

가. 청구법인은 2000. 12. 4. ㅇㅇ남도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 1 외 9필지 토지 34,009㎡와 위 지상 건축물 9,821.88㎡로 이루어진 화물터미널시설(이하 “이 사건 화물터미널시설”이라 한다)을 ㅇㅇ지방법원 ㅇㅇ지원(이하 “법원”이라 한다)으로부터 낙찰허가(낙찰가 5,300,200,000원) 받아 2001. 8. 17. 소유권이전등기를 하였고, 같은 날 처분청으로부터 “조세특례제한법 제119조 제3항의 규정에 의거 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기로서 등록세를 면제”한다는 「등록세 감면 확인서」를 발급받았다.

나. 처분청은 2003. 5. 26. 세무조사를 하여 위 청구법인이 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하여 같은 종류의 사업을 영위하고 있어서 창업중소기업에 해당되지 않을 뿐 아니라 위 화물터미널시설을 당해 사업에 직접 사용하지 않고 임대하고 있는 것으로 보아 2003. 10. 8. 위 청구법인에 이 사건 화물터미널시설에 대한 취득세 등 430,016,940원을 부과(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구취지

이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구이유

청구법인은 종전 사업자로부터 채권과 채무는 인수하지 않고 이 사건 화물터미널시설만을 경락받아 사업 특성상 불가피하게 임대하는 방법으로 사업목적에 맞도록 사용하고 있으므로 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제119조 제3항 및 제120조 제3항의 규정에 따라 각각 등록세 및 취득세를 면제받는 대상인 창업중소기업에 해당되는데도, 이 사건 화물터미널시설의 대부분을 임대하고 있다는 사유로 이미 면제한 등록세 등을 부과하는 것은 부당하고 신뢰보호의 원칙에도 위배된다 할 것이어서 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

(1) 이 사건 부동산임대업 등을 하다가 화물터미널시설을 경락받은 후 화물터미널사업을 새로운 사업으로 추가한 경우 취득세 등 면제대상인 “창업중소기업”에 해당되는지 여부

(2) 이 사건 화물터미널사업을 새로운 사업으로 추가하기 전에 경락 취득한 화물터미널시설을 소유권이전 등기를 하기 전부터 제3자에게 임대하는 경우 취득세 등 면제대상인 “사업용 재산”인지 여부

(3) 이 사건 처분청에서 「등록세 감면 확인서」를 발급한 후 세무조사를 하여 취득세 등 추징대상임을 확인하고 세금을 부과한 조치가 신뢰보호의 원칙에 위배되는지 여부

나. 인정사실

이 건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 청구법인은 2000. 6. 7. 자동차 정류장 임대 및 정류장 사업, 부동산임대업 등을 영위할 목적으로 설립되었고, 같은 해 6. 23. ㅇㅇ세무서장에게 부동산임대업을 하기 위한 사업자등록(등록번호 : ***-**-*****)을 하였다.

(2) 청구법인은 2000. 6. 20. ㅇㅇ남도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 1에 있는 주식회사 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ(대표이사 ㅇㅇㅇ, 이하 “ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ”이라 한다)과 이 사건 화물터미널시설의 일부(건물연면적의 5.14%로서 504.74㎡)에 해당하는 주유소를 월 임대료 없이 보증금 500만 원에 2003. 6. 20까지 3년 동안 임차하는 임대차계약을 체결하였고, 2000. 7. 1.부터 석유판매업을 영위할 목적으로 같은 해 6. 29. ㅇㅇ세무서장에게 사업자등록(등록번호 : ***-**-*****)을 하였다.

(3) 청구법인은 2000. 6. 30. 위 화물터미널시설의 종전 사업자인 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ과 위 화물터미널시설 내에 설치되어 있는 기계장치 및 구축물에 관한 매매계약(매매대금 1,623,614,500원)을 체결하였는데, 위 매매계약의 기재내용에 따르면 매매목적물은 화물터미널시설의 토지 및 건물에 대한 소유권 이전등기가 완료된 때에 명도하는 것으로 하고 매수인이 위 화물터미널시설(토지 및 건축물)에 대한 소유권 이전등기를 못하는 경우에는 위 매매계약이 취소된 것으로 하도록 되어 있다.

(4) 청구법인은 종전 사업자인 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ의 자금사정이 어려워지자 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ로부터 채권과 채무는 인수하지 않고 2000. 12. 4. 법원으로부터 채권자에 의하여 임의경매 신청된 이 사건 화물터미널시설(토지면적 34,009㎡, 건물연면적 9,821㎡)을 낙찰허가(낙찰가 5,300,200,000원) 받아 2001. 8. 17. 소유권이전등기를 하였다.

(5) 청구법인은 법원으로부터 위 화물터미널시설 낙찰허가결정이 있은 직후인 2000. 12. 6. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇ동 472 ㅇㅇㅇㅇ주식회사(이하 “ㅇㅇㅇㅇ”이라 한다)와 2000. 12. 5.부터 2001. 6. 30.까지를 계약기간으로 하는 “창고 임대차 및 물품보관에 관한 임대차 계약”을 체결하였다.

(6) ㅇㅇ세무서장이 발급한 폐업사실증명원에 따르면 이 사건 종전 사업자인 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ은 2001. 3. 31. 폐업한 것으로 되어 있고, 청구법인의 임대료수입계정별원장에 따르면 2000. 12. 6. 청구법인과 임대차계약을 체결한 위 ㅇㅇㅇㅇ을 제외한 나머지 임차인들도 2001년 4월경 위 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ에 갈음하여 청구법인과 임대차계약을 갱신 체결한 것으로 보인다.

(7) 이 사건 화물터미널시설의 경락취득일인 2001. 8. 17. 및 2003. 8. 16. 현재 입주업체 현황에 따르면 청구법인이 2000. 7. 1.부터 임차하여 직접 운영하고 있던 주유소시설을 제외한 나머지 화물터미널시설은 임대 운영되고 있고, 청구법인의 결산서류 중 연도별 수입금액조정명세서를 보더라도 주유소 및 임대료 수입을 제외하고는 물류산업과 관련된 수입이 전혀 없다.

(8) 청구법인은 2001. 8. 17. 처분청으로부터 “조세특례제한법 제119조 제3항의 규정에 의거 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기로서 등록세를 면제”한다는 「등록세 감면 확인서」를 발급받았다.

(9) 청구법인은 2001. 9. 5. 처분청에 경락으로 인하여 상호 및 대표자를 변경하는 화물터미널사업 변경등록을 신청하였고, 처분청은 같은 달 14일 위 변경등록 신청을 수리하여 화물터미널사업등록증을 교부하였다.

(10) 청구법인은 2002. 2. 20. ㅇㅇ세무서장으로부터 부동산임대업 등 기존 사업의 종류에 화물자동차터미널사업을 추가한 사업자등록증(등록번호 : ***-**-*****)을 교부받았다.

(11) 처분청은 2003. 5. 26. 세무조사를 하여 이 사건 화물터미널시설이 취득세 등 부과대상임을 확인한 후 같은 해 10. 8. 위 청구법인에게 취득세 등 430,016,940원을 부과하였고, 청구법인은 같은 해 10. 31. 처분청에 위 금액을 납부하였다.

다. 관계 법령의 규정

(1) 구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제6조 제1항의 규정에 따르면 “2003년 12월 31일 이전에 대통령령이 정하는 수도권 외의 지역에서 창업한 중소기업”을 “창업중소기업"으로 정의하고 있고, 제6조 제3항의 규정에 따르면 ”창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 제조업, 광업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 대통령령이 정하는 엔지니어링사업, 대통령령이 정하는 정보처리 및 컴퓨터운용관련업과 대통령령이 정하는 물류산업을 영위하는 중소기업으로 한다”고 되어 있으며, 제6조 제4항의 규정에 따르면 ”내국인이 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 기존사업을 승계 또는 인수“하는 경우에는 창업으로 보지 아니하도록 되어 있다.

(2) 구 조세특례제한법시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전의 것) 제5조 제8항의 규정에 따르면, 「법 제6조 제3항에서 "대통령령이 정하는 물류산업"이라 함은 운송업(화물운송업에 한한다), 화물취급업, 보관 및 창고업, 터미널시설운영업(화물터미널시설운영업에 한한다), 화물운송주선업, 화물중개 및 대리업, 화물포장·검수 및 유사대리업과 파렛트임대업」을 말하는 것으로 되어 있다.

(3) 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 “법”이라 한다) 제119조 제3항의 규정에 따르면 “창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제하되, 다만 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징”하도록 되어 있다.

(4) 법 제120조 제3항의 규정에 따르면 “창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제하되, 다만 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징”하도록 되어 있다.

라. 판단

(1) 첫째 다툼에 대한 판단

청구법인은 종전 사업자인 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ로부터 채권과 채무를 인수하지 않고 이 사건 화물터미널시설을 법원으로부터 경락받아 종전 사업자와 같은 종류의 사업을 영위하고 있어 구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제6조 제4항에서 정한 기존 사업을 승계 또는 인수한 경우에 해당되지 아니하므로 법 제119조 제3항 및 제120조 제3항에 따라 취득세 등을 감면받는 창업중소기업에 해당한다고 주장한다.

이 사건 화물터미널시설이 법 제119조 제3항 및 제120조 제3항의 규정에 따라 취득세 등을 면제받기 위해서는 청구법인이 구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제6조에 정한 “창업중소기업”에 해당되어야 하므로 먼저 청구법인이 “창업중소기업”에 해당하는지 여부를 살펴본다.

위 인정사실에서 본 바와 같이 청구법인은 2000. 6. 7. 자동차 정류장 임대 및 정류장 사업, 부동산임대업 등을 목적으로 법인설립등기를 하였고, 같은 해 6. 23. 부동산임대업을 최초 사업으로 시작할 목적으로 ㅇㅇ세무서장에게 사업자 등록을 하였다가 2000. 12. 4. 법원으로부터 이 사건 화물터미널시설에 대한 낙찰허가를 받아 2001. 8. 17. 소유권 이전등기를 한 후 같은 해 9. 14. 처분청으로부터 화물터미널사업등록증을, 2002. 2. 20. ㅇㅇ세무서장으로부터 부동산임대업 등 기존 사업에 화물자동차터미널사업을 추가한 사업자등록증을 교부받았다. 위와 같은 사실로 미루어 볼 때 청구법인이 종전 사업자인 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ로부터 채권과 채무를 인수하였는지 여부와 관계없이 청구법인은 2000. 6. 7.부터 부동산임대업 등을 영위하여 오던 중 이 사건 화물터미널시설을 낙찰 받아 화물자동차운수업자 등 제3자에게 임대하는 등 임대용 재산으로 사용하여 오다가 2001. 9. 14. 기존 사업에 화물터미널사업을 추가한 것에 불과할 뿐 새로운 사업을 최초로 개시하였다고 보기 어려워 취득세 등 면제대상인 창업중소기업에 해당하지 않는다 할 것이다.

따라서 처분청에서 청구법인이 부동산임대업을 하였던 것으로 보아 창업중소기업에 해당되지 않는다고 판단한 데에 잘못이 없다 할 것이다.

(2) 둘째 다툼에 관한 판단

청구법인은 화물터미널사업의 특성상 불가피하게 이 사건 화물터미널시설을 화물자동차운수사업자 등에게 임대하고 있기는 하나 화물터미널사업 목적에 맞도록 사용하고 있는데도 임대하고 있다는 사유로 처분청에서 이미 면제 확인한 취득세 등을 부과하는 것은 부당하다고 주장한다.

이 사건 화물터미널시설이 법 제119조 제3항 및 제120조 제3항의 규정에 따라 취득세 등을 면제받기 위해서는 동 규정에서 정한 “사업용 재산”에 해당되어야 하므로 이 사건 화물터미널사업을 새로운 사업으로 추가하기 전에 경락 취득한 화물터미널시설을 소유권이전 등기를 하기 전부터 제3자에게 임대하는 경우 취득세 등 면제대상인 “사업용 재산”에 해당하는 지 여부를 살펴본다.

임대용 재산은 당해 사업에 직접 사용되지 않는 재산이므로 법 제119조 제3항 및 제120조 제3항에 따라 취득세 등을 면제받는 사업용 재산의 범위에 포함되지 않는 다고 보는 것이 법 및 「창업중소기업 등에 대한 지방세 감면요령」(2002. 1. 9., 행자부 세정 13430-30)의 일관된 태도이다. 그런데 위 인정사실에서 본 바와 같이 청구법인은 2001. 8. 17. 이 사건 화물터미널시설을 경락 취득하기 전인 2001년 4월경(ㅇㅇㅇㅇ과는 2000. 12. 6. ‘창고 임대차 및 물품보관에 관한 임대차 계약’을 체결)부터 위 화물터미널시설 중 주유소 시설(504.74㎡로서 관련 건축물의 5.14%에 해당)을 제외한 화물터미널시설(9,317.11㎡로서 관련 건축물의 94.86%에 해당)을 화물자동차운수사업자 등 제3자에게 임대하고 있고, 관련 임대료 수입을 주 수입원으로 하고 있다.

따라서 청구인의 주장과 같이 화물터미널사업 특성상 관련 시설을 임대할 수밖에 없는 점을 고려하여 청구법인이 화물터미널시설을 화물터미널사업 목적에 맞도록 사용하고 있다고 인정할 수 있을 지라도 이 사건 화물터미널시설은 조세특례제한법상 면세대상인 당해 사업에 “직접 사용”하는 “사업용 재산”에는 포함되지 않는다고 보는 것이 타당하다 할 것이므로 이 사건 화물터미널시설이 취득세 등 면제대상이 되는 사업용 재산에 포함된다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없는 것이다.

(3) 셋째 다툼에 관한 판단

처분청에서 이미 면제 확인한 등록세 등을 세무조사를 하여 다시 부과하는 것은 신뢰보호의 원칙에 위반한다고 주장한다.

신뢰보호의 원칙(이 사건 청구법인은 ‘신의성실의 원칙’으로 주장)이 적용되어 처분청의 행위가 위법이 되기 위해서는, 첫째 처분청이 청구법인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 처분청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 청구법인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 청구법인이 처분청의 견해표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 처분청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 청구법인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 마지막으로 견해표명에 따른 행정처분을 할 경우 이로 인하여 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 경우가 아니어야 한다.

살피건대, 이 사건 처분청이 청구법인에게 「등록세 감면 확인서」를 발급하였으므로 청구법인의 신뢰대상이 되는 공적인 견해표명이 있었고 청구법인이 과세면제 확인을 신뢰한 데에 귀책사유가 없는 것으로 보이는 등 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위한 요건이 일부 충족되나, 청구법인이 처분청의 과세면제 확인을 믿고 이에 상응하는 어떠한 행위(투자 확대 등)도 하지 아니한 것으로 보이므로 이 사건 부과처분이 신뢰보호의 원칙에 반하는 것으로서 위법하다고 할 수 없다.

설령 청구법인이 취득세 등 면제대상이 되는 창업중소기업에 해당되어 취득세 등을 정당하게 면제받았다 하더라도 처분청은 법 제119조 제3항 및 제120조 제3항 단서규정에 따라 “등기일 또는 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징”할 수 있고, 이 사건 처분청은 청구법인이 이 사건 화물터미널시설의 대부분을 화물자동차운수사업자 등 제3자에게 임대하여 사용하게 하고 있는 것으로 보아 적법한 절차에 따라 면제하였던 세액을 다시 추징할 수 있으며, 처분청도 이와 같은 취지에 따라 취득세 등을 추징하는 것이라는 의견을 제시하고 있으므로 이 사건 신뢰보호의 원칙이 적용될 여지가 없다 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 처분청이 이 사건 화물터미널시설을 임대용 재산으로 보아 한 이 사건 부과처분은 잘못이 없고, 청구인의 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.