1. 원 처분의 요지

청구인은 2004. 1. 13. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제6조의 규정에 따라 조성된 산업단지 내의 공장용 토지인 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 74-11(831.7㎡, 이하 「이 사건 토지」라 한다)을 취득한 후, 같은 해 3. 11. 그 지상에 공장건축물 2동(단층 공장 492.49㎡, 2층 공장 각 층 77.81㎡, 합계 648.11㎡ 이하 「이 사건 공장건축물」이라 하고 이 사건 토지와 합하여 「이 사건 부동산」이라 한다)을 신축하여 취득하고 취득세와 등록세를 면제받았으나 매출액의 증가로 이 사건 공장건축물의 면적으로는 사업운영이 어렵다고 판단하여 공장용으로 사용하지 않고 있다가 같은 해 5. 28. 이 사건 부동산을 매각하였다.

이에 관하여 처분청은 청구인이 이 사건 부동산을 취득한 뒤 정당한 사유 없이 3년 이내에 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 않고 매각한 것으로 보아 그 취득가액 533,000,000원(토지 144,200,000원, 공장건축물 388,800,000원)에 지방세법 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 10,797,510원 및 농어촌특별세 1,172,600원 합계 11,970,110원(가산세 244,110원 포함)을 2004. 8. 17. 부과·고지(이하 「이 사건 부과처분」이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구 이유

청구인은 공장을 확장·이전하기 위하여 당초 공유토지의 지분을 매수하였다가 부지조성공사와 공유물분할을 거쳐 이 사건 토지를 취득하였는데 위 공유지분의 면적보다 적은 면적이 이 사건 토지로 조성되어 청구인이 사업을 운영하기에는 이 사건 부동산이 협소하게 되었기 때문에 매각한 것이므로 정당한 사유가 있다 할 것인데도 처분청이 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

청구인이 이 사건 부동산을 취득하고도 3년 이내에 이를 공장용으로 사용하지 않고 매각한 것에 정당한 사유가 있는지 여부

나. 인정 사실

이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 임차공장인 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 36 표준공장 2동 6호(이하 「현재 운영공장」이라 한다)에서 항공기 부품 제조업, 금형부품 제조업 등을 영위할 목적으로 2001. 10. 17. 설립된 법인(법인등록번호 : 000000-0, 사업자 등록번호 : 000--)인바, 이 사건 부동산을 취득할 때부터 심사청구일 현재까지 계속하여 현재 운영공장에서 금형부품 제조 등의 사업을 운영하고 있다.

(2) 청구인은 새로운 공장을 신축하여 확장·이전할 목적으로 2003. 1. 5. 청구외 ㅇㅇㅇ이 청구외 ㅇㅇㅇ 등 7인과 공동으로 소유하고 있는 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 74-1과 74-2 토지(이하 「분할 전 토지」라 한다)에 관한 위 ㅇㅇㅇ의 공유지분(74-1에 관한 공유지분 237.852/2026, 면적 234.0718㎡, 74-2에 관한 공유지분 1,169.609/9962, 면적 891.9581㎡, 합계 면적 1,126㎡)을 매수하는 계약을 체결한 뒤, 같은 해 1. 24. 처분청에 분할 전 토지의 공유지분 취득에 따른 취득세와 등록세의 감면을 신청하여 이를 감면받고{ㅇㅇ시도시계획조례(2003. 9. 8. ㅇㅇ시 조례 제559호) 제2조에 따르면 분할 전 토지는 산업입지 및 개발에 관한 법률 제6조에 의해 지정된 산업단지 내의 토지이다}, 같은 해 1. 27. 분할 전 토지에 관하여 위 ㅇㅇㅇ 등 7인과 공유등기를 마쳤으며, 2003. 1. 30. 위 ㅇㅇㅇ에게 잔금을 지급하였다.

(3) 청구인이 이 사건 공장건축물을 건축한 경위는 다음과 같다.

(가) 청구인은 이 사건 공장건축물을 신축하기 위하여 2003년 8월 경 분할 전 토지 중 74-2의 일정부분을 임시로 구획하여 74-11로 가지번을 부여받아 이 사건 토지 831.80㎡(0.1㎡의 오차는 부지조성공사와 공유토지 분할이 확정된 단계는 아니어서 나타나는 것으로 보인다)를 획정하였는데, 당시 이 사건 토지에 접근할 수 있는 도로가 없었으므로 아래 (4)항에서와 같이 도로의 형성을 예정하고 이 사건 토지를 획정하였다.

(나) 청구인은 이 사건 토지의 사용에 관한 위 ㅇㅇㅇ 등 7인 공유자들의 동의서를 첨부하여 청구인은 2003. 8. 23. 이 사건 공장건축물의 건축허가를 신청하였으며, 같은 해 8. 28. 처분청으로부터 허가를 받아 같은 해 11. 28. 공장건축을 착공하였다.

(4) 2003. 12. 3. 분할 전 토지 중 74-1에서 74-6이 분할되어 도로(청구인 지분면적 : 82.31㎡)가 되고, 분할 전 토지 중 74-2에서 74-7이 분할되어 도로(청구인 지분면적 : 170.89㎡, 이하 74-6도로와 함께 「도로부분」이라 하며 면적은 253.2㎡이다)가 되었다.

(5) 2004. 1. 13. 분할 전 토지 중 74-1에서 74-8이, 분할 전 토지 중 74-2에서 74-9~14가 각각 분할되어 토지대장에 등재되었고, 2004. 1. 27. 청구인을 비롯한 공유자 8인은 위 도로부분을 제외한 분할 전 토지를 분할·등기하였는데, 이 과정에서 청구인은 이 사건 토지를 확정적으로 취득·등기하였다.

(6) 청구인은 2004. 3. 11. 이 사건 공장건축물을 신축하여 사용승인서를 교부받았는데, 이 사건 토지의 건폐율이 68.57%였기 때문에 이 사건 토지에서 공장을 건축할 수 있는 면적은 570.3㎡에 불과하였고, 그에 따라 이 사건 공장건축물(단층 공장 건축면적 492.49㎡, 2층 공장 건축면적 77.81㎡, 총공장건축면적 570.3㎡)이 지어진 것이다.

(7) 청구인은 2004. 4. 27. 이 사건 부동산과 도로부분에 관한 지분을 청구외 ㅇㅇㅇ에게 매각하고 같은 해 5. 28. 소유권이전등기를 마쳤는데, 위 사용승인서 교부일로부터 매각할 때까지 이 사건 공장건축물을 공장용으로 사용한 사실이 없다.

(8) 청구인의 현재 운영공장의 면적과, 청구인이 취득한 분할 전 토지에 관한 공유지분의 면적 및 이 사건 토지의 면적은 [별표] “각 공장용지의 현황”과 같으며, 이에 관하여는 다음과 같은 사실이 인정된다.

(가) 청구인이 위 ㅇㅇㅇ으로부터 매수한 분할 전 토지에 관한 공유지분의 면적(1,126㎡)은 이후 분할된 도로부분의 면적(253.2㎡)이 포함된 면적이며, 분할 전 토지에서 도로부분이 분할되기 전에는 이 사건 토지에 접근할 수 있는 도로가 없었고, 위 도로부분이 이 사건 토지에 통하는 유일한 도로이다.

(나) 청구인이 취득한 분할 전 토지에 관한 공유지분의 면적에서 도로부분의 면적을 제외한 공장용지의 면적(872.8㎡=1,126㎡-253.2㎡)과 부지조성공사 이후에 형성된 이 사건 토지의 면적(831.7㎡)은 41.1㎡의 차이가 나는데, 이는 부지조성공사 중 암석이 드러나 이를 폭파하는 등의 작업을 행하던 중 인근 공장의 안전을 이유로 인근토지와의 경계지점까지 부지조성을 하지 못하고 적정거리를 두어 옹벽공사 등을 하고 부지조성공사를 마감하였기 때문에 발생한 옹벽공사부분이다.

(다) 부지조성공사는 청구인이 위 ㅇㅇㅇ으로부터 지분을 매수하기 전인 2002. 9. 17. 이전부터(정확한 공사시작 일자는 알 수 없음) 진행되어 왔는데, 부지조성공사 중 위 (나)항에서와 같이 분할 전 토지내의 암석을 제거하고 기타 필요한 조치를 취하는 것 때문에 공사비가 증가하고 부지조성면적이 줄어들자 이후 청구인을 포함한 공유자들과 부지조성공사를 담당한 청구외 ㅇㅇㅇㅇ개발주식회사 간에 공사비를 둘러싼 법적분쟁이 있었고, 2004. 2. 27.에 이르러서야 공사비에 관한 분쟁이 마무리 되었으며, 부지조성공사가 마쳐진 정확한 일자는 알 수 없으나 이 사건 공장건축물이 신축된 2004년 3월경에는 끝난 것으로 보인다.

(9) 청구인의 각 사업연도별 매출액을 보면 2002년도 653,228,675원, 2003년도 1,051,283,331원(전년대비 약 61%증가), 2004년도 1,119,278,752원(전년대비 약 6.6%증가)이며, 청구인의 2005년 4월분 매출액은 47,872,000원, 외주가공비는 9,552,534원(매출액의 약 20%)이다.

다. 관계 법령의 규정

지방세법 제276조 제1항에는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지 안에서 공장용 건축물을 신축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 공장용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징하는 것으로 규정하고 있다.

라. 판단

청구인은 공장을 확장·이전하기 위하여 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 74-1과 74-2 토지를 당초 공유지분으로 매수하였다가 부지조성공사와 공유토지의 분할을 거쳐 이 사건 토지를 취득하게 되었는데 위 공유지분의 면적(1,126㎡)보다 적은 면적(831.7㎡)을 이 사건 토지로 조성·취득하게 되어 청구인이 사업을 운영하기에는 이 사건 부동산이 협소하게 되었기 때문에 매각한 것이므로 정당한 사유가 있다고 주장한다.

살피건대, 지방세법 제276조 제1항 규정에 따르면 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지 안에서 공장용 건축물을 신축하고자 하는 자가 취득하는 부동산을 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세·등록세를 추징하는 것으로 정하고 있는바, 청구인은 이 사건 부동산을 취득(이 사건 토지 : 2003. 1. 30, 이 사건 공장건축물 : 2004. 3. 11.)한 뒤 3년 내에 공장용 건축물의 용도에 직접 사용하지 않고 위 ㅇㅇㅇ에게 매각(2004. 5. 28.)하였으므로 취득세와 등록세의 추징대상이 된다 할 것이다.

다만, 청구인이 이 사건 부동산을 매각한 것에 정당한 사유가 있는지 여부가 문제되는데, 지방세법 제276조 제1항에서 말하는 ‘정당한 사유’란 그 취득 토지를 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 공장용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이라 할 것이다.

이에 청구인의 경우를 살펴보면, 인정사실(2), (3)과 (8)에서와 같이 도로부분 분할과 옹벽공사 등으로 인하여 청구인이 당초 매수한 공유지분(1,126㎡)보다 면적이 감소하여 이 사건 토지(831.7㎡)가 조성된 사실은 인정되나, 그와 같이 취득한 토지의 면적이 감소하였다는 사정 등은 청구인의 사업 운영 및 판단의 문제(오히려 인정사실(7)에서 본 바와 같이 청구인은 이 사건 부동산에서 전혀 사업을 운영하지 아니함)일 뿐이므로 그러한 사정으로 인하여 이 사건 부동산을 매각하게 된 것이라 하더라도 그 매각에 정당한 사유가 있다고 할 수 없다할 것이다.

4. 결론

그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 잘못이 없고, 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.