1. 원처분의 요지

가. 청구인은 2000. 2. 22. 서울특별시 ㅇ구 ㅇㅇ동 10-3 토지(면적 1,005㎡) 및 위 지상 건물(연면적 11,384.95㎡, 지상17층/지하7층, 이하 「이 사건 토지 및 건물」이라 한다)을 학교법인 ㅇㅇ대학교(이하 「ㅇㅇ대학교」라 한다)와 매매예약을 체결하고 2001. 7. 21. 위 부동산 매매 본계약을 체결한 후 표준세율(20/1000)을 적용하여 취득세 등1,106,600,860원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2004. 1. 10. 이 사건 건물에 대한 신축이 청구인의 자금과 책임아래 이루어져 과밀억제권역 안에서 본점용 건물을 사실상 원시취득한 것에 해당되어 중과세율(60/1000)을 적용하여 추가로 취득세 582,402,460원, 농어촌특별세 53,386,890원, 합계 635,789,350원을 부과(이하 「이 사건 부과처분」이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구취지

이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구이유

(1) ㅇㅇ대학교에서 1994. 8. 4. 이 사건 건물의 건축허가를 받아 위 건물에 대하여 신축을 원인으로 2001. 3. 2. 사용승인을 받았으므로 사용승인서를 교부받은 ㅇㅇ대학교가 이 사건 건물의 원시취득자에 해당하여 청구인은 이 사건 건물을 승계취득하였다.

(2) ㅇㅇ대학교에서 2001. 7. 9. 교육인적자원부로부터 매매거래허가를 받아 청구인이 학교법인의 기본재산인 이 사건 토지 및 건물을 취득하였으므로 청구인은 이 사건 건물을 승계취득하였다.

(3) 처분청이 이 사건 토지 및 건물에 대한 등록세를 유상승계취득으로 판단하면서 취득세를 사실상 원시취득한 것으로 보아 중과세하는 것은 모순이다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

건물신축에 따른 공사대금을 실질적으로 지급한 자가 그 건물을 사실상 원시취득한 것인지 여부

나. 인정사실

이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) ㅇㅇ대학교는 1994. 8. 4. 서울특별시 ㅇ구 ㅇㅇ동 10-3번지(대지면적 1,005㎡, 이하 “이 사건 토지”라 한다) 지상에 건축허가를 처분청으로부터 받고, 주식회사 ㅇㅇㅇㅇ(이하 “ㅇㅇㅇㅇ”이라 한다)과 건물 건축을 위한 도급계약(계약금액 14,900,000,000원)을 1995. 11. 1. 체결한 후 공사하던 중 ㅇㅇ대학교가 공사대금을 지급하지 않아 공사를 중단하였다.

(2) 청구인(대표이사 ㅇㅇㅇ)은 ㅇㅇ대학교와 이 사건 토지 및 건물(완공될 것을 가정)을 18,300,000,000원에 매입하는 것으로 2000. 2. 22. 매매예약을 체결하였다.

(3) 청구인과 ㅇㅇ대학교의 위 매매예약의 주요 약정 내용은 다음과 같다.

(가) 매매대금은 이 사건 건물의 완공을 전제한 가액으로 계산하여 토지대금 4,400,000,000원, 건물대금 13,900,000,000원 총 18,300,000,000원으로 정한다.

(나) 공사재개시 청구인의 판단과 책임하에 공사를 수행하고 그 설계변경이나 에스칼레이션으로 인한 공사비 증액분에 대해서는 청구인과 시공사와 합의하되 청구인이 부담한다.

(다) 그 외의 부대비용(감리비 등 실질건축주로서 부담하여야 할 비용) 발생시에도 청구인의 소유권이전까지 발생하는 그 외의 부대비용 전액을 청구인이 부담한다.

(4) 청구인은 2000. 2. 22. 위 매매예약에서 약정한 계약금 2,000,000,000원을 지급하는 등 공사와 관련된 비용 17,421,290,958원(공사대금 17,036,363,626원 + 감리비 155,000,000원 + 조형물비 140,000,000원 + 기타 89,927,332원)을 ㅇㅇ대학교에 지급하였고, ㅇㅇ대학교는 그 다음날인 2000. 2. 23. 이 사건 건물의 공사대금으로 1,818,181,818원을 시공사인 ㅇㅇ건설에 지급하는 등 이 사건 건물의 공사대금으로 총 13,522,863,108원을 대우건설에 지급하였다.

(5) 청구인은 2001. 2. 1. 이 사건 건물에 대한 추가 공사를 위하여 공사대금 550,000,000원, 공사기간 2001. 2. 1.부터 같은 달 28일까지로 정하여 ㅇㅇ건설과 공사추가분에 대한 정산금의 지급을 위한 도급계약을 체결하였다.

(6) 청구인은 2001. 3. 7. 1차 추가 공사대금으로 500,000,000원을 지급하고 같은 해 5. 2. 2차 추가 공사대금으로 310,000,000원을 대우건설에 지급하였다.

(7) 처분청은 2001. 3. 2. 이 사건 건물에 대하여 신축을 사유로 사용승인서를 ㅇㅇ대학교에 교부하였고, ㅇㅇ대학교는 2001. 3. 28. 이 사건 건물에 대한 신축을 원인으로 취득세 297,502,980원 및 등록세 129,819,480원을 처분청에 납부하였으며, ㅇㅇ대학교는 같은 달 29일 이 사건 건물에 대한 소유권보존등기를 하였다.

(8) ㅇㅇ대학교는 2001. 7. 9. 학교법인의 수익용 기본재산인 이 사건 토지 및 건물을 매매금액 18,700,000,000원으로 정하여 청구인에게 매각하는 것에 대한 처분허가를 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ로부터 받았다.

(9) 청구인은 2001. 7. 21. 이 사건 토지 및 건물에 대하여 매매대금을 18,700,000,000원(토지대금 4,400,000,000원 + 건물대금 14,300,000,000원)으로 정하여 ㅇㅇ대학교와 본계약을 체결하고 잔금 2,100,000,000원을 ㅇㅇ대학교에 지급하였다.

(10) 청구인은 2001. 7. 25. 이 사건 토지 및 건물에 대한 소유권이전(매매)을 원인으로 지방세법 제112조 제1항의 표준세율(20/1000)을 적용하여 취득세 419,745,150원 및 등록세 686,855,710원 총 1,106,600,860원을 처분청에 신고·납부한 후 같은 달 27일 이 사건 토지 및 건물에 대하여 매매를 원인으로 소유권이전등기를 하였다.

(11) 처분청은 2004. 1. 10. 이 사건 토지 및 건물에 대한 청구인의 취득은 구 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 본점 사업용 부동산의 신축의 경우로 보아 지방세법 제112조 제3항의 중과세(세율 60/1000)하여 이미 납부한 세액을 차감하여 취득세 582,402,460원, 농어촌특별세 53,386,890원, 합계 635,789,350원을 부과하였다.

다. 관계 법령의 규정

(1) 지방세법 제105조 제2항에는 “부동산의 취득에 있어서 민법 등 관련 법령의 규정에 의한 등기·등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로 보고 당해 취득건물의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다”라고 규정하고 있다.

(2) 지방세법 제112조 제1항에는 “취득세의 표준세율은 취득 물건의 가액의 1,000분의 20으로 한다”라고 규정하고 있고, 제3항에는 “수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다)을 취득하는 경우에는 취득세율을 제1항의 세율의 100분의 300으로 한다”라고 규정하고 있다.

(3) 지방세법시행령 제73조 제4항에는 “건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용승인서 교부일(사용승인서 교부일 이전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일)을 취득일로 보고, 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다”라고 규정하고 있다.

(4) 구 수도권정비계획법(2002. 2. 4. 법률 6654호로 개정되기 전의 것, 이하 “수도권정비계획법”이라 한다) 제6조 제1항에는 “인구 및 산업이 과도하게 집중되었거나 집중될 우려가 있어 그 이전 또는 정비가 필요한 지역을 과밀억제권역이라 말한다”라고 규정하고 있으며, 구 수도권정비계획법시행령(2002. 7. 24. 대통령령 제17683호로 개정되기 전의 것) 제9조에는 “서울특별시는 과밀억제권역에 해당한다”라고 규정하고 있다.

(5) 지방세법 운용세칙 104-6에서는 “법 제104조 제8호에서 「취득」이라 함은 취득자가 소유권 이전 등기 등록 등 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상의 취득행위(잔금지급, 연부금 완납 등) 그 자체를 말하는 것이다”라고 규정하고 있다.

(6) 구 사립학교법(2002. 8. 26. 법률 제06715호로 개정되기 전의 것, 이하 “사립학교법”이라 한다) 제28조 제1항에는 “학교법인이 그 기본재산을 매도·증여·교환 또는 용도변경하거나 담보에 제공하고자 할 때 또는 의무의 부담이나 권리의 포기를 하고자 할 때에는 관할청의 허가를 받아야 한다”라고 규정하고 있다.

라. 판단

이 사건의 다툼은 청구인이 이 사건 건물을 과밀억제권역 내에서 형식적으로 승계취득하였으나, 청구인이 이 사건 건물 신축에 따른 대부분의 공사대금을 부담하였고 건물의 시공회사인 대우건설과 추가공사 계약을 체결하는 등 매매를 통한 소유권 이전 전에 실질적인 취득을 위한 준비행위를 한 것이 이 사건 건물을 사실상 원시취득한 것에 해당하는지 여부에 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 청구인의 첫 번째 주장에 대하여 살펴본다.

ㅇㅇ대학교에서 이 사건 건물의 건축허가를 받아 건물을 완성하고 처분청으로부터 사용승인을 받았으므로 사용승인서를 교부받은 ㅇㅇ대학교가 이 사건 건물을 원시취득하였고 청구인은 이 사건 건물을 ㅇㅇ대학교로부터 승계취득한 것이라고 주장한다.

지방세법 104조 제1호 및 제8호, 지방세법 운용세칙 104-6에 따르면 “취득”이라 함은 소유권 이전 등기 등 완전한 내용의 소유권을 취득하는가 여부와 관계없이 사실상 취득 행위를 의미한다고 규정하고 있다.

따라서 청구인과 ㅇㅇ대학교의 매매예약, 청구인과 대우건설의 공사도급계약 등 청구인이 이 사건 건물을 취득하기 위한 일련의 행위가 사실상 원시취득행위에 해당하는지 여부를 살펴본다.

이 건의 경우 청구인은 2001. 7. 21. 이 사건 토지 및 건물에 대한 매매대금을 18,700,000,000원으로 정하여 소유권을 ㅇㅇ대학교로부터 이전하였으므로 형식적으로 승계취득에 해당한다고 할 것이나, 청구인이 2000. 2. 22. 이 사건 토지 및 건물을 매수하기로 ㅇㅇ대학교와 매매예약을 체결한 약정 내용에 따르면 이 건 공사가 중단된 잔여부분은 청구인의 책임하에 공사를 수행하고 감리비 등 실질적인 건축주로서 부담하여야 할 비용도 청구인이 부담하기로 약정한 점, 이 건 건축공사의 시공회사인 ㅇㅇ건설은 ㅇㅇ대학교에서 공사도급계약에 따른 공사대금을 지급하지 않자 이 건 건축공사를 중단하게 되었고, 이에 ㅇㅇ대학교는 청구인과 2000. 2. 22. 매매예약을 체결한 후 청구인으로부터 계약금 2,000,000,000원을 받아 그 다음날 대우건설에 공사대금 1,818,181,818원을 지급하게 되어 이 건 건축공사가 진행된 점, ㅇㅇ대학교가 ㅇㅇ건설에 지급한 공사대금 13,522,863,108원의 96.3%에 해당하는 공사대금 13,021,290,958원(공사대금 + 감리비 +조형물비 + 기타비용의 총 합계 17,421,290,958원 - 토지대금 4,400,000,000원)을 청구인이 ㅇㅇ대학교에 지급하는 등 이 건 시공회사에 지급된 공사대금의 대부분을 청구인이 조달·지급한 점, 소유권이전등기(2001. 7. 27.) 전인 2001. 2. 1. 이 사건 건물에 대한 추가공사를 위한 도급계약을 체결하여 2001. 3. 7. 1차 공사대금 500,000,000원, 같은 해 5. 2. 2차 공사대금 310,000,000원을 지급하는 등 추가 공사대금 810,000,000원을 2차에 나누어 청구인이 ㅇㅇ건설에 직접 지급한 점, 청구인과 대우건설의 위 추가공사 도급계약은 이 사건 건물의 신축공사 추가분에 대한 정산금의 지급을 위하여 작성된 계약이라는 점 등을 종합적으로 고려하면 청구인은 이 사건 건물에 대한 소유권 이전 등기 전에 사실상 취득행위를 한 것으로 보여지므로 소유권 이전 등기(2001. 7. 27.)전에 이 사건 건물을 사실상 원시취득하였다고 할 것이다.

그렇다면 이 사건 건물에 대한 건축허가 및 사용승인을 ㅇㅇ대학교가 받았으므로 ㅇㅇ대학교가 원시취득하였다는 청구인의 주장은 이유가 없다고 할 것이다.

(2) 청구인의 두 번째 주장에 대하여 살펴본다.

ㅇㅇ대학교에서 2001. 7. 9. ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ로부터 매매거래허가를 받아 청구인이 학교법인의 기본재산인 이 사건 토지 및 건물을 취득하였으므로 청구인은 이 사건 건물을 승계취득하였다고 주장한다.

청구인은 2000. 2. 22. ㅇㅇ대학교와 이 사건 토지 및 건물에 대한 매매예약을 체결한 이후 위 “가”항에서 설시한 바와 같이 공사대금의 대부분을 부담하였고, 이 사건 건물 신축공사의 연장을 위하여 대우건설과 공사도급계약을 별도로 체결하였을 뿐 아니라 위 공사도급계약에 따라 공사대금을 ㅇㅇ건설에 직접 지급한 점 등을 미루어 볼 때 청구인은 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ의 처분허가(2001. 7. 9.)가 있기 전에 취득세의 과세객체가 되는 사실상의 취득행위가 존재한 것으로 볼 수 있을 것이다.

따라서 청구인은 위 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ의 처분허가 전에 이 사건 토지 및 건물을 취득하였으므로 위 취득의 성격은 원시취득이라고 할 것이다.

(3) 청구인의 세 번째 주장에 대하여 살펴본다.

처분청이 이 사건 토지 및 건물에 대한 등록세를 유상승계취득으로 판단하면서 취득세를 사실상의 원시취득으로 보아 중과세하는 것은 모순이라고 청구인은 주장한다.

등록세는 등기나 등록의 형식을 기본으로 부과하는 조세로서 등기·등록의 형식적인 요건을 갖추어 정당하게 등기가 경료된 것이라면 확정적 효력이 발생하므로 위 취득세와 달리 실질과세의 원칙이 적용될 여지가 없다고 할 것이다.

이 사건 토지 및 건물의 경우, 청구인의 소유권이전등기가 형식적인 요건을 충족하여 적법하게 등기가 경료되었고 이를 기초로 등록세가 정상적으로 신고·납부가 처리된 이상 위 등록세 부과는 정당하다고 할 것이다.

따라서 처분청이 등록세를 유상승계취득으로 판단하고 취득세는 사실상 원시취득으로 보는 것은 서로 조세의 성격이 별개이므로 청구인의 주장은 이유가 없다고 할 것이다.

4. 결 론

청구인은 이 사건 건물을 신축하면서 공사대금의 대부분을 부담하는 등 이 사건 건물을 사실상 원시취득한 것으로 보아야 할 것이다.

그렇다면 처분청이 2004. 1. 10. 청구인에게 이 사건 건물의 취득을 수도권정비계획법상의 과밀억제권역 안에서 본점 사무소의 사실상 신축으로 보아 중과세를 한 이 사건 부과처분은 정당하다고 할 것이므로 이 사건 심사청구는 이유가 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.