1. 원 처분의 요지

가. 청구인은 2006. 3. 28. □□시 □□구 □□동 □□□아파트 □□동 □□□호(이하 "쟁점 부동산"이라 한다)에 대해 취득가액 275,000,000원으로 취득세 및 등록세 신고를 하면서 종교단체가 사업에 사용하기 위한 부동산 등기를 사유로 비과세 적용을 받았고, 2010. 6. 4.부터 2011. 2. 24.까지 청구 외 임차인 곽○○에게 임대한 후 2011. 2. 25. 청구 외 이○○에게 매각하였다.

나. 처분청은 쟁점 부동산을 청구 외 곽○○에게 임대한 것은 「지방세법」(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 구 「지방세법」이라 한다) 제107조 및 127조 제1항 단서의 ‘대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우’에 해당되어 취득세 및 등록세 부과대상에 해당한다고 보아 2012. 2. 10. 취득세 5,673,930원, 등록세 3,782,620원, 지방교육세 701,520원을 부과·고지하였다.(이하 "이 사건 각 부과처분"이라 한다)

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 건의 청구 취지는 이 사건 각 부과처분을 취소하게 해 달라는 것이다.

나. 청구 이유

구 「지방세법」제107조 및 제127조 제1항 단서의 취득세 및 등록세 부과대상인 ‘대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우’란 비영리사업자가 취득한 후 즉시 고유 목적사업에 사용하지 아니하고 수익사업에 사용하는 경우를 의미하고 고유 목적사업에 2년 이상 직접 사용하고 이를 매각하거나 다른 용도로 전환하는 경우에는 이에 해당하지 않는 것인바, 종교단체인 청구인이 쟁점 부동산을 담임목사 사택 용도로 취득하여 담임목사가 4년 3개월간 직접 거주하였다가 임대한 것이어서 취득세 및 등록세 부과대상에 해당하지 않는데도 이를 부인하고 한 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건의 다툼은 종교단체의 고유목적사업에 사용할 목적으로 취득하여 취득세 및 등록세 비과세 적용을 받은 부동산을 2년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 후 수익사업으로 전용한 경우에 취득세 및 등록세 추징대상에 해당하는지 여부이다.

나. 인정 사실

이 건 관련 기록을 검토해 보면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

⑴ 청구인은 기독교 복음에 의한 예배, 선교 등을 목적사업으로 하는 종교단체이다.

⑵ 청구인은 2006. 3. 28. 종교를 목적으로 하는 단체의 사업용 부동산의 취득을 사유로 쟁점 부동산에 대해 취득세 및 등록세 비과세 신청을 하여 비과세 적용을 받았다.

⑶ 쟁점 부동산에 대한 등기부등본에 2006. 3. 28. 소유권이전등기 시 권리자란에 손○○이 청구인의 대표자로 기재되어 있고, △△교△△회총회의 대표자증명서(2012. 3. 13. 발급)에 따르면 손○○은 "본 총회 소속 서문교회 대표자로 재직 중임을 확인함"이라 되어 있다.

⑷ 주민등록표상 청구인 소속 담임목사 손○○이 쟁점 부동산에 2006. 3. 28. 전입하여 2010. 6. 3. 퇴거한 것으로, 청구 외 곽○○이 쟁점 부동산에 2010. 6. 4. 전입하여 2011. 2. 25. 퇴거한 것으로 되어 있다.

⑸ 청구인의 당회의록(2010. 5. 23. 개최)에는 손○○ 담임목사의 사택이 매매가 이루어지지 아니하여 공실로 둘 수 없어 일단 전세계약을 하기로 한다는 내용으로 되어 있다.

다. 관계 법령 및 규정

이 건과 관계되는 법령은 구 「지방세법」제107조 등으로서 [별지] 기재와 같다.

[별지]

□ 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 2011. 1. 1. 시행)

○ 제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

2.～7. (생략)

○ 제127조(용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

2.～5. (생략)

□ 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 2011. 1. 1. 시행)

○ 제107조 (용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

○ 제127조 (용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

□ 지방세법시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것)

○ 제78조의2(수익사업의 범위) ① 법 제107조 본문 단서에서 "대통령령이 정하는 수익사업"이라 함은 「법인세법」 제3조 제3항의 규정에 의한 수익사업을 말한다.

② (생략)

○ 제93조의2(수익사업의 범위) 법 제127조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 수익사업"이라 함은 제78조의2의 규정에 의한 사업을 말한다.

□ 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것)

○ 제3조(과세소득의 범위) ①～② (생략)

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2.～7. (생략)

④ (생략)

□ 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것)

○ 제2조(수익사업의 범위) ① 「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.(이하 생략)

②～⑤ (생략)

□ 한국표준산업분류

○ L 부동산업 및 임대업(68～69)

68 부동산업

681 부동산 임대 및 공급업

6811 부동산 임대업

681111 주거용 건물 임대업

라. 판단

청구인은 쟁점 부동산을 종교단체인 청구인 소속 담임목사의 사택으로 2년 이상 사용한 후 임대한 것이므로 구 「지방세법」제107조 및 제127조 제1항의 규정에 따르면 취득세 및 등록세 부과대상에 해당하지 않는데도 이를 부인하고 한 이 사건 각 부과처분은 위법하다고 주장한다.

구 「지방세법」제107조 및 제127 제1항은 용도구분에 의한 취득세·등록세 비과세를 규정하면서 그 사유 중의 하나로 각 제1호에서 "제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 등기"를 들고 있고, 각 본문 단서에서 "대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니한 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세·등록세를 부과한다"고 규정하고 있다.

한편, 구 「지방세법 시행령」(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것) 제78조의2 제1항, 제93조의2 등은 부동산을 임대하여 수익이 발생하는 사업을 구 「지방세법」제107조 및 제127조 제1항에서 말하는 "대통령령이 정하는 수익사업"의 하나로 규정하고 있다.

살피건대, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것이다.

구 「지방세법」(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제107조 단서 및 제127조 제1항 단서는 "대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니하는 경우"만을 부과사유로 규정하고 있었다. 그러나 해당 비영리사업자가 해당 부동산을 공익사업 용도로 임시 사용하고 곧바로 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 취득세·등록세를 비과세하는 취지에 반함에도 그 사용기간에 상관없이 부과할 수 없는 문제가 발생하자, 2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정된 「지방세법」은 "그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우"를 부과사유로 추가하였다.

비록 구 「지방세법」제107조 단서 및 제127조 제1항 단서가 "대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우"를 독립적 부과사유로 규정한 것처럼 보일지라고, 위와 같은 개정경위와 부과사유 상호간의 관계에 아울러, 비과세된 부동산을 그 사용일부터 2년 이상 공익사업의 용도에 직접 사용한 다음 매각하는 경우와의 과세형평, 부동산의 보유기간 동안 매년 부과되는 재산세와 달리 취득세·등록세는 그 부동산을 일정기간 동안 공익사업의 용도에 사용하면 비과세의 목적을 달성할 수 있다고 보는 것이 합리적인 점 등에 비추어 보면, 구 「지방세법」제107조 단서 및 제127조 제1항 단서는 비영리사업자가 비과세된 부동산을 공익사업의 용도로 직접 사용하기 시작할 유예기간을 부여하되 유예기간 동안에 수익사업에 사용하는 경우와 그 유예기간 이후에도 정당한 사유 없이 공익사업에 사용을 시작하지 않는 경우 또는 그 사용일부터 일정한 기간 동안 공익사업에 사용하지 않는 경우 등에는 취득세·등록세를 부과하고, 일정한 기간 동안 공익사업의 용도로 사용하면 그 후부터는 취득세·등록세를 부과하지 않겠다는 내용을 규정한 것으로 보아야 한다.

따라서 구 「지방세법」제107조 제1호 및 제127조 제1호에 규정된 비영리사업자가 해당 부동산을 2년 이상 공익사업의 용도에 직접 사용하였다면(취득일·등기일부터 3년 이내에 목적사업에 사용을 시작한 것을 당연히 전제, 이하 같음) 그 후에 매각하거나 임대 등 다른 용도로 사용하더라도 구 「지방세법」제107조 단서 및 제127조 단서에 규정된 부과사유에 해당하지 아니하여 비과세된 취득세·등록세를 부과할 수 없다.

한편, 교회의 담임목사는 교회가 그 목적사업을 수행함에 있어 필요 불가결한 중추적인 존재라고 할 것이므로 어떤 건물을 교회의 대표자인 담임목사의 유일한 주택으로 사용함은 교회의 목적사업에 직접 사용하는 것으로 보아야 한다.

이 사건으로 돌아와 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 한 이후 2년 이상 종교용도로 직접 사용하였는지 여부에 대해 조사하여 그 결과에 따라 비과세된 취득세 및 등록세의 부과사유에 해당하는지를 판단하여야 했는데도, 처분청은 종교용도로 사용하기 위해 취득한 부동산을 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우 그 용도에 따른 사용기간을 묻지 않고 곧바로 부과사유에 해당한다고 잘못 판단하고, 쟁점 부동산을 2년 이상 종교용도로 직접 사용하였는지 여부에 대해서는 전혀 조사하지 아니한 채 이 사건 각 부과처분을 하였다.

위 인정사실 "⑶항"과 "⑷항"에서 보는바와 같이, 청구인의 대표자인 담임목사 손○○이 쟁점 부동산에 4년 이상 주민등록이 되어 있는 것으로 볼 때 2년 이상 담임목사의 유일한 주택으로 사용한 것으로 보여져, 쟁점 부동산을 2년 이상 종교용도로 직접 사용하지 않았다고 단정하기도 어려우므로 그 부분에 대해 처분청은 추가 조사하여 그 결과에 따라 이 사건 각 부과처분의 취소 등 조치를 하여야 한다.

4. 결론

그렇다면 처분청이 이 사건 각 부과처분을 하면서 구 「지방세법」제107조 단서 및 제127조 제1항 단서에 규정된 "대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우" 그 용도에 따른 사용기간을 묻지 않고 곧바로 부과사유에 해당한다고 본 것은 잘못이고, 그로 인해 쟁점 부동산을 2년 이상 종교용도로 직접 사용하였는지 여부에 대해서는 전혀 조사조차 하지 아니함으로써 이 사건 각 부과처분에 중대한 영향을 미친 것으로 청구인의 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.