가. 청구인은 2006. 11. 15. 청구 외 구 ◇◇◇◇공사(현 ◇◇◇◇주택공사, 이하 "◇◇◇◇공사"라 한다)로부터 경기도 □□시 ▨▨▨▨택지개발사업지구 내 0 지번 0-0 대 33,881㎡(이하 "이 사건 토지"라 한다)를 취득한 후 같은 해 12. 14. 취득세 1,585,630,800원, 농어촌특별세 158,563,080원을, 2009. 9. 4. 등록세 1,585,247,040원, 지방교육세 317,049,400원을 각각 신고·납부하였다.

나. 이에 대하여 처분청은 2010. 7. 14. 청구인이 제3종 국민주택채권(이하 "국민주택채권"이라 한다)의 처분손실액 등을 취득비용으로 누락하였다는 이유로 누락된 위 금액을 과세표준으로 하여 산출된 취득세 601,325,890원, 농어촌특별세 41,554,110원과 등록세 488,676,440원, 지방교육세 90,179,980원을 추가로 부과·고지하였다.

다. 이 후 처분청은 2010. 11. 4. 채권매입비용 전액을 취득세 과세표준에 포함시켜야 한다는 조세심판원의 결정을 근거로 국민주택채권 매입금액 42,286,690,000원에서 기 부과하였던 국민주택채권 처분손실 12,939,818,940원을 차감한 금액 29,346,871,060원을 과세표준으로 하여 산정한 취득세 954,360,240원, 농어촌특별세 64,563,110원, 등록세 779,511,580원 및 지방교육세 144,163,550원을 추가로 부과ㆍ고지(이하 "이 사건 부과처분"이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건 부과처분을 취소하게 해 달라는 것이다.

나. 청구이유

청구인은 공공택지를 분양받기 위하여 매입한 국민주택채권을 공공택지 취득일 전에 매각하여 그 매입비용의 일부를 회수한 경우에는 액면 가액과 매각 당시 시가의 차이(이하 "처분손실"이라 한다)만을 공공택지를 취득하는데 실질적으로 지출한 비용으로 보아야 하므로, 국민주택채권 매입비용 전액을 이 사건 토지의 취득비용에 포함시킨 이 사건 부과처분은 부당하다고 주장한다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 건의 다툼은 공공택지를 분양받기 위하여 매입한 국민주택채권을 공공택지 취득일 전에 매각하여 그 매입비용의 일부를 회수한 경우에 취득세 과세표준에 매입금액 전체를 포함시켜야 하는지, 아니면 처분손실만을 포함시켜야 하는지 여부이다.

나. 인정 사실

이 사건 관련 기록에 따르면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 충청남도 □□시 □□동 000-00에 본점을 두고 부동산 임대업, 아파트 분양사업 등을 영위하는 법인이다.

(2) ◇◇◇◇공사는 2005. 5. 30. 경기도 ▨▨▨▨지구 공동주택건설용지 공급공고를 하면서, 공급대상자는 필지별로 지정신청 접수받아 채권ㆍ분양가 병행입찰(중형임대주택용지는 전산추첨)의 방법으로 결정하며, 경합이 없는 토지는 단독신청자로 결정한다고 하였다.

(3) 청구인은 제시 분양가격을 평당 9,080,000원, 국민주택채권 매입 가격을 42,286,690,000원으로 채권·분양가 병행입찰에 참여하여 2005. 6. 17. 이 사건 토지에 대한 낙찰자로 결정되었고, 같은 달 23. 국민주택채권을 위 가격으로 매입하였다.

(4) 청구인은 2005. 6. 24. ◇◇◇◇공사와 이 사건 토지에 대한 용지매매계약을 체결한 후, 2006. 11. 15. 잔금을 지급함으로써 매매대금을 완납하였다.

(5) 청구인은 위 ‘(3)항’과 같이 매입한 국민주택채권을 2005. 9. 15. 청구 외 ◎◎◎◎ 주식회사에 29,346,871,060원에 매도하여 12,939,818,940원의 처분손실이 발생하였다.

(6) 청구인은 이 사건 토지에 대하여 2006. 12. 14. 취득세 1,585,630,800원, 농어촌특별세 158,563,080원을, 2009. 9. 4. 등록세 1,585,247,040원, 지방교육세 317,049,400원을 신고·납부하였다.

(7) 처분청은 세무조사 결과, 청구인이 위 ‘(6)항’과 같이 신고·납부한 취득세 과세표준에서 이 사건 처분손실 등이 누락되었다는 사유로 2010. 7. 14. 취득세 601,325,890원, 농어촌특별세 41,554,110원, 등록세 488,676,440원 및 지방교육세 90,179,980원을 추가로 부과·고지하였다.

(8) 2010. 8. 23. 조세심판원에서는 유사사건(조심 2009지866)에 대하여 "이 건 채권매입비용 전액이 이 건 토지 취득을 위한 간접비용으로서 취득세 과세표준에 포함되는 것으로 보아야 하겠으므로 채권매각차손만을 취득비용에 포함한 처분청의 부과처분에 잘못이 있다 할 것이나, 이 건의 경우 불이익변경금지의 원칙에 따라 당초 처분을 유지하는 것이 타당하다 하겠다."는 결정을 하였다.

(9) 처분청은 위 ‘(8)항’의 조세심판원 결정에 근거하여 재조사를 하고, 2010. 11. 4. 국민주택채권 매입금액 42,286,690,000원에서 기 부과하였던 이 사건 처분손실액 12,939,818,940원을 차감한 29,346,871,060원을 과세표준으로 하여 추가로 이 사건 부과처분을 하였다.

다. 관계 법령의 규정

이 건 관계 법령은 구 「지방세법」(2006. 9. 27. 법률 제7988호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제111조 등으로서 [별지] 기재와 같다.

[별지]

□ 구 지방세법(2006. 9. 27. 법률 제7988호로 개정되기 전의 것)

○ 제111조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

②～④ (생략)

⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

1.～2. (생략)

3. 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

4.～5. (생략)

⑥ (생략)

⑦ 제1항 내지 제5항의 규정에 의한 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

⑧ (생략)

○ 제130조(과세표준) ① 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록 당시의 가액으로 한다.

② (생략)

③ 제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만 등기·등록 당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다.

④ 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 과세표준이 되는 가액의 범위 및 그 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 구 지방세법 시행령(2006. 12. 30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것)

○ 제82조의2(취득가격의 입증 등) ① 법 제111조 제5항 제3호에서 "판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호에 정하는 것을 말한다.

1. (생략)

2. 법인장부: 법인이 작성한 원부·보조장·출납전표·결산서

○ 제82조의3(취득가격의 범위) ① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득한 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급 등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

②～③ (생략)

□ 구 주택법(2005. 8. 4. 법률 제7678호로 개정되기 전의 것)

○ 제68조(국민주택채권의 매입) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 자 중 대통령령이 정하는 자는 국민주택채권을 매입하여야 한다.

1.～3. (생략)

4. 주거전용면적 85제곱미터를 초과하는 공동주택을 건설하기 위하여 공공택지를 공급받는 자

② 제1항의 규정에 의하여 국민주택채권을 매입하는 자의 매입금액과 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 구 주택법 시행령(2005. 7. 27. 대통령령 제18978호로 개정되기 전의 것)

○ 제91조(국민주택채권의 발행방법 등) ① 국민주택채권은 다음 각 호로 구분하여 발생한다.

1.～2. (생략)

3. 법 제68조 제1항 제4호에 해당하는 자가 매입하는 제3종 국민주택채권

②～⑥ (생략)

○ 제95조(국민주택채권의 매입) ①～④ (생략)

⑤ 법 제68조의 규정에 의하여 주거전용면적 85제곱미터를 초과하는 공동주택을 건설하기 위하여 공공택지를 공급하는 자는 공공택지를 공급받고자 하는 자에 대하여 제3종 국민주택채권을 매입하게 하여야 한다. 이 경우 제3종 국민주택채권의 매입사실 확인에 관하여는 제2항 후단의 규정을 준용한다.

□ 구 택지개발촉진법(2005. 5. 26. 법률 제7517호로 개정되기 전의 것)

○ 제18조(택지의 공급) ① 택지를 공급하고자 하는 자는 제9조에 따른 실시계획에서 정한 바에 따라 택지를 공급하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 공급하는 택지의 용도, 공급의 절차·방법 및 대상자 기타 공급조건에 관한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ (생략)

□ 구 택지개발촉진법시행령(2006. 2. 24. 대통령령 제19355호로 개정되기 전의 것)

○ 제13조의2(택지의 공급방법 등) ① (생략)

② 택지의 공급은 시행자가 미리 정한 가격으로 추첨의 방법에 의하여 분양 또는 임대한다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 택지는 경쟁입찰의 방법에 의하여 공급한다.

1. 판매시설용지 등 영리를 목적으로 사용될 택지

2. 「주택법」제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인을 얻어 건설하는 공동주택의 건설용지 외의 택지(시행자가 토지가격의 안정과 공공목적을 위하여 필요하다고 인정하는 경우를 제외한다)

③～⑦ (생략)

⑧ 시행자는 주거전용면적이 85제곱미터를 초과하는 공동주택의 건설용지(임대주택 건설용지를 제외하며, 이하 이 항에서 "공동주택의 건설용지"라 한다)를 공급하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 「주택법」제68조의 규정에 의한 국민주택채권을 가장 많이 매입하고자 하는 자를 당해 택지의 공급대상자로 결정한다. 다만, 제5항의 규정에 의한 수의계약의 방법으로 공급하는 공동주택의 건설용지에 대한 국민주택채권 매입금액에 관한 기준은 건설교통부령으로 정한다.

⑨ (생략)

라. 판단

구 「지방세법」제111조 제5항, 제130조 제3항 및 구 「지방세법 시행령」(2006. 12. 30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것) 제82조의3 제1항에서는 법인장부 등에 의하여 취득가격이 입증되는 경우에 취득세 등의 과세표준이 되는 ‘사실상의 취득가격’은 과세대상 물건의 취득 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용(소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용을 포함)을 말한다고 규정하고 있다.

여기에서 말하는 "취득가격"에는 과세대상물건의 취득시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금 이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차 비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이다.

살피건대, 구 「주택법」(2005. 8. 4. 법률 제7678호로 개정되기 전의 것) 제68조 제1항 제4호 등에서는 주거전용면적 85㎡를 초과하는 공동주택을 건설하기 위하여 공공택지를 공급하는 자는 공공택지를 공급받고자 하는 자에 대하여 제3종 국민주택채권을 매입하게 하여야 하고, 국민주택채권을 가장 많이 매입하고자 하는 자를 당해 택지의 공급대상자로 결정한다고 규정하고 있는바, 채권·분양가 병행입찰제가 적용되는 토지를 공급받기 위해 국민주택채권의 매입은 필수적 절차이므로 그 매입비용은 토지의 공급에 필요한 부대비용에 해당한다.

그러나 국민주택채권을 토지 취득일 전에 매각하여 매입비용의 일부를 회수한 경우에는 국민주택 매입비용과 실제 매각 당시 시가의 차액인 처분손실만이 실제로 토지를 취득하기 위하여 지급된 간접비용에 포함된다 할 것이다.

위 인정사실 ‘(3)항’ 및 ‘(5)항’에서 본 바와 같이 청구인은 이 사건 토지를 취득하기 위하여 국민주택채권을 42,286,690,000원에 매입한 후, 매각 당시의 시세에 따라 청구 외 ◎◎◎◎ 주식회사에 29,346,871,060원에 매각함으로써 매입비용 중 일부를 회수하였으므로, 채권의 액면 가액과 매각 당시의 시가와의 차액인 처분손실(12,939,818,940원)만을 이 사건 토지의 취득비용에 포함시키는 것이 타당하다 할 것이다.

따라서 위 인정사실 ‘(7)항’ 내지 ‘(9)항’에서 본 바와 같이 처분청이 이미 국민주택채권 처분손실액에 대한 취득세 등 부과처분을 하고도, 국민주택채권 매입비용 전액이 이 사건 토지 취득을 위한 간접비용으로서 취득세 과세표준에 포함된다고 보아 추가로 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.