(8) 청구인은 위 “(2)항”의 지장물보상금을 지급하면서 ‘지장물 소유 사실확인서’, ‘지장물 철거 각서 및 영수증’을 받았으며 위 “(3)항”의 영농보상금을 지급하면서 ‘영농보상비 청구 및 영수서’를 받았다.

(9) 청구인은 위 “(4)항”의 위로금을 지급하면서 이 사건 토지 소유자들로부터 “△△△△주식회사에 편입되는 토지보상금과는 별도로 지급하는 추가 위로금에 대하여 공공용지 협의 대상자에게만 지급되는 사항임을 확인하며, 위로금 수령 후 토지보상에 관한 어떠한 이의를 제기하지 않을 것을 확약한다”는 합의서를 받았다.

(10) 처분청은 세무조사 결과 청구인이 이 사건 보상금과 감정평가수수료 등을 이 사건 토지의 취득가액으로 보지 아니하고 취득세 과세표준에서 누락시킨 것에 대하여 이를 이 사건 토지의 취득가액으로 보아 취득세 과세표준에 산입하여 이 사건 부과처분을 하였다.

다. 관계 법령 및 규정

이 건과 관계되는 법령은 구 「지방세법」(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제111조 등으로서 [별지］기재와 같다.

라. 판단

(1) 이 사건 보상금을 이 사건 토지의 취득가액으로 보아 취득세 과세표준에 포함하여야 하는지 살펴본다.

청구인은 이 사건 보상금이 이 사건 토지를 취득함에 있어 토지 자체의 가격으로 지급된 것이 아니라 이 사건 토지와 별개의 물건 및 권리에 대한 보상을 한 것이며, 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관하여 그 지급 원인이 발생 또는 확정된 것이므로 취득세 과세표준인 취득가액에 포함되지 아니한다고 주장한다.

구 「지방세법」 제111조 제1항 및 제5항 제3호의 규정에 따르면 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 하되, 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 경우 그 취득가격으로 하도록 규정하고 있으며, 구 같은 법 시행령(2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것) 제82조의 2 제1항 제2호의 규정에 법인장부란 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서라고 규정하고 있다.

또한 구 같은법 시행령 제82조의 3 제1항의 규정에 따르면 취득세의 과세표준이 되는 취득가액은 과세대상물건의 취득 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)]을 포함한다고 규정하고 있으며, 구 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」(2011. 8. 4. 법률 제11017호로 개정되기 전의 것) 제75조 제1항에 따르면 건축물·입목·공작물 기타 토지에 정착한 물건에 대하여는 해당 물건의 가격으로 보상하여야 하고, 같은 법 제77조 제2항의 규정에 따르면 농업의 손실에 대하여는 농지의 단위면적당 소득 등을 참작하여 실제 경작자에게 보상하여야 하며, 같은 법 제78조 제1항의 규정에 따르면 사업시행자는 공익사업의 시행으로 인하여 주거용 건축물을 제공함에 따라 생활의 근거를 상실하게 되는 자를 위하여 대통령령이 정하는 바에 따라 이주대책을 수립·실시하거나 이주정착금을 지급하여야 한다고 규정하고 있다.

따라서 취득가액이 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상물건을 취득하기 위하여 당해 물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세 과세표준으로 삼을 수 없으며, 「공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법」 내지 「토지수용법」에 의한 토지 취득시 지출한 지장물보상금 및 이주비 등 보상금은 설혹 취득대상인 토지의 취득을 위하여 거래상대방인 주민 등에게 토지의 취득시기 이전에 지급하였거나 지급하기로 한 것이라 할지라도 과세대상물건인 토지를 취득함에 있어서 토지 자체의 가격으로 지급되는 것이 아니라 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관하여 지급원인이 발생 또는 확정된 것이므로 토지에 대한 취득세의 과세표준인 취득가격에 포함되지 아니한다1).

살피건대, 위 인정사실 “(2)항” 내지 “(9)”항에서 본 바와 같이 ① 청구인은 한국감정원에 이 사건 토지에 대한 토지매입 및 보상업무를 위탁하였고, 한국감정원에서 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 이 사건 토지를 감정평가한 후 이 사건 토지보상금과는 별개로 지장물(비닐하우스, 수목, 관정보호사, 관리사 등)보상금을 산정한 점, ② 청구인은 한국감정원의 감정평가 결과에 따라 영농보상금을 산정하여 지급한 점, ③ 청구인은 이 사건 보상금 중 지장물보상금을 지급하면서 지장물 ‘소유 사실확인서’, ‘지장물 철거 각서 및 영수증’을 받았고, 영농보상금을 지급하면서 ‘영농보상비 청구 및 영수서’를 받은 점 등을 고려할 때, 청구인이 지급한 이 사건 보상금 중 지장물보상금과 영농보상금은 영농비닐하우스, 관리사, 수목, 전기시설, 배수시설, 농기계 등의 지장물과 영농손실에 대한 보상금으로 지급한 것으로써 청구인이 지장물보상금 및 영농보상금을 토지원장 및 건설중인 자산원장에 이 사건 토지의 취득원가로 계상하였다 하더라도 취득세 과세대상이 되지 아니하는 물건 및 공공사업시행지구 안에서 영농을 하는 농민에게 당해 공공사업용지에 편입됨에 따라 영농을 계속할 수 없게 된 손실에 대하여 보상한 것이므로 이 사건 토지의 취득원가로 보아 취득세 과세표준에 산입한 것은 잘못이며 청구주장은 이유 있다.

그러나 이 사건 보상금 중 위로금은 인정사실 “(4)항”, “(5)항” 및 “(9)항”에서 본 바와 같이 이 사건 토지의 감정평가액의 20%상당인 금액을 토지 소유자들에게 지급한 것으로서 청구인의 계정별 원장에 “토지보상위로금”으로 계상되어 있고, 이 사건 토지 소유자에게 위로금을 지급하면서 “편입되는 토지보상금과는 별도로 지급하는 추가 위로금은 공공용지 협의 대상자에게만 지급되며 위로금 수령후 토지보상에 관한 어떠한 이의를 제기하지 않을 것을 확약한다”는 요지의 합의서를 받았으며, 이 사건 토지는 전ㆍ답ㆍ잡종지ㆍ구거로써 이 사건 토지 소유자들이 공익사업의 시행으로 인하여 주거용 건축물을 제공함에 따라 생활의 근거를 상실하게 된 것에 대한 이주비로 볼 수 없어 이 사건 토지와는 별개의 권리에 대한 보상금이 아니므로 이 사건 토지의 취득가액으로 보아 취득세 과세표준에 산입한 것은 정당하고 청구주장은 이유 없다.

(2) 이 사건 보상금에 대하여 취득세 신고·납부를 기대할 수 없는 정당한 사유가 있어 가산세 부과대상에서 제외하여야 하는지 살펴본다.

청구인은 이 사건 보상금이 취득세 과세표준의 취득가액에 포함된다 하더라도 세법상의 의무를 위반한 데 대하여 납세자에게 가하는 일종의 행정상의 제재로서 가산세제도를 운용하고 있고, 판례 등 기존의 유권해석에 반하여 이 사건 토지에 대한 취득세의 신고·납부를 기대할 수 없으므로 이를 제대로 이행하지 않았다는 사유로 신고 및 납부불성실가산세를 부과처분한 것은 부당하다고 주장한다.

구 「지방세법」 제121조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따르면 취득세 납세의무자가 취득세를 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세를 징수하고, 취득세를 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 금융기관의 연체이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세를 징수하도록 되어 있고, 같은 법 시행령 제82조의3 제1항의 규정에는 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용을 말한다고 되어 있다.

살피건대, 신고 및 납부불성실가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 세법에 규정된 의무를 정당한 이유 없이 위반한 납세자에게 부과하는 일종의 행정상 제재2)인 점을 고려할 때 청구인이 이 사건 보상금 중 앞에서 살펴본 바와 같이 법령의 규정에 따라 취득세 과세대상인 위로금을 취득세 과세표준에서 누락하고 취득세를 신고ㆍ납부한 데 대하여 가산세를 부과하는 것은 정당하므로 청구주장은 이유 없다.

그리고 이 사건 보상금 중 지장물보상금 및 영농보상금은 위 “(1)항”에서 취득세 과세대상이 아니라고 보았으므로 그 신고 및 납부불성실가산세에 대하여 심리하지 아니한다.

따라서 이 사건 보상금 중 지장물보상금과 영농보상금에 대한 청구주장은 이유 있으며 위로금을 이 사건 토지와는 별개인 권리에 대한 이주비 명목으로 지급하였다는 청구 주장은 받아들일 수 없다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 부과처분은 일부 이유 있다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.