1. 원 처분의 요지

가. 청구인은 대한예수교장로회총회 ∇∇노회 소속 교회로서 2008. 3. 5. 서울특별시 □□구 □□동 418 □□□□□□ 아파트 000동 0000호(토지면적 39.95㎡, 건물면적 100.92㎡, 이하 "이 사건 부동산"이라 한다)를 소속 담임전도사인 김○○(이하 "담임전도사"라 한다)으로부터 증여를 원인으로 취득하여 같은 해 3. 13. 처분청에 종교사업(담임교역자의 사택 겸 기도소)에 사용될 부동산이라는 사유로 비과세 신청을 하였고, 처분청은 구 「지방세법」제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호의 규정에 따라 이를 비과세 처리하였다.

나. 처분청은 2012. 1. 30.부터 같은 해 2. 7. 사이에 서울특별시청으로부터 "세무조사 업무 지도검검"결과 이 사건 부동산은 담임전도사의 사택으로 사용됨으로써 종교사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다는 지적을 받자 청구인에게 2012. 4. 16. 취득세 등 38,391,450원, 같은 해 4. 17. 등록세 등 16,674,310원 계 55,065,760원을 각각 부과·고지하였다.(이하 "이 사건 부과처분"이라 한다).

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하게 해 달라는 것이다.

나. 청구 이유

청구인은 이 사건 부동산을 담임전도사로부터 증여받아 취득한 후 이를 사택으로 사용하도록 하였는데 청구인의 경우 담임전도사는 교회개척 당시부터 설교 및 교회기관을 관리하는 등 사실상 담임목사의 역할을 수행하였으므로 이 사건 부동산은 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 보아야 하는데도 처분청이 이를 인정하지 아니하고 한 이 사건 부과처분은 부당하다는 것이다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 건의 다툼은 청구인이 이 사건 부동산을 담임교역자 겸 담임전도사의 사택으로 제공한 경우 종교사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부이다.

나. 인정 사실

이 건 관련 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인 교회(주소 : 경기도 □□시 □□구 □□동 000 □□□□□ 상가 0층 000호)는 2007. 8. 5. 담임전도사를 담임교역자로 한 개척교회로 설립되었고, 「민법」제32조 및 구 「문화관광부소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」제4조의 규정에 의하여 1973. 11. 27. 구 문화관광부로부터 법인설립인가를 받아 설립된 재단법인인 대한예수교장로회 총회 유지재단 산하의 대한예수교장로회 함해노회에 2008. 3. 12. 가입되었으며 설립이후 2011. 4. 19.까지 담임전도사가 담임교역자로서 청구인 교회를 이끌었고 같은 해 4. 20.부터는 담임전도사가 담임목사 자격을 취득한 후 청구인 교회의 담임목사로 시무하고 있다.

(2) 청구인은 2008. 3. 5. 담임전도사로부터 이 사건 부동산을 증여받고는 같은 해 3. 13. 담임교역자의 "사택 및 예배당"으로 사용한다는 취지로 지방세 비과세 신청을 하였고, 처분청으로부터 같은 해 3. 20. 구 「지방세법」제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호의 규정에 따라 취득세(21,280,000원) 및 등록세(8,512,000원)를 각각 감면받았다.

(3) 청구인 교회의 담임전도사는 배우자 류○○ 소유의 서울특별시 □□구 □□동 000-00 ☆☆아파트 301호에 1985. 2. 20.부터 거주하다가 이 사건 부동산을 청구인에게 증여한 후 2008. 3. 10. 이 사건 부동산으로 주소를 이전하였고, 류○○은 2009. 4. 7. 위 ☆☆아파트를 매각한 후 2009. 10. 1. 세대합가를 사유로 이 사건 부동산으로 주소를 이전하였다.

(4) 서울특별시청에서는 △△구청에 대한 "세무조사업무 자치구 지도점검"(2012. 1. 30 ～ 2. 7.) 결과 청구인이 비과세 받은 부동산을 담임목사 사택으로 사용하지 아니하고 전도사 사택으로 사용하고 있어 비과세 대상이 아닌 것으로 처분청에 통보하였고, 처분청에서는 같은 해 3. 9. 청구인에게 취득세 등 추징세액 계 54,753,080원에 대한 과세예고통지를 하였다.

(5) 청구인의 정관(2007. 9. 16. 최초 제정) 제6조 및 제8조의 규정에 따르면 조직으로 대한예수교장로회 총회 헌법(이하 "이 헌법"이라 한다)에 명시된 공동의회, 제직회를 두는데 그 의장은 임시당회장이 당연직으로 되어 소집하고 그 회의는 각각 정기회 및 임시회로 구분된다.

(6) 이 헌법 제2편 정치 제64조, 제67조 및 제68조에 따르면 교회는 세례교인이 30인 이상으로 당회가 있는 조직교회와 세례교인이 30인에 미달하여 당회가 없는 미조직교회로 구분되는데 청구인은 세례교인 20인으로 미조직교회에 해당하여 노회로부터 임시당회장이 파송되었다. 당회의 직무는 교인의 신앙과 행위를 통찰하며 세례, 입교할 자를 문답하고 세례식과 성찬식을 관장하는 것인데 이 헌법 제4편 예배와 예식의 제1장 2-2 성례전에 따르면 세례와 성찬을 의미하는 성례전은 어떠한 형편을 막론하고 평신도가 집례할 수 없고, 반드시 목사에 의하여 집례되어지도록 규정되어 있다.

(7) 이 헌법 제23조 내지 제26조 및 제48조에 따르면 목사는 하나님 말씀을 교훈하며, 성례를 거행하고 교인을 축복하며 장로와 협력하여 치리권을 행사하는 직무를 담당하는데 세례교인으로 7년이 경과되고, 30세 이상으로 총회 직영 신학대학원을 졸업한 후 2년 이상의 교역경험을 가지고 총회의 목사고시에 합격한 자로 되어 있고, 전도사는 당회 또는 당회장이 관리하는 지교회에서 시무하는 유급교역자로 그 자격은 신학교 또는 성서학원을 졸업한 25세 이상인 자로 세례교인으로 5년이 경과하고 노회의 전도사 고시에 합격한 경우로 되어 있다.

다. 관계 법령 및 규정

이 건과 관계되는 법령은 구 「지방세법」(2008. 2. 29. 법률 제8864호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 등으로서 [별지] 기재와 같다.

[별지]

□ 구 「지방세법」(2008. 2. 29. 법률 제8864호로 일부개정되기 전의 것)

○ 제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

○ 제120조(신고 및 납부)

③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일로부터 30일 이내에 당해 과세표준에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.

○ 제127조(용도구분에 의한 비과세)

① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

○ 제150조의2(신고 및 납부)

③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 등록세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일로부터 30일 이내에 당해 과세표준에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.

□ 행정안전부 예규(지방세정팀-2479)

○ 종전 담임목사의 은퇴 이후 후임 담임목사가 취임하지 아니하여 전도사가 담임목사로서의 역할을 수행하고 있는 경우라 하더라도 이를 교회가 종교·자선 등 목적사업을 함에 있어 필요불가결한 중추적 존재라고 할 교회의 대표자인 담임목사에 해당된다고 보기는 어렵다 하겠으므로, 교회가 취득한 부동산을 담임목사의 역할을 대행하고 있는 전도사의 사택으로 사용하는 것은 위 규정에 의한 취득세 등의 비과세대상에 해당된다고 볼 수는 없음.

라. 판단

청구인은 개척교회로 이 사건 부동산을 사실상 담임목사의 역할을 수행한 담임전도사에게 사택으로 무상제공하여 취득당시부터 3년의 과세유예 기간 중 계속하여 종교사업에 직접사용한 경우에 해당된다고 주장하므로 담임전도사가 청구인의 필수불가결한 중추적 지위에 해당되는지 여부와 이 사건 부동산은 취득당시부터 비과세 요건을 충족하였는지 여부 등에 대하여 살펴본다.

(1) 관계 법령의 검토

구 「지방세법」제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호를 보면, 제사·종교·자선·학술·기예 그 밖에 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산의 취득 및 등기에 대하여는 그 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하나, 다만 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 않을 경우에는 취득세 및 등록세를 부과하도록 되어 있다. 그리고 같은 법 제120조 및 제150조의2를 보면 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세 또는 등록세를 비과세 받은 후에 당해 과세물건이 취득세 또는 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 그 사유발생일로부터 30일 이내에 당해 과세표준액에 제112조 및 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 부과하도록 하고 있다.

이 때 비영리사업자가 "그 사업에 직접 사용"한다 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 할 것이고, "그 사업에 직접 사용"한 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이다.

따라서 종교단체가 "그 사업에 직접 사용"하는 부동산이라 함은 종교의식, 종교교육, 선교활동 등에 직접 사용하는 부동산으로 보아야 하고, 주거용도로 사용하는 부동산에 대하여는 종교활동을 위해 반드시 있어야만 하는 필요불가결한 중추적인 지위에 있는 사람이 직접적 또는 일상적으로 사용하는 경우만 종교목적으로 직접 사용하는 것으로 보아야 할 것이다. 만일 이와 같이 해석하지 않고 종교활동과 관련된 모든 부동산에 대하여 그 취득세나 등록세 등이 비과세된다고 하면 그 범위가 지나치게 넓어져, 종교단체가 정당한 사유없이 그 부동산을 그 사업에 직접 사용하지 않는 경우 등에는 취득세나 등록세를 부과하도록 한 위 규정의 실효성이 없어지기 때문이다.

(2) 담임전도사가 청구인 교회에 필요불가결한 존재인지 여부

청구인은 이 사건 부동산을 2008. 3. 5. 증여취득하여 같은 해 3. 10.부터 담임전도사의 사택으로 무상제공 하였는바, 취득 후 3년의 과세유예기간이 적용되는 2011. 3. 5.까지 이 사건 부동산을 종교활동에 직접 사용하였는지는 결국 담임전도사가 이 기간 중 청구인의 종교활동에 필요불가결한 중추적 지위에 있었다고 볼 수 있는지 여부와 직결되므로 이에 대하여 살펴본다.

살피건대, 김○○은 청구인이 설립된 2007. 8. 5. 이후 담임전도사 겸 담임교역자로서 2011. 4. 20.까지 수요예배, 새벽기도회 등을 포함하여 계 1,214회에 걸쳐 설교를 하는 등 사실상 담임목사의 역할을 수행하였고 2011. 4. 20. 청구인 제직회의 청빙을 거쳐 대한예수교 총회 산하 함해노회의 허락을 받아 청구인의 담임목사로 임명되는 등 청구인의 종교활동에 중심 역할을 수행하여 온 것으로 볼 수 있는 여지가 있다.

그러나 ① 위 인정사실 "(6)항"에서 본 바와 같이 청구인은 당회가 없는 미조직교회에 해당하여 노회로부터 파송된 임시목사가 임시당회장으로서 치리권을 행사하였을 뿐 아니라 세례와 성찬을 의미하는 성례전은 반드시 목사에 의하여 집례되도록 규정됨에 따라 과세유예기간 3년(2008. 3. 5.～2011. 3. 5.) 중 노회에서 파견된 임시목사 손○○ 및 김○○ 등 2명이 임시 당회장을 순차로 담당하면서 32명의 교인을 대상으로 교회의 본질적 기능인 세례 및 성찬을 거행하였고, 청구인의 예산 및 결산 등 중요사항을 결정하는 정기 및 임시 제직회의 당회장의 역할을 한 점 ② 위 인정사실 "(7)항"에서 본 바와 같이 목사는 일정한 신학교육을 받고나서 전도사 및 강도사 등의 단계를 밟은 후 노회에서 목사안수를 받은 자로 조직교회의 경우에는 세례교인 전체로 구성된 공동의회의 결의로, 미조직교회의 경우는 공동의회 또는 제직회의 청빙(본 교회에서 시무하여 달라고 요청하는 것을 의미)을 거쳐 노회의 허락을 받아서 임명되는데 반하여 전도사는 교회에서 목사를 도와 일하는 목사 안수를 받기 이전의 교역자로 그 지위에 차이가 있는 점을 종합하면 청구인의 경우 개척교회의 현실적 사정으로 설립 당시부터 담임전도사가 사실상 담임목사의 역할을 수행하여 온 점은 수긍이 가지만 이는 담임목사의 은퇴이후 후임 담임목사가 취임하지 아니하여 부목사 또는 전도사가 담임목사로서의 역할을 수행한 경우와 마찬가지로 청구인의 담임전도사를 종교활동을 위해 반드시 있어야만 하는 필요불가결한 중추적인 지위에 있다고는 볼 수 없다.

따라서 이 사건 부동산이 청구인 교회의 목적사업에 직접 사용되는 것이라고는 할 수 없어 위 각 규정에서 정한 비과세 대상에 해당하지 않는다고 할 것이다.

(3) 이 사건 부동산의 취득 당시부터 과세면제 요건을 충족하였는지 여부

구 「지방세법」제107조 단서는 부동산의 취득이 당초에는 비과세 대상이었다 하더라도 취득자가 취득일로부터 3년이 경과하도록 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 비과세의 대상에서 제외한다는 규정으로서 이는 부동산의 취득 당초부터 종교활동 등 고유업무에 직접사용하거나 직접 고유업무에 사용할 것이 예정된 상황에서 그 준비기간, 고유업무에 바로 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애 요소의 해소에 필요한 시간적 여유를 고려한 것이므로 취득당시부터 취득세 비과세 대상 요건을 충족하지 아니한 경우에는 적용될 여지가 없다.

살피건대, 설령 청구인의 담임전도사를 종교활동에 필요불가결한 중추적인 지위에 있다고 보더라도 청구인이 이 사건 부동산을 취득하여 취득세 등 비과세를 신청할 당시에 청구인의 종교활동에 직접 사용된 것과 다름이 없다는 비과세 요건을 충족하기 위해서는 적어도 담임전도사가 다른 주택을 보유하지 아니하여 청구인이 이 사건 부동산을 담임교역자의 유일한 주택으로 제공할 수 밖에 없었다는 불가피한 예외적 사정이 있어야 할 것이다.

그런데 위 인정사실 "(3)항"에서 본 바와 같이 청구인의 담임전도사는 배우자 류○○ 소유의 서울특별시 □□구 □□동 000-00 ☆☆아파트 000호에서 1985. 2. 20.부터 배우자와 세대를 구성하여 함께 거주하였고, 위 아파트는 청구인의 취득일인 2008. 3. 5.부터 1년이 더 지난 2009. 4. 7. 매각되었는 바, 청구인이 2008. 3. 10.부터 이 사건 부동산을 담임전도사의 사택으로 제공한다는 사유로 취득세 등 비과세 신청을 한 2008. 3. 13. 현재 이 사건 부동산은 담임교역자가 거주할 수 있는 유일한 주택에 해당하지 아니함으로써 취득 당시부터 담임교역자가 사택으로 직접 사용할 불가피한 사유가 있었다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 설령, 담임전도사가 이 사건 부동산을 사택으로 사용하면서 3년 내에 기존 주택을 처분하여 담임교역자가 거주할 수 있는 유일한 주택이 된 경우라 하더라도 이 사건 부동산은 취득 당시부터 비과세 대상이 아니었으므로 유예기간의 적용대상이 아닌 것으로 보아야 할 것이다.

따라서 위 "(2)항" 및 "(3)항"에서 본 바와 같이 청구인의 담임전도사는 종교활동을 위하여 반드시 있어야 하는 필요불가결한 중추적인 위치에 있다고 볼 수 없고 또한 이 사건 부동산은 취득당시부터 청구인의 종교사업에 직접 사용된 것으로 단정할 수 없으므로 이 사건 부동산을 종교사업에 직접 사용하였다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이고 구 「지방세법」제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호에 의한 취득세와 등록세 등의 비과세 대상에 해당되지 않는다고 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 부과처분은 잘못이 없고 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.