대도시내 기부채납토지에 주상복합건물을 3년내에 착공시 중과대상인 상가부분의 토지는 건축물 '착공일'로부터 30일이 경과한날(제척기간 기산일)부터 5년이 경과한 뒤 부과처분하였으므로 위법하지만, 온천공보호구역 불문하고 3년내 정당한 사유없이 주택건설을 하지 않았거나, 3년내 토지를 매각하는 경우는 등록세 중과대상에 해당하므로 처분청은 일부 세액을 경정해야한다.

1. 원 처분의 요지

 

  가. 청구인은 1999. 1. 15. 주택건설업 등을 영위할 목적으로 설립되어 2006. 9. 6. 청구 외 ◎◎ 주식회사(이하 “◎◎㈜”라 한다)를 흡수합병한 법인으로서, ◎◎㈜는 2000. 6. 21. 대도시 내인 서울특별시 □□구 □□동 663에 설립 이후 5년 이내인 2003. 5. 29.부터 같은 해 10. 30. 사이에 구 지번 서울특별시 □□구 □□동 663-19, 663-20, 663-35, 663-36 및 663-37의 5필지(718.6㎡, 이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득하고, 대도시 내 법인 중과세 예외 업종인 주택건설사업용으로 이 사건 토지를 취득한 것이라 하여 표준세율(1,000분의 30)로 산정한 등록세 58,351,740원, 지방교육세 11,670,340원, 계 70,022,080원을 신고ㆍ납부하였다.

 

  나. 이 사건 토지는 연접해 있는 서울특별시 □□구 □□동 663-21(3,318.2㎡, 이하 “청구 외 토지”라 한다) 위에 주상복합건물(이하 “청구 외 건물”이라 한다)을 신축하면서 □□구에 기부채납한 도로(335.8㎡, 이하 “이 사건 기부채납 부지”라 한다), 청구 외 건물의 온천시설에 온천수를 공급하는 온천공 부지(155.3㎡, 이하 “이 사건 온천공 부지”라 한다) 및 청구 외 신○○에게 매각한 부지(227.5㎡, 이하 “이 사건 매각 부지”라 한다)로 구성되어 있다.

 

  다. 처분청은 이 사건 기부채납 부지 중 청구 외 건물의 주택 부분의 비율로 안분되는 토지(65%, 218.3㎡)는 유예기간인 3년 이내에 주택건설에 착공하여 등록세 중과 예외대상에 해당하지만, 이 사건 기부채납 부지 중 상가 부분의 비율에 해당하는 토지(35%, 117.5㎡), 이 사건 온천공 부지 및 이 사건 매각 부지는 청구 외 건물의 사용승인일인 2005. 11. 18. 등록세 중과 적용대상이 되었다는 이유로 2010. 6. 16. 그 취득가액에 등록세 중과세율(30/1,000×300/100)을 적용하여 산정한 세액에서 기납부세액을 차감한 등록세 135,842,630원, 지방교육세 25,504,510원, 계 161,347,140원을 ◎◎㈜를 합병한 청구인에게 부과·고지(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

 

 

 

2. 심사청구의 취지와 이유

 

  가. 청구취지

 

    이 사건 부과처분을 취소하게 해 달라는 것이다.

 

  나. 청구이유

 

    (1) 이 사건 기부채납 부지는 처분청이 도로의 기부채납을 조건으로 건축변경허가를 한 시점(2004. 2. 5.)에, 이 사건 온천공 부지는 온천보호구역 지정승인일(2005. 3. 10.)에 각각 등록세 중과 납세의무가 성립하였고, 신고납부기한인 30일이 경과한 시점으로부터 5년의 부과 제척기간이 경과하였으므로 이에 대한 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다고 주장한다.

 

    (2) 이 사건 매각 부지에 대해서는, ◎◎㈜가 처분청에 이 사건 기부채납 부지를 기부채납하기 전에는 한 필지에 기부채납 부지와 매각 부지 등이 혼재하는 등 지번 정리가 되지 않아 주택건설에 착공할 수 없었던 것이고, 기부채납일(2005. 11. 15.)로부터 3년 이내인 2008. 7. 21. 건축허가를 받았으므로 등록세 중과 예외대상에 해당한다고 주장한다.

 

3. 우리 원의 판단

 

  가. 다툼

 

    이 건의 다툼은 이 사건 토지 중 이 사건 기부채납 부지와 이 사건 온천공 부지에 대해서는 등록세 중과 적용대상이 된 시기를 언제로 보아야 하는지 여부이고, 이 사건 매각 부지에 대해서는 등록세 중과 예외대상에 해당하는지 여부이다.

 

  나. 인정 사실

 

    이 사건 관련 기록을 보면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

 

    (1) 청구인은 1999. 1. 15. 주택건설업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인으로서 1999. 11. 4. 주택건설사업자로 등록하였고, ◎◎㈜는 2000. 6. 21. 설립된 법인으로서 2001. 9. 26. 주택건설사업자로 등록하였다.

 

    (2) ◎◎㈜는 2000. 11. 6. 청구 외 토지를 취득하고, [그림]과 같이 청구 외 건물의 서쪽에 공공 보행통로(폭 4m, 이하 “○부분”이라 한다)를 조성하여 기부채납할 것을 조건으로 2003. 6. 27. 건축허가를 받고, 같은 해 8. 20. 착공하였다.

 

[그림] 이 사건 토지의 구성 명세

 

 

 

    (3) ◎◎㈜는 [표]와 같이 2003. 5. 29.부터 같은 해 10. 30. 사이에 이 사건 토지를 취득하여 표준세율(1,000분의 30)로 등록세 58,351,740원, 지방교육세 11,670,340원, 계 70,022,080원을 신고ㆍ납부하였고, 이 사건 토지는 [그림]과 같이 이 사건 기부채납 부지(○부분), 이 사건 온천공 부지(○부분) 및 이 사건 매각 부지(○부분)로 구성되어 있다.

 

 

[표] 이 사건 토지의 취득 및 구성 명세

 

 

    (4) ◎◎㈜는 기부채납하기로 한 ○부분에서 온천공이 발견되자 2003. 12. 19. 처분청에 온천발견신고서를 제출하였고, 서울특별시에서 2005. 3. 10. ○부분과 청구 외 토지 등 그 일대 3,872㎡를 온천공보호구역으로 지정승인 하였다.

    (5) 처분청은 2004. 2. 5. 청구 외 건물에 대한 건축변경허가를 하면서 당초 기부채납하기로 한 공공 보행통로의 폭을 4m에서 6m로 확대하도록 조건을 변경하였다.

    (6) ◎◎㈜는 기부채납하기로 한 ○부분에 도로를 조성할 수 없게 되자 위 ‘(2)항’과 같이 이 사건 토지 중 ○부분에 도로를 조성하여 2005. 10. 28.부터 같은 해 11. 15. 사이에 처분청에 기부채납하였는데, 이 사건 기부채납 부지 335.8㎡(100%)를 청구 외 건물의 주택과 상가 비율에 따라 안분계산하면 218.3㎡(65%)와 117.5㎡(35%)로 나뉘어진다.

    (7) 처분청은 2005. 11. 18. 청구 외 건물에 대하여 사용승인 하였다.

    (8) 청구인은 2006. 9. 6. ◎◎㈜를 흡수합병하고 납세의무를 승계하였다.

    (9) 청구인은 2008. 7. 21. 이 사건 매각 부지(227.5㎡)와 ○부분의 일부(107.5㎡)를 포함한 대지 335㎡에 다세대주택(10세대) 건축허가만을 받은 상태에서 2009. 11. 9. 청구 외 신○○에게 양도한 후 같은 해 11. 12. 처분청에 건축주변경신고를 하였다.

    (10) 처분청은 이 사건 기부채납 부지 중 청구 외 건물의 상가 부분의 비율에 해당하는 토지1), 이 사건 온천공 부지 및 이 사건 매각 부지에 대하여 위 토지의 취득 후 유예기간인 3년 이내에 주택건설에 착공하지 아니하였으므로 등록세 중과 적용대상이 되었다고 판단하고 2010. 6. 16. 청구인에게 이 사건 부과처분을 하였다.

  다. 관계법령 등의 규정

    이 건과 관계되는 법령은 구 「지방세법」 제15조 등으로서 [별지] 기재와 같다.

  라. 판단

    (1) 이 사건 기부채납 부지 및 온천공 부지에 대한 부과 제척기간의 경과 여부

      청구인은 처분청이 도로의 기부채납을 조건으로 건축변경허가를 한 시점(2004. 2. 5.) 및 온천공보호구역 지정승인일(2005. 3. 10.)에 이 사건 기부채납 부지 및 이 사건 온천공 부지의 등록세 중과 납세의무2)가 성립하였고, 처분청이 신고납부기한인 30일이 경과한 시점으로부터 5년의 부과 제척기간이 경과한 후 이 사건 부과처분을 하였으므로 위법하다고 주장한다.

      구 「지방세법」 제138조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제101조 제1항 제5호 및 제102조 제2항의 규정에 따르면, 과밀억제권역인 대도시 내에서의 법인의 설립 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산등기에 대하여는 등록세율을 당해 세율의 100분의 300으로 중과하되, 「주택건설촉진법」 제6조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니한다고 되어 있다.

      그리고 구 「지방세법」 제150조의2 제2항, 같은 법 시행령 제104조의2 제2항 제3호의 규정에 따르면 대도시 내 법인 중과세의 예외 업종인 주택건설사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산을 그 등기일로부터 정당한 사유 없이 3년이 경과할 때까지 당해 업종에 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용함으로써 등록세 중과의 적용대상이 된 때에는 그 날로부터 30일 이내에 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 미리 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 신고납부하여야 한다고 되어 있고, 같은 법 제30조의4, 같은 법 시행령 제14조의2의 규정에 따르면 위 중과세율의 등록세는 부과할 수 있는 날, 즉 신고납부기한의 다음날부터 5년간 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 되어 있다.

      위 규정들을 종합하면, 등록세의 과세대상이 등기 시에는 대도시 내 법인 중과세의 예외 업종인 주택건설사업용 목적으로 취득하여 표준과세 적용대상이었다가 그 이후에 중과 적용대상이 되면 납세자는 그 날로부터 30일 이내에 중과 세율로 신고·납부해야 하고, 만약 위 기간 내 납세자가 자진해서 신고·납부하지 아니하면 처분청은 그 다음날부터 납세자에게 중과된 등록세를 부과할 수 있다 할 것이므로, 결국 부과 제척기간의 기산일은 “등록세 중과 적용대상이 된 날부터 30일이 경과한 다음날”이 된다.

      (가) 이 사건 기부채납 부지에 대한 부과 제척기간의 경과 여부

        이 사건 기부채납 부지의 경우 취득한 후 3년 이내에 주상복합건물 건설에 착공하면 주택이 아닌 상가부분의 비율에 해당하는 토지는 등록세 중과 적용대상이 되는데, 그 납세의무가 성립하는 시기가 언제인지에 대하여 건축허가일로 보는 견해,3) 착공일로 보는 견해, 건축물의 사용승인일로 보는 견해4) 및 토지 취득 후 3년이 경과한 날로 보는 견해5)가 있다.

 

        살피건대, 위에서 살펴본 바와 같이 구 「지방세법 시행령」 제101조 제2항에서 등록세 중과 예외대상에 해당하는 주택건설용으로 취득한 부동산을 “정당한 사유 없이 3년이 경과할 때까지 당해 업종에 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용한 경우”에 그 해당부분에 대하여 등록세 중과 규정을 적용한다고 되어 있으므로, 3년이 경과하기 전에 다른 업종에 사용한 경우에는 그 사용 시점을 언제로 보는가에 따라 등록세 중과 적용시기를 결정할 수 있다.

        그렇다면, 토지와 건물은 별개의 부동산으로 취급되므로 토지 위에 건물을 건축하는 때부터 그 토지를 직접 사용한 것으로 볼 수 있는 점6), 건축허가를 받은 것만으로는 토지를 사용했다고 볼 수 없고 건물에 대한 사용과 토지에 대한 사용은 구분되는 점 등에 비추어 볼 때, 청구인이 청구 외 토지 위에 주상복합건물의 건축에 착공함으로써 이 사건 기부채납 부지 중 주택 부분의 비율에 해당하는 토지는 “당해 업종에 사용”한 것으로, 동 부지 중 상가 부분의 비율에 해당하는 토지는 “다른 업종에 사용”한 것으로 각각 볼 수 있으므로 등록세 중과 적용대상이 된 시기는 착공일로 보는 견해가 타당하다.

        그러므로 인정사실 ‘(2)항’에서 본 바와 같이 청구 외 건물에 대한 착공일은 2003. 8. 20.이고 그로부터 신고납부기한인 30일이 경과한 같은 해 9. 20.이 부과 제척기간의 기산일이 되는데, 인정사실 ‘(10)항’에서 본 바와 같이 처분청은 그 날로부터 5년이 경과한 2010. 6. 16. 청구인에게 이 사건 부과처분을 하였으므로, 이 사건 부과처분 중 이 사건 기부채납 부지에 대한 부분은 부과 제척기간을 경과하여 이루어진 처분으로서 위법하다.7)

      (나) 이 사건 온천공 부지에 대한 부과 제척기간의 경과 여부

        청구인은 청구 외 건물에 온천수를 공급하기 위하여 이 사건 온천공 부지에 온천공을 설치하였을 뿐 주택건설에 착공한 사실이 없고, 「온천법」 제15조에서는 온천보호를 위하여 온천공보호구역 안에서 시장·군수의 허가, 가정생활용수로 사용하는 경우 등 예외적인 경우를 제외하고 지하수를 개발할 수 없도록 토지굴착을 제한하고 있을 뿐 주택건설공사 자체를 제한하고 있지는 않으므로 온천공보호구역 지정으로 인해 당해 업종에 사용하지 못한 정당한 사유도 인정되지 않는다.

        그렇다면, 인정사실 ‘(3)항’에서 본 바와 같이 이 사건 온천공 부지의 취득일(2003. 5. 29. 및 같은 해 10. 30.)로부터 3년 이내인 2006. 5. 29. 및 같은 해 10. 30.까지 주택건설공사에 착공하지 아니하였으므로, 그때부터 신고납부기한인 30일이 경과한 2006. 6. 29. 및 같은 해 11. 30.이 부과 제척기간의 기산일이 되는데, 인정사실 ‘(10)항’에서 본 바와 같이 처분청은 그 날로부터 5년이 경과하기 전인 2010. 6. 16. 청구인에게 이 사건 부과처분을 하였다.

        따라서, 이 사건 온천공 부지는 온천공보호구역 지정승인일에 등록세 중과 납세의무가 성립하여 부과 제척기간이 경과하였다는 청구인의 주장은 이유 없다.

    (2) 이 사건 매각 부지에 대한 등록세 중과 예외대상 해당 여부

      청구인은 이 사건 매각 부지의 지번 정리가 된 기부채납일(2005. 11. 15.)로부터 3년 이내에 2008. 7. 21. 건축허가를 받았으므로 등록세 중과 예외대상에 해당한다고 주장한다.

      위에서 살펴본 바와 같이 구 「지방세법」 제150조의2 제2항, 같은 법 시행령 제104조의2 제2항 제3호의 규정에 따르면 대도시 내 법인 중과세의 예외 업종인 주택건설사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산을 그 “등기일”로부터 3년이 경과할 때까지 당해 업종에 사용하지 아니하면 등록세 중과 규정을 적용하도록 하고 있을 뿐 다른 기산일을 규정하고 있지 않고, 다만 정당한 사유가 있으면 3년이 경과한 경우에도 중과 예외대상으로 볼 수 있다는 취지로 규정되어 있다.

      살피건대, 인정사실 ‘(3)항’에서 본 바와 같이 이 사건 매각 부지의 취득일은 2003. 5. 29.이고, 그로부터 3년이 경과한 2006. 5. 29.까지 주택건설공사에 착공하지 아니한 사실이 인정되므로 그때 등록세 중과 적용대상이 된 것으로 보아야 하고, 이 사건 매각 부지의 지번정리가 되지 않았다는 사실, 인정사실 ‘(9)항’에서 본 바와 같이 청구인이 건축허가를 받은 사실, 이 사건 매각 부지를 타인에게 양도한 사실 등은 아무런 영향을 미치지 못한다.

      따라서, 이에 반하는 청구인의 주장은 이유 없다.

4. 결론

  그렇다면 이 사건 부과처분 중 이 사건 기부채납 부지에 대하여는 부과 제척기관을 경과하여 부과한 잘못이 있어 심사청구에 이유가 있고, 나머지 부분은 이유가 없다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.