KILF 한국지방세연구원-지방세 법령정보시스템

감심2011-145(20110729)

취득세 등 부과에 관한 심사청구

답변요지

일부 연구소 건물의 공실기간이 사용기간보다 많고 사용계획을 제시못한다면 폐쇄로 봐야하지만, ‘업무제휴계약서’에 따라 연구개발 용역과제를 위탁하면서 용역 수행을 위하여 제공받은 연구소 건물은 ‘기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산’에 해당되고 운동장 부지 및 도시계획시설 부지도 취득목적과 실제 이용현황상 연구소의 부속토지에 속하므로 처분청의 취득세 등 부과처분은 경정하여야 한다.

본문

1. 원 처분의 요지

가. 청구인이 2009. 6. 30.자로 흡수합병한 청구 외 주식회사 ◇◇◇◇◇(이하 청구인과 주식회사 ◇◇◇◇◇을 합쳐 “청구인”이라고 한다)은 2006. 8. 25. 청구 외 3개 법인1)과 함께 청구 외 ∇∇주식회사 소유의 경기도 ☆☆시 ☆동 460-30 외 6필지 토지 80,377㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다), 건축물 25,760㎡ 중 토지 64,450㎡, 건축물 20,506㎡를 매입한다는 계약을 체결하고, 2006. 9. 22. 자기 지분에 해당하는 토지 28,449㎡, 건축물 9,492㎡를 취득하면서 ‘기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’이라는 사유로 처분청으로부터 취득세와 등록세를 면제받았다.

나. 청구인은 위 3개 법인과 함께 이 사건 토지의 일부 지상에 건물 4개동(연면적 99,601.7㎡)을 증축2)하여 2008. 10. 17. 자기 지분에 해당하는 33,120㎡(이하 “이 사건 연구소 건물”이라 한다)를 취득하면서 “가항”과 같은 사유로 처분청으로부터 취득세와 등록세를 면제받았다.

다. 청구인과 청구 외 4개 법인3)은 2008. 10. 23. 이 사건 토지 중 460-26 (59,320㎡)을 2개 필지(460-26, 460-77)로, 460-30(102,847㎡)을 3개 필지(460-30, 460-78, 460-79)로 분할한 후, 연구소 부지에 해당하지 아니한 부분(분할 후 460-26, 460-30)은 청구 외 ∇∇주식회사의 소유로 하고, 연구소 부지인 나머지 3개 필지(460-77, 460-78, 460-79)는 공동소유로 하는 공유물분할협의서를 2009. 11. 10. 체결하였으며, 청구인은 2009. 11. 20. 위 공유물 분할을 원인으로 취득한 토지 11,287.69㎡에 대한 등록세와 2009. 11. 16. 위 공유물 분할에 따른 정산 매매로 취득한 경기도 ☆☆시 ☆동 460-1 외 8필지 1,933.23㎡에 대한 취득세와 등록세를 “가 항”과 같은 사유로 처분청으로부터 면제받았다.

라. 이후 처분청은 이 사건 토지 중 운동장과 도시계획시설(도로) 부지를 이 사건 연구소의 부속토지로 볼 수 없고 이 사건 연구소 건물 중 공실이거나 다른 법인이 사용하고 있는 부분은 ‘기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산’이 아니라는 등의 사유를 들어 2010. 11. 26. 취득세 1,336,574,810원, 농어촌특별세 133,657,390원, 등록세 499,928,580원, 지방교육세 92,527,120원, 합계 2,062,687,900원(가산세 포함)을 납부·고지하였다.(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 경정하게 해 달라는 것이다.

나. 청구 이유

청구인은 ① 이 사건 연구소 건물 중 일부가 공실이 되었다 하더라고 이를 기업부설연구소의 폐쇄로 간주할 수 없고 ② 청구인으로부터 연구개발 용역을 위탁받은 청구 외 주식회사 ◎◎◎◎◎이 사용하고 있는 이 사건 연구소 건물의 일부는 기업부설연구소용에 직접 사용된 것으로 보아야 하며 ③ 연구소 전용 체육시설인 운동장 부지와 옹벽 및 조경시설로 사용되는 도시계획시설(도로) 부지는 연구소의 부속토지에 해당되는데도 처분청이 이를 인정하지 아니하고 한 이 사건 처분은 부당하다는 것이다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건의 다툼은 ① 기업부설연구소 건물의 일부가 그 용도로 사용하다가 공실이 되었을 경우 이를 연구소의 폐쇄로 볼 수 있는 지 여부 ② 청구인으로부터 연구용역을 위탁받은 법인이 이 사건 연구소 건물의 일부를 사용하고 있는 경우 기업부설연구소용에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부 ③ 운동장 부지 및 도시계획시설(도로) 부지를 이 사건 연구소의 부속토지로 볼 수 있는 지 여부 등 이다.

나. 인정 사실

이 건 관련 기록에 따르면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 2006. 8. 25. 청구 외 3개 법인4)과 함께 이 사건 토지 등을 매입 한다는 계약을 체결하고, 같은 해. 9. 22. 자기 지분에 해당하는 토지 28,449㎡, 건축물 9,492㎡를 취득하면서 “기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산”이라는 사유로 처분청으로부터 취득세와 등록세를 면제받았다.

지번별 취득 면적

(단위:㎡)

용도별 취득 면적

(단위:㎡)

(2) 청구인은 위 3개 법인과 함께 2008. 10. 17. 이 사건 토지의 일부 지상에 건물 4개동(건물 4개동 99,601.7㎡ - 연구동 69,748.53㎡, 시험동A 14,001.88㎡, 시험동B 6,548.33㎡, 시험동C 2,946.15㎡)을 증축하여 그 중 33,120㎡(연구동 12층～15층 20,111.227㎡, 시험동A 중 일부 13,008.746㎡)를 취득한 후 “(1)항”과 같은 사유로 처분청으로부터 취득세와 등록세를 면제5)받았고, 같은 해 11. 14. 쟁점건물 중 연구동 13층～15층 및 시험동 1층～2층에 대하여 청구 외 사단법인 한국산업기술진흥협회장으로부터 기업부설연구소 인정서(연구소명 “▷▷▷▷▷ 연구소”)를 교부받았다.

(3) 청구인과 청구 외 4개 법인6)은 2008. 10. 23. 이 사건 토지 중 460-26을 2개 필지(460-26, 460-77)로, 460-30을 3개 필지(460-30, 460-78, 460-79)로 분할한 후, 연구소 부지에 해당하지 아니한 부분(분할후 460-26, 460-30)은 청구 외 ∇∇주식회사의 소유로 하고 연구소 부지인 나머지 3개 필지(460-77, 460-78, 460-79)는 공동소유로 하는 공유물분할협의서를 2009. 11. 10. 체결하였으며, 청구인은 2009. 11. 10. 위 공유물 분할을 원인으로 취득한 토지(11,287.69㎡)에 대한 등록세와 2009. 11. 16. 위 공유물 분할에 따른 정산 매매로 취득한 ☆☆시 ☆동 460-1 외 8필지(1,933.23㎡)에 대한 취득세와 등록세를 “(1)항”과 같은 사유로 처분청으로부터 면제받았다.

(4) 이 사건과 관련된 청구인의 토지 취득 현황은 다음과 같다.

청구인의 토지 취득 현황

(단위 : ㎡)

(5) 청구인이 제출한 임대차 계약서, 사업자등록증 등에 의하면 연구동의 경우 일부(15,832.71㎡)는 임대하고 나머지 부분(3,717.17㎡)은 공실상태이며, 시험동 A 중 일부(602㎡)는 청구 외 주식회사 ◎◎◎◎◎이 무상으로 사용하고 있다.

연구소 건축물 사용현황

(단위 : ㎡)

(10) 처분청은 이 사건 토지 중 운동장 부지(7,379.02㎡) 및 도시계획시설 부지(도로, 2,089.06㎡)를 연구소의 부속토지로 볼 수 없고 이 사건 연구소 건물 중 공실이거나 다른 법인이 사용하고 있는 부분은 ‘기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산’이 아니라는 등의 사유를 들어 2010. 11. 26. 이 사건 부과 처분을 하였다.

다. 관계 법령

이 건과 관계되는 법령은 구「지방세법」(2010 .3. 31. 법률 제10221호로 전면 개정되기 전의 것) 제282조 등으로서 [별지] 기재와 같다.

라. 판단

청구인은 ① 이 사건 연구소 건물 중 일부에 공실이 발생하였다 하더라도 이를 기업부설연구소의 폐쇄로 간주할 수 없고 ② 청구 외 주식회사 ◎◎◎◎◎이 청구인으로부터 의뢰받은 연구개발 용역을 수행하기 위하여 사용하는 이 사건 연구소 건물의 일부는 ‘기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산’으로 보아야 하며 ③ 이 사건 연구소의 전용 체육시설 등으로 사용되는 운동장 부지 등은 연구소의 부속토지에 해당되는데도 처분청이 이를 인정하지 아니하고 한 이 사건 처분은 부당하다고 주장하므로 그 주장이 타당한지 여부를 살펴본다.

살피건대, 구 「지방세법」 제282조 및 구 「지방세법 시행령」(2008. 5. 27. 대통령령 제20794호로 개정되기 전의 것) 제228조에 따르면 대통령령이 정하는 기업부설 연구소용에 직접 사용하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한함)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하되, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세 등을 추징하도록 되어 있고, “대통령령이 정하는 기업부설연구소”라 함은 토지 또는 건물을 취득한 후 4년 이내에 「기술개발촉진법」 제7조 제1항 제2호에서 규정한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기업부설연구소를 말한다.

(1) 이 사건 연구소 건물의 일부가 공실이 되었더라도 이를 연구소 폐쇄로 볼 수 없다는 주장에 대한 판단

청구인은 2008. 10. 17. 이 사건 연구소 건물을 증축한 후 같은 해 11. 14. 「기술개발촉진법」에 따른 기업부설연구소로 인정받아 그 용도로 사용하다가, 이 사건 연구소의 일부 인원 및 장비 등을 청구인의 기존 기업부설연구소7)로 이전 배치함에 따라 2009. 8월부터 이 사건 연구소 중 연구동 건물에 미사용 부분이 발생되어 2011. 5월 현재 이를 임대를 주거나 공실로 두고 있다.

이 사건 공실은 이 사건 연구소가 기업부설연구소로 인정을 받은 후 9개월 동안만 기업부설연구소용에 사용되다가 그 후 1년 9개월 동안 공실인 상태를 유지하고 있는 바, 2011. 5월 현재 공실기간이 기업부설연구소용에 사용된 기간 보다 2배 이상 많은 점, 향후 공실부분의 사용계획을 제시하지 못한 점 등을 고려하면 위 공실부분은 일시적인 미사용에 따라 불가피하게 발생된 것으로 볼 수 없고 기업부설연구소용으로 사용할 의지가 없는 것으로 추징요건인 ‘기업부설연구소의 폐쇄(일부)’에 해당된다고 보아야 할 것이다.

따라서 처분청이 이 사건 연구소 건물 중 공실 부분(3,717.17㎡)에 대하여 취득세 등을 추징한 것은 정당하다고 보아야 할 것이다.

(2) 청구 외 주식회사 ◎◎◎◎◎이 청구인이 위탁한 연구개발 용역을 위하여 사용하는 이 사건 연구소의 공간은 기업부설연구소용에 직접 사용된 것으로 보아야 한다는 주장에 대한 판단

구 「지방세법」 제282조 등에 따라 취득세 등이 면제되는 ‘기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산’의 해당 여부는 그 실제의 사용관계를 기준으로 해당 부동산이 다른 목적이 아닌 기업부설연구소용에 직접 사용되는지를 객관적으로 판단하여야 할 것이고, 연구개발 용역수행의 위탁 등의 기업부설연구소의 운영방식은 ‘기업부설연구소용에 직접 사용’되는지 여부를 판단하는 기준이 될 수 없다 할 것이다.

청구인과 청구 외 주식회사 ◎◎◎◎◎이 2008. 12. 31. 체결한 ‘업무제휴계약서’에 따라 청구 외 주식회사 ◎◎◎◎◎은 2009. 1. 1.부터 2011. 12. 31.까지 청구인이 위탁한 연구개발 용역과제만 수행하면서 위 과제수행에서 발생하는 모든 개발성과 및 지적재산권의 소유권을 청구인에게 념겨주고 청구인은 청구 외 주식회사 ◎◎◎◎◎에게 위 연구개발 용역의 수행 공간으로 이 사건 연구소 건물 중 시험동의 일부(전용 488㎡, 공용 114㎡, 계 602㎡)를 무상으로 제공하고 있다.

이와 같이 청구인이 연구개발 용역과제를 위탁하면서 그 위탁업체에게 위 용역 수행을 위하여 이 사건 연구소 건물의 일부를 무상으로 제공하였는 바, 위 무상 제공된 공간이 청구인을 위한 연구개발시설로 사용되고 있으므로 ‘기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산’으로 보아야 할 것이다.

따라서 처분청이 이 사건 연구소 건물 중 주식회사 ◎◎◎◎◎이 무상으로 사용하고 있는 공간에 대하여 취득세 등을 추징한 것은 잘못된 것으로 보아야 한다.

(3) 이 사건 운동장 부지와 도시계획시설(도로) 부지를 기업부설연구소의 부속토지로 보아야 한다는 주장에 대한 판단

구 「지방세법」 제282조 등에 따르면 취득세 등이 면제되는 대상을 ‘기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산’과 ‘건축물 바닥면적의 7배 이내의 부속토지’로 정하고 있는 바, 건축물의 부속토지는 토지의 이용현황에 따라 객관적으로 결정되는 것으로 경계가 구획된 경우에는 그 구내의 토지 중 기준면적 이내의 토지를 말하며 경계구획이 되어 있지 않은 경우에는 그 토지가 명백히 건축물의 부속토지로 볼 수 없는 것을 제외하고는 기준면적 이내의 토지를 건축물의 부속토지로 보아야 할 것이다.

또한, 지상건축물의 부속토지란 지상정착물의 효용과 편익을 위하여 사용되고 있는 토지의 이용현황에 따라 객관적으로 판단하여야 할 것으로, 외형상 분리된 토지라 할지라도 부속토지의 해당 여부는 외형상 단순한 분리나 공부상의 필지 수에 의한 구분으로 판단하기 보다는 취득 목적, 인접 정도, 실제 이용 현황, 경제적 일체성 등을 고려하여 객관적으로 판단하여야 한다.

청구인은 이 사건 운동장 부지 및 도시계획시설(도로) 부지를 기업부설연구소 설립목적으로 처분청으로부터 토지거래허가를 받아 취득한 후, 운동장 부지의 경우 이 사건 연구소 단지 내에 위치하여 연구단지의 정문을 통해야만 출입이 가능하고 연구소 건물과는 연구단지 내 차량용 통행도로를 사이에 두고 있으면서 연구원의 복지후생 증진을 위한 전용체육시설로 사용되고 있으며, 도시계획시설(도로) 부지의 경우 연구단지와 연접해 있는 「도로법」상 도로와의 경계를 구획하는 옹벽 및 조경시설로 사용되고 있다.

이와 같은 이 사건 운동장 부지(7,379.02㎡) 및 도시계획시설(도로) 부지(2,089.06㎡)의 취득 목적과 실제 이용현황 등을 볼 때 이 사건 연구소의 효용과 편익을 위하여 사용되고 있으므로 위 부지는 이 사건 연구소 건물의 부속토지로 보아야 할 것이다.

따라서 처분청이 이 사건 운동장 부지 및 도시계획시설 도로 부지에 대하여 취득세 등을 추징한 것은 잘못된 것으로 보아야 한다.

4. 결론

그렇다면 이 건 심사청구 중 이 사건 연구소 건물 중 일부 공실 공간을 기업부설연구소의 폐쇄로 볼 수 없다는 청구사항은 이유 없고, 청구 외 주식회사 ◎◎◎◎◎이 사용하는 이 사건 연구소 건물의 일부는 기업부설연구소용에 직접 사용하고 있는 것으로 보아야 한다는 청구사항과 이 사건 운동장부지 및 옹벽·조경시설로 사용되는 도시계획시설(도로) 부지는 이 사건 연구소의 부속토지에 해당된다는 청구사항은 이유 있다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.