1. 원 처분의 요지

  가. 청구인은 2001. 6. 12. 그 본점을 대도시 외 지역인 □□도 □□군 □□읍 □□리 □□□-□에서 대도시 내 지역인 □□□□시 □□구 □□동 □□□-□□로 전입한 후 2004. 7. 6. 「주택법」 제9조에 의하여 구 △△△△부에 등록된 주택건설사업용으로 같은 구 □□동 □□□-□ 등 4필지의 부동산(토지 1,224.20㎡, 건물 2,306.91㎡, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 9,215,000,000원에 취득하고 같은 날 이를 등기하면서 등록세 중과의 예외를 적용하여 표준세율(1,000분의 30)로 산정한 등록세 276,450,000원, 지방교육세 55,290,000원 계 331,970,690원을 신고·납부하였다가 2007. 4. 27. 이 사건 부동산을 △△△△△△주식회사에 매각하였다.

  나. 처분청은 등록세 중과의 예외를 적용받은 이 사건 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하지 아니한 채 매각하였다는 사유로 등록세 중과의 납세의무 성립시기를 이 사건 부동산의 등기일인 2004. 7. 6.로 보아 그 취득가액에 등록세 중과세율(30/1,000×300/100)을 적용하여 산정한 세액에서 기납부세액을 차감한 등록세 802,147,320원, 지방교육세 149,371,460원 계 951,518,780원(가산세 288,038,780원1) 포함)을 2009. 9. 16. 부과·고지하였다.(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)

2. 심사청구의 취지와 이유

  가. 청구 취지

    이 사건 부과처분을 경정하게 해 달라는 것이다.

  나. 청구 이유

   이 사건 부동산을 「지방세법」(2008. 2. 29. 법률 제8864호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 「지방세법」”이라 한다) 제138조 제1항 단서 및 「지방세법 시행령」(2007. 7. 23. 대통령령 제20183호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 「지방세법 시행령」”이라 한다) 제101조 제1항 제5호의 규정에 따른 등록세 중과의 예외대상인 주택건설사업용으로 취득하고 표준세율을 적용하여 등록세를 신고·납부하였다가 취득 후 3년 이내에 주택건설에 착공하지 아니한 채 매각함으로써 등록세 중과대상에 해당하게 되었는데 이 경우 등록세 중과의 납세의무 성립시기는 매각한 때로 보아야 하는데도 등기한 때로 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 위법하므로 경정하여야 한다.

3. 우리 원의 판단

  가. 다툼

    이 사건의 다툼은 구 「지방세법」 제138조 제1항 단서 및 구 「지방세법 시행령」 제101조 제1항 제5호의 규정에 따른 등록세 중과의 예외를 적용받은 주택건설사업용 부동산을 취득하고 표준세율을 적용하여 등록세를 신고·납부하였다가 취득 후 3년 이내에 주택건설에 착공하지 아니한 채 매각한 경우 등록세 중과의 납세의무 성립시기를 언제로 보아야 하는지 여부이다.

  나. 인정 사실

    이 건 관련 기록을 검토해 보면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

    ⑴ 청구인은 2001. 6. 12. 그 본점을 대도시 외 지역인 □□도 □□군 □□읍 □□리 □□□-□에서 대도시 내 지역인 □□□□시 □□구 □□동 □□□-□□로 전입한 후 2004. 7. 6. 「주택법」 제9조에 의하여 구 △△△△부에 등록된 주택건설사업용으로 이 사건 부동산을 9,215,000,000원에 취득하고, 같은 날 이를 등기하면서 구 「지방세법」 제138조 제1항 단서 및 구 「지방세법 시행령」 제101조 제1항 제5호의 규정에 따른 등록세 중과의 예외를 적용하여 표준세율(1,000분의 30)로 산정한 등록세 276,450,000원, 지방교육세 55,290,000원 계 331,970,690원을 신고·납부하였다.

    ⑵ 청구인이 2004. 7. 6. 이 사건 부동산을 등기하고 등록세를 신고하면서 제출한 공동주택건설 사업계획서의 주요 내용은 다음과 같다.

    ⑶ 이 사건 부동산의 일반건축물대장에 따르면 1차 사업부지 1필지와 2차 사업부지 2필지의 지상 건물은 2004. 11. 17. 철거 말소되어 있고, 나머지 1차 사업부지 1필지의 지상 건물은 2005. 5. 11. 철거 말소되어 있다.

    ⑷ 청구인은 2차 사업에 대하여는 2006. 1. 25., 1차 사업에 대하여는 같은 해 4. 26. 각각 건축허가를 받고, 1차 사업에 대하여는 2007. 1. 23. 착공연기 신청을 하여 같은 달 29. 처분청으로부터 착공연기 확인을 받은 후 같은 해 4. 27. 이 사건 부동산을 △△△△△△주식회사에 매각하였다.

    ⑸ 처분청은 등록세 중과의 예외를 적용받은 이 사건 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하지 아니한 채 매각하였다는 사유로 2009. 9. 16. 등록세 중과의 납세의무 성립시기를 이 사건 부동산의 등기일인 2004. 7. 6.로 보아 이 사건 부과처분을 하였다.

    ⑹ 청구인과 처분청 사이에 청구인이 2007. 4. 27. 이 사건 부동산을 매각함에 따라 등록세 중과대상에 해당하게 되었다는 데 대하여는 다툼이 없다.

  다. 관계 법령

    이 건과 관계되는 법령은 구 「지방세법」 제29조 등으로서 [별지] 기재와 같다.

  라. 판단

    청구인은 이 사건 부동산을 등록세 중과의 예외대상인 주택건설사업용으로 취득하고 표준세율을 적용하여 등록세를 신고·납부하였다가 취득 후 3년 이내에 주택건설에 착공하지 아니한 채 매각함에 따라 등록세 중과대상에 해당하게 되었는데 이 경우 등록세 중과의 납세의무 성립시기는 이 사건 부동산을 매각한 때로 보아야 하는데도 등기한 때로 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 위법하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴보고자 한다.2)

    구 「지방세법」 제138조 제1항 단서, 구 「지방세법 시행령」 제101조 제1항 제5호 및 제2항을 종합해 보면 대도시 내로의 법인의 본점 전입 이후에 「주택법」 제9조의 규정에 의하여 구 △△△△부에 등록된 주택건설사업용으로 취득·등기하는 부동산은 등록세 중과의 예외 대상으로 보아 표준세율을 적용하되, 취득 후 3년의 유예기간을 두어 정당한 사유없이 그 기간을 경과할 때까지 착공하지 아니하는 경우에는 등록세를 중과하도록 되어 있다.

    또한 유상으로 취득한 부동산(농지 제외)의 등록세 표준세율은 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정된 「지방세법」(이하 “개정법률”이라 한다) 제131조 제1항 제3호에 따르면 1,000분의 20, 종전의 규정에 따르면 1,000분의 30으로 되어 있고, 위 개정법률 부칙 제1항에 따르면 개정법률(단서 일부 규정 제외)은 공포한 날(2005. 1. 5.)부터 시행하도록 되어 있고, 같은 부칙 제6조에 의하면 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 의한다”고 되어 있다.

    한편 납세의무는 각 세법이 정한 과세요건이 완성한 때 즉, 각 법령에 정한 바에 따라 과세표준을 계산하고 세율을 적용하여 과세할 수 있는 상태가 되었을 때 성립하고 세금의 부과는 납세의무의 성립시 즉, 과세요건의 완성 당시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하며, 세법의 개정이 있을 경우에도 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 할 것이다.3)

    이상의 내용을 종합해 보면 위 개정법률 부칙 제6조에서 말하는 “종전의 규정에 의하여 부과하여야 할 지방세”라 함은 그 시행일인 2005. 1. 5. 현재 그 과세요건이 갖추어져 납세의무가 성립한 지방세를 뜻하는 것으로 보아야 할 것이고, 그 이후 과세요건이 갖추어져 납세의무가 성립되는 경우에는 개정 전의 규정은 적용될 여지가 없고 이에 대하여는 개정 후의 규정을 적용하여야 할 것4)이며, 「주택법」 제9조의 규정에 의하여 구 △△△△부에 등록된 주택건설사업용으로 취득하고 등록세 중과의 예외를 적용받은 부동산에 대하여 정당한 사유없이 그 유예기간 3년을 경과할 때까지 착공하지 아니하는 경우 중과세율을 적용하여 등록세를 부과하기 위한 과세요건에는 ‘부동산의 취득’과 ‘유예기간의 경과’를 그 요건으로 한다고 보아야 한다.5)

    살피건대, 청구인이 2001. 6. 12. 그 본점을 「지방세법」상 대도시 외 지역인 □□도 □□군 □□읍 □□리 □□□-□에서 대도시 내 지역인 □□□□시 □□구 □□동 □□□-□□로 전입한 후 2004. 7. 6. 이 사건 부동산을 「주택법」에 따른 구 △△△△부에 등록된 주택건설사업용으로 취득·등기함에 따라 구 「지방세법」 제138조 제1항 단서 및 구 「지방세법 시행령」 제101조 제1항 제5호에 따른 등록세 중과의 예외를 적용받아 표준세율로 산정한 등록세를 신고·납부하고, 그 지상의 건물(4개동)은 2004. 11. 17.부터 2005. 5. 11.까지 철거 완료하였으며, 2차 사업은 2006. 1. 25., 1차 사업은 같은 해 4. 26. 각각 건축허가를 받아 착공을 준비하던 중 등록세 중과의 유예기간 내인 2007. 4. 27. 매각하였으므로 그 유예기간의 경과를 기다릴 필요 없이 이 사건 부동산을 매각한 때인 2007. 4. 27.에 중과세율을 적용하여 등록세를 부과하기 위한 과세요건이 갖추어져 납세의무가 성립되었다고 보아야 할 것이고, 이 때 적용할 중과세율은 매각 당시 표준세율(1,000분의 20)의 100분의 300으로 하여야 할 것이다.

    그런데 처분청이 이 사건 부과처분을 하면서 등록세 중과의 납세의무 성립시기를 그 등기일인 2004. 7. 6.로 보아 중과세율을 등기 당시의 표준세율(1,000분의 30)의 100분의 300을 적용하였으므로 이 사건 부과처분은 위법하다고 할 것이다.

4. 결론

  그렇다면 이 사건 부과처분은 잘못이 있고, 심사청구는 이유있다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.