1. 원 처분의 요지

  가. 청구인은 2003. 8. 27. □□□□시 □□구 □□동 □□□-□에 있는 △△빌딩 1층 중 일부(토지 63.03㎡, 건물 757.45㎡)와 2층 중 일부(토지73.1㎡, 건물 844.22㎡, 이하 1층과 2층을 합해 “이 사건 부동산”이라 한다)를 구분 취득하고 같은 날 표준세율을 적용한 등록세 등 180,000,000원을 신고납부한 후 청구인 명의로 소유권 이전등기를 하였다.

  나. 이에 대하여 처분청은 청구인이 취득한 건물 전체 면적 1,601.67㎡ 중 574.97㎡(2층 건물 844.22㎡ 중 일부)에 대하여 청구인이 대도시 내에 지점을 설치(1999. 1. 9.)한 후 5년 이내에 취득한 부동산으로서 등록세 중과대상이 된다고 보아, 「지방세법」 제138조 제1항의 규정에 의한 중과세율(표준세율의 3배)을 적용하여 2008. 8. 10. 등록세 등 152,931,870원(가산세 23,693,670원 포함)을 부과·고지하는 처분을 하였다.(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)

2. 심사청구의 취지와 이유

  가. 청구 취지

    (1) 주위적 청구취지

      이 건의 주위적 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하게 해 달라는 것이다.

    (2) 예비적 청구취지

      이 건 예비적 청구 취지는 설령 이 사건 부과처분이 정당하다고 하더라도 중과세율을 적용할 과세표준을 법령에 맞게 다시 산정하여 등록세 등을 부과·고지하게 해 달라는 것이다.

  나. 청구 이유

    (1) 주위적 청구 이유

      청구인은 이 사건 부동산은 자신이 5년 이상 사업을 영위한 △△동지점에서 사업목적상 일부 업무를 분리한 ‘지점의 분할’에 불과하므로 대도시 내에 지점을 설치한 시점을 지점의 사업자등록일(1999. 1. 9.)로 적용할 것이 아니라 실질적으로 인적·물적 설비를 갖추고 영업을 시작한 날(1991. 11. 11.)로 적용해야 하는데도 처분청에서는 지점의 설치시점을 사업자등록일로 적용하여 등록세 등을 중과한 이 사건 부과처분은 부당하다고 주장한다.

    (2) 예비적 청구이유

      청구인은 또 설령 이 사건 부동산이 등록세 중과대상에 해당된다고 하더라도 층별 가액에 현저한 차이1)가 있는데도 처분청이 토지·건물의 취득가액을 건물의 층별 시가표준액의 비율로 배분하여 산정하지 않고 면적의 비율로 배분하여 과세표준을 산정한 것은 부당하다고 주장한다.

3. 우리 원의 판단

  가. 다툼

    이 사건의 다툼은 두가지로서 ① 등록세 등 중과 대상이 되는 대도시 내 지점 설치일을 언제로 볼 것인지와 ② 토지와 건축물을 일괄 취득함으로써 과세물건(토지·건물)별로 취득가액이 구분되지 않을 경우 건물만의 취득가액을 어떻게 산정해야 하는 지이다.

  나. 인정 사실

    이 사건 관련 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

    (1) 청구인은 이 사건 부동산을 1991. 11. 11. 소유자인 △△△△주식회사로부터 임차하여 △△동지점을 등록·개점하면서 1층은 개인 고객을 위한 영업장소로 2층 일부는 기업을 상대로 하는 영업장소로 사용해오던 중 1998. 12. 29. 사업 부서간 책임경영체제를 도모하고자 개인 고객을 전담하는 △△동지점(이 사건 부동산 1층 전체 및 2층 일부)과 중소기업을 전담하는 △△동기업금융지점(이 사건 부동산 2층 일부)을 분리하면서 1999. 1. 9. △△동기업금융지점의 사업자등록(***-**-*****)을 추가하고 그 곳에서 계속 은행업무를 수행하였다.

    (2) 청구인은 2003. 8. 27. △△△△주식회사로부터 이 사건 부동산을 5,000,000,000원에 취득하고 같은 날 표준세율을 적용한 등록세 등 180,000,000원을 신고·납부하였다.

    (3) 처분청에서는 이 사건 부동산을 청구인이 대도시 내에 지점을 설치한 후 5년 이내에 취득한 것으로 보아 「지방세법」 제138조 제1항의 규정에 의한 중과세율(3배)을 적용하여 2008. 8. 10. 청구인에게 등록세 129,238,200원(가산세 21,539,700원 포함), 지방교육세 23,693,670원(가산세 2.153,970원 포함) 계 152,931,870원을 부과·고지하였다.

    (4) 청구인은 토지와 건물의 가액을 구분하지 않고 이 사건 부동산을 일괄 취득했는데, 처분청에서는 이 사건 부동산에 대한 과세표준을 산정하면서 전체 취득가액 5,000,000,000원에 이 사건 전체 건물면적 1,601.67㎡ 중 일반과세면적2) 1,026.64㎡를 제외한 등록세 중과대상 부동산 면적 574.97㎡이 차지하는 비율을 곱하여 과세표준액 1,794,975,056원을 산정3)하였다.

  다. 관계 법령

    이 건과 관계되는 법령은 「지방세법」 제138조 등으로서 [별지] 기재와 같다.

  라. 판단

    청구인은 ① 이건 청구인이 대도시 내에 지점을 설치한 시점을 △△동 기업금융지점의 사업자등록일(1999. 1. 9.)이 아니라 실질적으로 영업을 시작한 날(1991. 11. 11.)로 적용해야 하는데도 처분청이 사업자등록일로 적용한 것은 부당하며 ② 설령 이 사건 부동산이 등록세 중과대상에 해당된다고 하더라도 전체 취득가액을 층별 가격을 기준으로 배분해야 하는데도 면적으로 배분하여 과세표준을 산정한 것은 부당하다고 주장한다.

    (1) 대도시내 지점 설치시점을 사업자등록일과 영업을 시작한날 중 무엇으로 보아야 하는지에 대한 검토

      「지방세법」 제138조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조 제2항을 보면 대도시 내 법인 또는 지점 설치 후 5년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 등록세를 표준세율의 100분의 300으로 중과한다고 규정하고 있다.

      1985. 9. 2. 내무부령 제436호로 개정된 「지방세법 시행규칙」 제55조의2의 규정을 보면 “지점”이 되기 위해서는 “인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업을 행하는 장소”이어야 함과 아울러 사업자등록도 되어 있어야 한다고 되어 있다.

      그러므로 위 시행규칙 개정 시행일인 1985. 9. 2. 이후에 사무소 또는 사업장을 설치한 경우에는 인적·물적 설비를 갖춘 실질적 사무소 또는 사업장이어야 하는 요건과 사업자등록이 되어 있어야 하는 요건이 함께 갖추어져 있어야만 지점을 설치하는 것으로 인정할 수 있고, 이건 청구인의 △△동기업금융지점의 경우 사업자등록을 하기전에 △△동지점의 일부로서 그 장소에서 영업을 함으로써실질적으로 사무소가 된 시점이 1991. 11. 11.이더라도 사업자등록을 1999. 1. 9.에 했으므로 1999. 1. 9.을 지점설치일로 볼 수 밖에 없다.

      따라서 처분청이 이건 사업자등록일(1999. 1. 9.)을 지점 설치일로 보고 이 사건 부동산에 대하여 등록세 등 중과세한 이 사건 부과처분은 정당하다고 할 것이다.

    (2) 개개의 부동산 가액을 구분하지 않고 총액으로 일괄 취득한 경우, 개개의 부동산 가액을 산정하는 정당한 방법

      「지방세법」 제2장 제5절에 규정된 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 부과하는 지방세로서, 등기 등을 받는 자의 법률상 성격, 재산권 등의 용도 또는 종류, ‘대도시내 법인 설립의 억제’ 등 정책적 목적 등에 따라 세율이 다르게 되어 있다.

      그러므로 등록세를 부과할 때에는 과세 대상이 되는 개개의 재산권 등의 과세표준(취득가액 등)을 별도로 산정하는 과정이 필요하다.

      그런데 등기·등록하는 재산권 등은 일반적으로 “등기·등록”에 앞서 “취득”이라는 과정을 거치는데, 그 취득 과정을 보면 2개 이상의 등록세 과세 대상 재산권 등을 매매하면서 개개의 재산권 등에 관한 금액을 구분하지 않고 전체 재산권 등의 금액만 정하여 매매하는 경우가 많고, 그 경우 개개의 재산권 등의 금액을 어떤 방법으로 산정해야 하는지에 관하여 의문이 생긴다.

      「△△△△시세 부과징수규칙」 제153조 제4항을 보면 토지와 건축물 등을 일괄 취득함으로 인하여 토지 또는 건축물 등에 대한 취득가액이 구분되지 않는 경우에는 일괄 취득한 가격을 시가표준액의 비율로 안분하여 과세표준액을 계산한다고 규정하고 있어, 위 경우 개개의 재산권 등의 취득가액 배분 기준이 “시가표준액의 비율”임을 명백히 하고 있다.

    (3) 이 사건 부과처분의 과세표준 산정이 정당한지에 대한 검토

      따라서 처분청이 이 사건 부과처분을 할 때에는 이 사건 부동산의 취득가액 5,000,000,000원에 “이 사건 부동산의 시가표준액 중 등록세 중과 대상이 되는 부동산의 시가표준액이 차지하는 비율”을 곱해서 등록세 과세표준을 산정해야 한다.

      그런데도 처분청은 이 사건 부과처분을 하면서 인정사실 ‘(4)항’에서 본 바와 같이 이 사건 부동산의 전체 취득가액 5,000,000,000원에 “이 사건 건물의 면적 중 등록세 중과 대상이 되는 건물의 면적이 차지하는 비율”을 곱하여 등록세 과세 표준을 산정하였으므로 이 사건 부과처분은 위법하다고 할 것이다.

4. 결론

  그렇다면 이 사건 부과처분은 잘못이 있고 심사청구는 일부 이유 있다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.