1. 원 처분의 요지

가. 청구인은 2002. 2. 14. □□□□시 □□구 □□동 628-24 대지 857.8㎡와 그 지상건축물(지하1층/지상3층, 건축연면적 1,480.2㎡)을 취득한 후 종교사업에 사용하기 위하여 취득하였다는 사유로 「지방세법」 제107조 제1호 및 같은 법 제127조 제1항 제1호의 규정에 따라 취득세와 등록세를 비과세로 신고한 후 건축물 1층 353.1㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 취득한 날로부터 3년 이내에 종교사업에 직접 사용하지 아니하고 임대한 데 대하여 2003. 8. 21. 및 같은 해 11. 22. 일반세율을 적용하여 취득세 및 등록세를 신고·납부하였다.

나. 이에 대하여 처분청은 이 사건 부동산이 「지방세법」 제138조 제1항 제3호 및 제150조의2 제2항의 규정에 의한 등록세 중과대상인 ‘대도시내 법인설립 후 5년 이내 취득하는 부동산’에 해당되는 것으로 인정하고 중과세율을 적용하여 산출한 등록세액 및 지방교육세액에서 일반세율로 이미 납부한 등록세액 및 지방교육세액을 차감하여 산출한 등록세 42,991,050원, 지방교육세 7,881,680원, 계 50,872,730원(가산세 7,881,680원 포함)을 2008. 4. 8. 부과·고지하였다.(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하게 해 달라는 것이다.

나. 청구 이유

이건 청구이유는 두 가지로서, ① 처분청이 2002. 2. 5. 청구인에게 보낸 ‘지방세감면 통지서’에 의하면 등록세의 세율은 일반세율 3%를 적용한 뒤 등록세 감면을 결정하였고, 2003. 5. 12. 처분청이 수익사업에 사용된 면적에 대한 등록세를 안내할 때에도 이 사건 부동산에 대하여 일반세율로 안내하였는데, 이 사건 부과처분은 새로운 감면취소 사유의 발생으로 인한 것이 아니라 당초 세율적용의 오류에서 발생된 것이므로, 등록세 납세의무 성립일인 등기일(2002. 2. 14.)부터 5년이 경과되어 부과 제척기간이 지난 위법한 처분이고, ② 처분청의 지방세 감면 내용 등을 신뢰하여 임대사업을 계속하기로 결정하고 납세의무까지 충실히 이행하였는데도 이 사건 부과처분을 하면서 가산세까지 부과한 것은 부당하다는 취지로 주장하고 있다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건의 다툼은 두 가지로서 ① 이 사건 부과처분이 부과제척기간이 지난 뒤에 이루어진 위법한 처분인지 여부와 ② 이 사건 부과처분을 하면서 가산세를 부과한 것이 정당한지 여부이다.

나. 인정 사실

이건 관련 기록을 검토해 보면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

⑴ 청구인은 2001. 3. 9. 영성훈련 및 선교사 훈련, 선교사 행정 지원 및 관리 등을 목적사업으로 하는 사단법인으로 설립되었다.

⑵ 청구인은 2002. 2. 14. □□□□시 □□구 □□동 628-24 대지 857.8㎡와 그 지상건축물(지하1층/지상3층, 건물연면적 1,480.2㎡)을 취득한 후 「지방세법」 제107조 제1호 및 같은 법 제127조 제1항 제1호의 규정에 따라 종교사업에 사용하기 위하여 취득하였다는 사유로 취득세 등을 비과세로 신고하였다.

⑶ 청구인은 이 사건 부동산 중 1층 건축물 바닥면적 117.81㎡는 2003. 7. 31. 청구 외 ○○○에게, 1층 건축물 바닥면적 235.29㎡는 2003. 10. 31. 청구 외 주식회사 △△은행에 임대를 하고, 이 사건 부동산을 취득한 날로부터 3년 이내에 종교사업에 직접 사용하지 아니하고 임대한 데 대하여 2003. 8. 21. 및 같은 해 11. 22. 일반세율을 적용하여 취득세(13,136,130원) 및 등록세(21,495,520원)를 각각 신고·납부하였다.

⑷ 처분청은 2008. 4. 8. 이 사건 부동산이 대도시 내 법인설립 후 5년 이내에 취득한 부동산으로서 「지방세법 시행령」 제102조 제2항에 따른 등록세 중과대상에 해당한다고 보아 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감하여 등록세 42,991,050원, 지방교육세 7,881,680원, 계 50,872,730원(가산세 7,881,680원 포함)을 부과·고지하였다.

다. 관계 법령

이 사건과 관계되는 법령은 「지방세법」 제30조의4 등으로서 [별지] 기재와 같다.

라. 판단

청구인은 원 처분이 부당하다는 이유로 ① 청구인이 이 사건 부동산을 취득·등록하고 ‘비과세’로 신고했다가 그중 일부를 임대한 뒤 취득세와 등록세(일반세율 적용)를 신고·납부한 것은 ‘비과세’로 적용할 수 없는 사유가 새로 발생되었기 때문이 아니라 당초부터 ‘일반과세’로 적용해야 하는데도 ‘비과세’로 적용한 오류를 바로잡기 위한 것이었으므로 이건 등록세 부과의 제척기간은 최초 등기(2002년 2월)에 대한 등록세를 부과할 수 있는 날(등기일부터 30일)부터 5년인데도 제척기간 5년이 지난 2008년 4월에 이루어진 원 처분은 위법하다는 점과 ② 청구인은 처분청이 청구인의 ‘비과세’ 신고를 받아들여 감면 처분한 내용을 믿고 위 취득세와 등록세를 납부했는데도 이건 ‘중과세율을 적용한 등록세’를 부과하면서 ‘가산세’까지 부과한 것은 부당하다는 점을 들고 있다. 각 주장의 타당성을 살펴본다.

⑴ 등록세 부과 제척기간이 지난 뒤에 부과처분을 했다는 주장에 대한 검토

㈎ 등록세 납부 및 부과 제척기간에 관한 법령의 규정

「지방세법」 제127조(용도구분에 의한 비과세) 제1항 제1호를 보면, 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 등기에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하되, 등기일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 않고 다른 용도로 사용하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다고 되어 있다.

또한, 같은 법 제138조(대도시 지역 내 법인등기 등의 중과) 제1항의 규정을 보면, 대도시 내 법인의 설립에 따른 부동산 등기와 그 설립 이후의 부동산 등기에 대하여는 등록세의 세율을 일반세율의 100분의 300으로 한다고 되어 있다.

그리고, 같은 법 제150조의2(신고 및 납부) 제3항을 보면, 등록세를 비과세 받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상이 된 때에는 그 사유 발생일부터 30일 이내에 당해 과세표준에 소정의 세율을 적용하여 산출한 세액을 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다고 되어 있다.

한편, 같은 법 제30조의4(부과의 제척기간)와 같은 법 시행령 제14조의2(제척기간의 기산일) 제2항 제3호를 보면, 지방세 부과의 제척기간이 2가지 경우1)를 제외하고는 5년으로, 비과세 받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우는 “부과할 수 있는 날”이 “신고·납부기한의 다음날”로 되어 있다.

위 법령을 종합해 보면, 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산에 대해서는 등록세를 비과세하되, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 목적사업에 사용하지 않으면 등록세를 과세하고, 대도시 내에 설립된 법인의 설립 후 부동산 등기에 대하여는 일반세율의 3배로 등록세를 중과세하며, 비과세 받았던 부동산이 과세 대상이 된 때에는 30일 이내에 소정의 세율을 적용한 세액을 신고·납부해야 하는데, 그 경우 부과의 제척기간은 “신고·납부기한의 다음날부터 5년이라는 점을 알 수 있다.

㈏ 이건의 경우, 등록세 중과의 대상인지 여부

위 ‘㈎항’에서 본 바와 같이 대도시 내 법인 설립에 따른 부동산 등기에 대한 등록세의 중과는 그 법인의 종류나 부동산의 종류가 무엇인지를 가리지 않고 그 요건에 해당되면 모두 적용하도록 되어 있고, 부동산의 용도가 “종교”인 경우에는 등록세를 ‘비과세’하되 등기 후 3년 이내에 정당한 사유 없이 목적사업인 “종교”에 사용하지 않은 부분은 등록세를 과세하도록 되어 있으므로 청구인의 위 부동산이 “종교” 용도로 사용될 때에는 등록세 ‘비과세’ 대상이지만, 등기 후 3년 이내에 다른 용도로 사용하면 그때부터 등록세 ‘과세’ 요건이 되고, 일단 ‘과세’ 요건이 되면, 세율은 중과세율을 적용해야 한다고 할 것이다.

㈐ 이건의 경우, 등록세 부과의 제척기간이 언제까지인지

이건의 경우, 등록세 부과 제척기간이 언제까지인지를 살펴보면, 청구인이 이 사건 부동산을 취득, 등기한 날짜는 2002. 2. 14.이고, 그 일부를 임대한 날은 2003. 7. 31.과 같은 해 10. 31.이므로 그 임대부분에 대하여 중과세율을 적용한 등록세 신고·납부기한은 임대한 날부터 30일인 같은 해 8. 30.과 11. 30.이며, 처분청이 그에 대해 등록세를 부과할 수 있는 날은 위 신고·납부기한의 다음날인 같은 해 9. 1.과 12. 1.이다.

그렇게 볼 때 이건 등록세 부과의 제척기간은 2003. 9. 1과 12. 1.부터 5년이 되는 날인 2008. 8. 31.까지와 11. 30.까지라고 할 것이다.

따라서 처분청이 이 사건 부과처분을 한 2008. 4. 8.은 이건 등록세 부과의 제척기간이 지나기 전이라는 것을 알 수 있다.

⑵ 이 사건 부과처분 중 가산세 부과가 부당하다는 주장에 대한 검토

세법에 규정된 ‘가산세’ 제도는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법령에 규정된 신고·납부 등 각종 의무를 이행하지 않은 경우에 법령이 정하는 바에 따라 부과하는 “행정상 제재”의 일종이므로 납세의무자의 고의·과실은 고려되지 않고, 법령의 부지·착오 또한 그 의무 위반을 정당화 할 수 있는 사유는 아니라고 할 것이다.2)

이건의 경우 청구인이 당초에 “종교” 용도에 사용할 목적으로 이 사건의 부동산을 취득하여 ‘비과세’로 신고하자 청구인의 장래 사용목적을 알 수가 없는 처분청으로서 그 신고 내용을 믿고 등록세 비과세 결정을 한 것은 아무런 흠이 없는 처분이었고, 그 처분의 내용에 “장차 그 부동산을 어떤 용도로 사용하더라도 등록세를 부과하지 않겠다거나 부과하더라도 중과세율을 적용하지 않겠다”는 취지는 포함되어 있었다고 볼 수 없다.

또한, 청구인이 2003. 7. 31.과 같은 해 10. 31. 이 사건 부동산의 활용 계획을 바꾸어 그 일부를 “종교”를 목적으로 하지 않는 제3자에게 임대했으면 「지방세법」 관련 규정에 따라 소정의 신고·납부기한 내에 중과세율을 적용한 등록세를 신고·납부해야 할 의무가 있는데도 그 의무를 이행하지 않은 것은 명백하며, 「지방세법」 제151조 제2호에 등록세 납세의무자가 같은 법 소정의 세액에 미달하게 납부한 때에는 부족한 세액에 소정의 가산율과 납부지연일자를 곱하여 산출한 ‘납부불성실 가산세’를 징수한다고 되어 있으므로 처분청이 그 법령을 적용하여 가산세를 부과한 것은 적법하다고 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 부과처분은 잘못이 없고 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.