1. 원 처분의 요지

처분청은 청구인이 2002. 2. 27. 및 같은 해 4. 25. 취득한 △△△도 △△시 △△동 △△에 있는 △△△△△아파트 △△△동 △△△호 외 공동주택 4세대(이하「이 사건 주택」이라 한다)에 대하여 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 보아 취득세 등을 감면하였으나 비과세 감면 부동산 이용실태 조사에서 의료업에 직접 사용하지 않는 부동산으로 보아 2004. 6. 15. 감면한 취득세 등 24,875,100원(가산세 포함)을 부과·고지(이하「이 사건 취득세 등 부과」라 한다) 하였고, 병원 구내에 있는 장례식장 및 구내매점(이하「이 사건 장례식장 등」이라 한다) 또한 의료업에 직접 사용되지 아니하는 부동산으로 보아 같은 해 7. 2. 및 7. 7. 2회에 걸쳐 재산세 등 8,756,230원(가산세 포함)을 부과·고지(이하「이 사건 재산세 등 부과」라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

처분청으로 하여금 이 사건 취득세 및 재산세 등 부과를 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구 이유

구 지방세법(2005. 1. 5. 법률7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 등에서 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산에 대하여는 취득세·재산세 등을 감면한다고 규정하고 있으므로 외지에서 초빙해 온 의사에게 주거용으로 제공하기 위하여 취득한 공동주택과 목적사업에 필요한 장례식장·매점의 임대운영에 대하여는 취득세·재산세 등이 감면되어야 한다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

의료법인이 병원부지 밖에 있는 공동주택을 취득하여 의사의 사택으로 사용하는 것과 병원부지 안에 있는 장례식장·매점을 타인에게 임대하여 운영하게 하는 경우 각각 지방세 감면사유인 의료업에 직접 사용하는 부동산에 해당되는지 여부

나. 인정 사실

이 건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 2002. 2. 27. 및 같은 해 4. 25. △△△도 △△시 △△동 △△에 있는 △△△△△아파트 △△△동 △△△호 외 4개 공동주택(△△△동 △△△△호, △△△동 △△△호, △△△동 △△△△호, △△△동 △△△호)을 취득하고 구 지방세법 제287조 제2항의 규정에 의하여 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세 및 등록세를 감면받았다.

(2) 처분청은 2004. 4. 13. 비과세 감면 부동산에 대한 이용실태 조사결과 청구인이 지방세 감면을 받은 부동산 중 이 사건 주택이 의료업에 직접 사용되는 부동산이 아니라는 이유로 감면한 취득세 등 24,875,100원의 과세예고통지를 하였고, 이에 청구인은 같은 해 5. 6. △△△도지사에게 과세전적부심사청구를 하였으나 △△△도지사는 같은 해 5. 31. 불채택결정을 하였다.

(3) 처분청은 2004. 6. 15. 위 (1)항의 재산취득에 대하여 감면한 취득세 등 24,875,100원을 부과·고지하고, 같은 해 7. 2. 및 7. 7. 2회에 걸쳐 위 (1)항의 공동주택에 대한 2004년도 재산세 등과 장례식장 및 구내매점에 대한 2000년도분부터 2004년도분까지의 재산세 등 합계 8,756,230원을 부과·고지하였다.

다. 관계 법령의 규정

(1) 구 지방세법 제287조 제2항에서「의료법 제41조의 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제(특별시·광역시 및 도청소재지인 시지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 등록세를 과세한다)하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·종합토지세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 의료업에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다」고 규정하고 있다.

(2) 같은 법 제107조에서「다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다」고 규정하면서 제1호에「제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득」이라 규정하고 있다.(청구인은 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득은 취득세를 비과세한다고 규정하고 있으므로 공익사업을 목적으로 하는 청구인도 본조를 적용받아야 한다고 주장하지만 의료법인은 위 (1)의 규정이 적용됨)

라. 판단

먼저, 이 사건 취득세 등 부과에 관한 사항을 살펴본다.

감사원법 제44조 제1항에서 이해관계인은 심사청구의 원인이 되는 행위가 있는 것을 안 날부터 90일 이내에 심사의 청구를 하여야 한다고 규정하고 있고 청구인은 2004. 6. 16. 이 사건 취득세 등 납부통지서를 접수한 후 접수일부터 93일이 지난 같은 해 9. 17. 심사청구를 하였으므로 각하의 대상이라 할 것이다.

다음, 이 사건 재산세 등 부과에 관한 사항을 살펴본다.

청구인은 이 사건 주택을 취득하여 의사들의 사택으로 제공하고 있고 이 사건 장례식장 등은 비록 임대하고 있으나 임대수익을 의료법인의 목적사업에 사용하고 있으므로 비과세되어야 한다고 주장한다.

살피건대, 일반 공동주택을 의료업에 직접 사용한다 함은 의료법인이 당해 주택을 불가피하게 취득하여야 하는 사유가 있어 당해법인의 긴요하지 아니한 부동산 취득과 구분되어야 하고, 장례식장 등이 의료업에 직접 사용되기 위하여는 당해 시설이 의료업 고유업무를 영위하는데 필수불가결의 시설임이 인정되어야 할 것이다.

그런데 이 사건 주택은 시내에 있는 병원으로부터 1.5㎞ 떨어진 곳에 위치한 총 731세대로 구성된 공동주택 중 5세대로서 의료법인이 오지에 있어 의사에게 사택을 제공하지 않으면 필요한 의사를 확보하기 어려워 사택을 취득·제공하여야 하는 등의 불가피한 사유가 있다 할 수 없고 다만 소속 의사의 복리후생 차원에서 취득하여 무상임대하는 경우라 볼 것이고, 이 사건 장례식장 등은 비록 종합병원 구내에 있다 하더라도「장사 등에 관한 법률」의 적용을 받는 장례식장과 소매업인 매점이 의료업 고유업무를 영위하는데 필수불가결의 사업이라 볼 수는 없다 할 것이며 더구나 이들 시설은 청구인이 직접 사용하지 아니하고 타인에게 임대한 후 그 임대수입을 취하고 있으므로 의료용에 직접 사용하는 부동산이라 할 수는 없다 할 것이다. 또한, 이 사건 장례식장 등의 임대수익을 의료업에 사용하는 것과 당해 시설을 의료업에 직접 사용하는 것과는 별개의 것이라 할 것이다.

한편, 청구인은 이 사건 장례식장을 타인에게 임대하고 있는데 대하여 과세를 하는 것은 1999. 4. 6. 처분청에 취득세 등의 부과에 관한 과세전적부심사청구를 하여 인용된 사실과 상충되어 법적 안정성을 상실하고 신의성실의 원칙에 위반된다고 주장하나 청구인이 주장하는 당해 과세전적부심사결정이 없었을 뿐 아니라 당해 취득세 등은 같은 해 5. 29. 징수유예 결정되어 같은 해 11. 30. 청구인이 납부하였음이 확인되므로 그 주장은 사실과 다르다 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 주택에 대한 취득세 등의 부과에 대한 청구부분은 각하하고, 이 사건 주택 및 장례식장 등에 대하여 의료법인이 의료업에 직접 사용하는 부동산으로 보지 아니하고 재산세 등을 부과한 당초 처분에는 잘못이 없어 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제1항 및 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.