1. 원 처분의 요지

청구인은 2002. 3. 5. ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇㅇ동 10-609 토지 448㎡와 그 지상 건물 2,029.24㎡(이하 「전체 건물」이라 한다) 중 청구인 소유가 아니었던 1,374.5㎡(지하 1층, 지상 1, 2, 3, 6층, 이하 「이 사건 건물 취득부분」이라 하며, 위 토지와 함께 이하 「이 사건 부동산」이라 한다)를 취득·등기한 후 종교단체가 그 목적사업에 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산이라는 이유로 처분청으로부터 취득세와 등록세를 면제받았다.

그 후 처분청은 2005. 3. 10. 청구인이 이 사건 건물 취득부분 중 1층과 2층 주차장 일부(이하 해당대지부분을 포함하여 「이 사건 과세부분」이라 한다)를 그 목적사업에 직접 사용하지 아니하고 있는 것으로 보아 이 사건 부동산의 취득가액 중 이 사건 과세부분의 과세표준을 안분계산(433,732,271원)하여 산출한 취득세 10,751,340원(가산세 2,076,700원 포함), 농어촌특별세 945,880원(가산세 78,420원), 등록세 16,127,010원(가산세 3,115,050원 포함), 지방교육세 2,990,110원(가산세 387,720원), 합계 30,814,340원을 부과·고지(이하 「이 사건 부과처분」이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구 이유

첫째, 청구인이 이 사건 부동산을 취득할 당시(2002. 3. 5.), 이 사건 과세부분 중 1층은 이 사건 부동산의 전 소유자인 청구외 ㅇㅇㅇ(이하 「위 ㅇㅇㅇ」라 한다)와 청구외 구 주식회사 ㅇㅇ은행(현 주식회사 ㅇㅇ은행) ㅇㅇ동 지점(이하 「임차은행지점」이라 한다)이 2001. 7. 6. 체결한 임대차 계약(임대차기간 2001. 7. 7. ~ 2004. 7. 6.)이 종료되지 아니한 상태였고, 그 후 2004년도 초부터 청구인이 임차은행지점에 임대부분을 인도해 줄 것을 요청하였으나 임차은행지점이 이행하지 아니하였으며, 2004. 7. 22.에 이르러 임차은행지점이 내부적인 사정을 이유로 임대차기간의 연장을 요청함에 따라 계속 임대할 수밖에 없었던바, 이는 교회용도로 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다고 보아야 한다.

둘째, 처분청이 이 사건 부과처분을 하기 전에 과세예고 통지를 하였어야 하는데도 이를 하지 않고 이 사건 부과처분을 한 것은 위법이다.

셋째, 이 사건 과세부분의 1층 359.32㎡ 중에서 임차은행지점이 사용하는 면적은 261.18㎡이고, 나머지는 교회 출입구로 사용하고 있는데도 처분청이 지상 1층 면적 전부를 대상으로 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다.

넷째, 이 사건 과세부분의 2층 주차장은 교회 전용주차장으로서 임대와는 관련 없는 부분인데도 이를 안분하여 과세한 것은 실질과세의 원칙에 위배된다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건 과세부분의 면제된 지방세를 추가로 부과한 것이 정당한지 여부

나. 인정 사실

이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 ㅇㅇㅇㅇㅇ장로회 산하 ㅇㅇㅇ 노회 소속의 교회로서, 2002. 3. 5. 위 ㅇㅇㅇ로부터 이 사건 부동산을 금 1,500,000,000원에 취득하면서 매매당시에 존재하는 임대보증금 및 임대기간을 인수하고 보장하기로 하였고, 같은 해 4. 30. 이 사건 부동산의 소유권이전 등기를 하였다.

(2) 위 ㅇㅇㅇ와 임차인들간에 작성한 각 임대차계약서에 따르면 청구인이 이 사건 부동산을 취득할 당시에 전체 건물의 임차인 현황은 [별표1] “이 사건 부동산 취득 당시의 임차인 현황”과 같다.

(3) 위 ㅇㅇㅇ와 임차은행지점간의 임대차계약서 및 청구인과 임차은행지점간의 내용증명에 따르면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 임차은행지점은 위 ㅇㅇㅇ와 1991. 7. 9. 이 사건 과세부분 중 1층의 임대차계약(이하 「최초 임대차계약」이라 한다)을 체결하여 사용해 오면서 3차례에 걸쳐 임대차계약을 갱신하였고, 그 후 2001. 7. 6. 또 계약을 갱신하여 임대기간을 2001. 7. 6.부터 2004. 7. 6.까지로 정하였다.

(나) 위와 같이 갱신된 임대차계약에서 임대기간을 제외한 나머지 계약사항들은 최초 임대차계약에 따르도록 정하고 있는바, 최초 임대차계약의 계약서 제7조에는 ‘임대차 기간만료 90일전까지 본 계약의 일방 당사자가 반대의 의사표시를 서면으로 하지 아니하는 경우에는 본 계약은 동일한 조건으로 1년간 연장되는 것으로 한다.’라고 기재되어 있다.

(다) 2004. 7. 5. 청구인은 임차은행지점에게 내용증명을 보내어, 임차은행지점이 위 ㅇㅇㅇ와 체결한 임대차계약의 만료일이 2004. 7. 6.이므로 내용증명을 받은 즉시 새로운 건물 소유주인 청구인과 새로운 계약을 체결할 것을 독촉하였다. 이에 대해 2004. 7. 22. 임차은행지점은 위 ㅇㅇㅇ와의 임대차계약에서 정한대로 임대차 만기일 3개월 전까지 임대인으로부터 해지의사를 접수 받은 사실이 없어 1년간 동일한 조건으로 임대차계약이 자동연장 된 것으로 알고 있다는 내용의 내용증명을 발송하였다.

(4) 집합건축물대장에 따르면 전체 건물의 현황은 [별표2] “전체건물 현황”과 같다.

(5) 처분청 소속 담당자가 이 사건 과세부분의 사용현황을 조사하여 2005. 2. 14. 작성한 복명서에 따르면 지상 1층은 임차은행지점이 임대차계약에 따라 2004. 7. 7.부터 2005. 7. 6.까지를 임대기간으로 하여 사용하고 있는 것으로 되어 있고, 지상 2층의 일부는 부족세액에 대하여 과세하는 것으로 되어 있다.

(6) 처분청 소속 담당자가 2005. 11. 1. 촬영한 전체 건물의 현황사진을 보면, 1층은 임차은행지점이 사용하고 있고, 2층은 어린이집(상호 : ‘ㅇㅇ 꿈의 어린이집’)과 회계사 사무실로 사용되고 있으며, 3층은 ‘ㅇㅇ고시원’이라는 상호의 고시원이 운영되고 있고, 4층부터 청구인이 교회 등 관련시설로 사용하고 있는 것을 알 수 있다.

(7) 처분청은 이 사건 과세부분 중 1층이 357.33㎡(위 인정사실(4) 및 [별표2] “전체건물 현황” 참고)임에도 이보다 1.99㎡ 많은 359.32㎡로 보아 이 사건 부과처분을 한 것을 확인하여 이 사건 부과처분 중 1.99㎡에 대한 금 157,260원([별표3] “직권취소 내역”참고) 부분을 2006. 1. 11. 직권으로 취소결정하였다.

다. 관계 법령의 규정

(1) 「지방세법」 제107조에는 종교 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하지만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 취득세를 부과하는 것으로 규정하고 있다.

(2) 「지방세법」 제127조에는 종교 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대하여 한 등기는 등록세를 부과하지 아니하지만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 등록세를 부과하는 것으로 규정하고 있다.

(3) 「지방세법 시행령」 제78조의2에는 법 제107조 본문 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은 「법인세법」 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업을 말하는 것으로 규정하고 있다.

(4) 「지방세법 시행령」 제79조 제1항 제1호에는 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체를 말하는 것으로 규정하고 있다.

(5) 「지방세법 시행령」 제93조의2과 제94조에서는 등록세가 비과세되는 수익사업의 범위와 비영리사업자의 범위를 위 (3),(4)의 취득세에 관한 규정과 같은 것으로 규정하고 있다.

(6) 「법인세법」 제3조 제2항 제1호에는 부동산·임대업을 규정하고 있다.

(7) 「서울특별시세 부과징수규칙」 제141조 제3항에는 부과부서의 장은 비과세·감면의 사후관리기간이 경과한 후에 사후관리기간 내에 비과세 등의 조건을 위반한 것이 발견된 경우에는 즉시 제140조의 규정에 의하여 취득세를 보통징수 하여야 하는데, 이 경우 과세를 하기 전에 반드시 과세예고를 하되, 부과의 제척기간이 3개월 이내에 도래하는 경우에는 이를 생략하는 것으로 규정하고 있다.

라. 판단

(1) 청구인은 2004년도 초부터 임차은행지점에 임대부분을 인도해 줄 것을 요청하였으나 임차은행지점이 이행하지 아니하였고, 2004. 7. 22.에 이르러 임차은행지점이 내부적인 사정을 이유로 임대차기간의 연장을 요청함에 따라 계속 임대할 수밖에 없었기 때문에 이 사건 과세부분 중 1층을 교회용도로 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 주장한다.

살피건대, 「지방세법」과 「같은 법 시행령」의 규정에 따르면 비영리사업자가 종교사업을 목적으로 취득한 사업용 부동산을 「법인세법」이 정하는 수익사업에 사용하는 경우에는 그 해당부분의 비과세된 취득세와 등록세를 부과하는 것으로 규정하고 있고, 「법인세법」 제3조 제2항 제1호에는 수익사업의 하나로 부동산·임대업을 규정하고 있다.

이 사건의 경우, 청구인의 주장 자체와 인정사실 (3)에서 볼 때 청구인은 이 사건 과세부분 중 1층의 임대차계약 자동갱신을 주장하는 임차은행지점의 내용증명을 받고도 아무런 응답을 하지 않은 채, 임차은행지점이 1층을 계속 사용하도록 한 것을 알 수 있는바, 이는 청구인이 임차은행지점과 기존의 임대차계약을 갱신하여 임대차관계를 유지하고 있는 것으로 볼 수 있다. 또한, 인정사실 (4), (5), (6)에서 본바와 같이 1층은 이 사건 심사청구일 이후인 2005. 11. 1.까지도 임차은행지점이 실제 사용하고 있는 것을 알 수 있다.

따라서 청구인은 1층을 ‘수익사업’에 사용하는 것이므로, 그러한 사용에 정당한 사유가 있는지를 불문하고 1층은 면제된 취득세와 등록세의 부과대상이 된다 할 것이며, 처분청의 이 사건 부과처분은 정당하다.

(2) 청구인은, 이 사건 부과처분을 하기 전에 처분청이 과세예고 통지를 하였어야 하는데도 이를 하지 않았으므로 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장한다.

살피건대, 「서울특별시세 부과징수규칙」 제141조 제3항에 따르면 처분청이 비과세 조건을 위반하여 취득세를 징수할 때에는 과세하기 전에 반드시 과세예고를 하도록 규정하고 있다.

그러나 위와 같이 지방자치단체의 규칙으로 정한 행정처분의 기준은 행정처분 등에 관한 사무처리기준과 처분절차 등 행정청 내부의 사무처리 준칙을 규정한 것에 불과하며, 과세예고 없이 납세고지를 하였다 하더라도 청구인은 납세고지에 관한 불복절차를 통하여 권리를 구제받을 수 있는 것이므로 이 사건 부과처분이 과세예고 없이 이루어졌다는 것만으로 위법하다 할 수는 없다 할 것이다.

(3) 청구인은 이 사건 과세부분 중 1층 359.32㎡ 중에서 임차은행지점이 사용하는 면적은 261.18㎡이므로 이를 초과한 1층 전부를 대상으로 취득세를 부과한 처분은 부당하다고 주장한다.

살피건대, 인정사실 (4)에서 본 바와 같이 1층에서 임차은행지점이 사용하는 부분은 전유부분(313.92㎡)과 공용부분인 계단실, 화장실을 각 층의 면적에 따라 각각 안분한 면적(계단실 : 32.45㎡, 화장실 : 10.96㎡)을 모두 합한 면적으로서 그 면적은 357.33㎡이다. 따라서 임차은행지점이 사용하는 면적이 261.18㎡라는 청구인의 주장은 이유 없으나, 처분청이 1층의 과세면적을 359.32㎡로 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 과세면적 1.99㎡, 부과금액 157,260원의 부분([별표3] “직권취소 내역” 참고)에 있어서는 잘못이 있다 할 것이다.

그런데 인정사실(7)에서와 같이 처분청은 이 사건 부과처분 중 과다부과된 부분에 관하여 2006. 1. 11. 직권으로 취소결정 하였으므로 위 금 157,260원 부분은 심사청구를 제기할 이익이 없다 할 것이다.

(4) 청구인은 이 사건 과세부분 중 2층 주차장은 교회 전용주차장인데도 과세하는 것은 잘못이라고 주장한다.

그러나, 인정사실 (4)에서 본바와 같이 2층 주차장(74.5㎡)은 전체 건물의 사용수익을 위하여 이용되는 공용부분으로서, 각 층별로 안분한 면적(지하 1층에 11.18㎡, 1층에 14.16㎡, 2층에 8.2㎡, 3층에 12.66㎡)으로 각각 이용되고 있음을 알 수 있다.

한편, 위 판단 (1)에서 본바와 같이 1층은 임차은행지점에 임대되어 수익사업에 사용되고 있으며, 인정사실 (2), (4), (5), (6)에서 본바와 같이 전체 건물 중 2층, 3층 및 지하1층 역시 청구인이 이 사건 부동산을 매수할 때부터 임대수익사업에 사용되고 있었고, 이 사건 심사청구일 이후인 2005. 11. 1.까지도 종교목적이 아닌 시설(보육시설, 회계사 사무소, 고시원 등)로 사용되고 있음을 알 수 있다.

따라서 이 사건 과세부분 중 2층 주차장이 교회전용이라는 청구인의 주장은 이유 없다 할 것이며, 위 주차장 전체 면적 중 수익사업에 사용되고 있는 전체 건물의 1층, 2층, 3층 및 지하1층에 해당하는 부분의 면적(각 해당 층에 따라 안분한 면적의 합계 = 46.2㎡, [별표2] “전체 건물 현황” 참고)을 대상으로 처분청이 면제된 취득세와 등록세를 부과한 것은 정당하다 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 처분청이 2005. 3. 10.자로 청구인에게 한 이 사건 부과처분 중 처분청이 직권으로 취소결정한 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 및 각 가산세 합계 157,260원에 대한 심사청구부분은 부적법한 것이 되었고, 그 나머지 부과처분에 대한 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제1항 및 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.